src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4
   5 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   6
   7 public class SequenceGrpPojo
   8 {
   9   @Attributes(
  10     required = false,
  11     description = "The <a href=\"#colourScheme\">Colour Scheme</a> applied to the Sequence Group")
  12   private String colourScheme;
  13
  14   @Attributes(required = true, description = "The name assigned to the seqGroup")
  15   private String groupName;
  16
  17   @Attributes(required = false, description = "Serial version identifier for the <b>seqGroup</b> object model")
  18   private String description;
  19
  20   @Attributes(required = false, description = "Determines if the seqGroup border should be visible or not")
  21   private boolean displayBoxes;
  22
  23   @Attributes(required = false, description = "Determines if the texts of the group is displayed or not")
  24   private boolean displayText;
  25
  26   @Attributes(required = false, description = "Determines if the residues text for the group is coloured")
  27   private boolean colourText;
  28
  29   @Attributes(required = false, description = "Boolean value indicating whether residues should only be shown <br/>that are different from current reference or consensus sequence")
  30   private boolean showNonconserved;
  31
  32   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s first residue in the alignment space")
  33   private int startRes;
  34
  35   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s last residue in the alignment space")
  36   private int endRes;
  37
  38   @Attributes(
  39     required = true,
  40     minItems = 1,
  41     uniqueItems = true,
  42     description = "An array of the unique id's for the sequences belonging to the group")
  43   private ArrayList<String> sequenceRefs = new ArrayList<String>();
  44
  45   public String getColourScheme()
  46   {
  47     return colourScheme;
  48   }
  49
  50   public void setColourScheme(String colourScheme)
  51   {
  52     this.colourScheme = colourScheme;
  53   }
  54
  55   public String getGroupName()
  56   {
  57     return groupName;
  58   }
  59
  60   public void setGroupName(String groupName)
  61   {
  62     this.groupName = groupName;
  63   }
  64
  65   public String getDescription()
  66   {
  67     return description;
  68   }
  69
  70   public void setDescription(String description)
  71   {
  72     this.description = description;
  73   }
  74
  75   public boolean isDisplayBoxes()
  76   {
  77     return displayBoxes;
  78   }
  79
  80   public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)
  81   {
  82     this.displayBoxes = displayBoxes;
  83   }
  84
  85   public boolean isDisplayText()
  86   {
  87     return displayText;
  88   }
  89
  90   public void setDisplayText(boolean displayText)
  91   {
  92     this.displayText = displayText;
  93   }
  94
  95   public boolean isColourText()
  96   {
  97     return colourText;
  98   }
  99
 100   public void setColourText(boolean colourText)
 101   {
 102     this.colourText = colourText;
 103   }
 104
 105   public boolean isShowNonconserved()
 106   {
 107     return showNonconserved;
 108   }
 109
 110   public void setShowNonconserved(boolean showNonconserved)
 111   {
 112     this.showNonconserved = showNonconserved;
 113   }
 114
 115   public int getStartRes()
 116   {
 117     return startRes;
 118   }
 119
 120   public void setStartRes(int startRes)
 121   {
 122     this.startRes = startRes;
 123   }
 124
 125   public int getEndRes()
 126   {
 127     return endRes;
 128   }
 129
 130   public void setEndRes(int endRes)
 131   {
 132     this.endRes = endRes;
 133   }
 134
 135   public ArrayList<String> getSequenceRefs()
 136   {
 137     return sequenceRefs;
 138   }
 139
 140   public void setSequenceRefs(ArrayList<String> sequenceRefs)
 141   {
 142     this.sequenceRefs = sequenceRefs;
 143   }
 144
 145
 146 }