JAL-2416 order score models by order of addition rather than name
[jalview.git] / src / jalview / javascript / JsSelectionSender.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.javascript;
22
23 import jalview.appletgui.AlignFrame;
24 import jalview.bin.JalviewLite;
25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
27 import jalview.structure.SelectionSource;
28
29 public class JsSelectionSender extends JSFunctionExec implements
30         jalview.structure.SelectionListener, JsCallBack
31 {
32
33   AlignFrame _af;
34
35   String _listener;
36
37   public JsSelectionSender(JalviewLite jvlite, AlignFrame af,
38           String listener)
39   {
40     super(jvlite);
41     _af = af;
42     _listener = listener;
43   }
44
45   @Override
46   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
47           SelectionSource source)
48   {
49     // System.err.println("Testing selection event relay to jsfunction:"+_listener);
50     try
51     {
52       String setid = "";
53       AlignFrame src = _af;
54       if (source != null)
55       {
56         if (source instanceof jalview.appletgui.AlignViewport
57                 && ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame.viewport == source)
58         {
59           // should be valid if it just generated an event!
60           src = ((jalview.appletgui.AlignViewport) source).applet.currentAlignFrame;
61
62         }
63       }
64       String[] seqs = new String[] {};
65       String[] cols = new String[] {};
66       int strt = 0, end = (src == null) ? -1 : src.alignPanel.av
67               .getAlignment().getWidth();
68       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
69       {
70         seqs = new String[seqsel.getSize()];
71         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
72         {
73           seqs[i] = seqsel.getSequenceAt(i).getName();
74         }
75         if (strt < seqsel.getStartRes())
76         {
77           strt = seqsel.getStartRes();
78         }
79         if (end == -1 || end > seqsel.getEndRes())
80         {
81           end = seqsel.getEndRes();
82         }
83       }
84       if (colsel != null && !colsel.isEmpty())
85       {
86         if (end == -1)
87         {
88           end = colsel.getMax() + 1;
89         }
90         cols = new String[colsel.getSelected().size()];
91         for (int i = 0; i < cols.length; i++)
92         {
93           cols[i] = "" + (1 + colsel.getSelected().get(i).intValue());
94         }
95       }
96       else
97       {
98         if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
99         {
100           // send a valid range, otherwise we send the empty selection
101           cols = new String[2];
102           cols[0] = "" + (1 + strt) + "-" + (1 + end);
103         }
104         ;
105
106       }
107       System.err.println("Relaying selection to jsfunction:" + _listener);
108       executeJavascriptFunction(_listener,
109               new Object[] { src, setid, jvlite.arrayToSeparatorList(seqs),
110                   jvlite.arrayToSeparatorList(cols) });
111     } catch (Exception ex)
112     {
113       System.err
114               .println("Jalview Javascript exec error: Couldn't send selection message using function '"
115                       + _listener + "'");
116       ex.printStackTrace();
117       if (ex instanceof netscape.javascript.JSException)
118       {
119         System.err.println("Javascript Exception: "
120                 + ((netscape.javascript.JSException) ex).getCause()
121                         .toString());
122       }
123
124     }
125   }
126
127   @Override
128   public AlignFrame getAlignFrame()
129   {
130     return _af;
131   }
132
133   @Override
134   public String getListenerFunction()
135   {
136     return _listener;
137   }
138
139 }