Merge remote-tracking branch 'origin/tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into...
[jalview.git] / src / jalview / renderer / AnnotationRenderer.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.renderer;
22
23 import jalview.analysis.AAFrequency;
24 import jalview.analysis.CodingUtils;
25 import jalview.analysis.Rna;
26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
27 import jalview.api.AlignViewportI;
28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
29 import jalview.datamodel.Annotation;
30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
37 import jalview.util.Platform;
38
39 import java.awt.BasicStroke;
40 import java.awt.Color;
41 import java.awt.Font;
42 import java.awt.FontMetrics;
43 import java.awt.Graphics;
44 import java.awt.Graphics2D;
45 import java.awt.Image;
46 import java.awt.font.LineMetrics;
47 import java.awt.geom.AffineTransform;
48 import java.awt.image.ImageObserver;
49 import java.util.BitSet;
50 import java.util.Hashtable;
51
52 public class AnnotationRenderer
53 {
54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
55
56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
57
58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
59
60   /**
61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
62    */
63   private final boolean debugRedraw;
64
65   private int charWidth, endRes, charHeight;
66
67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
68
69   private FontMetrics fm;
70
71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
72
73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
74           av_normaliseProfile = false;
75
76   ResidueShaderI profcolour = null;
77
78   private ColumnSelection columnSelection;
79
80   private HiddenColumns hiddenColumns;
81
82   private ProfilesI hconsensus;
83
84   private Hashtable[] complementConsensus;
85
86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
87
88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
89
90   /**
91    * attributes set from AwtRenderPanelI
92    */
93   /**
94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
95    * rendered
96    */
97   private Image fadedImage;
98
99   /**
100    * panel being rendered into
101    */
102   private ImageObserver annotationPanel;
103
104   /**
105    * width of image to render in panel
106    */
107   private int imgWidth;
108
109   /**
110    * offset to beginning of visible area
111    */
112   private int sOffset;
113
114   /**
115    * offset to end of visible area
116    */
117   private int visHeight;
118
119   /**
120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
121    * annotation given the current view settings
122    */
123   private boolean useClip = true;
124
125   /**
126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
127    * jalview 2.8.1
128    */
129   private boolean canClip = false;
130
131   public AnnotationRenderer()
132   {
133     this(false);
134   }
135
136   /**
137    * Create a new annotation Renderer
138    * 
139    * @param debugRedraw
140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
141    *          output
142    */
143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
144   {
145     this.debugRedraw = debugRedraw;
146   }
147
148   /**
149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
150    */
151   public void dispose()
152   {
153     hconsensus = null;
154     complementConsensus = null;
155     hStrucConsensus = null;
156     fadedImage = null;
157     annotationPanel = null;
158   }
159
160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
162           boolean validRes, boolean validEnd)
163   {
164     g.setColor(STEM_COLOUR);
165     int sCol = (lastSSX / charWidth)
166             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
167     int x1 = lastSSX;
168     int x2 = (x * charWidth);
169
170     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
171             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
172
173     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
174             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
175     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
176             || row_annotations[column] == null
177             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
178
179     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
180     {
181       if (diffupstream)
182       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
183       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
184       {
185         /*
186          * if new annotation with a closing base pair half of the stem, 
187          * display a backward arrow
188          */
189         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
190                 new int[]
191                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
192                 3);
193         x1 += 5;
194       }
195       if (diffdownstream)
196       {
197         x2 -= 1;
198       }
199     }
200     else
201     {
202       // display a forward arrow
203       if (diffdownstream)
204       {
205         /*
206          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem, 
207          * display a forward arrow
208          */
209         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
210                 new int[]
211                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
212                 3);
213         x2 -= 5;
214       }
215       if (diffupstream)
216       {
217         x1 += 1;
218       }
219     }
220     // draw arrow body
221     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
222   }
223
224   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
225           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
226           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
227           boolean validEnd)
228   {
229     // System.out.println(nonCanColor);
230
231     g.setColor(nonCanColor);
232     int sCol = (lastSSX / charWidth)
233             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
234     int x1 = lastSSX;
235     int x2 = (x * charWidth);
236
237     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
238             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
239
240     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
241             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
242     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
243             || row_annotations[column] == null
244             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
245     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
246     // down:"+diffdownstream);
247     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
248     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
249     {
250
251       if (diffupstream)
252       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
253       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
254       {
255         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
256                 new int[]
257                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
258                 3);
259         x1 += 5;
260       }
261       if (diffdownstream)
262       {
263         x2 -= 1;
264       }
265     }
266     else
267     {
268
269       // display a forward arrow
270       if (diffdownstream)
271       {
272         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
273                 new int[]
