src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import java.awt.BasicStroke;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.Image;
  30 import java.awt.RenderingHints;
  31 import java.awt.Stroke;
  32 import java.awt.geom.AffineTransform;
  33 import java.awt.image.ImageObserver;
  34 import java.util.BitSet;
  35 import java.util.HashMap;
  36 import java.util.Hashtable;
  37 import java.util.Map;
  38
  39 import org.jfree.graphics2d.svg.SVGGraphics2D;
  40 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  41
  42 import jalview.analysis.AAFrequency;
  43 import jalview.analysis.CodingUtils;
  44 import jalview.analysis.Rna;
  45 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  46 import jalview.api.AlignViewportI;
  47 import jalview.bin.Cache;
  48 import jalview.bin.Console;
  49 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  50 import jalview.datamodel.Annotation;
  51 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  52 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  53 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  54 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  55 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  56 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  57 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  58 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  59 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  60 import jalview.util.Platform;
  61
  62 public class AnnotationRenderer
  63 {
  64   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  65
  66   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  67
  68   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  69
  70   /**
  71    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  72    */
  73   private final boolean debugRedraw;
  74
  75   private int charWidth, endRes, charHeight;
  76
  77   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  78
  79   private FontMetrics fm;
  80
  81   private final boolean USE_FILL_ROUND_RECT = Platform.isAMacAndNotJS();
  82
  83   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  84           av_normaliseProfile = false;
  85
  86   ResidueShaderI profcolour = null;
  87
  88   private ColumnSelection columnSelection;
  89
  90   private HiddenColumns hiddenColumns;
  91
  92   private ProfilesI hconsensus;
  93
  94   private Hashtable<String, Object>[] complementConsensus;
  95
  96   private Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus;
  97
  98   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  99
 100   private boolean renderingVectors = false;
 101
 102   private boolean glyphLineDrawn = false;
 103
 104   /**
 105    * attributes set from AwtRenderPanelI
 106    */
 107   /**
 108    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 109    * rendered
 110    */
 111   private Image fadedImage;
 112
 113   /**
 114    * panel being rendered into
 115    */
 116   private ImageObserver annotationPanel;
 117
 118   /**
 119    * width of image to render in panel
 120    */
 121   private int imgWidth;
 122
 123   /**
 124    * offset to beginning of visible area
 125    */
 126   private int sOffset;
 127
 128   /**
 129    * offset to end of visible area
 130    */
 131   private int visHeight;
 132
 133   /**
 134    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 135    * annotation given the current view settings
 136    */
 137   private boolean useClip = true;
 138
 139   /**
 140    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 141    * jalview 2.8.1
 142    */
 143   private boolean canClip = false;
 144
 145   public AnnotationRenderer()
 146   {
 147     this(false);
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Create a new annotation Renderer
 152    *
 153    * @param debugRedraw
 154    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 155    *          output
 156    */
 157   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 158   {
 159     this.debugRedraw = debugRedraw;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 164    */
 165   public void dispose()
 166   {
 167     hiddenColumns = null;
 168     hconsensus = null;
 169     complementConsensus = null;
 170     hStrucConsensus = null;
 171     fadedImage = null;
 172     annotationPanel = null;
 173     rendererFactoryI = null;
 174   }
 175
 176   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 177           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 178           boolean validRes, boolean validEnd)
 179   {
 180     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 181             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 182     int x1 = lastSSX;
 183     int x2 = (x * charWidth);
 184
 185     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 186             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 187
 188     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 189             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure
 190             || !validEnd;
 191     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 192             || row_annotations[column] == null
 193             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 194
 195     if (diffupstream || diffdownstream)
 196     {
 197       // draw glyphline under arrow
 198       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
 199     }
 200     g.setColor(STEM_COLOUR);
 201
 202     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 203     {
 204       if (diffupstream)
 205       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 206       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 207       {
 208         /*
 209          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 210          * display a backward arrow
 211          */
 212         fillPolygon(g, new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 213                 new int[]
 214                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 215                     y + 7 + iconOffset },
