JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but...
[jalview.git] / src / jalview / jbgui / GDesktop.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.jbgui;
22
23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
24 import jalview.io.FileFormatException;
25 import jalview.util.MessageManager;
26 import jalview.util.Platform;
27
28 import java.awt.FlowLayout;
29 import java.awt.Toolkit;
30 import java.awt.event.ActionEvent;
31 import java.awt.event.ActionListener;
32
33 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
34 import javax.swing.JFrame;
35 import javax.swing.JMenu;
36 import javax.swing.JMenuBar;
37 import javax.swing.JMenuItem;
38
39 /**
40  * DOCUMENT ME!
41  * 
42  * @author $author$
43  * @version $Revision$
44  */
45 public class GDesktop extends JFrame
46 {
47   protected static JMenu windowMenu = new JMenu();
48
49   JMenuBar desktopMenubar = new JMenuBar();
50
51   JMenu FileMenu = new JMenu();
52
53   JMenu HelpMenu = new JMenu();
54
55   protected JMenu VamsasMenu = new JMenu();
56
57   protected JMenu VamsasStMenu = new JMenu();
58
59   JMenuItem inputLocalFileMenuItem = new JMenuItem();
60
61   JMenuItem inputURLMenuItem = new JMenuItem();
62
63   JMenuItem inputTextboxMenuItem = new JMenuItem();
64
65   JMenuItem quit = new JMenuItem();
66
67   JMenuItem aboutMenuItem = new JMenuItem();
68
69   JMenuItem documentationMenuItem = new JMenuItem();
70
71   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
72
73   protected JMenu toolsMenu = new JMenu();
74
75   JMenuItem preferences = new JMenuItem();
76
77   JMenuItem saveState = new JMenuItem();
78
79   JMenuItem loadState = new JMenuItem();
80
81   JMenu inputMenu = new JMenu();
82
83   protected JMenuItem vamsasStart = new JMenuItem();
84
85   protected JMenuItem vamsasImport = new JMenuItem();
86
87   protected JMenuItem vamsasSave = new JMenuItem();
88
89   JMenuItem inputSequence = new JMenuItem();
90
91   protected JMenuItem vamsasStop = new JMenuItem();
92
93   JMenuItem closeAll = new JMenuItem();
94
95   JMenuItem raiseRelated = new JMenuItem();
96
97   JMenuItem minimizeAssociated = new JMenuItem();
98
99   protected JCheckBoxMenuItem showMemusage = new JCheckBoxMenuItem();
100
101   JMenuItem garbageCollect = new JMenuItem();
102
103   protected JMenuItem groovyShell;
104
105   protected JCheckBoxMenuItem experimentalFeatures;
106
107   protected JCheckBoxMenuItem showConsole = new JCheckBoxMenuItem();
108
109   protected JCheckBoxMenuItem showNews = new JCheckBoxMenuItem();
110
111   protected JMenuItem snapShotWindow = new JMenuItem();
112
113   /**
114    * Creates a new GDesktop object.
115    */
116   public GDesktop()
117   {
118     try
119     {
120       jbInit();
121       this.setJMenuBar(desktopMenubar);
122     } catch (Exception e)
123     {
124       e.printStackTrace();
125     }
126
127     if (!Platform.isAMac())
128     {
129       FileMenu.setMnemonic('F');
130       inputLocalFileMenuItem.setMnemonic('L');
131       VamsasMenu.setMnemonic('V');
132       inputURLMenuItem.setMnemonic('U');
133       inputTextboxMenuItem.setMnemonic('C');
134       quit.setMnemonic('Q');
135       saveState.setMnemonic('S');
136       loadState.setMnemonic('L');
137       inputMenu.setMnemonic('I');
138     }
139   }
140
141   /**
142    * DOCUMENT ME!
143    * 
144    * @throws Exception
145    *           DOCUMENT ME!