274                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
275                 3);
276         x2 -= 5;
277       }
278       if (diffupstream)
279       {
280         x1 += 1;
281       }
282     }
283     // draw arrow body
284     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
285   }
286
287   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
288   // av)
289   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
290           AlignViewportI av)
291   {
292     fm = annotPanel.getFontMetrics();
293     annotationPanel = annotPanel;
294     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
295     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
296     // visible area for rendering
297     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
298     if (bounds != null)
299     {
300       sOffset = bounds[0];
301       visHeight = bounds[1];
302       if (visHeight == 0)
303       {
304         useClip = false;
305       }
306       else
307       {
308         useClip = canClip;
309       }
310     }
311     else
312     {
313       useClip = false;
314     }
315
316     updateFromAlignViewport(av);
317   }
318
319   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
320   {
321     charWidth = av.getCharWidth();
322     endRes = av.getRanges().getEndRes();
323     charHeight = av.getCharHeight();
324     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
325     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
326     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
327     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
328     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
329     profcolour = av.getResidueShading();
330     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
331     {
332       /*
333        * Use default colour for sequence logo if 
334        * the alignment has no colourscheme set
335        * (would like to use user preference but n/a for applet)
336        */
337       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
338               ? new NucleotideColourScheme()
339               : new ZappoColourScheme();
340       profcolour = new ResidueShader(col);
341     }
342     columnSelection = av.getColumnSelection();
343     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
344     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
345     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
346     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
347     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
348   }
349
350   /**
351    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
352    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
353    * depend on the profile type.
354    * 
355    * @param aa
356    * @param column
357    * @return
358    */
359   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
360   {
361     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
362     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
363     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
364     //
365     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
366             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
367     {
368       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
369       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
370               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
371       {
372         // TODO? group consensus for cDNA complement
373         return AAFrequency.extractProfile(
374                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
375                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
376       }
377       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
378       // be stored
379       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
380       {
381         if (forComplement)
382         {
383           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
384                   av_ignoreGapsConsensus);
385         }
386         else
387         {
388           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
389                   av_ignoreGapsConsensus);
390         }
391       }
392     }
393     else
394     {
395       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
396       {
397         // TODO implement group structure consensus
398         /*
399          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
400          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
401          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
402          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
403          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
404          */
405         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
406         // to
407         // be stored
408         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
409                 && hStrucConsensus != null
410                 && hStrucConsensus.length > column)
411         {
412           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
413                   av_ignoreGapsConsensus);
414         }
415       }
416     }
417     return null;
418   }
419
420   boolean rna = false;
421
422   /**
423    * Render the annotation rows associated with an alignment.
424    * 
425    * @param annotPanel
426    *          container frame
427    * @param av
428    *          data and view settings to render
429    * @param g
430    *          destination for graphics
431    * @param activeRow
432    *          row where a mouse event occured (or -1)
433    * @param startRes
434    *          first column that will be drawn
435    * @param endRes
436    *          last column that will be drawn
437    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
438    *         currently being calculated
439    */
440   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
441           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
442           int endRes)
443   {
444     long stime = System.currentTimeMillis();
445     boolean usedFaded = false;
446     // NOTES:
447     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
448     // AlignViewport
449     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
450     fm = g.getFontMetrics();
451     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
452     int temp = 0;
453     if (aa == null)
454     {
455       return false;
456     }
457     int x = 0, y = 0;
458     int column = 0;
459     char lastSS;
460     int lastSSX;
461     int iconOffset = 0;
462     boolean validRes = false;
463     boolean validEnd = false;
464     boolean labelAllCols = false;
465     boolean centreColLabels;
466     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
467     boolean scaleColLabel = false;
468     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
469             .getAlignmentConsensusAnnotation();
470     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
471             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
472     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
473             .getComplementConsensusAnnotation();
474     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
475             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
476
477     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
478     int charOffset = 0; // offset for a label
479     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
480     // column.