 216                 3);
 217         x1 += 5;
 218       }
 219       if (diffdownstream)
 220       {
 221         x2 -= 1;
 222       }
 223     }
 224     else
 225     {
 226       // display a forward arrow
 227       if (diffdownstream)
 228       {
 229         /*
 230          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 231          * display a forward arrow
 232          */
 233         fillPolygon(g, new int[] { x2 - 6, x2 - 6, x2 - 1 },
 234                 new int[]
 235                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 236                     y + 7 + iconOffset },
 237                 3);
 238         x2 -= 5;
 239       }
 240       if (diffupstream)
 241       {
 242         x1 += 1;
 243       }
 244     }
 245     // draw arrow body
 246     unsetAntialias(g);
 247     fillRect(g, x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 6);
 248   }
 249
 250   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 251           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 252           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 253           boolean validEnd)
 254   {
 255     // Console.info(nonCanColor);
 256
 257     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 258             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 259     int x1 = lastSSX;
 260     int x2 = (x * charWidth);
 261
 262     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 263             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 264
 265     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 266             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter)
 267             || !validEnd;
 268     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 269             || row_annotations[column] == null
 270             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 271     // Console.info("Column "+column+" diff up:
 272     // "+diffupstream+"
 273     // down:"+diffdownstream);
 274     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 275     if (diffupstream || diffdownstream)
 276     {
 277       // draw glyphline under arrow
 278       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
 279     }
 280     g.setColor(nonCanColor);
 281     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 282     {
 283
 284       if (diffupstream)
 285       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 286       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 287       {
 288         fillPolygon(g, new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 289                 new int[]
 290                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 291                     y + 7 + iconOffset },
 292                 3);
 293         x1 += 5;
 294       }
 295       if (diffdownstream)
 296       {
 297         x2 -= 1;
 298       }
 299     }
 300     else
 301     {
 302
 303       // display a forward arrow
 304       if (diffdownstream)
 305       {
 306         fillPolygon(g, new int[] { x2 - 6, x2 - 6, x2 - 1 },
 307                 new int[]
 308                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 309                     y + 7 + iconOffset },
 310                 3);
 311         x2 -= 5;
 312       }
 313       if (diffupstream)
 314       {
 315         x1 += 1;
 316       }
 317     }
 318     // draw arrow body
 319     unsetAntialias(g);
 320     fillRect(g, x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 6);
 321   }
 322
 323   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 324   // av)
 325   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 326           AlignViewportI av)
 327   {
 328     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 329     annotationPanel = annotPanel;
 330     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 331     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 332     // visible area for rendering
 333     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 334     if (bounds != null)
 335     {
 336       sOffset = bounds[0];
 337       visHeight = bounds[1];
 338       if (visHeight == 0)
 339       {
 340         useClip = false;
 341       }
 342       else
 343       {
 344         useClip = canClip;
 345       }
 346     }
 347     else
 348     {
 349       useClip = false;
 350     }
 351
 352     rendererFactoryI = AnnotationRendererFactory.getRendererFactory();
 353     updateFromAlignViewport(av);
 354   }
 355
 356   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 357   {
 358     charWidth = av.getCharWidth();
 359     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 360     charHeight = av.getCharHeight();
 361     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 362     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 363     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 364     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 365     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 366     profcolour = av.getResidueShading();
 367     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 368     {
 369       /*
 370        * Use default colour for sequence logo if
 371        * the alignment has no colourscheme set
 372        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 373        */
 374       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 375               ? new NucleotideColourScheme()
 376               : new ZappoColourScheme();
 377       profcolour = new ResidueShader(col);
 378     }
 379     columnSelection = av.getColumnSelection();
 380     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 381     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 382     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 383     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 384     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 389    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 390    * depend on the profile type.