146    */
147   private void jbInit() throws Exception
148   {
149
150     FileMenu.setText(MessageManager.getString("action.file"));
151     HelpMenu.setText(MessageManager.getString("action.help"));
152     VamsasMenu.setText("Vamsas");
153     VamsasMenu.setToolTipText(MessageManager
154             .getString("label.share_data_vamsas_applications"));
155     VamsasStMenu.setText(MessageManager.getString("label.connect_to"));
156     VamsasStMenu.setToolTipText(
157             MessageManager.getString("label.join_existing_vamsas_session"));
158     inputLocalFileMenuItem
159             .setText(MessageManager.getString("label.load_tree_from_file"));
160     inputLocalFileMenuItem.setAccelerator(
161             javax.swing.KeyStroke.getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_O,
162                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(),
163                     false));
164     inputLocalFileMenuItem
165             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
166             {
167               @Override
168               public void actionPerformed(ActionEvent e)
169               {
170                 inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(null);
171               }
172             });
173     inputURLMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.from_url"));
174     inputURLMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
175     {
176       @Override
177       public void actionPerformed(ActionEvent e)
178       {
179         try
180         {
181           inputURLMenuItem_actionPerformed(null);
182         } catch (FileFormatException e1)
183         {
184           System.err.println("Error loading from URL: " + e1.getMessage());
185         }
186       }
187     });
188     inputTextboxMenuItem
189             .setText(MessageManager.getString("label.from_textbox"));
190     inputTextboxMenuItem
191             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
192             {
193               @Override
194               public void actionPerformed(ActionEvent e)
195               {
196                 inputTextboxMenuItem_actionPerformed(null);
197               }
198             });
199     quit.setText(MessageManager.getString("action.quit"));
200     quit.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
201     {
202       @Override
203       public void actionPerformed(ActionEvent e)
204       {
205         quit();
206       }
207     });
208     aboutMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.about"));
209     aboutMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
210     {
211       @Override
212       public void actionPerformed(ActionEvent e)
213       {
214         aboutMenuItem_actionPerformed(e);
215       }
216     });
217     documentationMenuItem
218             .setText(MessageManager.getString("label.documentation"));
219     documentationMenuItem.setAccelerator(javax.swing.KeyStroke
220             .getKeyStroke(java.awt.event.KeyEvent.VK_F1, 0, false));
221     documentationMenuItem
222             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
223             {
224               @Override
225               public void actionPerformed(ActionEvent e)
226               {
227                 documentationMenuItem_actionPerformed(e);
228               }
229             });
230     this.getContentPane().setLayout(flowLayout1);
231     windowMenu.setText(MessageManager.getString("label.window"));
232     preferences.setText(MessageManager.getString("label.preferences"));
233     preferences.addActionListener(new ActionListener()
234     {
235       @Override
236       public void actionPerformed(ActionEvent e)
237       {
238         preferences_actionPerformed(e);
239       }
240     });
241     toolsMenu.setText(MessageManager.getString("label.tools"));
242     saveState.setText(MessageManager.getString("action.save_project"));
243     saveState.addActionListener(new ActionListener()
244     {
245       @Override
246       public void actionPerformed(ActionEvent e)
247       {
248         saveState_actionPerformed(e);
249       }
250     });
251     loadState.setText(MessageManager.getString("action.load_project"));
252     loadState.addActionListener(new ActionListener()
253     {
254       @Override
255       public void actionPerformed(ActionEvent e)
256       {
257         loadState_actionPerformed(e);
258       }
259     });
260     inputMenu.setText(MessageManager.getString("label.input_alignment"));
261     vamsasStart
262             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
263     vamsasStart.setVisible(false);
264     vamsasStart.addActionListener(new ActionListener()
265     {
266       @Override
267       public void actionPerformed(ActionEvent e)
268       {
269         vamsasStart_actionPerformed(e);
270       }
271     });
272     vamsasImport.setText(
