src/jalview/jbgui/GPreferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.jbgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.border.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27 import java.awt.Rectangle;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class GPreferences extends JPanel
  36 {
  37   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
  38
  39   JButton ok = new JButton();
  40
  41   JButton cancel = new JButton();
  42
  43   JPanel okCancelPanel = new JPanel();
  44
  45   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  46
  47   protected JCheckBox quality = new JCheckBox();
  48
  49   JPanel visualTab = new JPanel();
  50
  51   protected JCheckBox fullScreen = new JCheckBox();
  52
  53   protected JCheckBox conservation = new JCheckBox();
  54
  55   protected JCheckBox identity = new JCheckBox();
  56
  57   protected JCheckBox annotations = new JCheckBox();
  58
  59   JLabel gapLabel = new JLabel();
  60
  61   protected JComboBox colour = new JComboBox();
  62
  63   JLabel colourLabel = new JLabel();
  64
  65   JLabel fontLabel = new JLabel();
  66
  67   protected JComboBox fontSizeCB = new JComboBox();
  68
  69   protected JComboBox fontStyleCB = new JComboBox();
  70
  71   protected JComboBox fontNameCB = new JComboBox();
  72
  73   protected JComboBox gapSymbolCB = new JComboBox();
  74
  75   protected JCheckBox startupCheckbox = new JCheckBox();
  76
  77   protected JTextField startupFileTextfield = new JTextField();
  78
  79   JPanel connectTab = new JPanel();
  80
  81   JLabel serverLabel = new JLabel();
  82
  83   protected JList linkURLList = new JList();
  84
  85   protected JTextField proxyServerTB = new JTextField();
  86
  87   protected JTextField proxyPortTB = new JTextField();
  88
  89   JLabel portLabel = new JLabel();
  90
  91   JLabel browserLabel = new JLabel();
  92
  93   protected JTextField defaultBrowser = new JTextField();
  94
  95   JButton newLink = new JButton();
  96
  97   JButton editLink = new JButton();
  98
  99   JButton deleteLink = new JButton();
 100
 101   JScrollPane linkScrollPane = new JScrollPane();
 102
 103   JPanel linkPanel = new JPanel();
 104
 105   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 106
 107   JPanel editLinkButtons = new JPanel();
 108
 109   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 110
 111   protected JList linkNameList = new JList();
 112
 113   JPanel linkPanel2 = new JPanel();
 114
 115   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 116
 117   protected JCheckBox useProxy = new JCheckBox();
 118
 119   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 120
 121   TitledBorder titledBorder1 = new TitledBorder("Proxy Server");
 122
 123   TitledBorder titledBorder2 = new TitledBorder("File Output");
 124
 125   GridBagLayout gridBagLayout2 = new GridBagLayout();
 126
 127   GridBagLayout gridBagLayout1 = new GridBagLayout();
 128
 129   GridBagLayout gridBagLayout3 = new GridBagLayout();
 130
 131   protected JComboBox sortby = new JComboBox();
 132
 133   JLabel sortLabel = new JLabel();
 134
 135   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 136
 137   GridLayout gridLayout2 = new GridLayout();
 138
 139   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 140
 141   JPanel exportTab = new JPanel();
 142
 143   JLabel epsLabel = new JLabel();
 144
 145   protected JComboBox epsRendering = new JComboBox();
 146
 147   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 148
 149   protected JCheckBox blcjv = new JCheckBox();
 150
 151   protected JCheckBox pileupjv = new JCheckBox();
 152
 153   protected JCheckBox clustaljv = new JCheckBox();
 154
 155   protected JCheckBox msfjv = new JCheckBox();
 156
 157   protected JCheckBox fastajv = new JCheckBox();
 158
 159   protected JCheckBox pfamjv = new JCheckBox();
 160
 161   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 162
 163   protected JCheckBox pirjv = new JCheckBox();
 164
 165   JPanel jPanel11 = new JPanel();
 166
 167   Font verdana11 = new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11);
 168
 169   protected JCheckBox seqLimit = new JCheckBox();
 170
 171   GridLayout gridLayout3 = new GridLayout();
 172
 173   protected JCheckBox smoothFont = new JCheckBox();
 174
 175   JPanel calcTab = new JPanel();
 176
 177   protected JCheckBox autoCalculateConsCheck = new JCheckBox();
 178
 179   protected JCheckBox padGaps = new JCheckBox();
 180
 181   protected JCheckBox modellerOutput = new JCheckBox();
 182
 183   protected JPanel dasPanel = new JPanel();
 184
 185   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 186
 187   protected JCheckBox wrap = new JCheckBox();
 188
 189   protected JCheckBox rightAlign = new JCheckBox();
 190
 191   protected JCheckBox showUnconserved = new JCheckBox();
 192
 193   protected JCheckBox idItalics = new JCheckBox();
 194
 195   protected JCheckBox openoverv = new JCheckBox();
 196
 197   /**
 198    * Creates a new GPreferences object.
