src/jalview/jbgui/GPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.0.b2)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.jbgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.border.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.Rectangle;
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class GPreferences extends JPanel
  35 {
  36   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
  37
  38   JButton ok = new JButton();
  39
  40   JButton cancel = new JButton();
  41
  42   JPanel okCancelPanel = new JPanel();
  43
  44   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  45
  46   protected JCheckBox quality = new JCheckBox();
  47
  48   JPanel visualTab = new JPanel();
  49
  50   protected JCheckBox fullScreen = new JCheckBox();
  51
  52   protected JCheckBox conservation = new JCheckBox();
  53
  54   protected JCheckBox identity = new JCheckBox();
  55
  56   protected JCheckBox annotations = new JCheckBox();
  57
  58   JLabel gapLabel = new JLabel();
  59
  60   protected JComboBox colour = new JComboBox();
  61
  62   JLabel colourLabel = new JLabel();
  63
  64   JLabel fontLabel = new JLabel();
  65
  66   protected JComboBox fontSizeCB = new JComboBox();
  67
  68   protected JComboBox fontStyleCB = new JComboBox();
  69
  70   protected JComboBox fontNameCB = new JComboBox();
  71
  72   protected JComboBox gapSymbolCB = new JComboBox();
  73
  74   protected JCheckBox startupCheckbox = new JCheckBox();
  75
  76   protected JTextField startupFileTextfield = new JTextField();
  77
  78   JPanel connectTab = new JPanel();
  79
  80   JLabel serverLabel = new JLabel();
  81
  82   protected JList linkURLList = new JList();
  83
  84   protected JTextField proxyServerTB = new JTextField();
  85
  86   protected JTextField proxyPortTB = new JTextField();
  87
  88   JLabel portLabel = new JLabel();
  89
  90   JLabel browserLabel = new JLabel();
  91
  92   protected JTextField defaultBrowser = new JTextField();
  93
  94   JButton newLink = new JButton();
  95
  96   JButton editLink = new JButton();
  97
  98   JButton deleteLink = new JButton();
  99
 100   JScrollPane linkScrollPane = new JScrollPane();
 101
 102   JPanel linkPanel = new JPanel();
 103
 104   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 105
 106   JPanel editLinkButtons = new JPanel();
 107
 108   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 109
 110   protected JList linkNameList = new JList();
 111
 112   JPanel linkPanel2 = new JPanel();
 113
 114   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 115
 116   protected JCheckBox useProxy = new JCheckBox();
 117
 118   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 119
 120   TitledBorder titledBorder1 = new TitledBorder("Proxy Server");
 121
 122   TitledBorder titledBorder2 = new TitledBorder("File Output");
 123
 124   GridBagLayout gridBagLayout2 = new GridBagLayout();
 125
 126   GridBagLayout gridBagLayout1 = new GridBagLayout();
 127
 128   GridBagLayout gridBagLayout3 = new GridBagLayout();
 129
 130   protected JComboBox sortby = new JComboBox();
 131
 132   JLabel sortLabel = new JLabel();
 133
 134   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 135
 136   GridLayout gridLayout2 = new GridLayout();
 137
 138   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 139
 140   JPanel exportTab = new JPanel();
 141
 142   JLabel epsLabel = new JLabel();
 143
 144   protected JComboBox epsRendering = new JComboBox();
 145
 146   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 147
 148   protected JCheckBox blcjv = new JCheckBox();
 149
 150   protected JCheckBox pileupjv = new JCheckBox();
 151
 152   protected JCheckBox clustaljv = new JCheckBox();
 153
 154   protected JCheckBox msfjv = new JCheckBox();
 155
 156   protected JCheckBox fastajv = new JCheckBox();
 157
 158   protected JCheckBox pfamjv = new JCheckBox();
 159
 160   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 161
 162   protected JCheckBox pirjv = new JCheckBox();
 163
 164   JPanel jPanel11 = new JPanel();
 165
 166   Font verdana11 = new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11);
 167
 168   protected JCheckBox seqLimit = new JCheckBox();
 169
 170   GridLayout gridLayout3 = new GridLayout();
 171
 172   protected JCheckBox smoothFont = new JCheckBox();
 173
 174   JPanel calcTab = new JPanel();
 175
 176   protected JCheckBox autoCalculateConsCheck = new JCheckBox();
 177
 178   protected JCheckBox padGaps = new JCheckBox();
 179
 180   protected JCheckBox modellerOutput = new JCheckBox();
 181
 182   protected JPanel dasPanel = new JPanel();
 183
 184   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 185
 186   protected JCheckBox wrap = new JCheckBox();
 187
 188   protected JCheckBox rightAlign = new JCheckBox();
 189
 190   protected JCheckBox idItalics = new JCheckBox();
 191
 192   protected JCheckBox openoverv = new JCheckBox();
 193   protected JCheckBox usagestats = new JCheckBox();
 194   protected JCheckBox questionnaire = new JCheckBox();
 195   protected JCheckBox versioncheck = new JCheckBox();
 196
 197   /**
 198    * Creates a new GPreferences object.
