src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.javascript;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.jmol.JmolCommands;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.List;
  38
  39 /**
  40  * Propagate events involving PDB structures associated with sequences to a
  41  * javascript function. Generally, the javascript handler is called with a
  42  * series of arguments like (eventname, ... ). As of Jalview 2.7, the following
  43  * different types of events are supported:
  44  * <ul>
  45  * <li>mouseover: javascript function called with arguments
  46  *
  47  * <pre>
  48  * ['mouseover',String(pdb file URI), String(pdb file chain ID), String(residue
  49  * number moused over), String(atom index corresponding to residue)]
  50  * </pre>
  51  *
  52  * </li>
  53  * <li>colourstruct: javascript function called with arguments
  54  *
  55  * <pre>
  56  * ['colourstruct',String(alignment view id),String(number of javascript message
  57  * chunks to collect),String(length of first chunk in set of messages - or zero
  58  * for null message)]
  59  * </pre>
  60  *
  61  * <br>
  62  * The message contains a series of Jmol script commands that will colour
  63  * structures according to their associated sequences in the current view. Use
  64  * jalview
  65  * .javascript.JalviewLiteJsApi.getJsMessage('colourstruct',String(alignment
  66  * view id)) to retrieve successive chunks of the message.</li>
  67  * </ul>
  68  *
  69  * @author Jim Procter (jprocter)
  70  *
  71  */
  72 public class MouseOverStructureListener extends JSFunctionExec implements
  73         JsCallBack, StructureListener
  74 {
  75
  76   String _listenerfn;
  77
  78   String[] modelSet;
  79
  80   public MouseOverStructureListener(JalviewLite jalviewLite,
  81           String listener, String[] modelList)
  82   {
  83     super(jalviewLite);
  84     _listenerfn = listener;
  85     modelSet = modelList;
  86     if (modelSet != null)
  87     {
  88       for (int i = 0; i < modelSet.length; i++)
  89       {
  90         // resolve a real filename
  91         try
  92         {
  93           if (new java.net.URL(modelSet[i]).openConnection() != null)
  94           {
  95             continue;
  96           }
  97         } catch (Exception x)
  98         {
  99         }
 100         ;
 101         try
 102         {
 103           String db = jvlite.getDocumentBase().toString();
 104           db = db.substring(0, db.lastIndexOf("/"));
 105           if (new java.net.URL(db + "/" + modelSet[i]).openConnection() != null)
 106           {
 107             modelSet[i] = db + "/" + modelSet[i];
 108             continue;
 109           }
 110         } catch (Exception x)
 111         {
 112         }
 113         ;
 114         try
 115         {
 116           if (new java.net.URL(jvlite.getCodeBase() + modelSet[i])
 117                   .openConnection() != null)
 118           {
 119             modelSet[i] = jvlite.getCodeBase() + modelSet[i];
 120             continue;
 121           }
 122         } catch (Exception x)
 123         {
 124         }
 125         ;
 126
 127       }
 128     }
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public String[] getPdbFile()
 133   {
 134     return modelSet;
 135   }
 136
 137   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 138   {
 139
 140     // StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().mouseOverStructure(atomIndex,
 141     // chain, pdbfile)
 142     // TODO Auto-generated method stub
 143
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 148   {
 149     for (AtomSpec atom : atoms)
 150     {
 151       try
 152       {
 153         executeJavascriptFunction(_listenerfn, new String[]
 154         { "mouseover", "" + atom.getPdbId(), "" + atom.getChain(),
 155             "" + (atom.getPdbResNum()), "" + atom.getAtomIndex() });
 156       } catch (Exception ex)
 157       {
 158         System.err.println("Couldn't execute callback with " + _listenerfn
 159                 + " for atomSpec: " + atom);
 160         ex.printStackTrace();
 161       }
 162     }
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public synchronized void updateColours(Object srce)
 167   {
 168     final Object source = srce;
 169     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 170             .getStructureSelectionManager(jvlite);
 171     // if (jvlite.debug)
 172     // {
 173     // ssm.reportMapping();
 174     // }
 175     if (source instanceof jalview.api.AlignmentViewPanel)
 176     {
 177       SequenceI[][] sequence = new SequenceI[modelSet.length][];
 178       for (int m = 0; m < modelSet.length; m++)
 179       {
 180         StructureMapping[] sm = ssm.getMapping(modelSet[m]);
