src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.Image;
  40 import java.awt.font.LineMetrics;
  41 import java.awt.geom.AffineTransform;
  42 import java.awt.image.ImageObserver;
  43 import java.util.BitSet;
  44 import java.util.Hashtable;
  45
  46 import com.stevesoft.pat.Regex;
  47
  48 public class AnnotationRenderer
  49 {
  50   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  51
  52   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  53
  54   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  55
  56   /**
  57    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  58    */
  59   private final boolean debugRedraw;
  60
  61   public AnnotationRenderer()
  62   {
  63     this(false);
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Create a new annotation Renderer
  68    *
  69    * @param debugRedraw
  70    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  71    *          output
  72    */
  73   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  74   {
  75     this.debugRedraw = debugRedraw;
  76   }
  77
  78   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  79           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  80           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  81   {
  82     g.setColor(STEM_COLOUR);
  83     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  84     int x1 = lastSSX;
  85     int x2 = (x * charWidth);
  86     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  87
  88     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  89             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  90
  91     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  92             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  93     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  94             || row_annotations[column] == null
  95             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  96     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  97     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  98     if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
  99     {
 100
 101       if (diffupstream)
 102       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 103       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 104       {
 105         g.fillPolygon(new int[]
 106         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 107         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 108         x1 += 5;
 109       }
 110       if (diffdownstream)
 111       {
 112         x2 -= 1;
 113       }
 114     }
 115     else
 116     {
 117
 118       // display a forward arrow
 119       if (diffdownstream)
 120       {
 121         g.fillPolygon(new int[]
 122         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 123         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 124         x2 -= 5;
 125       }
 126       if (diffupstream)
 127       {
 128         x1 += 1;
 129       }
 130     }
 131     // draw arrow body
 132     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 133   }
 134
 135   private int charWidth, endRes, charHeight;
 136
 137   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 138
 139   private FontMetrics fm;
 140
 141   private final boolean MAC = jalview.util.Platform.isAMac();
 142
 143   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 144           av_normaliseProfile = false;
 145
 146   ColourSchemeI profcolour = null;
 147
 148   private ColumnSelection columnSelection;
 149
 150   private Hashtable[] hconsensus;
 151
 152   private Hashtable[] complementConsensus;
 153
 154   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 155
 156   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 157
 158   /**
 159    * attributes set from AwtRenderPanelI
 160    */
 161   /**
 162    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 163    * rendered
 164    */
 165   private Image fadedImage;
 166
 167   /**
 168    * panel being rendered into
 169    */
 170   private ImageObserver annotationPanel;
 171
 172   /**
 173    * width of image to render in panel
 174    */
 175   private int imgWidth;
 176
 177   /**
 178    * offset to beginning of visible area
 179    */
 180   private int sOffset;
 181
 182   /**
 183    * offset to end of visible area
 184    */
 185   private int visHeight;
 186
 187   /**
 188    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 189    * annotation given the current view settings
 190    */
 191   private boolean useClip = true;
 192
 193   /**
 194    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 195    * jalview 2.8.1
 196    */
 197   private boolean canClip = false;
 198
 199   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 200           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 201           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 202           boolean validEnd)
 203   {
 204     // System.out.println(nonCanColor);
 205
 206     g.setColor(nonCanColor);
 207     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 208     int x1 = lastSSX;
 209     int x2 = (x * charWidth);
 210     Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 211
 212     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 213             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 214
 215     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 216             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 217     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 218             || row_annotations[column] == null
 219             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 220     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 221     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 222     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 223                                             // )
 224     {
 225
 226       if (diffupstream)
 227       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 228       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 229       {
 230         g.fillPolygon(new int[]
 231         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 232         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 233         x1 += 5;
 234       }
 235       if (diffdownstream)
 236       {
 237         x2 -= 1;
 238       }
 239     }
 240     else
 241     {
 242
 243       // display a forward arrow
 244       if (diffdownstream)
 245       {
 246         g.fillPolygon(new int[]
 247         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 248         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 249         x2 -= 5;
 250       }
 251       if (diffupstream)
 252       {
 253         x1 += 1;
 254       }
 255     }
 256     // draw arrow body
 257     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 258   }
 259
 260   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 261   // av)
 262   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 263           AlignViewportI av)
 264   {
 265     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 266     annotationPanel = annotPanel;
 267     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 268     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 269     // visible area for rendering
 270     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 271     if (bounds != null)
 272     {
 273       sOffset = bounds[0];
 274       visHeight = bounds[1];
 275       if (visHeight == 0)
 276       {
 277         useClip = false;
 278       }
 279       else
 280       {
 281         useClip = canClip;
 282       }
 283     }
 284     else
 285     {
 286       useClip = false;
 287     }
 288
 289     updateFromAlignViewport(av);
 290   }
 291
 292   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 293   {
 294     charWidth = av.getCharWidth();
 295     endRes = av.getEndRes();
 296     charHeight = av.getCharHeight();
 297     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 298     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 299     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 300     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 301     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 302     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 303     if (profcolour == null)
 304     {
 305       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 306       // colourscheme set
 307       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 308               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 309     }
 310     columnSelection = av.getColumnSelection();
 311     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 312     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 313     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 314     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 319    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 320    * depend on the profile type.
