src/jalview/jbgui/GStructureChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.jbgui;
  23
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  26 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences;
  27 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences.PreferenceSource;
  28 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  29 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.CardLayout;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.FlowLayout;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ItemEvent;
  41 import java.awt.event.ItemListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.awt.event.MouseAdapter;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.HashMap;
  48 import java.util.Map;
  49
  50 import javax.swing.ImageIcon;
  51 import javax.swing.JButton;
  52 import javax.swing.JCheckBox;
  53 import javax.swing.JComboBox;
  54 import javax.swing.JFrame;
  55 import javax.swing.JInternalFrame;
  56 import javax.swing.JLabel;
  57 import javax.swing.JPanel;
  58 import javax.swing.JScrollPane;
  59 import javax.swing.JTabbedPane;
  60 import javax.swing.JTable;
  61 import javax.swing.JTextField;
  62 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  63 import javax.swing.event.ChangeListener;
  64 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  65 import javax.swing.event.DocumentListener;
  66 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  67 import javax.swing.table.TableColumn;
  68
  69 @SuppressWarnings("serial")
  70 /**
  71  * GUI layout for structure chooser
  72  * @author tcnofoegbu
  73  *
  74  */
  75 public abstract class GStructureChooser extends JPanel implements
  76         ItemListener
  77 {
  78   protected JPanel statusPanel = new JPanel();
  79
  80   public JLabel statusBar = new JLabel();
  81
  82   private JPanel pnl_actionsAndStatus = new JPanel(new BorderLayout());
  83
  84   protected String frameTitle = MessageManager
  85           .getString("label.structure_chooser");
  86
  87   protected JInternalFrame mainFrame = new JInternalFrame(frameTitle);
  88
  89   protected JComboBox<FilterOption> cmb_filterOption = new JComboBox<FilterOption>();
  90
  91   protected AlignmentPanel ap;
  92
  93   protected StringBuilder errorWarning = new StringBuilder();
  94
  95   protected JLabel lbl_result = new JLabel(
  96           MessageManager.getString("label.select"));
  97
  98   protected JButton btn_view = new JButton();
  99
 100   protected JButton btn_cancel = new JButton();
 101
 102   protected JButton btn_pdbFromFile = new JButton();
 103
 104   protected JTextField txt_search = new JTextField(14);
 105
 106   private JPanel pnl_actions = new JPanel();
 107
 108   private JPanel pnl_main = new JPanel();
 109
 110   private JPanel pnl_idInput = new JPanel(new FlowLayout());
 111
 112   private JPanel pnl_fileChooser = new JPanel(new FlowLayout());
 113
 114   private JPanel pnl_idInputBL = new JPanel(new BorderLayout());
 115
 116   private JPanel pnl_fileChooserBL = new JPanel(new BorderLayout());
 117
 118   private JPanel pnl_locPDB = new JPanel(new BorderLayout());
 119
 120   protected JPanel pnl_switchableViews = new JPanel(new CardLayout());
 121
 122   protected CardLayout layout_switchableViews = (CardLayout) (pnl_switchableViews
 123           .getLayout());
 124
 125   private BorderLayout mainLayout = new BorderLayout();
 126
 127   protected JCheckBox chk_rememberSettings = new JCheckBox(
 128           MessageManager.getString("label.dont_ask_me_again"));
 129
 130   protected JCheckBox chk_invertFilter = new JCheckBox(
 131           MessageManager.getString("label.invert"));
 132
 133   protected ImageIcon loadingImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 134           "/images/loading.gif"));
 135
 136   protected ImageIcon goodImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 137           "/images/good.png"));
 138
 139   protected ImageIcon errorImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 140           "/images/error.png"));
 141
 142   protected ImageIcon warningImage = new ImageIcon(getClass().getResource(
 143           "/images/warning.gif"));
 144
 145   protected JLabel lbl_warning = new JLabel(warningImage);
 146
 147   protected JLabel lbl_loading = new JLabel(loadingImage);
 148