 199    */
 200   public GPreferences()
 201   {
 202     try
 203     {
 204       jbInit();
 205     } catch (Exception ex)
 206     {
 207       ex.printStackTrace();
 208     }
 209   }
 210
 211   /**
 212    * DOCUMENT ME!
 213    *
 214    * @throws Exception
 215    *                 DOCUMENT ME!
 216    */
 217   private void jbInit() throws Exception
 218   {
 219     this.setLayout(borderLayout1);
 220     ok.setText("OK");
 221     ok.addActionListener(new ActionListener()
 222     {
 223       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 224       {
 225         ok_actionPerformed(e);
 226       }
 227     });
 228     cancel.setText("Cancel");
 229     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 230     {
 231       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 232       {
 233         cancel_actionPerformed(e);
 234       }
 235     });
 236     quality.setEnabled(false);
 237     quality.setFont(verdana11);
 238     quality.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 239     quality.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 240     quality.setSelected(true);
 241     quality.setText("Quality");
 242     visualTab.setBorder(new TitledBorder("Open new alignment"));
 243     visualTab.setLayout(null);
 244     fullScreen.setFont(verdana11);
 245     fullScreen.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 246     fullScreen.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 247     fullScreen.setText("Maximise Window");
 248     conservation.setEnabled(false);
 249     conservation.setFont(verdana11);
 250     conservation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 251     conservation.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 252     conservation.setSelected(true);
 253     conservation.setText("Conservation");
 254     identity.setEnabled(false);
 255     identity.setFont(verdana11);
 256     identity.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 257     identity.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 258     identity.setSelected(true);
 259     identity.setText("Consensus");
 260     annotations.setFont(verdana11);
 261     annotations.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 262     annotations.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 263     annotations.setSelected(true);
 264     annotations.setText("Show Annotations");
 265     annotations.addActionListener(new ActionListener()
 266     {
 267       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 268       {
 269         annotations_actionPerformed(e);
 270       }
 271     });
 272     gapLabel.setFont(verdana11);
 273     gapLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 274     gapLabel.setText("Gap Symbol ");
 275     colour.setFont(verdana11);
 276     colour.setBounds(new Rectangle(172, 225, 155, 21));
 277     colourLabel.setFont(verdana11);
 278     colourLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 279     colourLabel.setText("Colour ");
 280     fontLabel.setFont(verdana11);
 281     fontLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 282     fontLabel.setText("Font ");
 283     fontSizeCB.setFont(verdana11);
 284     fontSizeCB.setBounds(new Rectangle(319, 111, 49, 21));
 285     fontStyleCB.setFont(verdana11);
 286     fontStyleCB.setBounds(new Rectangle(367, 111, 70, 21));
 287     fontNameCB.setFont(verdana11);
 288     fontNameCB.setBounds(new Rectangle(172, 111, 147, 21));
 289     gapSymbolCB.setFont(verdana11);
 290     gapSymbolCB.setBounds(new Rectangle(172, 204, 69, 21));
 291     startupCheckbox.setText("Open file");
 292     startupCheckbox.setFont(verdana11);
 293     startupCheckbox.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 294     startupCheckbox.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 295     startupCheckbox.setSelected(true);
 296     startupFileTextfield.setFont(verdana11);
 297     startupFileTextfield.setBounds(new Rectangle(172, 273, 270, 20));
 298     startupFileTextfield.addMouseListener(new MouseAdapter()
 299     {
 300       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 301       {
 302         if (e.getClickCount() > 1)
 303         {
 304           startupFileTextfield_mouseClicked();
 305         }
 306       }
 307     });
 308
 309     connectTab.setLayout(gridBagLayout3);
 310     serverLabel.setText("Address");
 311     serverLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 312     serverLabel.setFont(verdana11);
 313     proxyServerTB.setFont(verdana11);
 314     proxyPortTB.setFont(verdana11);
 315     portLabel.setFont(verdana11);
 316     portLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 317     portLabel.setText("Port");
 318     browserLabel.setFont(new java.awt.Font("SansSerif", 0, 11));