 321    *
 322    * @param aa
 323    * @param column
 324    * @return
 325    */
 326   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 327   {
 328     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 329     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 330     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 331     //
 332     if (aa.autoCalculated
 333             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 334                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 335     {
 336       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 337       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 338               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 339       {
 340         // TODO? group consensus for cDNA complement
 341         return AAFrequency.extractProfile(
 342                 aa.groupRef.consensusData[column],
 343                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 344       }
 345       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 346       // be stored
 347       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 348       {
 349         if (forComplement)
 350         {
 351           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 352                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 353         }
 354         else
 355         {
 356           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 357                   av_ignoreGapsConsensus);
 358         }
 359       }
 360     }
 361     else
 362     {
 363       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 364       {
 365         // TODO implement group structure consensus
 366         /*
 367          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 368          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 369          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 370          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 371          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 372          */
 373         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 374         // to
 375         // be stored
 376         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 377                 && hStrucConsensus != null
 378                 && hStrucConsensus.length > column)
 379         {
 380           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 381                   av_ignoreGapsConsensus);
 382         }
 383       }
 384     }
 385     return null;
 386   }
 387
 388   boolean rna = false;
 389
 390   /**
 391    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 392    *
 393    * @param annotPanel
 394    *          container frame
 395    * @param av
 396    *          data and view settings to render
 397    * @param g
 398    *          destination for graphics
 399    * @param activeRow
 400    *          row where a mouse event occured (or -1)
 401    * @param startRes
 402    *          first column that will be drawn
 403    * @param endRes
 404    *          last column that will be drawn
 405    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 406    *         currently being calculated
 407    */
 408   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 409           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 410           int endRes)
 411   {
 412     long stime = System.currentTimeMillis();
 413     boolean usedFaded = false;
 414     // NOTES:
 415     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 416     // AlignViewport
 417     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 418     fm = g.getFontMetrics();
 419     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 420     int temp = 0;
 421     if (aa == null)
 422     {
 423       return false;
 424     }
 425     int x = 0, y = 0;
 426     int column = 0;
 427     char lastSS;
 428     int lastSSX;
 429     int iconOffset = 0;
 430     boolean validRes = false;
 431     boolean validEnd = false;
 432     boolean labelAllCols = false;
 433     boolean centreColLabels;
 434     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 435     boolean scaleColLabel = false;
 436     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 437             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 438     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 439             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 440     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 441             .getComplementConsensusAnnotation();
 442     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 443
 444     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 445     int charOffset = 0; // offset for a label
 446     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 447     // column.