481     Font ofont = g.getFont();
482     // \u03B2 \u03B1
483     // debug ints
484     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
485     boolean clipst = false, clipend = false;
486     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
487     {
488       AlignmentAnnotation row = aa[i];
489       isRNA = row.isRNA();
490       {
491         // check if this is a consensus annotation row and set the display
492         // settings appropriately
493         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
494         // data
495         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
496         {
497           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
498           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
499           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
500         }
501         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
502                 || row == complementConsensusAnnot)
503         {
504           renderHistogram = av_renderHistogram;
505           renderProfile = av_renderProfile;
506           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
507         }
508         else
509         {
510           renderHistogram = true;
511           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
512           // currently used in any other annotation track renderer
513         }
514       }
515       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
516       if (!row.visible)
517       {
518         continue;
519       }
520       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
521       labelAllCols = row.showAllColLabels;
522       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
523       lastSS = ' ';
524       lastSSX = 0;
525
526       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
527               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
528       {// if_in_visible_region
529         if (!clipst)
530         {
531           clipst = true;
532           yfrom = y;
533           f_i = i;
534         }
535         yto = y;
536         f_to = i;
537         if (row.graph > 0)
538         {
539           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
540           {
541             continue;
542           }
543
544           // this is so that we draw the characters below the graph
545           y += row.height;
546
547           if (row.hasText)
548           {
549             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
550             y -= charHeight;
551           }
552         }
553         else if (row.hasText)
554         {
555           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
556
557         }
558         else
559         {
560           iconOffset = 0;
561         }
562
563         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
564         {
565           y += charHeight;
566           usedFaded = true;
567           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
568                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
569           g.setColor(Color.black);
570           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
571
572           continue;
573         }
574
575         /*
576          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
577          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
578          * 
579          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
580          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
581          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
582          * 
583          * g.setColor(Color.black); //
584          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
585          * 
586          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
587          * aa[i].label.equals("Quality")) {
588          * 
589          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
590          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
591          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
592          * g.setColor(Color.black); // /
593          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
594          * 
595          * continue; }
596          */
597         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
598         // column
599         // of startRes
600         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
601         while (x < endRes - startRes)
602         {
603           if (hasHiddenColumns)
604           {
605             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
606             if (column > row_annotations.length - 1)
607             {
608               break;
609             }
610           }
611           else
612           {
613             column = startRes + x;
614           }
615
616           if ((row_annotations == null)
617                   || (row_annotations.length <= column)
618                   || (row_annotations[column] == null))
619           {
620             validRes = false;
621           }
622           else
623           {
624             validRes = true;
625           }
626           final String displayChar = validRes
627                   ? row_annotations[column].displayCharacter
628                   : null;
629           if (x > -1)
630           {
631             if (activeRow == i)
632             {
633               g.setColor(Color.red);
634
635               if (columnSelection != null)
636               {
637                 if (columnSelection.contains(column))
638                 {
639                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
640                 }
641               }
642             }
643             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
644             {
645               g.setColor(Color.orange);
646               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
647             }
648             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
649             {
650               g.setColor(Color.orange.darker());
651               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
652             }
653             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
654                     && (displayChar.length() > 0))
655             {
656
657               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
658                       displayChar.length());
659               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
660               {
661                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
662                 // displayChar.length());
663                 //
664                 // if (scaleColLabel)
665                 // {
666                 // justify the label and scale to fit in column
667                 if (fmWidth > charWidth)
668                 {
669                   // scale only if the current font isn't already small enough
670                   fmScaling = charWidth;
671                   fmScaling /= fmWidth;
672                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
673                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
674                   // and update the label's width to reflect the scaling.
