src/jalview/json/binding/v1/JalviewSettingsPojo.java

   1 package jalview.json.binding.v1;
   2
   3 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
   4 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
   5 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
   6 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
   7 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
   8 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
   9 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  10 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  11 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  12 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  13 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  14 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  15 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  16
  17 public class JalviewSettingsPojo
  18 {
  19   private String globalColorScheme = "none";
  20
  21   private String jalviewVersion;
  22
  23   private String webStartUrl;
  24
  25   private boolean showSeqFeatures;
  26
  27   private boolean wrapModeEnabled;
  28
  29   public JalviewSettingsPojo()
  30   {
  31
  32   }
  33
  34   public String getGlobalColorScheme()
  35   {
  36     return globalColorScheme;
  37   }
  38
  39   public void setGlobalColorScheme(String globalColorScheme)
  40   {
  41     for (JalviewBioJsColorSchemeMapper cs : JalviewBioJsColorSchemeMapper
  42             .values())
  43     {
  44       if (cs.getJalviewName().equals(globalColorScheme))
  45       {
  46         this.globalColorScheme = cs.getBioJsName();
  47         break;
  48       }
  49     }
  50   }
  51
  52   public String getJalviewVersion()
  53   {
  54     return jalviewVersion;
  55   }
  56
  57   public void setJalviewVersion(String jalviewVersion)
  58   {
  59     this.jalviewVersion = jalviewVersion;
  60   }
  61
  62   public String getWebStartUrl()
  63   {
  64     return webStartUrl;
  65   }
  66
  67   public void setWebStartUrl(String webStartUrl)
  68   {
  69     this.webStartUrl = webStartUrl;
  70   }
  71
  72   public boolean isShowSeqFeatures()
  73   {
  74     return showSeqFeatures;
  75   }
  76
  77   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
  78   {
  79     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
  80   }
  81
  82   public boolean isWrapModeEnabled()
  83   {
  84     return wrapModeEnabled;
  85   }
  86
  87   public void setWrapModeEnabled(boolean wrapModeEnabled)
  88   {
  89     this.wrapModeEnabled = wrapModeEnabled;
  90   }
  91
  92   public enum JalviewBioJsColorSchemeMapper
  93   {
  94     USER_DEFINED("User Defined", "user defined", null), NONE("None", "foo",
  95             null), CLUSTAL("Clustal", "clustal", null), ZAPPO("Zappo",
  96             "zappo", new ZappoColourScheme()), TAYLOR("Taylor", "taylor",
  97             new TaylorColourScheme()), NUCLEOTIDE("Nucleotide",
  98             "nucleotide", new NucleotideColourScheme()), PURINE_PYRIMIDINE(
  99             "Purine/Pyrimidine", "purine",
 100             new PurinePyrimidineColourScheme()), HELIX_PROPENCITY(
 101             "Helix Propensity", "helix", new HelixColourScheme()), TURN_PROPENSITY(
 102             "Turn Propensity", "turn", new TurnColourScheme()), STRAND_PROPENSITY(
 103             "Strand Propensity", "strand", new StrandColourScheme()), BURIED_INDEX(
 104             "Buried Index", "buried", new BuriedColourScheme()), HYDROPHOBIC(
 105             "Hydrophobic", "hydro", new HydrophobicColourScheme()),
 106
 107     // The color types below are not yet supported by BioJs MSA viewer
 108     T_COFFE_SCORES("T-Coffee Scores", "T-Coffee Scores", null), RNA_INT_TYPE(
 109             "RNA Interaction type", "RNA Interaction type",
 110             new RNAInteractionColourScheme()), BLOSUM62("Blosum62",
 111             "Blosum62", new Blosum62ColourScheme()), RNA_HELICES(
 112             "RNA Helices", "RNA Helices", null), PERCENTAGE_IDENTITY(
 113             "% Identity", "pid", new PIDColourScheme());
 114
 115     private String jalviewName;
 116
 117     private String bioJsName;
 118
 119     private ColourSchemeI jvColourScheme;
 120
 121     private JalviewBioJsColorSchemeMapper(String jalviewName,
 122             String bioJsName, ColourSchemeI jvColourScheme)
 123     {
 124       this.jalviewName = jalviewName;
 125       this.bioJsName = bioJsName;
 126       this.setJvColourScheme(jvColourScheme);
 127     }
 128
 129     public String getJalviewName()
 130     {
 131       return jalviewName;
 132     }
 133
 134     public String getBioJsName()
 135     {
 136       return bioJsName;
 137     }
 138
 139     public ColourSchemeI getJvColourScheme()
 140     {
 141       return jvColourScheme;
 142     }
 143
 144     public void setJvColourScheme(ColourSchemeI jvColourScheme)
 145     {
 146       this.jvColourScheme = jvColourScheme;
 147     }
 148
 149   }
 150 }