 199    */
 200   public GPreferences()
 201   {
 202     try
 203     {
 204       jbInit();
 205     } catch (Exception ex)
 206     {
 207       ex.printStackTrace();
 208     }
 209   }
 210
 211   /**
 212    * DOCUMENT ME!
 213    *
 214    * @throws Exception
 215    *                 DOCUMENT ME!
 216    */
 217   private void jbInit() throws Exception
 218   {
 219     this.setLayout(borderLayout1);
 220     ok.setText("OK");
 221     ok.addActionListener(new ActionListener()
 222     {
 223       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 224       {
 225         ok_actionPerformed(e);
 226       }
 227     });
 228     cancel.setText("Cancel");
 229     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 230     {
 231       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 232       {
 233         cancel_actionPerformed(e);
 234       }
 235     });
 236     quality.setEnabled(false);
 237     quality.setFont(verdana11);
 238     quality.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 239     quality.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 240     quality.setSelected(true);
 241     quality.setText("Quality");
 242     visualTab.setBorder(new TitledBorder("Open new alignment"));
 243     visualTab.setLayout(null);
 244     fullScreen.setFont(verdana11);
 245     fullScreen.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 246     fullScreen.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 247     fullScreen.setText("Maximise Window");
 248     conservation.setEnabled(false);
 249     conservation.setFont(verdana11);
 250     conservation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 251     conservation.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 252     conservation.setSelected(true);
 253     conservation.setText("Conservation");
 254     identity.setEnabled(false);
 255     identity.setFont(verdana11);
 256     identity.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 257     identity.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 258     identity.setSelected(true);
 259     identity.setText("Consensus");
 260     annotations.setFont(verdana11);
 261     annotations.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 262     annotations.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 263     annotations.setSelected(true);
 264     annotations.setText("Show Annotations");
 265     annotations.addActionListener(new ActionListener()
 266     {
 267       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 268       {
 269         annotations_actionPerformed(e);
 270       }
 271     });
 272     showUnconserved.setFont(verdana11);
 273     showUnconserved.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 274     showUnconserved.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 275     //showUnconserved.setBounds(new Rectangle(169, 40, 200, 23));
 276     showUnconserved.setSelected(true);
 277     showUnconserved.setText("Show Unconserved");
 278     showUnconserved.addActionListener(new ActionListener()
 279     {
 280       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 281       {
 282         showunconserved_actionPerformed(e);
 283       }
 284     });
 285
 286     gapLabel.setFont(verdana11);
 287     gapLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 288     gapLabel.setText("Gap Symbol ");
 289     colour.setFont(verdana11);
 290     colour.setBounds(new Rectangle(172, 225, 155, 21));
 291     colourLabel.setFont(verdana11);
 292     colourLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 293     colourLabel.setText("Colour ");
 294     fontLabel.setFont(verdana11);
 295     fontLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 296     fontLabel.setText("Font ");
 297     fontSizeCB.setFont(verdana11);
 298     fontSizeCB.setBounds(new Rectangle(319, 101, 49, 21));
 299     fontStyleCB.setFont(verdana11);
 300     fontStyleCB.setBounds(new Rectangle(367, 101, 70, 21));
 301     fontNameCB.setFont(verdana11);
 302     fontNameCB.setBounds(new Rectangle(172, 101, 147, 21));
 303     gapSymbolCB.setFont(verdana11);
 304     gapSymbolCB.setBounds(new Rectangle(172, 204, 69, 21));
 305     startupCheckbox.setText("Open file");
 306     startupCheckbox.setFont(verdana11);
 307     startupCheckbox.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 308     startupCheckbox.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 309     startupCheckbox.setSelected(true);
 310     startupFileTextfield.setFont(verdana11);
 311     startupFileTextfield.setBounds(new Rectangle(172, 273, 270, 20));
 312     startupFileTextfield.addMouseListener(new MouseAdapter()
 313     {