 391    *
 392    * @param aa
 393    * @param column
 394    * @return
 395    */
 396   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 397   {
 398     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 399     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 400     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 401     //
 402     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 403             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 404     {
 405       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 406       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 407               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 408       {
 409         // TODO? group consensus for cDNA complement
 410         return AAFrequency.extractProfile(
 411                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 412                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 413       }
 414       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 415       // be stored
 416       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 417       {
 418         if (forComplement)
 419         {
 420           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 421                   av_ignoreGapsConsensus);
 422         }
 423         else
 424         {
 425           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 426                   av_ignoreGapsConsensus);
 427         }
 428       }
 429     }
 430     else
 431     {
 432       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 433       {
 434         // TODO implement group structure consensus
 435         /*
 436          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 437          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 438          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 439          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 440          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 441          */
 442         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 443         // to
 444         // be stored
 445         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 446                 && hStrucConsensus != null
 447                 && hStrucConsensus.length > column)
 448         {
 449           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 450                   av_ignoreGapsConsensus);
 451         }
 452       }
 453     }
 454     return null;
 455   }
 456
 457   boolean rna = false;
 458
 459   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 460
 461   /**
 462    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 463    *
 464    * @param annotPanel
 465    *          container frame
 466    * @param av
 467    *          data and view settings to render
 468    * @param g
 469    *          destination for graphics
 470    * @param activeRow
 471    *          row where a mouse event occured (or -1)
 472    * @param startRes
 473    *          first column that will be drawn
 474    * @param endRes
 475    *          last column that will be drawn
 476    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 477    *         currently being calculated
 478    */
 479   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 480           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 481           int endRes)
 482   {
 483     if (g instanceof EpsGraphics2D || g instanceof SVGGraphics2D)
 484     {
 485       this.setVectorRendering(true);
 486     }
 487     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
 488
 489     long stime = System.currentTimeMillis();
 490     boolean usedFaded = false;
 491     // NOTES:
 492     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 493     // AlignViewport
 494     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 495     fm = g.getFontMetrics();
 496     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 497     // int temp = 0;
 498     if (aa == null)
 499     {
 500       return false;
 501     }
 502     int x = 0, y = 0;
 503     int column = 0;
 504     char lastSS;
 505     int lastSSX;
 506     int iconOffset = 0;
 507     boolean validRes = false;
 508     boolean validEnd = false;
 509     boolean labelAllCols = false;
 510     // boolean centreColLabels;
 511     // boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 512     boolean scaleColLabel = false;
 513     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 514             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 515     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 516             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 517     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 518             .getComplementConsensusAnnotation();
 519
 520     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 521     int charOffset = 0; // offset for a label
 522     // \u03B2 \u03B1
 523     // debug ints
 524     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 525     boolean clipst = false, clipend = false;
 526     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 527     {
 528       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 529       boolean renderHistogram = true;
 530       boolean renderProfile = false;
 531       boolean normaliseProfile = false;
 532       boolean isRNA = row.isRNA();
 533
 534       // check if this is a consensus annotation row and set the display
 535       // settings appropriately
 536       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 537       // data
 538       if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 539       {
 540         renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 541         renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 542         normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 543       }
 544       else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 545               || row == complementConsensusAnnot)
 546       {
 547         renderHistogram = av_renderHistogram;
 548         renderProfile = av_renderProfile;
 549         normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 550       }
 551
 552       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 553       if (!row.visible)
 554       {
 555         continue;
 556       }
 557       // centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 558       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 559       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 560       lastSS = ' ';
 561       lastSSX = 0;
 562
 563       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 564               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 565       {// if_in_visible_region
 566         if (!clipst)
 567         {
 568           clipst = true;
 569           yfrom = y;
 570           f_i = i;
 571         }
 572         yto = y;
 573         f_to = i;
 574         if (row.graph > 0)
 575         {
 576           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 577           {
 578             continue;