 448     Font ofont = g.getFont();
 449     // \u03B2 \u03B1
 450     // debug ints
 451     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 452     boolean clipst = false, clipend = false;
 453     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 454     {
 455       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 456       isRNA = row.isRNA();
 457       {
 458         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 459         // settings appropriately
 460         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 461         // data
 462         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 463         {
 464           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 465           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 466           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 467         }
 468         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 469                 || row == complementConsensusAnnot)
 470         {
 471           renderHistogram = av_renderHistogram;
 472           renderProfile = av_renderProfile;
 473           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 474         }
 475         else
 476         {
 477           renderHistogram = true;
 478           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 479           // currently used in any other annotation track renderer
 480         }
 481       }
 482       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 483       if (!row.visible)
 484       {
 485         continue;
 486       }
 487       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 488       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 489       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 490       lastSS = ' ';
 491       lastSSX = 0;
 492
 493       if (!useClip
 494               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 495       {// if_in_visible_region
 496         if (!clipst)
 497         {
 498           clipst = true;
 499           yfrom = y;
 500           f_i = i;
 501         }
 502         yto = y;
 503         f_to = i;
 504         if (row.graph > 0)
 505         {
 506           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 507           {
 508             continue;
 509           }
 510
 511           // this is so that we draw the characters below the graph
 512           y += row.height;
 513
 514           if (row.hasText)
 515           {
 516             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 517             y -= charHeight;
 518           }
 519         }
 520         else if (row.hasText)
 521         {
 522           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 523
 524         }
 525         else
 526         {
 527           iconOffset = 0;
 528         }
 529
 530         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 531         {
 532           y += charHeight;
 533           usedFaded = true;
 534           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 535                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 536           g.setColor(Color.black);
 537           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 538
 539           continue;
 540         }
 541
 542         /*
 543          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 544          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 545          *
 546          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 547          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 548          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 549          *
 550          * g.setColor(Color.black); //
 551          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 552          *
 553          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 554          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 555          *
 556          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 557          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 558          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 559          * g.setColor(Color.black); // /
 560          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 561          *
 562          * continue; }
 563          */
 564         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 565         // column
 566         // of startRes
 567         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 568         while (x < endRes - startRes)
 569         {
 570           if (hasHiddenColumns)
 571           {
 572             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 573             if (column > row_annotations.length - 1)
 574             {
 575               break;
 576             }
 577           }
 578           else
 579           {
 580             column = startRes + x;
 581           }
 582
 583           if ((row_annotations == null)
 584                   || (row_annotations.length <= column)
 585                   || (row_annotations[column] == null))
 586           {
 587             validRes = false;
 588           }
 589           else
 590           {
 591             validRes = true;
 592           }
 593           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 594                   : null;
 595           if (x > -1)
 596           {
 597             if (activeRow == i)
 598             {
 599               g.setColor(Color.red);
 600
 601               if (columnSelection != null)
 602               {
 603                 for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 604                 {
 605                   int v = columnSelection.columnAt(n);
 606
 607                   if (v == column)
 608                   {
 609                     g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 610                   }
 611                 }
 612               }
 613             }
 614             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 615             {
 616               g.setColor(Color.orange);
 617               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 618             }
 619             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 620             {
 621               g.setColor(Color.orange.darker());
 622               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 623             }
 624             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 625                     && (displayChar.length() > 0))
 626             {
 627
 628               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 629                       displayChar.length());
 630               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 631               {
 632                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 633                 // displayChar.length());
 634                 //
 635                 // if (scaleColLabel)
 636                 // {
 637                   // justify the label and scale to fit in column
 638                   if (fmWidth > charWidth)
 639                   {
 640                     // scale only if the current font isn't already small enough
 641                     fmScaling = charWidth;
 642                     fmScaling /= fmWidth;
 643                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 644                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 645                     // and update the label's width to reflect the scaling.
 646                     fmWidth = charWidth;
