src/jalview/json/binding/v1/AlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.v1;
   2
   3 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
   4 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
   7 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
   8 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
   9 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  10 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  11 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  12 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  13 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  14 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  15 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  16
  17 import java.util.ArrayList;
  18 import java.util.List;
  19
  20 public class AlignmentPojo
  21 {
  22   private String globalColorScheme = "none";
  23
  24   private String jalviewVersion;
  25
  26   private String webStartUrl;
  27
  28   private List<SequencePojo> seqs = new ArrayList<SequencePojo>();
  29
  30   private List<AlignmentAnnotationPojo> alignmentAnnotation = new ArrayList<AlignmentAnnotationPojo>();
  31
  32   public AlignmentPojo()
  33   {
  34
  35   }
  36
  37   public List<SequencePojo> getSeqs()
  38   {
  39     return seqs;
  40   }
  41
  42   public void setSeqs(ArrayList<SequencePojo> seqs)
  43   {
  44     this.seqs = seqs;
  45   }
  46   public String getGlobalColorScheme()
  47   {
  48     return globalColorScheme;
  49   }
  50   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  51   {
  52     for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  53             .values())
  54     {
  55       if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  56       {
  57         this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  58         break;
  59       }
  60     }
  61
  62     // JALVIEW colors not in biojs
  63     // Blosum62
  64     // T-Coffee Scores (almost same with Blosom62
  65     // RNA Interaction type - no color applied
  66     // RNA Helices - missing
  67
  68     // BIOJS Colour not in jalview
  69     // schemes.push name: "Lesk", id: "lesk"
  70     // schemes.push name: "Cinema", id: "cinema"
  71     // schemes.push name: "MAE", id: "mae"
  72     // schemes.push name: "Clustal2", id: "clustal2"
  73
  74   }
  75
  76
  77   public String getJalviewVersion()
  78   {
  79     return jalviewVersion;
  80   }
  81
  82   public void setJalviewVersion(String jalviewVersion)
  83   {
  84     this.jalviewVersion = jalviewVersion;
  85   }
  86
  87   public String getWebStartUrl()
  88   {
  89     return webStartUrl;
  90   }
  91
  92   public void setWebStartUrl(String webStartUrl)
  93   {
  94     this.webStartUrl = webStartUrl;
  95   }
  96
  97   public List<AlignmentAnnotationPojo> getAlignmentAnnotation()
  98   {
  99     return alignmentAnnotation;
 100   }
 101
 102   public void setAlignmentAnnotation(List<AlignmentAnnotationPojo> alignmentAnnotation)
 103   {
 104     this.alignmentAnnotation = alignmentAnnotation;
 105   }
 106
 107   public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
 108   {
 109     USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
 110             null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
 111             "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR(
 112             "Taylor", "taylor", new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE(
 113             "Nucleotide", "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
 114             "Purine/Pyrimidine", "purine",
 115             new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
 116             "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
 117             "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
 118             "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
 119             "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
 120             "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
 121
 122     // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
 123     T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores",
 124  null), RNA_INT_TYPE(
 125             "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
 126             new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
 127             "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
 128             "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
 129             "% Identity", "pid",
 130             new PIDColourScheme());
 131
 132     private String jalviewName;
 133     private String bioJsName;
 134
 135     private ColourSchemeI jvColourScheme;
 136
 137     private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
 138             String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
 139     {
 140       this.jalviewName = jalviewName;
 141       this.bioJsName = bioJsName;
 142       this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
 143     }
 144
 145     public String getJalviewName()
 146     {
 147       return jalviewName;
 148     }
 149
 150     public String getBioJsName()
 151     {
 152       return bioJsName;
 153     }
 154
 155     public ColourSchemeI getJvColourScheme()
 156     {
 157       return jvColourScheme;
 158     }
 159
 160     public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
 161     {
 162       this.jvColourScheme = jvColourScheme;
 163     }
 164
 165   }
 166 }