 579           }
 580
 581           // this is so that we draw the characters below the graph
 582           y += row.height;
 583
 584           if (row.hasText)
 585           {
 586             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 587             y -= charHeight;
 588           }
 589         }
 590         else if (row.hasText)
 591         {
 592           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 593
 594         }
 595         else
 596         {
 597           iconOffset = 0;
 598         }
 599
 600         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 601         {
 602           y += charHeight;
 603           usedFaded = true;
 604           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 605                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 606           g.setColor(Color.black);
 607           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 608
 609           continue;
 610         }
 611
 612         /*
 613          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 614          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 615          *
 616          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 617          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 618          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 619          *
 620          * g.setColor(Color.black); //
 621          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 622          *
 623          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 624          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 625          *
 626          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 627          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 628          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 629          * g.setColor(Color.black); // /
 630          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 631          *
 632          * continue; }
 633          */
 634
 635         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 636         // column
 637         // of startRes
 638
 639         // flag used for vector rendition
 640         this.glyphLineDrawn = false;
 641         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 642         while (x < endRes - startRes)
 643         {
 644           if (hasHiddenColumns)
 645           {
 646             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 647             if (column > row_annotations.length - 1)
 648             {
 649               break;
 650             }
 651           }
 652           else
 653           {
 654             column = startRes + x;
 655           }
 656
 657           if ((row_annotations == null)
 658                   || (row_annotations.length <= column)
 659                   || (row_annotations[column] == null))
 660           {
 661             validRes = false;
 662           }
 663           else
 664           {
 665             validRes = true;
 666           }
 667           final String displayChar = validRes
 668                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 669                   : null;
 670           if (x > -1)
 671           {
 672             unsetAntialias(g);
 673             if (activeRow == i)
 674             {
 675               g.setColor(Color.red);
 676
 677               if (columnSelection != null)
 678               {
 679                 if (columnSelection.contains(column))
 680                 {
 681                   fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 682                 }
 683               }
 684             }
 685             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 686             {
 687               g.setColor(Color.orange);
 688               fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 689             }
 690             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 691             {
 692               g.setColor(Color.orange.darker());
 693               fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 694             }
 695             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 696                     && (displayChar.length() > 0))
 697             {
 698               // Graphics2D gg = (g);
 699               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 700                       displayChar.length());
 701
 702               /*
 703                * shrink label width to fit in column, if that is
 704                * both configured and necessary
 705                */
 706               boolean scaledToFit = false;
 707               float fmScaling = 1f;
 708               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 709               {
 710                 scaledToFit = true;
 711                 fmScaling = charWidth;
 712                 fmScaling /= fmWidth;
 713                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 714                 fmWidth = charWidth;
 715               }
 716
 717               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 718
 719               if (row_annotations[column].colour == null)
 720               {
 721                 g2d.setColor(Color.black);
 722               }
 723               else
 724               {
 725                 g2d.setColor(row_annotations[column].colour);
 726               }
 727
 728               /*
 729                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 730                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 731                */
 732               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 733               final int yPos = y + iconOffset;
 734
 735               /*
 736                * translate to drawing position _before_ applying any scaling
 737                */
 738               g2d.translate(xPos, yPos);
 739               if (scaledToFit)
 740               {
 741                 /*
 742                  * use a scaling transform to make the label narrower
 743                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 744                  */
 745                 g2d.transform(
 746                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 747               }
 748               setAntialias(g);
 749               if (column == 0 || row.graph > 0)
 750               {
 751                 g2d.drawString(displayChar, 0, 0);
 752               }
 753               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 754                       || !displayChar.equals(
 755                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 756                       || (displayChar.length() < 2
 757                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 758               {
 759                 g2d.drawString(displayChar, 0, 0);
 760               }
 761               if (scaledToFit)
 762               {
 763                 /*
 764                  * undo scaling before translating back
 765                  * (restoring saved transform does NOT work in JS PDFGraphics!)
