src/jalview/json/binding/v1/BioJsAlignmentPojo.java

   1 package jalview.json.binding.v1;
   2
   3 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
   4 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
   7 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
   8 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
   9 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  10 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  11 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  12 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  13 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  14 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  15 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  16
  17 import java.util.ArrayList;
  18
  19 public class BioJsAlignmentPojo
  20 {
  21   private String globalColorScheme = "none";
  22
  23   private String jalviewVersion;
  24
  25   private String webStartUrl;
  26   private ArrayList<BioJsSeqPojo> seqs = new ArrayList<BioJsSeqPojo>();
  27
  28   public BioJsAlignmentPojo()
  29   {
  30
  31   }
  32   public ArrayList<BioJsSeqPojo> getSeqs()
  33   {
  34     return seqs;
  35   }
  36
  37   public void setSeqs(ArrayList<BioJsSeqPojo> seqs)
  38   {
  39     this.seqs = seqs;
  40   }
  41   public String getGlobalColorScheme()
  42   {
  43     return globalColorScheme;
  44   }
  45   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  46   {
  47     for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  48             .values())
  49     {
  50       if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  51       {
  52         this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  53         break;
  54       }
  55     }
  56
  57     // JALVIEW colors not in biojs
  58     // Blosum62
  59     // T-Coffee Scores (almost same with Blosom62
  60     // RNA Interaction type - no color applied
  61     // RNA Helices - missing
  62
  63     // BIOJS Colour not in jalview
  64     // schemes.push name: "Lesk", id: "lesk"
  65     // schemes.push name: "Cinema", id: "cinema"
  66     // schemes.push name: "MAE", id: "mae"
  67     // schemes.push name: "Clustal2", id: "clustal2"
  68
  69   }
  70
  71
  72   public String getJalviewVersion()
  73   {
  74     return jalviewVersion;
  75   }
  76
  77   public void setJalviewVersion(String jalviewVersion)
  78   {
  79     this.jalviewVersion = jalviewVersion;
  80   }
  81
  82   public String getWebStartUrl()
  83   {
  84     return webStartUrl;
  85   }
  86
  87   public void setWebStartUrl(String webStartUrl)
  88   {
  89     this.webStartUrl = webStartUrl;
  90   }
  91
  92   public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  93   {
  94     USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  95             null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  96             "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR(
  97             "Taylor", "taylor", new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE(
  98             "Nucleotide", "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  99             "Purine/Pyrimidine", "purine",
 100             new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
 101             "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
 102             "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
 103             "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
 104             "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
 105             "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
 106
 107     // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
 108     T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores",
 109  null), RNA_INT_TYPE(
 110             "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
 111             new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
 112             "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
 113             "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
 114             "% Identity", "pid",
 115             new PIDColourScheme());
 116
 117     private String jalviewName;
 118     private String bioJsName;
 119
 120     private ColourSchemeI jvColourScheme;
 121
 122     private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
 123             String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
 124     {
 125       this.jalviewName = jalviewName;
 126       this.bioJsName = bioJsName;
 127       this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
 128     }
 129
 130     public String getJalviewName()
 131     {
 132       return jalviewName;
 133     }
 134
 135     public String getBioJsName()
 136     {
 137       return bioJsName;
 138     }
 139
 140     public ColourSchemeI getJvColourScheme()
 141     {
 142       return jvColourScheme;
 143     }
 144
 145     public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
 146     {
 147       this.jvColourScheme = jvColourScheme;
 148     }
 149
 150   }
 151 }