src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.jbgui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.FlowLayout;
  26 import java.awt.Font;
  27 import java.awt.GridLayout;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30
  31 import javax.swing.JButton;
  32 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  33 import javax.swing.JComboBox;
  34 import javax.swing.JInternalFrame;
  35 import javax.swing.JLabel;
  36 import javax.swing.JMenu;
  37 import javax.swing.JMenuBar;
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.event.MenuEvent;
  41 import javax.swing.event.MenuListener;
  42
  43 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45
  46 public class GPCAPanel extends JInternalFrame
  47 {
  48   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", 0, 12);
  49
  50   protected JComboBox<String> xCombobox = new JComboBox<>();
  51
  52   protected JComboBox<String> yCombobox = new JComboBox<>();
  53
  54   protected JComboBox<String> zCombobox = new JComboBox<>();
  55
  56   protected JMenu viewMenu = new JMenu();
  57
  58   protected JCheckBoxMenuItem showLabels = new JCheckBoxMenuItem();
  59
  60   protected JMenu associateViewsMenu = new JMenu();
  61
  62   protected JLabel statusBar = new JLabel();
  63
  64   protected JPanel statusPanel = new JPanel();
  65
  66   protected JMenuItem originalSeqData;
  67
  68   /**
  69    * Constructor
  70    */
  71   public GPCAPanel()
  72   {
  73     try
  74     {
  75       jbInit();
  76     } catch (Exception e)
  77     {
  78       e.printStackTrace();
  79     }
  80
  81     for (int i = 1; i < 8; i++)
  82     {
  83       xCombobox.addItem("dim " + i);
  84       yCombobox.addItem("dim " + i);
  85       zCombobox.addItem("dim " + i);
  86     }
  87   }
  88   public GPCAPanel(int dim)
  89   {
  90     try
  91     {
  92       jbInit();
  93     } catch (Exception e)
  94     {
  95       e.printStackTrace();
  96     }
  97
  98     for (int i = 1; i <= dim; i++)
  99     {
 100       xCombobox.addItem("dim " + i);
 101       yCombobox.addItem("dim " + i);
 102       zCombobox.addItem("dim " + i);
 103     }
 104   }
 105
 106   private void jbInit() throws Exception
 107   {
 108     setFrameIcon(null);
 109     setName("jalview-pca");
 110     this.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 111     JPanel jPanel2 = new JPanel();
 112     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 113     JLabel jLabel1 = new JLabel();
 114     jLabel1.setFont(VERDANA_12);
 115     jLabel1.setText("x=");
 116     JLabel jLabel2 = new JLabel();
 117     jLabel2.setFont(VERDANA_12);
 118     jLabel2.setText("y=");
 119     JLabel jLabel3 = new JLabel();
 120     jLabel3.setFont(VERDANA_12);
 121     jLabel3.setText("z=");
 122     jPanel2.setBackground(Color.white);
 123     jPanel2.setBorder(null);
 124     zCombobox.setFont(VERDANA_12);
 125     zCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 126     {
 127       @Override
 128       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 129       {
 130         doDimensionChange();
 131       }
 132     });
 133     yCombobox.setFont(VERDANA_12);
 134     yCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 135     {
 136       @Override
 137       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 138       {
 139         doDimensionChange();
 140       }
 141     });
 142     xCombobox.setFont(VERDANA_12);
 143     xCombobox.addActionListener(new ActionListener()
 144     {
 145       @Override
 146       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 147       {
 148         doDimensionChange();
 149       }
 150     });
 151     JButton resetButton = new JButton();
 152     resetButton.setFont(VERDANA_12);
 153     resetButton.setText(MessageManager.getString("action.reset"));
 154     resetButton.addActionListener(new ActionListener()
 155     {
 156       @Override
 157       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 158       {
 159         resetButton_actionPerformed();
 160       }
 161     });
 162     JMenu fileMenu = new JMenu();
 163     fileMenu.setText(MessageManager.getString("action.file"));
 164     JMenu saveMenu = new JMenu();
 165     saveMenu.setText(MessageManager.getString("action.save_as"));
 166     JMenuItem eps = new JMenuItem("EPS");
 167     eps.addActionListener(new ActionListener()
 168     {
 169       @Override
 170       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 171       {
 172         makePCAImage(TYPE.EPS);
 173       }
 174     });
 175     JMenuItem png = new JMenuItem("PNG");
 176     png.addActionListener(new ActionListener()
 177     {
 178       @Override
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180       {
 181         makePCAImage(TYPE.PNG);
 182       }
 183     });
 184     JMenuItem outputValues = new JMenuItem();
 185     outputValues.setText(MessageManager.getString("label.output_values"));
 186     outputValues.addActionListener(new ActionListener()
 187     {
 188       @Override
 189       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 190       {
 191         outputValues_actionPerformed();
 192       }
 193     });
 194     JMenuItem outputPoints = new JMenuItem();
 195     outputPoints.setText(MessageManager.getString("label.output_points"));