 647                   }
 648                 // }
 649               }
 650               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 651               // else
 652               // {
 653               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 654               // }
 655               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 656
 657               if (row_annotations[column].colour == null)
 658               {
 659                 g.setColor(Color.black);
 660               }
 661               else
 662               {
 663                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 664               }
 665
 666               if (column == 0 || row.graph > 0)
 667               {
 668                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 669                         + iconOffset);
 670               }
 671               else if (row_annotations[column - 1] == null
 672                       || (labelAllCols
 673                               || !displayChar
 674                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 675                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 676               {
 677                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 678                         + iconOffset);
 679               }
 680               g.setFont(ofont);
 681             }
 682           }
 683           if (row.hasIcons)
 684           {
 685             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 686                     : '-';
 687
 688             if (ss == '(')
 689             {
 690               // distinguish between forward/backward base-pairing
 691               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 692               {
 693
 694                 ss = ')';
 695
 696               }
 697             }
 698             if (ss == '[')
 699             {
 700               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 701               {
 702                 ss = ']';
 703
 704               }
 705             }
 706             if (ss == '{')
 707             {
 708               // distinguish between forward/backward base-pairing
 709               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 710               {
 711                 ss = '}';
 712
 713               }
 714             }
 715             if (ss == '<')
 716             {
 717               // distinguish between forward/backward base-pairing
 718               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 719               {
 720                 ss = '>';
 721
 722               }
 723             }
 724             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 725             {
 726               // distinguish between forward/backward base-pairing
 727               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 728               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 729               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 730               {
 731                 ss = (char) ssLowerCase;
 732               }
 733             }
 734
 735             if (!validRes || (ss != lastSS))
 736             {
 737
 738               if (x > -1)
 739               {
 740
 741                 int nb_annot = x - temp;
 742                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 743                 switch (lastSS)
 744                 {
 745                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 746                 case ')': // and opposite direction
 747                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 748                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 749                   temp = x;
 750                   break;
 751
 752                 case 'H':
 753                   if (!isRNA)
 754                   {
 755                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 756                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 757                             validEnd);
 758                     break;
 759                   }
 760
 761                 case 'E':
 762                   if (!isRNA)
 763                   {
 764                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 765                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 766                             validEnd);
 767                     break;
 768                   }
 769
 770                 case '{':
 771                 case '}':
 772                 case '[':
 773                 case ']':
 774                 case '>':
 775                 case '<':
 776                 case 'A':
 777                 case 'a':
 778                 case 'B':
 779                 case 'b':
 780                 case 'C':
 781                 case 'c':
 782                 case 'D':
 783                 case 'd':
 784                 case 'e':
 785                 case 'F':
 786                 case 'f':
 787                 case 'G':
 788                 case 'g':
 789                 case 'h':
 790                 case 'I':
 791                 case 'i':
 792                 case 'J':
 793                 case 'j':
 794                 case 'K':
 795                 case 'k':
 796                 case 'L':
 797                 case 'l':
 798                 case 'M':
 799                 case 'm':
 800                 case 'N':
 801                 case 'n':
 802                 case 'O':
 803                 case 'o':
 804                 case 'P':
 805                 case 'p':
 806                 case 'Q':
 807                 case 'q':
 808                 case 'R':
 809                 case 'r':
 810                 case 'S':
 811                 case 's':
 812                 case 'T':
 813                 case 't':
 814                 case 'U':
 815                 case 'u':
 816                 case 'V':
 817                 case 'v':
 818                 case 'W':
 819                 case 'w':
 820                 case 'X':
 821                 case 'x':
 822                 case 'Y':
 823                 case 'y':
 824                 case 'Z':
 825                 case 'z':
 826
 827                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 828                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 829                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 830                           validRes, validEnd);
 831                   temp = x;
 832                   break;
 833                 default:
 834                   g.setColor(Color.gray);
 835                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 836                           - lastSSX, 2);
 837                   temp = x;
 838                   break;
 839                 }
 840               }
 841               if (validRes)
 842               {
 843                 lastSS = ss;
 844               }
 845               else
 846               {
 847                 lastSS = ' ';
 848               }
 849               if (x > -1)
 850               {
 851                 lastSSX = (x * charWidth);
 852               }
 853             }
 854           }
 855           column++;
 856           x++;
 857         }
 858         if (column >= row_annotations.length)
 859         {
 860           column = row_annotations.length - 1;
 861           validEnd = false;
 862         }
 863         else
 864         {
 865           validEnd = true;
 866         }
