src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.jbgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25
  26 public class GPCAPanel extends JInternalFrame
  27 {
  28   JPanel jPanel2 = new JPanel();
  29
  30   JLabel jLabel1 = new JLabel();
  31
  32   JLabel jLabel2 = new JLabel();
  33
  34   JLabel jLabel3 = new JLabel();
  35
  36   protected JComboBox xCombobox = new JComboBox();
  37
  38   protected JComboBox yCombobox = new JComboBox();
  39
  40   protected JComboBox zCombobox = new JComboBox();
  41
  42   protected JButton resetButton = new JButton();
  43
  44   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
  45
  46   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  47
  48   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
  49
  50   JMenu fileMenu = new JMenu();
  51
  52   JMenu saveMenu = new JMenu();
  53
  54   JMenuItem eps = new JMenuItem();
  55
  56   JMenuItem png = new JMenuItem();
  57
  58   JMenuItem print = new JMenuItem();
  59
  60   JMenuItem outputValues = new JMenuItem();
  61
  62   JMenuItem outputPoints = new JMenuItem();
  63
  64   JMenuItem outputProjPoints = new JMenuItem();
  65
  66   protected JMenu viewMenu = new JMenu();
  67
  68   protected JCheckBoxMenuItem showLabels = new JCheckBoxMenuItem();
  69
  70   JMenuItem bgcolour = new JMenuItem();
  71
  72   JMenuItem originalSeqData = new JMenuItem();
  73
  74   protected JMenu associateViewsMenu = new JMenu();
  75
  76   protected JMenu calcSettings=new JMenu();
  77   protected JCheckBoxMenuItem nuclSetting=new JCheckBoxMenuItem();
  78   protected JCheckBoxMenuItem protSetting=new JCheckBoxMenuItem();
  79   protected JCheckBoxMenuItem jvVersionSetting=new JCheckBoxMenuItem();
  80
  81   protected JLabel statusBar = new JLabel();
  82   protected GridLayout statusPanelLayout = new GridLayout();
  83   protected JPanel statusPanel=new JPanel();
  84   public GPCAPanel()
  85   {
  86     try
  87     {
  88       jbInit();
  89     } catch (Exception e)
  90     {
  91       e.printStackTrace();
  92     }
  93
  94     for (int i = 1; i < 8; i++)
  95     {
  96       xCombobox.addItem("dim " + i);
  97       yCombobox.addItem("dim " + i);
  98       zCombobox.addItem("dim " + i);
  99     }
 100
 101     setJMenuBar(jMenuBar1);
 102   }
 103
 104   private void jbInit() throws Exception
 105   {
 106     this.getContentPane().setLayout(borderLayout1);
 107     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 108     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 109     jLabel1.setText("x=");
 110     jLabel2.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 111     jLabel2.setText("y=");
 112     jLabel3.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 113     jLabel3.setText("z=");
 114     jPanel2.setBackground(Color.white);
 115     jPanel2.setBorder(null);
 116     zCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 117     zCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 118     {
 119       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 120       {
 121         zCombobox_actionPerformed(e);
 122       }
 123     });
 124     yCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 125     yCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 126     {
 127       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128       {
 129         yCombobox_actionPerformed(e);
 130       }
 131     });
 132     xCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 133     xCombobox.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 134     {
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 136       {
 137         xCombobox_actionPerformed(e);
 138       }
 139     });
 140     resetButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana",0,12));
 141     resetButton.setText("Reset");
 142     resetButton.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 143     {
 144       @Override
 145       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146       {
 147         resetButton_actionPerformed(e);
 148       }
 149     });
 150     fileMenu.setText("File");
 151     saveMenu.setText("Save as");
 152     eps.setText("EPS");
 153     eps.addActionListener(new ActionListener()
 154     {
 155       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 156       {
 157         eps_actionPerformed(e);
 158       }
 159     });
 160     png.setText("PNG");
 161     png.addActionListener(new ActionListener()
 162     {
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 164       {
 165         png_actionPerformed(e);
 166       }
 167     });
 168     outputValues.setText("Output Values...");
 169     outputValues.addActionListener(new ActionListener()
 170     {
 171       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 172       {
 173         outputValues_actionPerformed(e);
 174       }
 175     });
 176     outputPoints.setText("Output points...");
 177     outputPoints.addActionListener(new ActionListener()
 178     {
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180       {
 181         outputPoints_actionPerformed(e);
 182       }
 183     });
 184     outputProjPoints.setText("Output transformed points...");
 185     outputProjPoints.addActionListener(new ActionListener()
 186     {
 187       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 188       {
 189         outputProjPoints_actionPerformed(e);
 190       }
 191     });
 192     print.addActionListener(new ActionListener()
 193     {
 194       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195       {