675                   fmWidth = charWidth;
676                 }
677                 // }
678               }
679               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
680               // else
681               // {
682               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
683               // }
684               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
685
686               if (row_annotations[column].colour == null)
687               {
688                 g.setColor(Color.black);
689               }
690               else
691               {
692                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
693               }
694
695               if (column == 0 || row.graph > 0)
696               {
697                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
698                         y + iconOffset);
699               }
700               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
701                       || !displayChar.equals(
702                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
703                       || (displayChar.length() < 2
704                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
705               {
706                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
707                         y + iconOffset);
708               }
709               g.setFont(ofont);
710             }
711           }
712           if (row.hasIcons)
713           {
714             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
715                     : '-';
716
717             if (ss == '(')
718             {
719               // distinguish between forward/backward base-pairing
720               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
721               {
722
723                 ss = ')';
724
725               }
726             }
727             if (ss == '[')
728             {
729               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
730               {
731                 ss = ']';
732
733               }
734             }
735             if (ss == '{')
736             {
737               // distinguish between forward/backward base-pairing
738               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
739               {
740                 ss = '}';
741
742               }
743             }
744             if (ss == '<')
745             {
746               // distinguish between forward/backward base-pairing
747               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
748               {
749                 ss = '>';
750
751               }
752             }
753             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
754             {
755               // distinguish between forward/backward base-pairing
756               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
757               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
758               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
759               {
760                 ss = (char) ssLowerCase;
761               }
762             }
763
764             if (!validRes || (ss != lastSS))
765             {
766
767               if (x > -1)
768               {
769
770                 int nb_annot = x - temp;
771                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
772                 // annot :"+nb_annot);
773                 switch (lastSS)
774                 {
775                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
776                 case ')': // and opposite direction
777                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
778                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
779                   temp = x;
780                   break;
781
782                 case 'H':
783                   if (!isRNA)
784                   {
785                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
786                             iconOffset, startRes, column, validRes,
787                             validEnd);
788                     break;
789                   }
790                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
791                 case 'E':
792                   if (!isRNA)
793                   {
794                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
795                             iconOffset, startRes, column, validRes,
796                             validEnd);
797                     break;
798                   }
799                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
800
801                 case '{':
802                 case '}':
803                 case '[':
804                 case ']':
805                 case '>':
806                 case '<':
807                 case 'A':
808                 case 'a':
809                 case 'B':
810                 case 'b':
811                 case 'C':
812                 case 'c':
813                 case 'D':
814                 case 'd':
815                 case 'e':
816                 case 'F':
817                 case 'f':
818                 case 'G':
819                 case 'g':
820                 case 'h':
821                 case 'I':
822                 case 'i':
823                 case 'J':
824                 case 'j':
825                 case 'K':
826                 case 'k':
827                 case 'L':
828                 case 'l':
829                 case 'M':
830                 case 'm':
831                 case 'N':
832                 case 'n':
833                 case 'O':
834                 case 'o':
835                 case 'P':
836                 case 'p':
837                 case 'Q':
838                 case 'q':
839                 case 'R':
840                 case 'r':
841                 case 'S':
842                 case 's':
843                 case 'T':
844                 case 't':
845                 case 'U':
846                 case 'u':
847                 case 'V':
848                 case 'v':
849                 case 'W':
850                 case 'w':
851                 case 'X':
852                 case 'x':
853                 case 'Y':
854                 case 'y':
855                 case 'Z':
856                 case 'z':
857
858                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
859                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
860                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
861                           validRes, validEnd);
862                   temp = x;
863                   break;
864                 default:
865                   g.setColor(Color.gray);
866                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
867                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
868                   temp = x;
869                   break;
870                 }
871               }
872               if (validRes)
873               {
874                 lastSS = ss;
875               }
876               else
877               {
878                 lastSS = ' ';
879               }
880               if (x > -1)
881               {
882                 lastSSX = (x * charWidth);
883               }
884             }
885           }
886           column++;
887           x++;
888         }
889         if (column >= row_annotations.length)
890         {
891           column = row_annotations.length - 1;
892           validEnd = false;
893         }
894         else
895         {
896           validEnd = true;
897         }