 867         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 868                 || (row_annotations[column] == null))
 869         {
 870           validRes = false;
 871         }
 872         else
 873         {
 874           validRes = true;
 875         }
 876
 877         // x ++;
 878
 879         if (row.hasIcons)
 880         {
 881           switch (lastSS)
 882           {
 883
 884           case 'H':
 885             if (!isRNA)
 886             {
 887               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 888                       startRes, column, validRes, validEnd);
 889               break;
 890             }
 891
 892           case 'E':
 893             if (!isRNA)
 894             {
 895               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 896                       startRes, column, validRes, validEnd);
 897               break;
 898             }
 899
 900           case '(':
 901           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 902
 903             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 904                     startRes, column, validRes, validEnd);
 905
 906             break;
 907           case '{':
 908           case '}':
 909           case '[':
 910           case ']':
 911           case '>':
 912           case '<':
 913           case 'A':
 914           case 'a':
 915           case 'B':
 916           case 'b':
 917           case 'C':
 918           case 'c':
 919           case 'D':
 920           case 'd':
 921           case 'e':
 922           case 'F':
 923           case 'f':
 924           case 'G':
 925           case 'g':
 926           case 'h':
 927           case 'I':
 928           case 'i':
 929           case 'J':
 930           case 'j':
 931           case 'K':
 932           case 'k':
 933           case 'L':
 934           case 'l':
 935           case 'M':
 936           case 'm':
 937           case 'N':
 938           case 'n':
 939           case 'O':
 940           case 'o':
 941           case 'P':
 942           case 'p':
 943           case 'Q':
 944           case 'q':
 945           case 'R':
 946           case 'r':
 947           case 'T':
 948           case 't':
 949           case 'U':
 950           case 'u':
 951           case 'V':
 952           case 'v':
 953           case 'W':
 954           case 'w':
 955           case 'X':
 956           case 'x':
 957           case 'Y':
 958           case 'y':
 959           case 'Z':
 960           case 'z':
 961             // System.out.println(lastSS);
 962             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 963             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 964                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 965             break;
 966           default:
 967             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 968                     startRes, column, validRes, validEnd);
 969             break;
 970           }
 971         }
 972
 973         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 974         {
 975           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 976           {
 977             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 978             {
 979               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 980               // computed efficiently for all visible labels
 981               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 982               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 983               {
 984                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 985                 {
 986                   continue;
 987                 }
 988
 989                 if (aa[gg] != row)
 990                 {
 991                   aa[gg].visible = false;
 992                 }
 993                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 994                 {
 995                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 996                 }
 997                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 998                 {
 999                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1000                 }
1001               }
1002
1003               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1004               {
1005                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1006                 {
1007                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1008                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1009                 }
1010               }
1011
1012               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1013             }
1014             else
1015             {
1016               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1017                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1018             }
1019           }
1020           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1021           {
1022             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1023                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1024                     renderProfile, normaliseProfile);
1025           }
1026         }
1027       }
1028       else
1029       {
1030         if (clipst && !clipend)
1031         {
1032           clipend = true;
1033         }
1034       }// end if_in_visible_region
1035       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1036       {
1037         y += charHeight;
1038       }
1039
1040       if (row.graph == 0)
1041       {
1042         y += aa[i].height;
1043       }
1044     }
1045     if (debugRedraw)
1046     {
1047       if (canClip)
1048       {
1049         if (clipst)
1050         {
1051           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1052                   + ")");
1053         }
1054         if (clipend)
1055         {
1056           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1057                   + ")");
1058         }
1059       }
1060       ;
1061       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1062               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1063     }
1064     ;
1065
1066     return !usedFaded;
1067   }
1068
1069   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1070
1071   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1072
1073   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1074
1075   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1076
1077   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1078
1079   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1080           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1081           boolean validRes, boolean validEnd)
1082   {
1083     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1084     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1085   }
1086
1087   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1088
1089   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1090           boolean validRes, boolean validEnd)
1091   {
1092     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1093
1094     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1095             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1096     {
1097       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1098               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1099       g.fillPolygon(new int[]
