src/jalview/math/MatrixI.java

   1 package jalview.math;
   2
   3 import java.io.PrintStream;
   4
   5 public interface MatrixI
   6 {
   7   /**
   8    * Answers the number of columns
   9    *
  10    * @return
  11    */
  12   int width();
  13
  14   /**
  15    * Answers the number of rows
  16    *
  17    * @return
  18    */
  19   int height();
  20
  21   /**
  22    * Answers the value at row i, column j
  23    *
  24    * @param i
  25    * @param j
  26    * @return
  27    */
  28   double getValue(int i, int j);
  29
  30   /**
  31    * Sets the value at row i, colum j
  32    *
  33    * @param i
  34    * @param j
  35    * @param d
  36    */
  37   void setValue(int i, int j, double d);
  38
  39   /**
  40    * Answers a copy of the values in the i'th row
  41    *
  42    * @return
  43    */
  44   double[] getRow(int i);
  45
  46   MatrixI copy();
  47
  48   MatrixI transpose();
  49
  50   MatrixI preMultiply(MatrixI m);
  51
  52   MatrixI postMultiply(MatrixI m);
  53
  54   double[] getD();
  55
  56   double[] getE();
  57
  58   void print(PrintStream ps, String format);
  59
  60   void printD(PrintStream ps, String format);
  61
  62   void printE(PrintStream ps, String format);
  63
  64   void tqli() throws Exception;
  65
  66   void tred();
  67
  68   double getMaxValue();
  69
  70   /**
  71    * Update each value in the matrix by subtracting it from the given value
  72    *
  73    * @param val
  74    */
  75   void subtractAllFrom(double val);
  76 }