src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.javascript;
  22
  23 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  24 import jalview.bin.JalviewLite;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.structure.SelectionSource;
  29
  30 public class JsSelectionSender extends JSFunctionExec
  31         implements jalview.structure.SelectionListener, JsCallBack
  32 {
  33
  34   AlignFrame _af;
  35
  36   String _listener;
  37
  38   public JsSelectionSender(JalviewLite jvlite, AlignFrame af,
  39           String listener)
  40   {
  41     super(jvlite);
  42     _af = af;
  43     _listener = listener;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
  48           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
  49   {
  50     // System.err.println("Testing selection event relay to
  51     // jsfunction:"+_listener);
  52     try
  53     {
  54       String setid = "";
  55       AlignFrame src = _af;
  56       if (source != null)
  57       {
  58         if (source instanceof jalview.appletgui.AlignViewport
  59                 && ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame.viewport == source)
  60         {
  61           // should be valid if it just generated an event!
  62           src = ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame;
  63
  64         }
  65       }
  66       String[] seqs = new String[] {};
  67       String[] cols = new String[] {};
  68       int strt = 0, end = (src == null) ? -1
  69               : src.alignPanel.av.getAlignment().getWidth();
  70       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
  71       {
  72         seqs = new String[seqsel.getSize()];
  73         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  74         {
  75           seqs[i] = seqsel.getSequenceAt(i).getName();
  76         }
  77         if (strt < seqsel.getStartRes())
  78         {
  79           strt = seqsel.getStartRes();
  80         }
  81         if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes())
  82         {
  83           end = seqsel.getEndRes();
  84         }
  85       }
  86       if (colsel != null && !colsel.isEmpty())
  87       {
  88         if (end == -1)
  89         {
  90           end = colsel.getMax() + 1;
  91         }
  92         cols = new String[colsel.getSelected().size()];
  93         for (int i = 0; i < cols.length; i++)
  94         {
  95           cols[i] = "" + (1 + colsel.getSelected().get(i).intValue());
  96         }
  97       }
  98       else
  99       {
 100         if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
 101         {
 102           // send a valid range, otherwise we send the empty selection
 103           cols = new String[2];
 104           cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
 105         }
 106         ;
 107
 108       }
 109       System.err.println("Relaying selection to jsfunction:" + _listener);
 110       executeJavascriptFunction(_listener,
 111               new Object[]
 112               { src, setid, jvlite.arrayToSeparatorList(seqs),
 113                   jvlite.arrayToSeparatorList(cols) });
 114     } catch (Exception ex)
 115     {
 116       System.err.println(
 117               "Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '"
 118                       + _listener + "'");
 119       ex.printStackTrace();
 120       if (ex instanceof netscape.javascript.JSException)
 121       {
 122         System.err.println("Javascript Exception: "
 123                 + ((netscape.javascript.JSException) ex).getCause()
 124                         .toString());
 125       }
 126
 127     }
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public AlignFrame getAlignFrame()
 132   {
 133     return _af;
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public String getListenerFunction()
 138   {
 139     return _listener;
 140   }
 141
 142 }