src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.font.LineMetrics;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[]
 190                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 191                 3);
 192         x1 += 5;
 193       }
 194       if (diffdownstream)
 195       {
 196         x2 -= 1;
 197       }
 198     }
 199     else
 200     {
 201       // display a forward arrow
 202       if (diffdownstream)
 203       {
 204         /*
 205          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 206          * display a forward arrow
 207          */
 208         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 209                 new int[]
 210                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 211                 3);
 212         x2 -= 5;
 213       }
 214       if (diffupstream)
 215       {
 216         x1 += 1;
 217       }
 218     }
 219     // draw arrow body
 220     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 221   }
 222
 223   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 224           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 225           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 226           boolean validEnd)
 227   {
 228     // System.out.println(nonCanColor);
 229
 230     g.setColor(nonCanColor);
 231     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 232     int x1 = lastSSX;
 233     int x2 = (x * charWidth);
 234
 235     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 236             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 237
 238     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 239             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 240     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 241             || row_annotations[column] == null
 242             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 243     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 244     // down:"+diffdownstream);
 245     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 246     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 247     {
 248
 249       if (diffupstream)
 250       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 251       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 252       {
 253         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 254                 new int[]
 255                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 256                 3);
 257         x1 += 5;
 258       }
 259       if (diffdownstream)
 260       {
 261         x2 -= 1;
 262       }
 263     }
 264     else
 265     {
 266
 267       // display a forward arrow
 268       if (diffdownstream)
 269       {
 270         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 271                 new int[]
 272                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 273                 3);
 274         x2 -= 5;
 275       }
 276       if (diffupstream)
 277       {
 278         x1 += 1;
 279       }
 280     }
 281     // draw arrow body
 282     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 283   }
 284
 285   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 286   // av)
 287   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 288           AlignViewportI av)
 289   {
 290     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 291     annotationPanel = annotPanel;
 292     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 293     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 294     // visible area for rendering
 295     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 296     if (bounds != null)
 297     {
 298       sOffset = bounds[0];
 299       visHeight = bounds[1];
 300       if (visHeight == 0)
 301       {
 302         useClip = false;
 303       }
 304       else
 305       {
 306         useClip = canClip;
 307       }
 308     }
 309     else
 310     {
 311       useClip = false;
 312     }
 313
 314     updateFromAlignViewport(av);
 315   }
 316
 317   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 318   {
 319     charWidth = av.getCharWidth();
 320     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 321     charHeight = av.getCharHeight();
 322     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 323     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 324     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 325     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 326     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 327     profcolour = av.getResidueShading();
 328     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 329     {
 330       /*
 331        * Use default colour for sequence logo if
 332        * the alignment has no colourscheme set
 333        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 334        */
 335       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 336               ? new NucleotideColourScheme()
 337               : new ZappoColourScheme();
 338       profcolour = new ResidueShader(col);
 339     }
 340     columnSelection = av.getColumnSelection();
 341     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 342     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 343     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 344     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 345     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 350    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 351    * depend on the profile type.