898         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
899                 || (row_annotations[column] == null))
900         {
901           validRes = false;
902         }
903         else
904         {
905           validRes = true;
906         }
907         // x ++;
908
909         if (row.hasIcons)
910         {
911           switch (lastSS)
912           {
913
914           case 'H':
915             if (!isRNA)
916             {
917               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
918                       startRes, column, validRes, validEnd);
919               break;
920             }
921             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
922
923           case 'E':
924             if (!isRNA)
925             {
926               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
927                       startRes, column, validRes, validEnd);
928               break;
929             }
930             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
931
932           case '(':
933           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
934
935             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
936                     startRes, column, validRes, validEnd);
937
938             break;
939           case '{':
940           case '}':
941           case '[':
942           case ']':
943           case '>':
944           case '<':
945           case 'A':
946           case 'a':
947           case 'B':
948           case 'b':
949           case 'C':
950           case 'c':
951           case 'D':
952           case 'd':
953           case 'e':
954           case 'F':
955           case 'f':
956           case 'G':
957           case 'g':
958           case 'h':
959           case 'I':
960           case 'i':
961           case 'J':
962           case 'j':
963           case 'K':
964           case 'k':
965           case 'L':
966           case 'l':
967           case 'M':
968           case 'm':
969           case 'N':
970           case 'n':
971           case 'O':
972           case 'o':
973           case 'P':
974           case 'p':
975           case 'Q':
976           case 'q':
977           case 'R':
978           case 'r':
979           case 'T':
980           case 't':
981           case 'U':
982           case 'u':
983           case 'V':
984           case 'v':
985           case 'W':
986           case 'w':
987           case 'X':
988           case 'x':
989           case 'Y':
990           case 'y':
991           case 'Z':
992           case 'z':
993             // System.out.println(lastSS);
994             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
995             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
996                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
997             break;
998           default:
999             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1000                     startRes, column, validRes, validEnd);
1001             break;
1002           }
1003         }
1004
1005         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1006         {
1007           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1008           {
1009             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1010             {
1011               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1012               // computed efficiently for all visible labels
1013               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1014               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1015               {
1016                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1017                 {
1018                   continue;
1019                 }
1020
1021                 if (aa[gg] != row)
1022                 {
1023                   aa[gg].visible = false;
1024                 }
1025                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1026                 {
1027                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1028                 }
1029                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1030                 {
1031                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1032                 }
1033               }
1034
1035               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1036               {
1037                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1038                 {
1039                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1040                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1041                 }
1042               }
1043
1044               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1045             }
1046             else
1047             {
1048               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1049                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1050             }
1051           }
1052           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1053           {
1054             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1055                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1056                     renderProfile, normaliseProfile);
1057           }
1058         }
1059       }
1060       else
1061       {
1062         if (clipst && !clipend)
1063         {
1064           clipend = true;
1065         }
1066       } // end if_in_visible_region
1067       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1068       {
1069         y += charHeight;
1070       }
1071
1072       if (row.graph == 0)
1073       {
1074         y += aa[i].height;
1075       }
1076     }
1077     if (debugRedraw)
1078     {
1079       if (canClip)
1080       {
1081         if (clipst)
1082         {
1083           System.err.println(
1084                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1085         }
1086         if (clipend)
1087         {
1088           System.err.println(
1089                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1090         }
1091       }
1092       ;
1093       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1094               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1095     }
1096     ;
1097
1098     return !usedFaded;
1099   }
1100
1101   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1102
1103   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1104
1105   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1106
1107   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1108
1109   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1110
1111   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1112           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1113           boolean validEnd)
1114   {
1115     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1116     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1117   }
1118
1119   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1120
1121           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1122           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1123   {
1124     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1125
1126     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1127             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1128     {
1129       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1130               7);
1131       g.fillPolygon(
1132               new int[]
1133               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1134               new int[]