 319     browserLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 320     browserLabel.setText("Default Browser (Unix)");
 321     defaultBrowser.setFont(verdana11);
 322     defaultBrowser.setText("");
 323     usagestats.setText("Send usage statistics");
 324     usagestats.setFont(verdana11);
 325     usagestats.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 326     usagestats.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 327     questionnaire.setText("Check for questionnaires");
 328     questionnaire.setFont(verdana11);
 329     questionnaire.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 330     questionnaire.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 331     versioncheck.setText("Check for latest version");
 332     versioncheck.setFont(verdana11);
 333     versioncheck.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 334     versioncheck.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 335     newLink.setText("New");
 336     newLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 337     {
 338       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 339       {
 340         newLink_actionPerformed(e);
 341       }
 342     });
 343     editLink.setText("Edit");
 344     editLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 345     {
 346       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 347       {
 348         editLink_actionPerformed(e);
 349       }
 350     });
 351     deleteLink.setText("Delete");
 352     deleteLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 353     {
 354       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 355       {
 356         deleteLink_actionPerformed(e);
 357       }
 358     });
 359
 360     linkURLList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 361     {
 362       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 363       {
 364         int index = linkURLList.getSelectedIndex();
 365         linkNameList.setSelectedIndex(index);
 366       }
 367     });
 368
 369     linkNameList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 370     {
 371       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 372       {
 373         int index = linkNameList.getSelectedIndex();
 374         linkURLList.setSelectedIndex(index);
 375       }
 376     });
 377
 378     linkScrollPane.setBorder(null);
 379     linkPanel.setBorder(new TitledBorder("URL link from Sequence ID"));
 380     linkPanel.setLayout(borderLayout2);
 381     editLinkButtons.setLayout(gridLayout1);
 382     gridLayout1.setRows(3);
 383     linkNameList.setFont(verdana11);
 384     linkNameList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 385     linkPanel2.setLayout(borderLayout3);
 386     linkURLList.setFont(verdana11);
 387     linkURLList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 388
 389     defaultBrowser.addMouseListener(new MouseAdapter()
 390     {
 391       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 392       {
 393         if (e.getClickCount() > 1)
 394         {
 395           defaultBrowser_mouseClicked(e);
 396         }
 397       }
 398     });
 399     useProxy.setFont(verdana11);
 400     useProxy.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 401     useProxy.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 402     useProxy.setText("Use a proxy server");
 403     useProxy.addActionListener(new ActionListener()
 404     {
 405       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 406       {
 407         useProxy_actionPerformed();
 408       }
 409     });
 410     jPanel1.setBorder(titledBorder1);
 411     jPanel1.setLayout(gridBagLayout1);
 412     sortby.setFont(verdana11);
 413     sortby.setBounds(new Rectangle(172, 249, 155, 21));
 414     sortLabel.setFont(verdana11);
 415     sortLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 416     sortLabel.setText("Sort by ");
 417     jPanel2.setBounds(new Rectangle(7, 17, 158, 278));
 418     jPanel2.setLayout(gridLayout2);
 419     gridLayout2.setRows(12);
 420     jPanel3.setBounds(new Rectangle(173, 35, 274, 26));
 421     exportTab.setLayout(null);
 422     epsLabel.setFont(verdana11);
 423     epsLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 424     epsLabel.setText("EPS Rendering Style");
 425     epsLabel.setBounds(new Rectangle(9, 31, 140, 24));
 426     epsRendering.setFont(verdana11);
 427     epsRendering.setBounds(new Rectangle(154, 34, 187, 21));
 428     jLabel1.setFont(verdana11);
 429     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 430     jLabel1.setText("Append /start-end (/15-380)");
 431     jLabel1.setFont(verdana11);
 432     fastajv.setFont(verdana11);
 433     fastajv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 434     clustaljv.setText("Clustal     ");
 435     blcjv.setText("BLC     ");
 436     fastajv.setText("Fasta     ");