 352    *
 353    * @param aa
 354    * @param column
 355    * @return
 356    */
 357   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 358   {
 359     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 360     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 361     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 362     //
 363     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 364             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 365     {
 366       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 367       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 368               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 369       {
 370         // TODO? group consensus for cDNA complement
 371         return AAFrequency.extractProfile(
 372                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 373                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 374       }
 375       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 376       // be stored
 377       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 378       {
 379         if (forComplement)
 380         {
 381           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 382                   av_ignoreGapsConsensus);
 383         }
 384         else
 385         {
 386           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 387                   av_ignoreGapsConsensus);
 388         }
 389       }
 390     }
 391     else
 392     {
 393       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 394       {
 395         // TODO implement group structure consensus
 396         /*
 397          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 398          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 399          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 400          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 401          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 402          */
 403         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 404         // to
 405         // be stored
 406         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 407                 && hStrucConsensus != null
 408                 && hStrucConsensus.length > column)
 409         {
 410           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 411                   av_ignoreGapsConsensus);
 412         }
 413       }
 414     }
 415     return null;
 416   }
 417
 418   boolean rna = false;
 419
 420   /**
 421    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 422    *
 423    * @param annotPanel
 424    *          container frame
 425    * @param av
 426    *          data and view settings to render
 427    * @param g
 428    *          destination for graphics
 429    * @param activeRow
 430    *          row where a mouse event occured (or -1)
 431    * @param startRes
 432    *          first column that will be drawn
 433    * @param endRes
 434    *          last column that will be drawn
 435    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 436    *         currently being calculated
 437    */
 438   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 439           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 440           int endRes)
 441   {
 442     long stime = System.currentTimeMillis();
 443     boolean usedFaded = false;
 444     // NOTES:
 445     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 446     // AlignViewport
 447     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 448     fm = g.getFontMetrics();
 449     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 450     int temp = 0;
 451     if (aa == null)
 452     {
 453       return false;
 454     }
 455     int x = 0, y = 0;
 456     int column = 0;
 457     char lastSS;
 458     int lastSSX;
 459     int iconOffset = 0;
 460     boolean validRes = false;
 461     boolean validEnd = false;
 462     boolean labelAllCols = false;
 463     boolean centreColLabels;
 464     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 465     boolean scaleColLabel = false;
 466     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 467             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 468     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 469             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 470     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 471             .getComplementConsensusAnnotation();
 472     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 473             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 474
 475     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 476     int charOffset = 0; // offset for a label
 477     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 478     // column.
 479     Font ofont = g.getFont();
 480     // \u03B2 \u03B1
 481     // debug ints
 482     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 483     boolean clipst = false, clipend = false;
 484     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 485     {
 486       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 487       isRNA = row.isRNA();
 488       {
 489         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 490         // settings appropriately
 491         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 492         // data
 493         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 494         {
 495           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 496           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 497           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 498         }
 499         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 500                 || row == complementConsensusAnnot)
 501         {
 502           renderHistogram = av_renderHistogram;
 503           renderProfile = av_renderProfile;
 504           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 505         }
 506         else
 507         {
 508           renderHistogram = true;
 509           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 510           // currently used in any other annotation track renderer
 511         }
 512       }
 513       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 514       if (!row.visible)
 515       {
 516         continue;
 517       }
 518       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 519       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 520       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 521       lastSS = ' ';
 522       lastSSX = 0;
 523
 524       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 525               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 526       {// if_in_visible_region
 527         if (!clipst)
 528         {
 529           clipst = true;
 530           yfrom = y;
 531           f_i = i;
 532         }
 533         yto = y;
 534         f_to = i;
 535         if (row.graph > 0)
 536         {
 537           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 538           {