1135               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1136               3);
1137     }
1138     else
1139     {
1140       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1141               7);
1142     }
1143
1144   }
1145
1146   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1147           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1148           boolean validEnd)
1149   {
1150     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1151
1152     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1153             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1154     int x1 = lastSSX;
1155     int x2 = (x * charWidth);
1156
1157     if (MAC)
1158     {
1159       int ofs = charWidth / 2;
1160       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1161       // to offscreen image on the MAC
1162       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1163       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1164               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1165       {
1166       }
1167       else
1168       {
1169         // g.setColor(Color.orange);
1170         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1171                 0, 0);
1172       }
1173       if (!validRes || row[column] == null
1174               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1175       {
1176
1177       }
1178       else
1179       {
1180         // g.setColor(Color.magenta);
1181         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1182                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1183
1184       }
1185
1186       return;
1187     }
1188
1189     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1190             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1191     {
1192       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1193       x1 += charWidth / 2;
1194     }
1195
1196     if (!validRes || row[column] == null
1197             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1198     {
1199       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1200               8, 270, 180);
1201       x2 -= charWidth / 2;
1202     }
1203
1204     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1205   }
1206
1207   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1208           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1209           float max, int graphHeight)
1210   {
1211     if (sRes > aa_annotations.length)
1212     {
1213       return;
1214     }
1215
1216     int x = 0;
1217
1218     // Adjustment for fastpaint to left
1219     if (eRes < endRes)
1220     {
1221       eRes++;
1222     }
1223
1224     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1225
1226     if (sRes == 0)
1227     {
1228       x++;
1229     }
1230
1231     int y1 = y, y2 = y;
1232     float range = max - min;
1233
1234     // //Draw origin
1235     if (min < 0)
1236     {
1237       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1238     }
1239
1240     g.setColor(Color.gray);
1241     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1242
1243     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1244
1245     int column;
1246     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1247
1248     while (x < eRes - sRes)
1249     {
1250       column = sRes + x;
1251       if (hasHiddenColumns)
1252       {
1253         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1254       }
1255
1256       if (column > aaMax)
1257       {
1258         break;
1259       }
1260
1261       if (aa_annotations[column] == null
1262               || aa_annotations[column - 1] == null)
1263       {
1264         x++;
1265         continue;
1266       }
1267
1268       if (aa_annotations[column].colour == null)
1269       {
1270         g.setColor(Color.black);
1271       }
1272       else
1273       {
1274         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1275       }
1276
1277       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1278               * graphHeight);
1279       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1280               * graphHeight);
1281
1282       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1283               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1284       x++;
1285     }
1286
1287     if (_aa.threshold != null)
1288     {
1289       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1290       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1291       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1292               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1293               { 5f, 3f }, 0f));
1294
1295       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1296       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1297       g2.setStroke(new BasicStroke());
1298     }
1299   }
1300
1301   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1302           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1303           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1304           boolean normaliseProfile)
1305   {
1306     if (sRes > aa_annotations.length)
1307     {
1308       return;
1309     }
1310     Font ofont = g.getFont();
1311     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1312
1313     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1314
1315     float range = max - min;
1316
1317     if (min < 0)
1318     {
1319       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1320     }
1321
1322     g.setColor(Color.gray);
1323
1324     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1325
1326     int column;
1327     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1328     while (x < eRes - sRes)
1329     {
1330       column = sRes + x;
1331       if (hasHiddenColumns)
1332       {
1333         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1334       }
1335
1336       if (column > aaMax)
1337       {
1338         break;
1339       }
1340
1341       if (aa_annotations[column] == null)
1342       {
1343         x++;
1344         continue;
1345       }
1346       if (aa_annotations[column].colour == null)
1347       {
1348         g.setColor(Color.black);
1349       }
1350       else
1351       {
1352         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1353       }
1354
1355       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1356               * _aa.graphHeight);
1357
1358       if (renderHistogram)
1359       {
1360         if (y1 - y2 > 0)
1361         {
1362           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1363         }
1364         else
1365         {
1366           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1367         }
1368       }
1369       // draw profile if available
1370       if (renderProfile)
1371       {
1372
1373         /*
1374          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1375          */
1376         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1377
1378         // just try to draw the logo if profl is not null
1379         if (profl != null && profl[2] != 0)
1380         {
1381           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1382           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1383           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1384           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1385           double hght;
1386           float wdth;
1387           double ht2 = 0;
1388           char[] dc;
1389
1390           /**