 437     msfjv.setText("MSF     ");
 438     pfamjv.setText("PFAM     ");
 439     pileupjv.setText("Pileup     ");
 440     msfjv.setFont(verdana11);
 441     msfjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 442     pirjv.setText("PIR     ");
 443     jPanel11.setFont(verdana11);
 444     jPanel11.setBorder(titledBorder2);
 445     jPanel11.setBounds(new Rectangle(30, 72, 196, 182));
 446     jPanel11.setLayout(gridLayout3);
 447     blcjv.setFont(verdana11);
 448     blcjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 449     clustaljv.setFont(verdana11);
 450     clustaljv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 451     pfamjv.setFont(verdana11);
 452     pfamjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 453     pileupjv.setFont(verdana11);
 454     pileupjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 455     pirjv.setFont(verdana11);
 456     pirjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 457     seqLimit.setFont(verdana11);
 458     seqLimit.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 459     seqLimit.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 460     seqLimit.setText("Full Sequence Id");
 461     gridLayout3.setRows(8);
 462     smoothFont.setFont(verdana11);
 463     smoothFont.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 464     smoothFont.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 465     smoothFont.setText("Smooth Font");
 466     calcTab.setLayout(null);
 467     autoCalculateConsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN,
 468             11));
 469     autoCalculateConsCheck.setText("AutoCalculate Consensus");
 470     autoCalculateConsCheck.setBounds(new Rectangle(21, 52, 209, 23));
 471     padGaps.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 472     padGaps.setText("Pad gaps when editing");
 473     padGaps.setBounds(new Rectangle(22, 94, 168, 23));
 474     modellerOutput.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 475     modellerOutput.setText("Use Modeller Output");
 476     modellerOutput.setBounds(new Rectangle(228, 226, 168, 23));
 477     dasPanel.setLayout(borderLayout4);
 478     wrap.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 479     wrap.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 480     wrap.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 481     wrap.setText("Wrap Alignment");
 482     rightAlign.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 483     rightAlign.setForeground(Color.black);
 484     rightAlign.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 485     rightAlign.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 486     rightAlign.setText("Right Align Ids");
 487     idItalics.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 488     idItalics.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 489     idItalics.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 490     idItalics.setText("Sequence Name Italics");
 491     openoverv.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 492     openoverv.setActionCommand("Open Overview");
 493     openoverv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 494     openoverv.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 495     openoverv.setText("Open Overview Window");
 496     openoverv.setBounds(new Rectangle(169, 17, 200, 23));
 497     jPanel2.add(fullScreen);
 498     jPanel2.add(annotations);
 499     jPanel2.add(seqLimit);
 500     jPanel2.add(rightAlign);
 501     jPanel2.add(fontLabel);
 502     jPanel2.add(idItalics);
 503     jPanel2.add(smoothFont);
 504     jPanel2.add(wrap);
 505     jPanel2.add(gapLabel);
 506     jPanel2.add(colourLabel);
 507     jPanel2.add(sortLabel);
 508     jPanel2.add(startupCheckbox);
 509     visualTab.add(openoverv);
 510     visualTab.add(startupFileTextfield);
 511     visualTab.add(sortby);
 512     visualTab.add(colour);
 513     visualTab.add(gapSymbolCB);
 514     visualTab.add(jPanel3);
 515     visualTab.add(fontNameCB);
 516     visualTab.add(fontSizeCB);
 517     visualTab.add(fontStyleCB);
 518     jPanel3.add(conservation);
 519     jPanel3.add(identity);
 520     jPanel3.add(quality);
 521     visualTab.add(jPanel2);
 522     linkPanel.add(editLinkButtons, BorderLayout.EAST);
 523     editLinkButtons.add(newLink, null);
 524     editLinkButtons.add(editLink, null);
 525     editLinkButtons.add(deleteLink, null);
 526     linkPanel.add(linkScrollPane, BorderLayout.CENTER);
 527     linkScrollPane.getViewport().add(linkPanel2, null);
 528     linkPanel2.add(linkURLList, BorderLayout.CENTER);
 529     linkPanel2.add(linkNameList, BorderLayout.WEST);
 530     okCancelPanel.add(ok);
 531     okCancelPanel.add(cancel);
 532     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 533