 539             continue;
 540           }
 541
 542           // this is so that we draw the characters below the graph
 543           y += row.height;
 544
 545           if (row.hasText)
 546           {
 547             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 548             y -= charHeight;
 549           }
 550         }
 551         else if (row.hasText)
 552         {
 553           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 554
 555         }
 556         else
 557         {
 558           iconOffset = 0;
 559         }
 560
 561         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 562         {
 563           y += charHeight;
 564           usedFaded = true;
 565           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 566                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 567           g.setColor(Color.black);
 568           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 569
 570           continue;
 571         }
 572
 573         /*
 574          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 575          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 576          *
 577          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 578          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 579          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 580          *
 581          * g.setColor(Color.black); //
 582          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 583          *
 584          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 585          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 586          *
 587          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 588          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 589          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 590          * g.setColor(Color.black); // /
 591          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 592          *
 593          * continue; }
 594          */
 595         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 596         // column
 597         // of startRes
 598         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 599         while (x < endRes - startRes)
 600         {
 601           if (hasHiddenColumns)
 602           {
 603             column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 604             if (column > row_annotations.length - 1)
 605             {
 606               break;
 607             }
 608           }
 609           else
 610           {
 611             column = startRes + x;
 612           }
 613
 614           if ((row_annotations == null)
 615                   || (row_annotations.length <= column)
 616                   || (row_annotations[column] == null))
 617           {
 618             validRes = false;
 619           }
 620           else
 621           {
 622             validRes = true;
 623           }
 624           final String displayChar = validRes
 625                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 626                   : null;
 627           if (x > -1)
 628           {
 629             if (activeRow == i)
 630             {
 631               g.setColor(Color.red);
 632
 633               if (columnSelection != null)
 634               {
 635                 if (columnSelection.contains(column))
 636                 {
 637                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 638                 }
 639               }
 640             }
 641             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 642             {
 643               g.setColor(Color.orange);
 644               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 645             }
 646             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 647             {
 648               g.setColor(Color.orange.darker());
 649               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 650             }
 651             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 652                     && (displayChar.length() > 0))
 653             {
 654
 655               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 656                       displayChar.length());
 657               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 658               {
 659                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 660                 // displayChar.length());
 661                 //
 662                 // if (scaleColLabel)
 663                 // {
 664                 // justify the label and scale to fit in column
 665                 if (fmWidth > charWidth)
 666                 {
 667                   // scale only if the current font isn't already small enough
 668                   fmScaling = charWidth;
 669                   fmScaling /= fmWidth;
 670                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 671                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 672                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 673                   fmWidth = charWidth;
 674                 }
 675                 // }
 676               }
 677               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 678               // else
 679               // {
 680               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 681               // }
 682               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 683
 684               if (row_annotations[column].colour == null)
 685               {
 686                 g.setColor(Color.black);
 687               }
 688               else
 689               {
 690                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 691               }
 692
 693               if (column == 0 || row.graph > 0)
 694               {
 695                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 696                         y + iconOffset);
 697               }
 698               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 699                       || !displayChar.equals(
 700                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 701                       || (displayChar.length() < 2
 702                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 703               {
 704                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 705                         y + iconOffset);
 706               }
 707               g.setFont(ofont);
 708             }
 709           }
 710           if (row.hasIcons)
 711           {
 712             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 713                     : '-';
 714
 715             if (ss == '(')
 716             {
 717               // distinguish between forward/backward base-pairing
 718               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 719               {
 720
 721                 ss = ')';
 722
 723               }
 724             }
 725             if (ss == '[')
 726             {
 727               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 728               {