 314       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 315       {
 316         if (e.getClickCount() > 1)
 317         {
 318           startupFileTextfield_mouseClicked();
 319         }
 320       }
 321     });
 322
 323     connectTab.setLayout(gridBagLayout3);
 324     serverLabel.setText("Address");
 325     serverLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 326     serverLabel.setFont(verdana11);
 327     proxyServerTB.setFont(verdana11);
 328     proxyPortTB.setFont(verdana11);
 329     portLabel.setFont(verdana11);
 330     portLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 331     portLabel.setText("Port");
 332     browserLabel.setFont(new java.awt.Font("SansSerif", 0, 11));
 333     browserLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 334     browserLabel.setText("Default Browser (Unix)");
 335     defaultBrowser.setFont(verdana11);
 336     defaultBrowser.setText("");
 337     newLink.setText("New");
 338     newLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 339     {
 340       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 341       {
 342         newLink_actionPerformed(e);
 343       }
 344     });
 345     editLink.setText("Edit");
 346     editLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 347     {
 348       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 349       {
 350         editLink_actionPerformed(e);
 351       }
 352     });
 353     deleteLink.setText("Delete");
 354     deleteLink.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 355     {
 356       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 357       {
 358         deleteLink_actionPerformed(e);
 359       }
 360     });
 361
 362     linkURLList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 363     {
 364       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 365       {
 366         int index = linkURLList.getSelectedIndex();
 367         linkNameList.setSelectedIndex(index);
 368       }
 369     });
 370
 371     linkNameList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 372     {
 373       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
 374       {
 375         int index = linkNameList.getSelectedIndex();
 376         linkURLList.setSelectedIndex(index);
 377       }
 378     });
 379
 380     linkScrollPane.setBorder(null);
 381     linkPanel.setBorder(new TitledBorder("URL link from Sequence ID"));
 382     linkPanel.setLayout(borderLayout2);
 383     editLinkButtons.setLayout(gridLayout1);
 384     gridLayout1.setRows(3);
 385     linkNameList.setFont(verdana11);
 386     linkNameList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 387     linkPanel2.setLayout(borderLayout3);
 388     linkURLList.setFont(verdana11);
 389     linkURLList.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 390
 391     defaultBrowser.addMouseListener(new MouseAdapter()
 392     {
 393       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 394       {
 395         if (e.getClickCount() > 1)
 396         {
 397           defaultBrowser_mouseClicked(e);
 398         }
 399       }
 400     });
 401     useProxy.setFont(verdana11);
 402     useProxy.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 403     useProxy.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 404     useProxy.setText("Use a proxy server");
 405     useProxy.addActionListener(new ActionListener()
 406     {
 407       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 408       {
 409         useProxy_actionPerformed();
 410       }
 411     });
 412     jPanel1.setBorder(titledBorder1);
 413     jPanel1.setLayout(gridBagLayout1);
 414     sortby.setFont(verdana11);
 415     sortby.setBounds(new Rectangle(172, 249, 155, 21));
 416     sortLabel.setFont(verdana11);
 417     sortLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 418     sortLabel.setText("Sort by ");
 419     jPanel2.setBounds(new Rectangle(7, 17, 158, 278));
 420     jPanel2.setLayout(gridLayout2);
 421     gridLayout2.setRows(13);
 422     jPanel3.setBounds(new Rectangle(173, 35, 274, 26));
 423     exportTab.setLayout(null);
 424     epsLabel.setFont(verdana11);
 425     epsLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 426     epsLabel.setText("EPS Rendering Style");
 427     epsLabel.setBounds(new Rectangle(9, 31, 140, 24));
 428     epsRendering.setFont(verdana11);
 429     epsRendering.setBounds(new Rectangle(154, 34, 187, 21));
 430     jLabel1.setFont(verdana11);
 431     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 432     jLabel1.setText("Append /start-end (/15-380)");
 433     jLabel1.setFont(verdana11);
 434     fastajv.setFont(verdana11);