 181         if (sm != null && sm.length > 0)
 182         {
 183           sequence[m] = new SequenceI[sm.length];
 184           for (int i = 0; i < sm.length; i++)
 185           {
 186             sequence[m][i] = sm[i].getSequence();
 187           }
 188         }
 189         else
 190         {
 191           sequence[m] = new SequenceI[0];
 192         }
 193         // if (jvlite.debug)
 194         // {
 195         // System.err.println("Mapped '" + modelSet[m] + "' to "
 196         // + sequence[m].length + " sequences.");
 197         // }
 198       }
 199
 200       SequenceRenderer sr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)
 201               .getSequenceRenderer();
 202       FeatureRenderer fr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 203               .getShowSequenceFeatures() ? new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
 204               ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av) : null;
 205       if (fr != null)
 206       {
 207         ((jalview.appletgui.FeatureRenderer) fr)
 208                 .transferSettings(((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)
 209                         .getFeatureRenderer());
 210       }
 211       ;
 212
 213       // Form a colour command from the given alignment panel for each distinct
 214       // structure
 215       ArrayList<String[]> ccomands = new ArrayList<String[]>();
 216       ArrayList<String> pdbfn = new ArrayList<String>();
 217       StructureMappingcommandSet[] colcommands = JmolCommands
 218               .getColourBySequenceCommand(ssm, modelSet, sequence, sr, fr,
 219                       ((AlignmentViewPanel) source).getAlignment());
 220       if (colcommands == null)
 221       {
 222         return;
 223       }
 224       int sz = 0;
 225       for (jalview.structure.StructureMappingcommandSet ccset : colcommands)
 226       {
 227         sz += ccset.commands.length;
 228         ccomands.add(ccset.commands);
 229         pdbfn.add(ccset.mapping);
 230       }
 231
 232       String mclass, mhandle;
 233       String ccomandset[] = new String[sz];
 234       sz = 0;
 235       for (String[] ccset : ccomands)
 236       {
 237         System.arraycopy(ccset, 0, ccomandset, sz, ccset.length);
 238         sz += ccset.length;
 239       }
 240       if (jvlite.isJsMessageSetChanged(
 241               mclass = "colourstruct",
 242               mhandle = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 243                       .getViewId(), ccomandset))
 244       {
 245         jvlite.setJsMessageSet(mclass, mhandle, ccomandset);
 246         // and notify javascript handler
 247         String st[] = new String[]
 248         {
 249             "colourstruct",
 250             "" + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av.getViewId(),
 251             "" + ccomandset.length,
 252             jvlite.arrayToSeparatorList(pdbfn.toArray(new String[pdbfn
 253                     .size()])) };
 254         try
 255         {
 256           executeJavascriptFunction(true, _listenerfn, st);
 257         } catch (Exception ex)
 258         {
 259           System.err.println("Couldn't execute callback with "
 260                   + _listenerfn + " using args { " + st[0] + ", " + st[1]
 261                   + ", " + st[2] + "," + st[3] + "}"); // + ","+st[4]+"\n");
 262           ex.printStackTrace();
 263
 264         }
 265       }
 266       /*
 267        * new Thread(new Runnable() { public void run() { // and send to
 268        * javascript handler String st[] = new String[0]; int i = 0; for (String
 269        * colcommand : colcommands) { // do sync execution for each chunk try {
 270        * executeJavascriptFunction( false, _listenerfn, st = new String[] {
 271        * "colourstruct", "" + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 272        * .getViewId(), handle, "" }); } catch (Exception ex) {
 273        * System.err.println("Couldn't execute callback with " + _listenerfn +
 274        * " using args { " + st[0] + ", " + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] +
 275        * "\n"); ex.printStackTrace();
 276        *
 277        * } } } }).start();
 278        */
 279     }
 280
 281   }
 282
 283   @Override
 284   public AlignFrame getAlignFrame()
 285   {
 286     // associated with all alignframes, always.
 287     return null;
 288   }
 289
 290   @Override
 291   public String getListenerFunction()
 292   {
 293     return _listenerfn;
 294   }
 295
 296   public void finalise()
 297   {
 298     jvlite = null;
 299     super.finalize();
 300   }
 301
 302   @Override
 303   public void releaseReferences(Object svl)
 304   {
 305
 306     // TODO Auto-generated method stub
 307
 308   }
 309
 310 }