 149   protected JLabel lbl_pdbManualFetchStatus = new JLabel(errorImage);
 150
 151   protected JLabel lbl_fromFileStatus = new JLabel(errorImage);
 152
 153   protected AssciateSeqPanel idInputAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 154
 155   protected AssciateSeqPanel fileChooserAssSeqPanel = new AssciateSeqPanel();
 156
 157   protected static final String VIEWS_FILTER = "VIEWS_FILTER";
 158
 159   protected static final String VIEWS_FROM_FILE = "VIEWS_FROM_FILE";
 160
 161   protected static final String VIEWS_ENTER_ID = "VIEWS_ENTER_ID";
 162
 163   protected static final String VIEWS_LOCAL_PDB = "VIEWS_LOCAL_PDB";
 164
 165   protected JTable tbl_local_pdb = new JTable();
 166
 167   protected JScrollPane scrl_localPDB = new JScrollPane(tbl_local_pdb);
 168
 169   protected JTabbedPane pnl_filter = new JTabbedPane();
 170
 171   protected FTSDataColumnPreferences pdbDocFieldPrefs = new FTSDataColumnPreferences(
 172           PreferenceSource.STRUCTURE_CHOOSER,
 173           PDBFTSRestClient.getInstance());
 174
 175   protected FTSDataColumnI[] previousWantedFields;
 176
 177   protected static Map<String, Integer> tempUserPrefs = new HashMap<String, Integer>();
 178
 179   private JTable tbl_summary = new JTable()
 180   {
 181     private boolean inLayout;
 182
 183     @Override
 184     public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 185     {
 186       return hasExcessWidth();
 187
 188     }
 189
 190     @Override
 191     public void doLayout()
 192     {
 193       if (hasExcessWidth())
 194       {
 195         autoResizeMode = AUTO_RESIZE_SUBSEQUENT_COLUMNS;
 196       }
 197       inLayout = true;
 198       super.doLayout();
 199       inLayout = false;
 200       autoResizeMode = AUTO_RESIZE_OFF;
 201     }
 202
 203     protected boolean hasExcessWidth()
 204     {
 205       return getPreferredSize().width < getParent().getWidth();
 206     }
 207
 208     @Override
 209     public void columnMarginChanged(ChangeEvent e)
 210     {
 211       if (isEditing())
 212       {
 213         removeEditor();
 214       }
 215       TableColumn resizingColumn = getTableHeader().getResizingColumn();
 216       // Need to do this here, before the parent's
 217       // layout manager calls getPreferredSize().
 218       if (resizingColumn != null && autoResizeMode == AUTO_RESIZE_OFF
 219               && !inLayout)
 220       {
 221         resizingColumn.setPreferredWidth(resizingColumn.getWidth());
 222         String colHeader = resizingColumn.getHeaderValue().toString();
 223         tempUserPrefs.put(colHeader, resizingColumn.getWidth());
 224       }
 225       resizeAndRepaint();
 226     }
 227
 228     @Override
 229     public String getToolTipText(MouseEvent evt)
 230     {
 231       String toolTipText = null;
 232       java.awt.Point pnt = evt.getPoint();
 233       int rowIndex = rowAtPoint(pnt);
 234       int colIndex = columnAtPoint(pnt);
 235
 236       try
 237       {
 238         if (getValueAt(rowIndex, colIndex) == null)
 239         {
 240           return null;
 241         }
 242         toolTipText = getValueAt(rowIndex, colIndex).toString();
 243       } catch (Exception e)
 244       {
 245         // e.printStackTrace();
 246       }
 247       toolTipText = (toolTipText == null ? null
 248               : (toolTipText.length() > 500 ? JvSwingUtils.wrapTooltip(
 249                       true, "\"" + toolTipText.subSequence(0, 500)
 250                               + "...\"") : JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 251                       toolTipText)));
 252       return toolTipText;
 253     }
 254   };
 255
 256   protected JScrollPane scrl_foundStructures = new JScrollPane(tbl_summary);
 257
 258   public GStructureChooser()
 259   {
 260     try
 261     {
 262       jbInit();
 263       mainFrame.setVisible(false);
 264       mainFrame.invalidate();
 265       mainFrame.pack();
 266     } catch (Exception e)
 267     {
 268       e.printStackTrace();
 269     }
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Initializes the GUI default properties
 274    *
 275    * @throws Exception
 276    */
 277   private void jbInit() throws Exception
 278   {
 279     Integer width = tempUserPrefs.get("structureChooser.width") == null ? 800
 280             : tempUserPrefs.get("structureChooser.width");