 729                 ss = ']';
 730
 731               }
 732             }
 733             if (ss == '{')
 734             {
 735               // distinguish between forward/backward base-pairing
 736               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 737               {
 738                 ss = '}';
 739
 740               }
 741             }
 742             if (ss == '<')
 743             {
 744               // distinguish between forward/backward base-pairing
 745               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 746               {
 747                 ss = '>';
 748
 749               }
 750             }
 751             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 752             {
 753               // distinguish between forward/backward base-pairing
 754               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 755               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 756               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 757               {
 758                 ss = (char) ssLowerCase;
 759               }
 760             }
 761
 762             if (!validRes || (ss != lastSS))
 763             {
 764
 765               if (x > -1)
 766               {
 767
 768                 int nb_annot = x - temp;
 769                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 770                 // annot :"+nb_annot);
 771                 switch (lastSS)
 772                 {
 773                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 774                 case ')': // and opposite direction
 775                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 776                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 777                   temp = x;
 778                   break;
 779
 780                 case 'H':
 781                   if (!isRNA)
 782                   {
 783                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 784                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 785                             validEnd);
 786                     break;
 787                   }
 788                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 789                 case 'E':
 790                   if (!isRNA)
 791                   {
 792                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 793                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 794                             validEnd);
 795                     break;
 796                   }
 797                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 798
 799                 case '{':
 800                 case '}':
 801                 case '[':
 802                 case ']':
 803                 case '>':
 804                 case '<':
 805                 case 'A':
 806                 case 'a':
 807                 case 'B':
 808                 case 'b':
 809                 case 'C':
 810                 case 'c':
 811                 case 'D':
 812                 case 'd':
 813                 case 'e':
 814                 case 'F':
 815                 case 'f':
 816                 case 'G':
 817                 case 'g':
 818                 case 'h':
 819                 case 'I':
 820                 case 'i':
 821                 case 'J':
 822                 case 'j':
 823                 case 'K':
 824                 case 'k':
 825                 case 'L':
 826                 case 'l':
 827                 case 'M':
 828                 case 'm':
 829                 case 'N':
 830                 case 'n':
 831                 case 'O':
 832                 case 'o':
 833                 case 'P':
 834                 case 'p':
 835                 case 'Q':
 836                 case 'q':
 837                 case 'R':
 838                 case 'r':
 839                 case 'S':
 840                 case 's':
 841                 case 'T':
 842                 case 't':
 843                 case 'U':
 844                 case 'u':
 845                 case 'V':
 846                 case 'v':
 847                 case 'W':
 848                 case 'w':
 849                 case 'X':
 850                 case 'x':
 851                 case 'Y':
 852                 case 'y':
 853                 case 'Z':
 854                 case 'z':
 855
 856                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 857                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 858                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 859                           validRes, validEnd);
 860                   temp = x;
 861                   break;
 862                 default:
 863                   g.setColor(Color.gray);
 864                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 865                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 866                   temp = x;
 867                   break;
 868                 }
 869               }
 870               if (validRes)
 871               {
 872                 lastSS = ss;
 873               }
 874               else
 875               {
 876                 lastSS = ' ';
 877               }
 878               if (x > -1)
 879               {
 880                 lastSSX = (x * charWidth);
 881               }
 882             }
 883           }
 884           column++;
 885           x++;
 886         }
 887         if (column >= row_annotations.length)
 888         {
 889           column = row_annotations.length - 1;
 890           validEnd = false;
 891         }
 892         else
 893         {
 894           validEnd = true;
 895         }
 896         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 897                 || (row_annotations[column] == null))
 898         {
 899           validRes = false;
 900         }
 901         else
 902         {
 903           validRes = true;
 904         }
 905         // x ++;
 906
 907         if (row.hasIcons)
 908         {
 909           switch (lastSS)
 910           {
 911
 912           case 'H':
 913             if (!isRNA)
 914             {
 915               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 916                       startRes, column, validRes, validEnd);
 917               break;
 918             }
 919             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 920
 921           case 'E':
 922             if (!isRNA)
 923             {
 924               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 925                       startRes, column, validRes, validEnd);
 926               break;
 927             }
 928             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 929
 930           case '(':
 931           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 932
 933             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 934                     startRes, column, validRes, validEnd);
 935
 936             break;
 937           case '{':
 938           case '}':
 939           case '[':
 940           case ']':