 196         print_actionPerformed(e);
 197       }
 198     });
 199     viewMenu.setText("View");
 200     viewMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 201     {
 202       public void menuSelected(MenuEvent e)
 203       {
 204         viewMenu_menuSelected();
 205       }
 206
 207       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 208       {
 209       }
 210
 211       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 212       {
 213       }
 214     });
 215     showLabels.setText("Show Labels");
 216     showLabels.addActionListener(new ActionListener()
 217     {
 218       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 219       {
 220         showLabels_actionPerformed(e);
 221       }
 222     });
 223     print.setText("Print");
 224     bgcolour.setText("Background Colour...");
 225     bgcolour.addActionListener(new ActionListener()
 226     {
 227       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 228       {
 229         bgcolour_actionPerformed(e);
 230       }
 231     });
 232     originalSeqData.setText("Input Data...");
 233     originalSeqData.addActionListener(new ActionListener()
 234     {
 235       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 236       {
 237         originalSeqData_actionPerformed(e);
 238       }
 239     });
 240     associateViewsMenu.setText("Associate Nodes With");
 241     calcSettings.setText("Change Parameters");
 242     nuclSetting.setText("Nucleotide matrix");
 243     protSetting.setText("Protein matrix");
 244     nuclSetting.addActionListener(new ActionListener()
 245     {
 246
 247       @Override
 248       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 249       {
 250         nuclSetting_actionPerfomed(arg0);
 251       }
 252     });
 253     protSetting.addActionListener(new ActionListener()
 254     {
 255
 256       @Override
 257       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 258       {
 259         protSetting_actionPerfomed(arg0);
 260       }
 261     });
 262     jvVersionSetting.setText("Jalview PCA Calculation");
 263     jvVersionSetting.addActionListener(new ActionListener()
 264     {
 265       @Override
 266       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 267       {
 268         jvVersionSetting_actionPerfomed(arg0);
 269       }
 270     });
 271     calcSettings.add(jvVersionSetting);
 272     calcSettings.add(nuclSetting);
 273     calcSettings.add(protSetting);
 274     statusPanel.setLayout(statusPanelLayout);
 275     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana",0,12));
 276     //statusPanel.setBackground(Color.lightGray);
 277     //statusBar.setBackground(Color.lightGray);
 278     //statusPanel.add(statusBar, null);
 279     JPanel panelBar = new JPanel(new BorderLayout());
 280     panelBar.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 281     panelBar.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 282     this.getContentPane().add(panelBar, BorderLayout.SOUTH);
 283     jPanel2.add(jLabel1, null);
 284     jPanel2.add(xCombobox, null);
 285     jPanel2.add(jLabel2, null);
 286     jPanel2.add(yCombobox, null);
 287     jPanel2.add(jLabel3, null);
 288     jPanel2.add(zCombobox, null);
 289     jPanel2.add(resetButton, null);
 290     jMenuBar1.add(fileMenu);
 291     jMenuBar1.add(viewMenu);
 292     jMenuBar1.add(calcSettings);
 293     fileMenu.add(saveMenu);
 294     fileMenu.add(outputValues);
 295     fileMenu.add(print);
 296     fileMenu.add(originalSeqData);
 297     fileMenu.add(outputPoints);
 298     fileMenu.add(outputProjPoints);
 299     saveMenu.add(eps);
 300     saveMenu.add(png);
 301     viewMenu.add(showLabels);
 302     viewMenu.add(bgcolour);
 303     viewMenu.add(associateViewsMenu);
 304   }
 305
 306   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 307   {
 308     // TODO Auto-generated method stub
 309
 310   }
 311
 312   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 313   {
 314     // TODO Auto-generated method stub
 315
 316   }
 317
 318   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 319   {
 320     // TODO Auto-generated method stub
 321
 322   }
 323
 324   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 325   {
 326     // TODO Auto-generated method stub
 327
 328   }
 329
 330   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 331   {
 332     // TODO Auto-generated method stub
 333
 334   }
 335
 336   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 337   {
 338   }
 339
 340   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 341   {
 342   }
 343
 344   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 345   {
 346   }
 347
 348   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 349   {
 350
 351   }
 352
 353   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 354   {
 355
 356   }
 357
 358   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 359   {
 360
 361   }
 362
 363   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 364   {
 365
 366   }
 367
 368   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 369   {
 370
 371   }
 372
 373   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 374   {
 375
 376   }
 377
 378   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 379   {
 380
 381   }
 382
 383   public void viewMenu_menuSelected()
 384   {
 385
 386   }
 387
 388   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 389   {
 390     // TODO Auto-generated method stub
 391
 392   }
 393 }