 281     Integer height = tempUserPrefs.get("structureChooser.height") == null ? 400
 282             : tempUserPrefs.get("structureChooser.height");
 283     tbl_summary.setAutoCreateRowSorter(true);
 284     tbl_summary.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 285     tbl_summary.addMouseListener(new MouseAdapter()
 286     {
 287       @Override
 288       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 289       {
 290         validateSelections();
 291       }
 292
 293       @Override
 294       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 295       {
 296         validateSelections();
 297       }
 298     });
 299     tbl_summary.addKeyListener(new KeyAdapter()
 300     {
 301       @Override
 302       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 303       {
 304         validateSelections();
 305         switch (evt.getKeyCode())
 306         {
 307         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 308           mainFrame.dispose();
 309           break;
 310         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 311           if (btn_view.isEnabled())
 312           {
 313             ok_ActionPerformed();
 314           }
 315           break;
 316         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 317           if (evt.isShiftDown())
 318           {
 319             pnl_filter.requestFocus();
 320           }
 321           else
 322           {
 323             btn_view.requestFocus();
 324           }
 325           evt.consume();
 326           break;
 327         default:
 328           return;
 329         }
 330       }
 331     });
 332     tbl_local_pdb.setAutoCreateRowSorter(true);
 333     tbl_local_pdb.getTableHeader().setReorderingAllowed(false);
 334     tbl_local_pdb.addMouseListener(new MouseAdapter()
 335     {
 336       @Override
 337       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 338       {
 339         validateSelections();
 340       }
 341
 342       @Override
 343       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 344       {
 345         validateSelections();
 346       }
 347     });
 348     tbl_local_pdb.addKeyListener(new KeyAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 352       {
 353         validateSelections();
 354         switch (evt.getKeyCode())
 355         {
 356         case KeyEvent.VK_ESCAPE: // escape key
 357           mainFrame.dispose();
 358           break;
 359         case KeyEvent.VK_ENTER: // enter key
 360           if (btn_view.isEnabled())
 361           {
 362             ok_ActionPerformed();
 363           }
 364           break;
 365         case KeyEvent.VK_TAB: // tab key
 366           if (evt.isShiftDown())
 367           {
 368             cmb_filterOption.requestFocus();
 369           }
 370           else
 371           {
 372             if (btn_view.isEnabled())
 373             {
 374               btn_view.requestFocus();
 375             }
 376             else
 377             {
 378               btn_cancel.requestFocus();
 379             }
 380           }
 381           evt.consume();
 382           break;
 383         default:
 384           return;
 385         }
 386       }
 387     });
 388     btn_view.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 389     btn_view.setText(MessageManager.getString("action.view"));
 390     btn_view.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 391     {
 392       @Override
 393       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 394       {
 395         ok_ActionPerformed();
 396       }
 397     });
 398     btn_view.addKeyListener(new KeyAdapter()
 399     {
 400       @Override
 401       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 402       {
 403         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 404         {
 405           ok_ActionPerformed();
 406         }
 407       }
 408     });
 409
 410     btn_cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 411     btn_cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
 412     btn_cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 413     {
 414       @Override
 415       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 416       {
 417         closeAction(pnl_filter.getHeight());
 418       }
 419     });