1100       { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1101               new int[]
1102               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1103               3);
1104     }
1105     else
1106     {
1107       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1108               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1109     }
1110
1111   }
1112
1113   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1114           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1115           boolean validRes, boolean validEnd)
1116   {
1117     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1118
1119     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1120     int x1 = lastSSX;
1121     int x2 = (x * charWidth);
1122
1123     if (MAC)
1124     {
1125       int ofs = charWidth / 2;
1126       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1127       // to offscreen image on the MAC
1128       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1129       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1130               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1131       {
1132       }
1133       else
1134       {
1135         // g.setColor(Color.orange);
1136         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1137                 0, 0);
1138       }
1139       if (!validRes || row[column] == null
1140               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1141       {
1142
1143       }
1144       else
1145       {
1146         // g.setColor(Color.magenta);
1147         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1148                 + 1, 8, 0, 0);
1149
1150       }
1151
1152       return;
1153     }
1154
1155     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1156             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1157     {
1158       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1159       x1 += charWidth / 2;
1160     }
1161
1162     if (!validRes || row[column] == null
1163             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1164     {
1165       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1166               8, 270, 180);
1167       x2 -= charWidth / 2;
1168     }
1169
1170     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1171   }
1172
1173   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1174           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1175           float min, float max, int graphHeight)
1176   {
1177     if (sRes > aa_annotations.length)
1178     {
1179       return;
1180     }
1181
1182     int x = 0;
1183
1184     // Adjustment for fastpaint to left
1185     if (eRes < endRes)
1186     {
1187       eRes++;
1188     }
1189
1190     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1191
1192     if (sRes == 0)
1193     {
1194       x++;
1195     }
1196
1197     int y1 = y, y2 = y;
1198     float range = max - min;
1199
1200     // //Draw origin
1201     if (min < 0)
1202     {
1203       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1204     }
1205
1206     g.setColor(Color.gray);
1207     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1208
1209     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1210
1211     int column;
1212     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1213
1214     while (x < eRes - sRes)
1215     {
1216       column = sRes + x;
1217       if (hasHiddenColumns)
1218       {
1219         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1220       }
1221
1222       if (column > aaMax)
1223       {
1224         break;
1225       }
1226
1227       if (aa_annotations[column] == null
1228               || aa_annotations[column - 1] == null)
1229       {
1230         x++;
1231         continue;
1232       }
1233
1234       if (aa_annotations[column].colour == null)
1235       {
1236         g.setColor(Color.black);
1237       }
1238       else
1239       {
1240         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1241       }
1242
1243       y1 = y
1244               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1245       y2 = y
1246               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1247
1248       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1249               + charWidth / 2, y2);
1250       x++;
1251     }
1252
1253     if (_aa.threshold != null)
1254     {
1255       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1256       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1257       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1258               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1259               { 5f, 3f }, 0f));
1260
1261       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1262       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1263       g2.setStroke(new BasicStroke());
1264     }
1265   }
1266
1267   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1268           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1269           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1270           boolean normaliseProfile)
1271   {
1272     if (sRes > aa_annotations.length)
1273     {
1274       return;
1275     }
1276     Font ofont = g.getFont();
1277     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1278
1279     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1280
1281     float range = max - min;
1282
1283     if (min < 0)
1284     {
1285       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1286     }
1287
1288     g.setColor(Color.gray);
1289
1290     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1291
1292     int column;
1293     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1294     while (x < eRes - sRes)
1295     {
1296       column = sRes + x;
1297       if (hasHiddenColumns)
1298       {
1299         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1300       }
1301
1302       if (column > aaMax)
1303       {
1304         break;
1305       }
1306
1307       if (aa_annotations[column] == null)
1308       {
1309         x++;
1310         continue;
1311       }
1312       if (aa_annotations[column].colour == null)
1313       {
1314         g.setColor(Color.black);
1315       }
1316       else
1317       {
1318         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1319       }
1320
1321       y1 = y
1322               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1323
1324       if (renderHistogram)
1325       {
1326         if (y1 - y2 > 0)
1327         {
1328           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1329         }
1330         else
1331         {
1332           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1333         }
1334       }
1335       // draw profile if available
1336       if (renderProfile)
1337       {
1338
1339         /*
1340          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1341          */
1342         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1343
1344         // just try to draw the logo if profl is not null
1345         if (profl != null && profl[2] != 0)
1346         {
1347           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1348           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1349           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1350           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1351           double hght;
1352           float wdth;
1353           double ht2 = 0;
1354           char[] dc;
1355
1356           /**