 196     outputPoints.addActionListener(new ActionListener()
 197     {
 198       @Override
 199       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 200       {
 201         outputPoints_actionPerformed();
 202       }
 203     });
 204     JMenuItem outputProjPoints = new JMenuItem();
 205     outputProjPoints.setText(
 206             MessageManager.getString("label.output_transformed_points"));
 207     outputProjPoints.addActionListener(new ActionListener()
 208     {
 209       @Override
 210       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 211       {
 212         outputProjPoints_actionPerformed();
 213       }
 214     });
 215     JMenuItem print = new JMenuItem();
 216     print.setText(MessageManager.getString("action.print"));
 217     print.addActionListener(new ActionListener()
 218     {
 219       @Override
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         print_actionPerformed();
 223       }
 224     });
 225     JMenuItem outputAlignment = new JMenuItem();
 226     outputAlignment.setText(
 227       MessageManager.getString("label.output_alignment"));
 228     outputAlignment.addActionListener(new ActionListener()
 229     {
 230       @Override
 231       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 232       {
 233         outputAlignment_actionPerformed();
 234       }
 235     });
 236     viewMenu.setText(MessageManager.getString("action.view"));
 237     viewMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 238     {
 239       @Override
 240       public void menuSelected(MenuEvent e)
 241       {
 242         viewMenu_menuSelected();
 243       }
 244
 245       @Override
 246       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 247       {
 248       }
 249
 250       @Override
 251       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 252       {
 253       }
 254     });
 255     showLabels.setText(MessageManager.getString("label.show_labels"));
 256     showLabels.addActionListener(new ActionListener()
 257     {
 258       @Override
 259       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 260       {
 261         showLabels_actionPerformed();
 262       }
 263     });
 264     JMenuItem bgcolour = new JMenuItem();
 265     bgcolour.setText(MessageManager.getString("action.background_colour"));
 266     bgcolour.addActionListener(new ActionListener()
 267     {
 268       @Override
 269       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 270       {
 271         bgcolour_actionPerformed();
 272       }
 273     });
 274     originalSeqData = new JMenuItem();
 275     originalSeqData.setText(MessageManager.getString("label.input_data"));
 276     originalSeqData.addActionListener(new ActionListener()
 277     {
 278       @Override
 279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 280       {
 281         originalSeqData_actionPerformed();
 282       }
 283     });
 284     associateViewsMenu.setText(
 285             MessageManager.getString("label.associate_nodes_with"));
 286
 287     statusPanel.setLayout(new GridLayout());
 288     statusBar.setFont(VERDANA_12);
 289     // statusPanel.setBackground(Color.lightGray);
 290     // statusBar.setBackground(Color.lightGray);
 291     // statusPanel.add(statusBar, null);
 292     JPanel panelBar = new JPanel(new BorderLayout());
 293     panelBar.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 294     panelBar.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 295     this.getContentPane().add(panelBar, BorderLayout.SOUTH);
 296     jPanel2.add(jLabel1, null);
 297     jPanel2.add(xCombobox, null);
 298     jPanel2.add(jLabel2, null);
 299     jPanel2.add(yCombobox, null);
 300     jPanel2.add(jLabel3, null);
 301     jPanel2.add(zCombobox, null);
 302     jPanel2.add(resetButton, null);
 303
 304     JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
 305     jMenuBar1.add(fileMenu);
 306     jMenuBar1.add(viewMenu);
 307     setJMenuBar(jMenuBar1);
 308     fileMenu.add(saveMenu);
 309     fileMenu.add(outputValues);
 310     fileMenu.add(print);
 311     fileMenu.add(originalSeqData);
 312     fileMenu.add(outputPoints);
 313     fileMenu.add(outputProjPoints);
 314     fileMenu.add(outputAlignment);
 315     saveMenu.add(eps);
 316     saveMenu.add(png);
 317     viewMenu.add(showLabels);
 318     viewMenu.add(bgcolour);
 319     viewMenu.add(associateViewsMenu);
 320   }
 321
 322   protected void resetButton_actionPerformed()
 323   {
 324   }
 325
 326   protected void outputPoints_actionPerformed()
 327   {
 328   }
 329
 330   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 331   {
 332   }
 333
 334   protected void outputAlignment_actionPerformed()
 335   {
 336   }
 337
 338   public void makePCAImage(TYPE imageType)
 339   {
 340   }
 341
 342   protected void outputValues_actionPerformed()
 343   {
 344   }
 345
 346   protected void print_actionPerformed()
 347   {
 348   }
 349
 350   protected void showLabels_actionPerformed()
 351   {
 352   }
 353
 354   protected void bgcolour_actionPerformed()
 355   {
 356   }
 357
 358   protected void originalSeqData_actionPerformed()
 359   {
 360   }
 361
 362   protected void viewMenu_menuSelected()
 363   {
 364   }
 365
 366   protected void doDimensionChange()
 367   {
 368   }
 369 }