 420     btn_cancel.addKeyListener(new KeyAdapter()
 421     {
 422       @Override
 423       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 424       {
 425         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 426         {
 427           closeAction(pnl_filter.getHeight());
 428         }
 429       }
 430     });
 431
 432     btn_pdbFromFile.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 433     String btn_title = MessageManager.getString("label.select_pdb_file");
 434     btn_pdbFromFile.setText(btn_title + "              ");
 435     btn_pdbFromFile.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 436     {
 437       @Override
 438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 439       {
 440         pdbFromFile_actionPerformed();
 441       }
 442     });
 443     btn_pdbFromFile.addKeyListener(new KeyAdapter()
 444     {
 445       @Override
 446       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 447       {
 448         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 449         {
 450           pdbFromFile_actionPerformed();
 451         }
 452       }
 453     });
 454
 455     scrl_foundStructures.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 456
 457     scrl_localPDB.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 458     scrl_localPDB
 459             .setHorizontalScrollBarPolicy(JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_NEVER);
 460
 461     cmb_filterOption.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 462     chk_invertFilter.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 463     chk_rememberSettings.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 464     chk_rememberSettings.setVisible(false);
 465     txt_search.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 466             MessageManager.getString("label.enter_pdb_id")));
 467     cmb_filterOption.setToolTipText(MessageManager
 468             .getString("info.select_filter_option"));
 469     txt_search.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 470     {
 471       @Override
 472       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 473       {
 474         txt_search_ActionPerformed();
 475       }
 476
 477       @Override
 478       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 479       {
 480         txt_search_ActionPerformed();
 481       }
 482
 483       @Override
 484       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 485       {
 486         txt_search_ActionPerformed();
 487       }
 488     });
 489
 490     cmb_filterOption.addItemListener(this);
 491     chk_invertFilter.addItemListener(this);
 492
 493     pnl_actions.add(chk_rememberSettings);
 494     pnl_actions.add(btn_view);
 495     pnl_actions.add(btn_cancel);
 496
 497     // pnl_filter.add(lbl_result);
 498     pnl_main.add(cmb_filterOption);
 499     pnl_main.add(lbl_loading);
 500     pnl_main.add(chk_invertFilter);
 501     lbl_loading.setVisible(false);
 502
 503     pnl_fileChooser.add(btn_pdbFromFile);
 504     pnl_fileChooser.add(lbl_fromFileStatus);
 505     pnl_fileChooserBL.add(fileChooserAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 506     pnl_fileChooserBL.add(pnl_fileChooser, BorderLayout.CENTER);
 507
 508     pnl_idInput.add(txt_search);
 509     pnl_idInput.add(lbl_pdbManualFetchStatus);
 510     pnl_idInputBL.add(idInputAssSeqPanel, BorderLayout.NORTH);
 511     pnl_idInputBL.add(pnl_idInput, BorderLayout.CENTER);
 512
 513     final String foundStructureSummary = MessageManager
 514             .getString("label.found_structures_summary");
 515     final String configureCols = MessageManager
 516             .getString("label.configure_displayed_columns");
 517     ChangeListener changeListener = new ChangeListener()
 518     {
 519       @Override
 520       public void stateChanged(ChangeEvent changeEvent)
 521       {
 522         JTabbedPane sourceTabbedPane = (JTabbedPane) changeEvent
 523                 .getSource();
 524         int index = sourceTabbedPane.getSelectedIndex();
 525         btn_view.setVisible(true);
 526         btn_cancel.setVisible(true);
 527         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index).equals(configureCols))
 528         {
 529           btn_view.setEnabled(false);
 530           btn_cancel.setEnabled(false);