1357            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1358            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1359            */
1360           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1361
1362           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1363           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1364           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1365           double scl = 0.0;
1366
1367           /*
1368            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1369            */
1370           int c = 3;
1371           int valuesProcessed = 0;
1372           // profl[1] is the number of values in the profile
1373           while (valuesProcessed < profl[1])
1374           {
1375             if (isStructureProfile)
1376             {
1377               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1378               dc[0] = (char) profl[c++];
1379               dc[1] = (char) profl[c++];
1380             }
1381             else if (isCdnaProfile)
1382             {
1383               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1384             }
1385             else
1386             {
1387               dc[0] = (char) profl[c++];
1388             }
1389
1390             wdth = charWidth;
1391             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1392
1393             ht += scl;
1394             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1395             scl = htn * scale * profl[c++];
1396             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1397                     .getFontRenderContext());
1398             g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1399                     wdth, scl / lm.getAscent())));
1400             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1401
1402             // Debug - render boxes around characters
1403             // g.setColor(Color.red);
1404             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1405             // (int)(scl));
1406             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1407
1408             /*
1409              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1410              * codon translation if a cDNA profile
1411              */
1412             Color colour = null;
1413             if (isCdnaProfile)
1414             {
1415               final String codonTranslation = ResidueProperties
1416                       .codonTranslate(new String(dc));
1417               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1418                       column, null);
1419             }
1420             else
1421             {
1422               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1423             }
1424             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1425
1426             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1427                     .getBaselineIndex()]));
1428
1429             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1430             valuesProcessed++;
1431           }
1432           g.setFont(ofont);
1433         }
1434       }
1435       x++;
1436     }
1437     if (_aa.threshold != null)
1438     {
1439       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1440       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1441       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1442               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1443               { 5f, 3f }, 0f));
1444
1445       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1446               * _aa.graphHeight);
1447       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1448       g2.setStroke(new BasicStroke());
1449     }
1450   }
1451
1452   // used by overview window
1453   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1454           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1455   {
1456     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1457     g.setColor(Color.white);
1458     g.fillRect(0, 0, width, y);
1459     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1460
1461     int x = 0, height;
1462
1463     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1464     {
1465       if (aa_annotations[j] != null)
1466       {
1467         if (aa_annotations[j].colour == null)
1468         {
1469           g.setColor(Color.black);
1470         }
1471         else
1472         {
1473           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1474         }
1475
1476         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1477         if (height > y)
1478         {
1479           height = y;
1480         }
1481
1482         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1483       }
1484       x += charWidth;
1485     }
1486   }
1487
1488   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1489   {
1490     switch (lastss)
1491     {
1492     case '{':
1493     case '}':
1494       return new Color(255, 125, 5);
1495
1496     case '[':
1497     case ']':
1498       return new Color(245, 115, 10);
1499
1500     case '>':
1501     case '<':
1502       return new Color(235, 135, 15);
1503
1504     case 'A':
1505     case 'a':
1506       return new Color(225, 105, 20);
1507
1508     case 'B':
1509     case 'b':
1510       return new Color(215, 145, 30);
1511
1512     case 'C':
1513     case 'c':
1514       return new Color(205, 95, 35);
1515
1516     case 'D':
1517     case 'd':
1518       return new Color(195, 155, 45);
1519
1520     case 'E':
1521     case 'e':
1522       return new Color(185, 85, 55);
1523
1524     case 'F':
1525     case 'f':
1526       return new Color(175, 165, 65);
1527
1528     case 'G':
1529     case 'g':
1530       return new Color(170, 75, 75);
1531
1532     case 'H':
1533     case 'h':
1534       return new Color(160, 175, 85);
1535
1536     case 'I':
1537     case 'i':
1538       return new Color(150, 65, 95);
1539
1540     case 'J':
1541     case 'j':
1542       return new Color(140, 185, 105);
1543
1544     case 'K':
1545     case 'k':
1546       return new Color(130, 55, 110);
1547
1548     case 'L':
1549     case 'l':
1550       return new Color(120, 195, 120);
1551
1552     case 'M':
1553     case 'm':
1554       return new Color(110, 45, 130);
1555
1556     case 'N':
1557     case 'n':
1558       return new Color(100, 205, 140);
1559
1560     case 'O':
1561     case 'o':
1562       return new Color(90, 35, 150);
1563
1564     case 'P':
1565     case 'p':
1566       return new Color(85, 215, 160);
1567
1568     case 'Q':
1569     case 'q':
1570       return new Color(75, 25, 170);
1571
1572     case 'R':
1573     case 'r':
1574       return new Color(65, 225, 180);
1575
1576     case 'S':
1577     case 's':
1578       return new Color(55, 15, 185);
1579
1580     case 'T':
1581     case 't':
1582       return new Color(45, 235, 195);
1583
1584     case 'U':
1585     case 'u':
1586       return new Color(35, 5, 205);
1587
1588     case 'V':
1589     case 'v':
1590       return new Color(25, 245, 215);
1591
1592     case 'W':
1593     case 'w':
1594       return new Color(15, 0, 225);
1595
1596     case 'X':
1597     case 'x':
1598       return new Color(10, 255, 235);
1599
1600     case 'Y':
1601     case 'y':
1602       return new Color(5, 150, 245);
1603
1604     case 'Z':
1605     case 'z':
1606       return new Color(0, 80, 255);
1607
1608     default:
1609       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1610       return null;
1611
1612     }
1613   }
1614 }