 941           case '>':
 942           case '<':
 943           case 'A':
 944           case 'a':
 945           case 'B':
 946           case 'b':
 947           case 'C':
 948           case 'c':
 949           case 'D':
 950           case 'd':
 951           case 'e':
 952           case 'F':
 953           case 'f':
 954           case 'G':
 955           case 'g':
 956           case 'h':
 957           case 'I':
 958           case 'i':
 959           case 'J':
 960           case 'j':
 961           case 'K':
 962           case 'k':
 963           case 'L':
 964           case 'l':
 965           case 'M':
 966           case 'm':
 967           case 'N':
 968           case 'n':
 969           case 'O':
 970           case 'o':
 971           case 'P':
 972           case 'p':
 973           case 'Q':
 974           case 'q':
 975           case 'R':
 976           case 'r':
 977           case 'T':
 978           case 't':
 979           case 'U':
 980           case 'u':
 981           case 'V':
 982           case 'v':
 983           case 'W':
 984           case 'w':
 985           case 'X':
 986           case 'x':
 987           case 'Y':
 988           case 'y':
 989           case 'Z':
 990           case 'z':
 991             // System.out.println(lastSS);
 992             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 993             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 994                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 995             break;
 996           default:
 997             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 998                     startRes, column, validRes, validEnd);
 999             break;
1000           }
1001         }
1002
1003         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1004         {
1005           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1006           {
1007             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1008             {
1009               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1010               // computed efficiently for all visible labels
1011               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1012               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1013               {
1014                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1015                 {
1016                   continue;
1017                 }
1018
1019                 if (aa[gg] != row)
1020                 {
1021                   aa[gg].visible = false;
1022                 }
1023                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1024                 {
1025                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1026                 }
1027                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1028                 {
1029                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1030                 }
1031               }
1032
1033               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1034               {
1035                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1036                 {
1037                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1038                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1039                 }
1040               }
1041
1042               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1043             }
1044             else
1045             {
1046               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1047                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1048             }
1049           }
1050           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1051           {
1052             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1053                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1054                     renderProfile, normaliseProfile);
1055           }
1056         }
1057       }
1058       else
1059       {
1060         if (clipst && !clipend)
1061         {
1062           clipend = true;
1063         }
1064       } // end if_in_visible_region
1065       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1066       {
1067         y += charHeight;
1068       }
1069
1070       if (row.graph == 0)
1071       {
1072         y += aa[i].height;
1073       }
1074     }
1075     if (debugRedraw)
1076     {
1077       if (canClip)
1078       {
1079         if (clipst)
1080         {
1081           System.err.println(
1082                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1083         }
1084         if (clipend)
1085         {
1086           System.err.println(
1087                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1088         }
1089       }
1090       ;
1091       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1092               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1093     }
1094     ;
1095
1096     return !usedFaded;
1097   }
1098
1099   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1100
1101   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1102
1103   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1104
1105   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1106
1107   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1108
1109   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1110           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1111           boolean validEnd)
1112   {
1113     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1114     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1115   }
1116
1117   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1118
1119           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1120           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1121   {
1122     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1123
1124     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1125             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1126     {
1127       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1128               7);
1129       g.fillPolygon(
1130               new int[]
1131               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1132               new int[]
1133               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1134               3);
1135     }
1136     else
1137     {
1138       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1139               7);
1140     }
1141
1142   }
1143
1144   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1145           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1146           boolean validEnd)
1147   {
1148     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1149
1150     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1151     int x1 = lastSSX;
1152     int x2 = (x * charWidth);
1153
1154     if (MAC)
1155     {
1156       int ofs = charWidth / 2;
1157       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1158       // to offscreen image on the MAC