 531           btn_view.setVisible(false);
 532           btn_cancel.setVisible(false);
 533           previousWantedFields = pdbDocFieldPrefs
 534                   .getStructureSummaryFields().toArray(
 535                           new FTSDataColumnI[0]);
 536         }
 537         if (sourceTabbedPane.getTitleAt(index)
 538                 .equals(foundStructureSummary))
 539         {
 540           btn_cancel.setEnabled(true);
 541           if (wantedFieldsUpdated())
 542           {
 543             tabRefresh();
 544           }
 545           else
 546           {
 547             validateSelections();
 548           }
 549         }
 550       }
 551     };
 552     pnl_filter.addChangeListener(changeListener);
 553     pnl_filter.setPreferredSize(new Dimension(width, height));
 554     pnl_filter.add(foundStructureSummary, scrl_foundStructures);
 555     pnl_filter.add(configureCols, pdbDocFieldPrefs);
 556
 557     pnl_locPDB.add(scrl_localPDB);
 558
 559     pnl_switchableViews.add(pnl_fileChooserBL, VIEWS_FROM_FILE);
 560     pnl_switchableViews.add(pnl_idInputBL, VIEWS_ENTER_ID);
 561     pnl_switchableViews.add(pnl_filter, VIEWS_FILTER);
 562     pnl_switchableViews.add(pnl_locPDB, VIEWS_LOCAL_PDB);
 563
 564     this.setLayout(mainLayout);
 565     this.add(pnl_main, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 566     this.add(pnl_switchableViews, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 567     // this.add(pnl_actions, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 568     statusPanel.setLayout(new GridLayout());
 569     pnl_actionsAndStatus.add(pnl_actions, BorderLayout.CENTER);
 570     pnl_actionsAndStatus.add(statusPanel, BorderLayout.SOUTH);
 571     statusPanel.add(statusBar, null);
 572     this.add(pnl_actionsAndStatus, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 573
 574     mainFrame
 575             .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 576             {
 577               @Override
 578               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 579               {
 580                 closeAction(pnl_filter.getHeight());
 581               }
 582             });
 583     mainFrame.setVisible(true);
 584     mainFrame.setContentPane(this);
 585     mainFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 586     Integer x = tempUserPrefs.get("structureChooser.x");
 587     Integer y = tempUserPrefs.get("structureChooser.y");
 588     if (x != null && y != null)
 589     {
 590       mainFrame.setLocation(x, y);
 591     }
 592     Desktop.addInternalFrame(mainFrame, frameTitle, width, height);
 593   }
 594
 595   protected void closeAction(int preferredHeight)
 596   {
 597     // System.out.println(">>>>>>>>>> closing internal frame!!!");
 598     // System.out.println("width : " + mainFrame.getWidth());
 599     // System.out.println("heigh : " + mainFrame.getHeight());
 600     // System.out.println("x : " + mainFrame.getX());
 601     // System.out.println("y : " + mainFrame.getY());
 602     tempUserPrefs.put("structureChooser.width", pnl_filter.getWidth());
 603     tempUserPrefs.put("structureChooser.height", preferredHeight);
 604     tempUserPrefs.put("structureChooser.x", mainFrame.getX());
 605     tempUserPrefs.put("structureChooser.y", mainFrame.getY());
 606     mainFrame.dispose();
 607   }
 608
 609   public boolean wantedFieldsUpdated()
 610   {
 611     if (previousWantedFields == null)
 612     {
 613       return true;
 614     }
 615
 616     FTSDataColumnI[] currentWantedFields = pdbDocFieldPrefs
 617             .getStructureSummaryFields().toArray(new FTSDataColumnI[0]);
 618     return Arrays.equals(currentWantedFields, previousWantedFields) ? false
 619             : true;
 620
 621   }
 622
 623   @Override
 624   /**
 625    * Event listener for the 'filter' combo-box and 'invert' check-box
 626    */
 627   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 628   {
 629     stateChanged(e);
 630   }
 631
 632   /**
 633    * This inner class provides the data model for the structure filter combo-box
 634    *
 635    * @author tcnofoegbu
 636    *
 637    */
 638   public class FilterOption
 639   {
 640     private String name;
 641
 642     private String value;
 643
 644     private String view;
 645
 646     public FilterOption(String name, String value, String view)