273             MessageManager.getString("action.load_vamsas_session"));
274     vamsasImport.setVisible(false);
275     vamsasImport.addActionListener(new ActionListener()
276     {
277       @Override
278       public void actionPerformed(ActionEvent e)
279       {
280         vamsasImport_actionPerformed(e);
281       }
282     });
283     vamsasSave.setText(
284             MessageManager.getString("action.save_vamsas_session"));
285     vamsasSave.setVisible(false);
286     vamsasSave.addActionListener(new ActionListener()
287     {
288       @Override
289       public void actionPerformed(ActionEvent e)
290       {
291         vamsasSave_actionPerformed(e);
292       }
293     });
294     inputSequence
295             .setText(MessageManager.getString("action.fetch_sequences"));
296     inputSequence.addActionListener(new ActionListener()
297     {
298       @Override
299       public void actionPerformed(ActionEvent e)
300       {
301         inputSequence_actionPerformed(e);
302       }
303     });
304     vamsasStop
305             .setText(MessageManager.getString("label.stop_vamsas_session"));
306     vamsasStop.setVisible(false);
307     vamsasStop.addActionListener(new ActionListener()
308     {
309       @Override
310       public void actionPerformed(ActionEvent e)
311       {
312         vamsasStop_actionPerformed(e);
313       }
314     });
315     closeAll.setText(MessageManager.getString("action.close_all"));
316     closeAll.addActionListener(new ActionListener()
317     {
318       @Override
319       public void actionPerformed(ActionEvent e)
320       {
321         closeAll_actionPerformed(e);
322       }
323     });
324     raiseRelated.setText(
325             MessageManager.getString("action.raise_associated_windows"));
326     raiseRelated.addActionListener(new ActionListener()
327     {
328       @Override
329       public void actionPerformed(ActionEvent e)
330       {
331         raiseRelated_actionPerformed(e);
332       }
333     });
334     minimizeAssociated.setText(
335             MessageManager.getString("action.minimize_associated_windows"));
336     minimizeAssociated.addActionListener(new ActionListener()
337     {
338       @Override
339       public void actionPerformed(ActionEvent e)
340       {
341         minimizeAssociated_actionPerformed(e);
342       }
343     });
344     garbageCollect
345             .setText(MessageManager.getString("label.collect_garbage"));
346     garbageCollect.addActionListener(new ActionListener()
347     {
348       @Override
349       public void actionPerformed(ActionEvent e)
350       {
351         garbageCollect_actionPerformed(e);
352       }
353     });
354     showMemusage
355             .setText(MessageManager.getString("label.show_memory_usage"));
356     showMemusage.addActionListener(new ActionListener()
357     {
358       @Override
359       public void actionPerformed(ActionEvent e)
360       {
361         showMemusage_actionPerformed(e);
362       }
363     });
364     showConsole
365             .setText(MessageManager.getString("label.show_java_console"));
366     showConsole.addActionListener(new ActionListener()
367     {
368       @Override
369       public void actionPerformed(ActionEvent e)
370       {
371         showConsole_actionPerformed(e);
372       }
373     });
374     showNews.setText(MessageManager.getString("label.show_jalview_news"));
375     showNews.addActionListener(new ActionListener()
376     {
377       @Override
378       public void actionPerformed(ActionEvent e)
379       {
380         showNews_actionPerformed(e);
381       }
382     });
383     groovyShell = new JMenuItem();
384     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
385     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
386     {
387       @Override
388       public void actionPerformed(ActionEvent e)
389       {
390         groovyShell_actionPerformed();
391       }
392     });
393     experimentalFeatures = new JCheckBoxMenuItem();
394     experimentalFeatures
395             .setText(MessageManager.getString("label.show_experimental"));
396     experimentalFeatures.setToolTipText(
397             MessageManager.getString("label.show_experimental_tip"));
398     experimentalFeatures.addActionListener(new ActionListener()
399     {
400       @Override
401       public void actionPerformed(ActionEvent e)
402       {
403         showExperimental_actionPerformed(experimentalFeatures.isSelected());
404       }
405     });
406
407     snapShotWindow.setText(MessageManager.getString("label.take_snapshot"));
408     snapShotWindow.addActionListener(new ActionListener()
409     {
410       @Override
411       public void actionPerformed(ActionEvent e)
412       {
413         snapShotWindow_actionPerformed(e);
414       }
415     });
416
417     desktopMenubar.add(FileMenu);
418     desktopMenubar.add(toolsMenu);
419     VamsasMenu.setVisible(false);
420     desktopMenubar.add(VamsasMenu);