1391            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1392            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1393            */
1394           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1395
1396           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1397           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1398           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1399           double scl = 0.0;
1400
1401           /*
1402            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1403            */
1404           int c = 3;
1405           int valuesProcessed = 0;
1406           // profl[1] is the number of values in the profile
1407           while (valuesProcessed < profl[1])
1408           {
1409             if (isStructureProfile)
1410             {
1411               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1412               dc[0] = (char) profl[c++];
1413               dc[1] = (char) profl[c++];
1414             }
1415             else if (isCdnaProfile)
1416             {
1417               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1418             }
1419             else
1420             {
1421               dc[0] = (char) profl[c++];
1422             }
1423
1424             wdth = charWidth;
1425             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1426
1427             ht += scl;
1428             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1429             scl = htn * scale * profl[c++];
1430             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1431                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1432             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1433                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1434             g.setFont(font);
1435             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1436
1437             // Debug - render boxes around characters
1438             // g.setColor(Color.red);
1439             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1440             // (int)(scl));
1441             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1442
1443             /*
1444              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1445              * codon translation if a cDNA profile
1446              */
1447             Color colour = null;
1448             if (isCdnaProfile)
1449             {
1450               final String codonTranslation = ResidueProperties
1451                       .codonTranslate(new String(dc));
1452               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1453                       column, null);
1454             }
1455             else
1456             {
1457               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1458             }
1459             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1460
1461             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1462                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1463
1464             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1465             valuesProcessed++;
1466           }
1467           g.setFont(ofont);
1468         }
1469       }
1470       x++;
1471     }
1472     if (_aa.threshold != null)
1473     {
1474       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1475       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1476       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1477               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1478               { 5f, 3f }, 0f));
1479
1480       y2 = (int) (y
1481               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1482       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1483       g2.setStroke(new BasicStroke());
1484     }
1485   }
1486
1487   // used by overview window
1488   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1489           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1490   {
1491     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1492     g.setColor(Color.white);
1493     g.fillRect(0, 0, width, y);
1494     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1495
1496     int x = 0, height;
1497
1498     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1499     {
1500       if (aa_annotations[j] != null)
1501       {
1502         if (aa_annotations[j].colour == null)
1503         {
1504           g.setColor(Color.black);
1505         }
1506         else
1507         {
1508           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1509         }
1510
1511         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1512         if (height > y)
1513         {
1514           height = y;
1515         }
1516
1517         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1518       }
1519       x += charWidth;
1520     }
1521   }
1522
1523   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1524   {
1525     switch (lastss)
1526     {
1527     case '{':
1528     case '}':
1529       return new Color(255, 125, 5);
1530
1531     case '[':
1532     case ']':
1533       return new Color(245, 115, 10);
1534
1535     case '>':
1536     case '<':
1537       return new Color(235, 135, 15);
1538
1539     case 'A':
1540     case 'a':
1541       return new Color(225, 105, 20);
1542
1543     case 'B':
1544     case 'b':
1545       return new Color(215, 145, 30);
1546
1547     case 'C':
1548     case 'c':
1549       return new Color(205, 95, 35);
1550
1551     case 'D':
1552     case 'd':
1553       return new Color(195, 155, 45);
1554
1555     case 'E':
1556     case 'e':
1557       return new Color(185, 85, 55);
1558
1559     case 'F':
1560     case 'f':
1561       return new Color(175, 165, 65);
1562
1563     case 'G':
1564     case 'g':
1565       return new Color(170, 75, 75);
1566
1567     case 'H':
1568     case 'h':
1569       return new Color(160, 175, 85);
1570
1571     case 'I':
1572     case 'i':
1573       return new Color(150, 65, 95);
1574
1575     case 'J':
1576     case 'j':
1577       return new Color(140, 185, 105);
1578
1579     case 'K':
1580     case 'k':
1581       return new Color(130, 55, 110);
1582
1583     case 'L':
1584     case 'l':
1585       return new Color(120, 195, 120);
1586
1587     case 'M':
1588     case 'm':
1589       return new Color(110, 45, 130);
1590
1591     case 'N':
1592     case 'n':
1593       return new Color(100, 205, 140);
1594
1595     case 'O':
1596     case 'o':
1597       return new Color(90, 35, 150);
1598
1599     case 'P':
1600     case 'p':
1601       return new Color(85, 215, 160);
1602
1603     case 'Q':
1604     case 'q':
1605       return new Color(75, 25, 170);
1606
1607     case 'R':
1608     case 'r':
1609       return new Color(65, 225, 180);
1610
1611     case 'S':
1612     case 's':
1613       return new Color(55, 15, 185);
1614
1615     case 'T':
1616     case 't':
1617       return new Color(45, 235, 195);
1618
1619     case 'U':
1620     case 'u':
1621       return new Color(35, 5, 205);
1622
1623     case 'V':
1624     case 'v':
1625       return new Color(25, 245, 215);
1626
1627     case 'W':
1628     case 'w':
1629       return new Color(15, 0, 225);
1630
1631     case 'X':
1632     case 'x':
1633       return new Color(10, 255, 235);
1634
1635     case 'Y':
1636     case 'y':
1637       return new Color(5, 150, 245);
1638
1639     case 'Z':
1640     case 'z':
1641       return new Color(0, 80, 255);
1642
1643     default:
1644       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1645       return null;
1646
1647     }
1648   }
1649 }