 766                  */
 767                 g2d.transform(AffineTransform
 768                         .getScaleInstance(1D / fmScaling, 1.0));
 769               }
 770               g2d.translate(-xPos, -yPos);
 771             }
 772           }
 773           if (row.hasIcons)
 774           {
 775             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 776                     : '-';
 777
 778             if (ss == '(')
 779             {
 780               // distinguish between forward/backward base-pairing
 781               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 782               {
 783
 784                 ss = ')';
 785
 786               }
 787             }
 788             if (ss == '[')
 789             {
 790               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 791               {
 792                 ss = ']';
 793
 794               }
 795             }
 796             if (ss == '{')
 797             {
 798               // distinguish between forward/backward base-pairing
 799               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 800               {
 801                 ss = '}';
 802
 803               }
 804             }
 805             if (ss == '<')
 806             {
 807               // distinguish between forward/backward base-pairing
 808               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 809               {
 810                 ss = '>';
 811
 812               }
 813             }
 814             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 815             {
 816               // distinguish between forward/backward base-pairing
 817               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 818               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 819               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 820               {
 821                 ss = (char) ssLowerCase;
 822               }
 823             }
 824
 825             if (!validRes || (ss != lastSS))
 826             {
 827
 828               if (x > 0)
 829               {
 830
 831                 // int nb_annot = x - temp;
 832                 // Console.info("\t type :"+lastSS+"\t x
 833                 // :"+x+"\t nbre
 834                 // annot :"+nb_annot);
 835                 switch (lastSS)
 836                 {
 837                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 838                 case ')': // and opposite direction
 839                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 840                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 841                   // temp = x;
 842                   break;
 843
 844                 case 'H':
 845                   if (!isRNA)
 846                   {
 847                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 848                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 849                             validEnd);
 850                     break;
 851                   }
 852                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 853                 case 'E':
 854                   if (!isRNA)
 855                   {
 856                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 857                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 858                             validEnd);
 859                     break;
 860                   }
 861                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 862
 863                 case '{':
 864                 case '}':
 865                 case '[':
 866                 case ']':
 867                 case '>':
 868                 case '<':
 869                 case 'A':
 870                 case 'a':
 871                 case 'B':
 872                 case 'b':
 873                 case 'C':
 874                 case 'c':
 875                 case 'D':
 876                 case 'd':
 877                 case 'e':
 878                 case 'F':
 879                 case 'f':
 880                 case 'G':
 881                 case 'g':
 882                 case 'h':
 883                 case 'I':
 884                 case 'i':
 885                 case 'J':
 886                 case 'j':
 887                 case 'K':
 888                 case 'k':
 889                 case 'L':
 890                 case 'l':
 891                 case 'M':
 892                 case 'm':
 893                 case 'N':
 894                 case 'n':
 895                 case 'O':
 896                 case 'o':
 897                 case 'P':
 898                 case 'p':
 899                 case 'Q':
 900                 case 'q':
 901                 case 'R':
 902                 case 'r':
 903                 case 'S':
 904                 case 's':
 905                 case 'T':
 906                 case 't':
 907                 case 'U':
 908                 case 'u':
 909                 case 'V':
 910                 case 'v':
 911                 case 'W':
 912                 case 'w':
 913                 case 'X':
 914                 case 'x':
 915                 case 'Y':
 916                 case 'y':
 917                 case 'Z':
 918                 case 'z':
 919
 920                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 921                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 922                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 923                           validRes, validEnd);
 924                   // temp = x;
 925                   break;
 926                 default:
 927                   if (isVectorRendering())
 928                   {
 929                     // draw single full width glyphline
 930                     drawGlyphLine(g, lastSSX, endRes - x, y, iconOffset);
 931                     // disable more glyph lines
 932                     this.glyphLineDrawn = true;
 933                   }
 934                   else
 935                   {
 936                     drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
 937                   }
 938                   break;
 939                 }
 940               }
 941               if (validRes)
 942               {
 943                 lastSS = ss;
 944               }
 945               else
 946               {
 947                 lastSS = ' ';
 948               }
 949               if (x > -1)
 950               {
 951                 lastSSX = (x * charWidth);
 952               }
 953             }
 954           }
 955           column++;
 956           x++;
 957         }
 958         if (column >= row_annotations.length)
 959         {
 960           column = row_annotations.length - 1;
 961           validEnd = false;
 962         }
 963         else
 964         {
 965           validEnd = true;
 966         }
 967         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 968                 || (row_annotations[column] == null))
 969         {
 970           validRes = false;
 971         }
 972         else
 973         {
 974           validRes = true;
 975         }
 976         // x ++;
 977
 978         if (row.hasIcons)
 979         {
 980           switch (lastSS)
 981           {
 982
 983           case 'H':
 984             if (!isRNA)
 985             {