 435     fastajv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 436     clustaljv.setText("Clustal     ");
 437     blcjv.setText("BLC     ");
 438     fastajv.setText("Fasta     ");
 439     msfjv.setText("MSF     ");
 440     pfamjv.setText("PFAM     ");
 441     pileupjv.setText("Pileup     ");
 442     msfjv.setFont(verdana11);
 443     msfjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 444     pirjv.setText("PIR     ");
 445     jPanel11.setFont(verdana11);
 446     jPanel11.setBorder(titledBorder2);
 447     jPanel11.setBounds(new Rectangle(30, 72, 196, 182));
 448     jPanel11.setLayout(gridLayout3);
 449     blcjv.setFont(verdana11);
 450     blcjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 451     clustaljv.setFont(verdana11);
 452     clustaljv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 453     pfamjv.setFont(verdana11);
 454     pfamjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 455     pileupjv.setFont(verdana11);
 456     pileupjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 457     pirjv.setFont(verdana11);
 458     pirjv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 459     seqLimit.setFont(verdana11);
 460     seqLimit.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 461     seqLimit.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 462     seqLimit.setText("Full Sequence Id");
 463     gridLayout3.setRows(8);
 464     smoothFont.setFont(verdana11);
 465     smoothFont.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 466     smoothFont.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 467     smoothFont.setText("Smooth Font");
 468     calcTab.setLayout(null);
 469     autoCalculateConsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN,
 470             11));
 471     autoCalculateConsCheck.setText("AutoCalculate Consensus");
 472     autoCalculateConsCheck.setBounds(new Rectangle(21, 52, 209, 23));
 473     padGaps.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 474     padGaps.setText("Pad gaps when editing");
 475     padGaps.setBounds(new Rectangle(22, 94, 168, 23));
 476     modellerOutput.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 477     modellerOutput.setText("Use Modeller Output");
 478     modellerOutput.setBounds(new Rectangle(228, 226, 168, 23));
 479     dasPanel.setLayout(borderLayout4);
 480     wrap.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 481     wrap.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);
 482     wrap.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 483     wrap.setText("Wrap Alignment");
 484     rightAlign.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 485     rightAlign.setForeground(Color.black);
 486     rightAlign.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 487     rightAlign.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEFT);
 488     rightAlign.setText("Right Align Ids");
 489     idItalics.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 490     idItalics.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 491     idItalics.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 492     idItalics.setText("Sequence Name Italics");
 493     openoverv.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 494     openoverv.setActionCommand("Open Overview");
 495     openoverv.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 496     openoverv.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);
 497     openoverv.setText("Open Overview Window");
 498     openoverv.setBounds(new Rectangle(169, 17, 200, 23));
 499     jPanel2.add(fullScreen);
 500     jPanel2.add(annotations);
 501     jPanel2.add(seqLimit);
 502     jPanel2.add(rightAlign);
 503     jPanel2.add(fontLabel);
 504     jPanel2.add(showUnconserved);
 505     jPanel2.add(idItalics);
 506     jPanel2.add(smoothFont);
 507     jPanel2.add(wrap);
 508     jPanel2.add(gapLabel);
 509     jPanel2.add(colourLabel);
 510     jPanel2.add(sortLabel);
 511     jPanel2.add(startupCheckbox);
 512     visualTab.add(openoverv);
 513     visualTab.add(startupFileTextfield);
 514     visualTab.add(sortby);
 515     visualTab.add(colour);
 516     visualTab.add(gapSymbolCB);
 517     visualTab.add(jPanel3);
 518     visualTab.add(fontNameCB);
 519     visualTab.add(fontSizeCB);
 520     visualTab.add(fontStyleCB);
 521     jPanel3.add(conservation);
 522     jPanel3.add(identity);
 523     jPanel3.add(quality);
 524     visualTab.add(jPanel2);
 525
 526     linkPanel.add(editLinkButtons, BorderLayout.EAST);
 527     editLinkButtons.add(newLink, null);
 528     editLinkButtons.add(editLink, null);
 529     editLinkButtons.add(deleteLink, null);
 530     linkPanel.add(linkScrollPane, BorderLayout.CENTER);
