src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.javascript;
  19
  20 import java.net.URL;
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  22 import jalview.appletgui.AlignViewport;
  23 import jalview.bin.JalviewLite;
  24 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.structure.SelectionSource;
  27 import netscape.javascript.JSObject;
  28
  29 public class JsSelectionSender extends JSFunctionExec implements
  30         jalview.structure.SelectionListener, JsCallBack
  31 {
  32
  33   AlignFrame _af;
  34
  35   String _listener;
  36
  37   public JsSelectionSender(JalviewLite jvlite, AlignFrame af,
  38           String listener)
  39   {
  40     super(jvlite);
  41     _af = af;
  42     _listener = listener;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
  47           SelectionSource source)
  48   {
  49     // System.err.println("Testing selection event relay to jsfunction:"+_listener);
  50     try
  51     {
  52       String setid = "";
  53       String viewid = "";
  54       AlignFrame src = _af;
  55       if (source != null)
  56       {
  57         if (source instanceof jalview.appletgui.AlignViewport
  58                 && ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame.viewport == source)
  59         {
  60           // should be valid if it just generated an event!
  61           src = ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame;
  62
  63         }
  64       }
  65       String[] seqs = new String[]
  66       {};
  67       String[] cols = new String[]
  68       {};
  69       int strt = 0, end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av
  70               .getAlignment().getWidth();
  71       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
  72       {
  73         seqs = new String[seqsel.getSize()];
  74         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  75         {
  76           seqs[i] = seqsel.getSequenceAt(i).getName();
  77         }
  78         if (strt < seqsel.getStartRes())
  79         {
  80           strt = seqsel.getStartRes();
  81         }
  82         if (end==-1 || end > seqsel.getEndRes())
  83         {
  84           end = seqsel.getEndRes();
  85         }
  86       }
  87       if (colsel != null && colsel.size() > 0)
  88       {
  89         if (end == -1)
  90         {
  91           end = colsel.getMax() + 1;
  92         }
  93         cols = new String[colsel.getSelected().size()];
  94         int d = 0, r = -1;
  95         for (int i = 0; i < cols.length; i++)
  96         {
  97           cols[i] = ""
  98                   + (1 + ((Integer) colsel.getSelected().elementAt(i))
  99                           .intValue());
 100         }
 101       }
 102       else
 103       {
 104         if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
 105         {
 106           // send a valid range, otherwise we send the empty selection
 107           cols = new String[2];
 108           cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
 109         }
 110         ;
 111
 112       }
 113       System.err.println("Relaying selection to jsfunction:" + _listener);
 114       executeJavascriptFunction( _listener,
 115                 new Object[]
 116                 { src, setid, jvlite.arrayToSeparatorList(seqs),
 117                     jvlite.arrayToSeparatorList(cols) });
 118     } catch (Exception ex)
 119     {
 120       System.err
 121               .println("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '"
 122                       + _listener + "'");
 123       ex.printStackTrace();
 124       if (ex instanceof netscape.javascript.JSException)
 125       {
 126         System.err.println("Javascript Exception: "
 127                 + ((netscape.javascript.JSException) ex).getCause()
 128                         .toString());
 129       }
 130
 131     }
 132   }
 133
 134
 135   @Override
 136   public AlignFrame getAlignFrame()
 137   {
 138     return _af;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public String getListenerFunction()
 143   {
 144     return _listener;
 145   }
 146
 147 }