1159       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1160       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1161               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1162       {
1163       }
1164       else
1165       {
1166         // g.setColor(Color.orange);
1167         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1168                 0, 0);
1169       }
1170       if (!validRes || row[column] == null
1171               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1172       {
1173
1174       }
1175       else
1176       {
1177         // g.setColor(Color.magenta);
1178         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1179                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1180
1181       }
1182
1183       return;
1184     }
1185
1186     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1187             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1188     {
1189       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1190       x1 += charWidth / 2;
1191     }
1192
1193     if (!validRes || row[column] == null
1194             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1195     {
1196       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1197               8, 270, 180);
1198       x2 -= charWidth / 2;
1199     }
1200
1201     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1202   }
1203
1204   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1205           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1206           float max, int graphHeight)
1207   {
1208     if (sRes > aa_annotations.length)
1209     {
1210       return;
1211     }
1212
1213     int x = 0;
1214
1215     // Adjustment for fastpaint to left
1216     if (eRes < endRes)
1217     {
1218       eRes++;
1219     }
1220
1221     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1222
1223     if (sRes == 0)
1224     {
1225       x++;
1226     }
1227
1228     int y1 = y, y2 = y;
1229     float range = max - min;
1230
1231     // //Draw origin
1232     if (min < 0)
1233     {
1234       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1235     }
1236
1237     g.setColor(Color.gray);
1238     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1239
1240     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1241
1242     int column;
1243     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1244
1245     while (x < eRes - sRes)
1246     {
1247       column = sRes + x;
1248       if (hasHiddenColumns)
1249       {
1250         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1251       }
1252
1253       if (column > aaMax)
1254       {
1255         break;
1256       }
1257
1258       if (aa_annotations[column] == null
1259               || aa_annotations[column - 1] == null)
1260       {
1261         x++;
1262         continue;
1263       }
1264
1265       if (aa_annotations[column].colour == null)
1266       {
1267         g.setColor(Color.black);
1268       }
1269       else
1270       {
1271         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1272       }
1273
1274       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1275               * graphHeight);
1276       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1277               * graphHeight);
1278
1279       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1280               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1281       x++;
1282     }
1283
1284     if (_aa.threshold != null)
1285     {
1286       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1287       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1288       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1289               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1290               { 5f, 3f }, 0f));
1291
1292       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1293       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1294       g2.setStroke(new BasicStroke());
1295     }
1296   }
1297
1298   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1299           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1300           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1301           boolean normaliseProfile)
1302   {
1303     if (sRes > aa_annotations.length)
1304     {
1305       return;
1306     }
1307     Font ofont = g.getFont();
1308     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1309
1310     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1311
1312     float range = max - min;
1313
1314     if (min < 0)
1315     {
1316       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1317     }
1318
1319     g.setColor(Color.gray);
1320
1321     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1322
1323     int column;
1324     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1325     while (x < eRes - sRes)
1326     {
1327       column = sRes + x;
1328       if (hasHiddenColumns)
1329       {
1330         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1331       }
1332
1333       if (column > aaMax)
1334       {
1335         break;
1336       }
1337
1338       if (aa_annotations[column] == null)
1339       {
1340         x++;
1341         continue;
1342       }
1343       if (aa_annotations[column].colour == null)
1344       {
1345         g.setColor(Color.black);
1346       }
1347       else
1348       {
1349         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1350       }
1351
1352       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1353               * _aa.graphHeight);
1354
1355       if (renderHistogram)
1356       {
1357         if (y1 - y2 > 0)
1358         {
1359           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1360         }
1361         else
1362         {
1363           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1364         }
1365       }
1366       // draw profile if available
1367       if (renderProfile)
1368       {
1369
1370         /*
1371          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1372          */
1373         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1374
1375         // just try to draw the logo if profl is not null
1376         if (profl != null && profl[2] != 0)
1377         {
1378           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1379           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1380           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1381           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1382           double hght;
1383           float wdth;
1384           double ht2 = 0;
1385           char[] dc;
1386
1387           /**
1388            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1389            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1390            */
1391           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1392
1393           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1394           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1395           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1396           double scl = 0.0;
1397
1398           /*