421     desktopMenubar.add(HelpMenu);
422     desktopMenubar.add(windowMenu);
423     FileMenu.add(inputMenu);
424     FileMenu.add(inputSequence);
425     FileMenu.addSeparator();
426     FileMenu.add(saveState);
427     FileMenu.add(loadState);
428     FileMenu.addSeparator();
429     FileMenu.add(quit);
430     HelpMenu.add(aboutMenuItem);
431     HelpMenu.add(documentationMenuItem);
432     VamsasMenu.add(VamsasStMenu);
433     VamsasStMenu.setVisible(false);
434     VamsasMenu.add(vamsasStart);
435     VamsasMenu.add(vamsasImport);
436     VamsasMenu.add(vamsasSave);
437     VamsasMenu.add(vamsasStop);
438     toolsMenu.add(preferences);
439     toolsMenu.add(showMemusage);
440     toolsMenu.add(showConsole);
441     toolsMenu.add(showNews);
442     toolsMenu.add(garbageCollect);
443     toolsMenu.add(groovyShell);
444     toolsMenu.add(experimentalFeatures);
445     // toolsMenu.add(snapShotWindow);
446     inputMenu.add(inputLocalFileMenuItem);
447     inputMenu.add(inputURLMenuItem);
448     inputMenu.add(inputTextboxMenuItem);
449     windowMenu.add(closeAll);
450     windowMenu.add(raiseRelated);
451     windowMenu.add(minimizeAssociated);
452     windowMenu.addSeparator();
453     // inputMenu.add(vamsasLoad);
454   }
455
456   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
457   {
458   }
459
460   protected void groovyShell_actionPerformed()
461   {
462   }
463
464   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
465   {
466     // TODO Auto-generated method stub
467
468   }
469
470   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
471   {
472     // TODO Auto-generated method stub
473
474   }
475
476   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
477   {
478     // TODO Auto-generated method stub
479
480   }
481
482   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
483   {
484     // TODO Auto-generated method stub
485
486   }
487
488   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
489   {
490     // TODO Auto-generated method stub
491
492   }
493
494   protected void vamsasStMenu_actionPerformed()
495   {
496   }
497
498   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
499   {
500   }
501
502   /**
503    * DOCUMENT ME!
504    * 
505    * @param e
506    *          DOCUMENT ME!
507    */
508   protected void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(
509           jalview.gui.AlignViewport av)
510   {
511   }
512
513   /**
514    * DOCUMENT ME!
515    * 
516    * @param e
517    *          DOCUMENT ME!
518    * @throws FileFormatException
519    */
520   protected void inputURLMenuItem_actionPerformed(
521           jalview.gui.AlignViewport av) throws FileFormatException
522   {
523   }
524
525   /**
526    * DOCUMENT ME!
527    * 
528    * @param e
529    *          DOCUMENT ME!
530    */
531   protected void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
532           AlignmentViewPanel avp)
533   {
534   }
535
536   /**
537    * DOCUMENT ME!
538    */
539   protected void quit()
540   {
541   }
542
543   /**
544    * DOCUMENT ME!
545    * 
546    * @param e
547    *          DOCUMENT ME!
548    */
549   protected void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
550   {
551   }
552
553   /**
554    * DOCUMENT ME!
555    * 
556    * @param e
557    *          DOCUMENT ME!
558    */
559   protected void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
560   {
561   }
562
563   /**
564    * DOCUMENT ME!
565    * 
566    * @param e
567    *          DOCUMENT ME!
568    */
569   public void SaveState_actionPerformed(ActionEvent e)
570   {
571   }
572
573   /**
574    * DOCUMENT ME!
575    * 
576    * @param e
577    *          DOCUMENT ME!
578    */
579   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
580   {
581   }
582
583   /**
584    * DOCUMENT ME!
585    * 
586    * @param e
587    *          DOCUMENT ME!
588    */
589   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
590   {
591   }
592
593   /**
594    * DOCUMENT ME!
595    * 
596    * @param e
597    *          DOCUMENT ME!
598    */
599   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
600   {
601   }
602
603   /**
604    * DOCUMENT ME!
605    * 
606    * @param e
607    *          DOCUMENT ME!
608    */
609   public void loadJalviewAlign_actionPerformed(ActionEvent e)
610   {
611   }
612
613   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
614   {
615
616   }
617
618   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
619   {
620
621   }
622
623   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
624   {
625
626   }
627
628   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
629   {
630
631   }
632
633   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
634   {
635
636   }
637
638   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
639   {
640
641   }
642
643   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
644   {
645   }
646 }