 647     {
 648       this.name = name;
 649       this.value = value;
 650       this.view = view;
 651     }
 652
 653     public String getName()
 654     {
 655       return name;
 656     }
 657
 658     public void setName(String name)
 659     {
 660       this.name = name;
 661     }
 662
 663     public String getValue()
 664     {
 665       return value;
 666     }
 667
 668     public void setValue(String value)
 669     {
 670       this.value = value;
 671     }
 672
 673     public String getView()
 674     {
 675       return view;
 676     }
 677
 678     public void setView(String view)
 679     {
 680       this.view = view;
 681     }
 682
 683     @Override
 684     public String toString()
 685     {
 686       return this.name;
 687     }
 688   }
 689
 690   /**
 691    * This inner class provides the provides the data model for associate
 692    * sequence combo-box - cmb_assSeq
 693    *
 694    * @author tcnofoegbu
 695    *
 696    */
 697   public class AssociateSeqOptions
 698   {
 699     private SequenceI sequence;
 700
 701     private String name;
 702
 703     public AssociateSeqOptions(SequenceI seq)
 704     {
 705       this.sequence = seq;
 706       this.name = (seq.getName().length() >= 23) ? seq.getName().substring(
 707               0, 23) : seq.getName();
 708     }
 709
 710     public AssociateSeqOptions(String name, SequenceI seq)
 711     {
 712       this.name = name;
 713       this.sequence = seq;
 714     }
 715
 716     @Override
 717     public String toString()
 718     {
 719       return name;
 720     }
 721
 722     public String getName()
 723     {
 724       return name;
 725     }
 726
 727     public void setName(String name)
 728     {
 729       this.name = name;
 730     }
 731
 732     public SequenceI getSequence()
 733     {
 734       return sequence;
 735     }
 736
 737     public void setSequence(SequenceI sequence)
 738     {
 739       this.sequence = sequence;
 740     }
 741
 742   }
 743
 744   /**
 745    * This inner class holds the Layout and configuration of the panel which
 746    * handles association of manually fetched structures to a unique sequence
 747    * when more than one sequence selection is made
 748    *
 749    * @author tcnofoegbu
 750    *
 751    */
 752   public class AssciateSeqPanel extends JPanel implements ItemListener
 753   {
 754     private JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq = new JComboBox<AssociateSeqOptions>();
 755
 756     private JLabel lbl_associateSeq = new JLabel();
 757
 758     public AssciateSeqPanel()
 759     {
 760       this.setLayout(new FlowLayout());
 761       this.add(cmb_assSeq);
 762       this.add(lbl_associateSeq);
 763       cmb_assSeq.setToolTipText(MessageManager
 764               .getString("info.associate_wit_sequence"));
 765       cmb_assSeq.addItemListener(this);
 766     }
 767
 768     public void loadCmbAssSeq()
 769     {
 770       populateCmbAssociateSeqOptions(cmb_assSeq, lbl_associateSeq);
 771     }
 772
 773     public JComboBox<AssociateSeqOptions> getCmb_assSeq()
 774     {
 775       return cmb_assSeq;
 776     }
 777
 778     public void setCmb_assSeq(JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq)
 779     {
 780       this.cmb_assSeq = cmb_assSeq;
 781     }
 782
 783     @Override
 784     public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 785     {
 786       if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
 787       {
 788         cmbAssSeqStateChanged();
 789       }
 790     }
 791   }
 792
 793   public JTable getResultTable()
 794   {
 795     return tbl_summary;
 796   }
 797
 798   public JComboBox<FilterOption> getCmbFilterOption()
 799   {
 800     return cmb_filterOption;
 801   }
 802
 803   protected abstract void stateChanged(ItemEvent e);
 804
 805   protected abstract void ok_ActionPerformed();
 806
 807   protected abstract void pdbFromFile_actionPerformed();
 808
 809   protected abstract void txt_search_ActionPerformed();
 810
 811   public abstract void populateCmbAssociateSeqOptions(
 812           JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq, JLabel lbl_associateSeq);
 813
 814   public abstract void cmbAssSeqStateChanged();
 815
 816   public abstract void tabRefresh();
 817
 818   public abstract void validateSelections();
 819 }