 534     this.add(okCancelPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 535     jPanel1.add(serverLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 536             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 537                     2, 4, 0), 5, 0));
 538     jPanel1.add(portLabel, new GridBagConstraints(2, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 539             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 540                     0, 4, 0), 11, 6));
 541     connectTab.add(linkPanel, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 1.0, 1.0,
 542             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 543                     16, 0, 0, 12), 359, -17));
 544     connectTab.add(jPanel1, new GridBagConstraints(0, 2, 2, 1, 1.0, 1.0,
 545             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 546                     21, 0, 35, 12), 4, 6));
 547     connectTab.add(browserLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0,
 548             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE,
 549             new Insets(16, 0, 0, 0), 5, 1));
 550     jPanel1.add(proxyPortTB, new GridBagConstraints(3, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 551             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 552             new Insets(0, 2, 4, 2), 54, 1));
 553     jPanel1.add(proxyServerTB, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 554             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 555             new Insets(0, 2, 4, 0), 263, 1));
 556     connectTab.add(defaultBrowser, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0,
 557             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 558             new Insets(15, 0, 0, 15), 307, 1));
 559     connectTab.add(usagestats, new GridBagConstraints(0, 4, 1, 1, 1.0,
 560             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 561             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 562     connectTab.add(questionnaire, new GridBagConstraints(1, 4, 1, 1, 1.0,
 563             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 564             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 565     connectTab.add(versioncheck, new GridBagConstraints(0, 5, 1, 1, 1.0,
 566             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 567             new Insets(0, 2, 4,2), 70, 1));
 568
 569     jPanel1.add(useProxy, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 0.0, 0.0,
 570             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 571                     2, 5, 185), 2, -4));
 572     DefaultListCellRenderer dlcr = new DefaultListCellRenderer();
 573     dlcr.setHorizontalAlignment(DefaultListCellRenderer.CENTER);
 574     gapSymbolCB.setRenderer(dlcr);
 575
 576     tabbedPane.add(visualTab, "Visual");
 577     tabbedPane.add(connectTab, "Connections");
 578     tabbedPane.add(exportTab, "Output");
 579     jPanel11.add(jLabel1);
 580     jPanel11.add(blcjv);
 581     jPanel11.add(clustaljv);
 582     jPanel11.add(fastajv);
 583     jPanel11.add(msfjv);
 584     jPanel11.add(pfamjv);
 585     jPanel11.add(pileupjv);
 586     jPanel11.add(pirjv);
 587     exportTab.add(modellerOutput);
 588     tabbedPane.add(calcTab, "Editing");
 589     calcTab.add(autoCalculateConsCheck);
 590     calcTab.add(padGaps);
 591     tabbedPane.add(dasPanel, "DAS Settings");
 592
 593     exportTab.add(epsLabel);
 594     exportTab.add(epsRendering);
 595     exportTab.add(jPanel11);
 596   }
 597
 598   /**
 599    * DOCUMENT ME!
 600    *
 601    * @param e
 602    *                DOCUMENT ME!
 603    */
 604   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 605   {
 606   }
 607
 608   /**
 609    * DOCUMENT ME!
 610    *
 611    * @param e
 612    *                DOCUMENT ME!
 613    */
 614   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 615   {
 616   }
 617
 618   /**
 619    * DOCUMENT ME!
 620    *
 621    * @param e
 622    *                DOCUMENT ME!
 623    */
 624   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 625   {
 626   }
 627
 628   /**
 629    * DOCUMENT ME!
 630    */
 631   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 632   {
 633   }
 634
 635   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 636   {
 637
 638   }
 639
 640   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 641   {
 642
 643   }
 644
 645   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 646   {
 647
 648   }
 649
 650   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
 651   {
 652
 653   }
 654
 655   public void linkURLList_keyTyped(KeyEvent e)
 656   {
 657
 658   }
 659
 660   public void useProxy_actionPerformed()
 661   {
 662     proxyServerTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 663     proxyPortTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 664   }
 665
 666 }