src/jalview/json/binding/biojson/v1/AlignmentAnnotationPojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  27
  28 public class AlignmentAnnotationPojo
  29 {
  30
  31   @Attributes(
  32     required = false,
  33     description = "Label for the Alignment Annotation")
  34   private String label;
  35
  36   @Attributes(
  37     required = false,
  38     description = "Description for the Alignment Annotation")
  39   private String description;
  40
  41   @Attributes(required = false)
  42   private List<AnnotationPojo> annotations = new ArrayList<AnnotationPojo>();
  43
  44   @Attributes(
  45     required = false,
  46     enums = { "0", "1", "2" },
  47     description = "Determines the rendered for the annotation<br><ul><li>0 - No graph</li><li>1 - Bar Graph</li><li>2 - Line graph</li></ul>")
  48   private int graphType;
  49
  50   @Attributes(
  51     required = false,
  52     description = "Reference to the sequence in the alignment<br> if per-sequence annotation")
  53   private String sequenceRef;
  54
  55   @Attributes(
  56     required = false,
  57     description = "Stores display settings for an annotation")
  58   private AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings;
  59
  60   @Attributes(required = false, description = "Score of the annotation")
  61   private double score;
  62
  63   private String calcId;
  64
  65   public String getLabel()
  66   {
  67     return label;
  68   }
  69
  70   public void setLabel(String label)
  71   {
  72     this.label = label;
  73   }
  74
  75   public String getDescription()
  76   {
  77     return description;
  78   }
  79
  80   public void setDescription(String annotationId)
  81   {
  82     this.description = annotationId;
  83   }
  84
  85   public List<AnnotationPojo> getAnnotations()
  86   {
  87     return annotations;
  88   }
  89
  90   public void setAnnotations(List<AnnotationPojo> annotations)
  91   {
  92     this.annotations = annotations;
  93   }
  94
  95   public String getSequenceRef()
  96   {
  97     return sequenceRef;
  98   }
  99
 100   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 101   {
 102     this.sequenceRef = sequenceRef;
 103   }
 104
 105   public int getGraphType()
 106   {
 107     return graphType;
 108   }
 109
 110   public void setGraphType(int graphType)
 111   {
 112     this.graphType = graphType;
 113   }
 114
 115   public AnnotationDisplaySettingPojo getAnnotationSettings()
 116   {
 117     return annotationSettings;
 118   }
 119
 120   public void setAnnotationSettings(
 121           AnnotationDisplaySettingPojo annotationSettings)
 122   {
 123     this.annotationSettings = annotationSettings;
 124   }
 125
 126   public double getScore()
 127   {
 128     return score;
 129   }
 130
 131   public void setScore(double score)
 132   {
 133     this.score = score;
 134   }
 135
 136   public String getCalcId()
 137   {
 138     return calcId;
 139   }
 140
 141   public void setCalcId(String calcId)
 142   {
 143     this.calcId = calcId;
 144   }
 145
 146 }