 531     linkScrollPane.getViewport().add(linkPanel2, null);
 532     linkPanel2.add(linkURLList, BorderLayout.CENTER);
 533     linkPanel2.add(linkNameList, BorderLayout.WEST);
 534     okCancelPanel.add(ok);
 535     okCancelPanel.add(cancel);
 536     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 537
 538     this.add(okCancelPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 539     jPanel1.add(serverLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 540             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 541                     2, 4, 0), 5, 0));
 542     jPanel1.add(portLabel, new GridBagConstraints(2, 1, 1, 1, 0.0, 0.0,
 543             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 544                     0, 4, 0), 11, 6));
 545     connectTab.add(linkPanel, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 1.0, 1.0,
 546             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 547                     16, 0, 0, 12), 359, -17));
 548     connectTab.add(jPanel1, new GridBagConstraints(0, 2, 2, 1, 1.0, 1.0,
 549             GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(
 550                     21, 0, 35, 12), 4, 6));
 551     connectTab.add(browserLabel, new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 0.0,
 552             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE,
 553             new Insets(16, 0, 0, 0), 5, 1));
 554     jPanel1.add(proxyPortTB, new GridBagConstraints(3, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 555             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 556             new Insets(0, 2, 4, 2), 54, 1));
 557     jPanel1.add(proxyServerTB, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0, 0.0,
 558             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 559             new Insets(0, 2, 4, 0), 263, 1));
 560     connectTab.add(defaultBrowser, new GridBagConstraints(1, 1, 1, 1, 1.0,
 561             0.0, GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.HORIZONTAL,
 562             new Insets(15, 0, 0, 15), 307, 1));
 563
 564     jPanel1.add(useProxy, new GridBagConstraints(0, 0, 2, 1, 0.0, 0.0,
 565             GridBagConstraints.WEST, GridBagConstraints.NONE, new Insets(0,
 566                     2, 5, 185), 2, -4));
 567     DefaultListCellRenderer dlcr = new DefaultListCellRenderer();
 568     dlcr.setHorizontalAlignment(DefaultListCellRenderer.CENTER);
 569     gapSymbolCB.setRenderer(dlcr);
 570
 571     tabbedPane.add(visualTab, "Visual");
 572     tabbedPane.add(connectTab, "Connections");
 573     tabbedPane.add(exportTab, "Output");
 574     jPanel11.add(jLabel1);
 575     jPanel11.add(blcjv);
 576     jPanel11.add(clustaljv);
 577     jPanel11.add(fastajv);
 578     jPanel11.add(msfjv);
 579     jPanel11.add(pfamjv);
 580     jPanel11.add(pileupjv);
 581     jPanel11.add(pirjv);
 582     exportTab.add(modellerOutput);
 583     tabbedPane.add(calcTab, "Editing");
 584     calcTab.add(autoCalculateConsCheck);
 585     calcTab.add(padGaps);
 586     tabbedPane.add(dasPanel, "DAS Settings");
 587
 588     exportTab.add(epsLabel);
 589     exportTab.add(epsRendering);
 590     exportTab.add(jPanel11);
 591   }
 592
 593   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
 594   {
 595     // TODO Auto-generated method stub
 596
 597   }
 598
 599   /**
 600    * DOCUMENT ME!
 601    *
 602    * @param e
 603    *                DOCUMENT ME!
 604    */
 605   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 606   {
 607   }
 608
 609   /**
 610    * DOCUMENT ME!
 611    *
 612    * @param e
 613    *                DOCUMENT ME!
 614    */
 615   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 616   {
 617   }
 618
 619   /**
 620    * DOCUMENT ME!
 621    *
 622    * @param e
 623    *                DOCUMENT ME!
 624    */
 625   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 626   {
 627   }
 628
 629   /**
 630    * DOCUMENT ME!
 631    */
 632   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 633   {
 634   }
 635
 636   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 637   {
 638
 639   }
 640
 641   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 642   {
 643
 644   }
 645
 646   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
 647   {
 648
 649   }
 650
 651   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
 652   {
 653
 654   }
 655
 656   public void linkURLList_keyTyped(KeyEvent e)
 657   {
 658
 659   }
 660
 661   public void useProxy_actionPerformed()
 662   {
 663     proxyServerTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 664     proxyPortTB.setEnabled(useProxy.isSelected());
 665   }
 666
 667 }