1399            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1400            */
1401           int c = 3;
1402           int valuesProcessed = 0;
1403           // profl[1] is the number of values in the profile
1404           while (valuesProcessed < profl[1])
1405           {
1406             if (isStructureProfile)
1407             {
1408               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1409               dc[0] = (char) profl[c++];
1410               dc[1] = (char) profl[c++];
1411             }
1412             else if (isCdnaProfile)
1413             {
1414               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1415             }
1416             else
1417             {
1418               dc[0] = (char) profl[c++];
1419             }
1420
1421             wdth = charWidth;
1422             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1423
1424             ht += scl;
1425             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1426             scl = htn * scale * profl[c++];
1427             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1428                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1429             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1430                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1431             g.setFont(font);
1432             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1433
1434             // Debug - render boxes around characters
1435             // g.setColor(Color.red);
1436             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1437             // (int)(scl));
1438             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1439
1440             /*
1441              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1442              * codon translation if a cDNA profile
1443              */
1444             Color colour = null;
1445             if (isCdnaProfile)
1446             {
1447               final String codonTranslation = ResidueProperties
1448                       .codonTranslate(new String(dc));
1449               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1450                       column, null);
1451             }
1452             else
1453             {
1454               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1455             }
1456             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1457
1458             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1459                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1460
1461             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1462             valuesProcessed++;
1463           }
1464           g.setFont(ofont);
1465         }
1466       }
1467       x++;
1468     }
1469     if (_aa.threshold != null)
1470     {
1471       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1472       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1473       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1474               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1475               { 5f, 3f }, 0f));
1476
1477       y2 = (int) (y
1478               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1479       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1480       g2.setStroke(new BasicStroke());
1481     }
1482   }
1483
1484   // used by overview window
1485   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1486           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1487   {
1488     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1489     g.setColor(Color.white);
1490     g.fillRect(0, 0, width, y);
1491     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1492
1493     int x = 0, height;
1494
1495     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1496     {
1497       if (aa_annotations[j] != null)
1498       {
1499         if (aa_annotations[j].colour == null)
1500         {
1501           g.setColor(Color.black);
1502         }
1503         else
1504         {
1505           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1506         }
1507
1508         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1509         if (height > y)
1510         {
1511           height = y;
1512         }
1513
1514         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1515       }
1516       x += charWidth;
1517     }
1518   }
1519
1520   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1521   {
1522     switch (lastss)
1523     {
1524     case '{':
1525     case '}':
1526       return new Color(255, 125, 5);
1527
1528     case '[':
1529     case ']':
1530       return new Color(245, 115, 10);
1531
1532     case '>':
1533     case '<':
1534       return new Color(235, 135, 15);
1535
1536     case 'A':
1537     case 'a':
1538       return new Color(225, 105, 20);
1539
1540     case 'B':
1541     case 'b':
1542       return new Color(215, 145, 30);
1543
1544     case 'C':
1545     case 'c':
1546       return new Color(205, 95, 35);
1547
1548     case 'D':
1549     case 'd':
1550       return new Color(195, 155, 45);
1551
1552     case 'E':
1553     case 'e':
1554       return new Color(185, 85, 55);
1555
1556     case 'F':
1557     case 'f':
1558       return new Color(175, 165, 65);
1559
1560     case 'G':
1561     case 'g':
1562       return new Color(170, 75, 75);
1563
1564     case 'H':
1565     case 'h':
1566       return new Color(160, 175, 85);
1567
1568     case 'I':
1569     case 'i':
1570       return new Color(150, 65, 95);
1571
1572     case 'J':
1573     case 'j':
1574       return new Color(140, 185, 105);
1575
1576     case 'K':
1577     case 'k':
1578       return new Color(130, 55, 110);
1579
1580     case 'L':
1581     case 'l':
1582       return new Color(120, 195, 120);
1583
1584     case 'M':
1585     case 'm':
1586       return new Color(110, 45, 130);
1587
1588     case 'N':
1589     case 'n':
1590       return new Color(100, 205, 140);
1591
1592     case 'O':
1593     case 'o':
1594       return new Color(90, 35, 150);
1595
1596     case 'P':
1597     case 'p':
1598       return new Color(85, 215, 160);
1599
1600     case 'Q':
1601     case 'q':
1602       return new Color(75, 25, 170);
1603
1604     case 'R':
1605     case 'r':
1606       return new Color(65, 225, 180);
1607
1608     case 'S':
1609     case 's':
1610       return new Color(55, 15, 185);
1611
1612     case 'T':
1613     case 't':
1614       return new Color(45, 235, 195);
1615
1616     case 'U':
1617     case 'u':
1618       return new Color(35, 5, 205);
1619
1620     case 'V':
1621     case 'v':
1622       return new Color(25, 245, 215);
1623
1624     case 'W':
1625     case 'w':
1626       return new Color(15, 0, 225);
1627
1628     case 'X':
1629     case 'x':
1630       return new Color(10, 255, 235);
1631
1632     case 'Y':
1633     case 'y':
1634       return new Color(5, 150, 245);
1635
1636     case 'Z':
1637     case 'z':
1638       return new Color(0, 80, 255);
1639
1640     default:
1641       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1642       return null;
1643
1644     }
1645   }
1646 }