 986               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 987                       startRes, column, validRes, validEnd);
 988               break;
 989             }
 990             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 991
 992           case 'E':
 993             if (!isRNA)
 994             {
 995               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 996                       startRes, column, validRes, validEnd);
 997               break;
 998             }
 999             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
1000
1001           case '(':
1002           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
1003
1004             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1005                     startRes, column, validRes, validEnd);
1006
1007             break;
1008           case '{':
1009           case '}':
1010           case '[':
1011           case ']':
1012           case '>':
1013           case '<':
1014           case 'A':
1015           case 'a':
1016           case 'B':
1017           case 'b':
1018           case 'C':
1019           case 'c':
1020           case 'D':
1021           case 'd':
1022           case 'e':
1023           case 'F':
1024           case 'f':
1025           case 'G':
1026           case 'g':
1027           case 'h':
1028           case 'I':
1029           case 'i':
1030           case 'J':
1031           case 'j':
1032           case 'K':
1033           case 'k':
1034           case 'L':
1035           case 'l':
1036           case 'M':
1037           case 'm':
1038           case 'N':
1039           case 'n':
1040           case 'O':
1041           case 'o':
1042           case 'P':
1043           case 'p':
1044           case 'Q':
1045           case 'q':
1046           case 'R':
1047           case 'r':
1048           case 'T':
1049           case 't':
1050           case 'U':
1051           case 'u':
1052           case 'V':
1053           case 'v':
1054           case 'W':
1055           case 'w':
1056           case 'X':
1057           case 'x':
1058           case 'Y':
1059           case 'y':
1060           case 'Z':
1061           case 'z':
1062             // Console.info(lastSS);
1063             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1064             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1065                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1066             break;
1067           default:
1068             if (isVectorRendering())
1069             {
1070               // draw single full width glyphline
1071               drawGlyphLine(g, lastSSX, endRes - x, y, iconOffset);
1072               // disable more glyph lines
1073               this.glyphLineDrawn = true;
1074             }
1075             else
1076             {
1077               drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1078             }
1079             break;
1080           }
1081         }
1082
1083         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1084         {
1085           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1086           {
1087             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1088             {
1089               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1090               // computed efficiently for all visible labels
1091               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1092               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1093               {
1094                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1095                 {
1096                   continue;
1097                 }
1098
1099                 if (aa[gg] != row)
1100                 {
1101                   aa[gg].visible = false;
1102                 }
1103                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1104                 {
1105                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1106                 }
1107                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1108                 {
1109                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1110                 }
1111               }
1112
1113               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1114               {
1115                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1116                 {
1117                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1118                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1119                 }
1120               }
1121
1122               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1123             }
1124             else
1125             {
1126               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1127                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1128             }
1129           }
1130           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1131           {
1132             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1133                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1134                     renderProfile, normaliseProfile);
1135           }
1136           else
1137           {
1138             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1139                     .getRendererFor(row);
1140             if (renderer != null)
1141             {
1142               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight, hasHiddenColumns,
1143                       av, hiddenColumns, columnSelection, row,
1144                       row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1145                       row.graphMax, y);
1146             }
1147             if (debugRedraw)
1148             {
1149               if (renderer == null)
1150               {
1151                 System.err
1152                         .println("No renderer found for " + row.toString());
1153               }
1154               else
1155               {
1156                 Console.warn(
1157                         "rendered with " + renderer.getClass().toString());
1158               }
1159             }
1160
1161           }
1162         }
1163       }
1164       else
1165       {
1166         if (clipst && !clipend)
1167         {
1168           clipend = true;
1169         }
1170       } // end if_in_visible_region
1171       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1172       {
1173         y += charHeight;
1174       }
1175
1176       if (row.graph == 0)
1177       {
1178         y += aa[i].height;
1179       }
1180     }
1181     if (debugRedraw)
1182     {
1183       if (canClip)
1184       {
1185         if (clipst)
1186         {
1187           Console.warn("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1188         }
1189         if (clipend)
1190         {
1191           Console.warn("End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1192         }
1193       }
1194       ;
1195       Console.warn("Annotation Rendering time:"
1196               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1197     }
1198     ;
1199
1200     return !usedFaded;
1201   }
1202
1203   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1204
1205   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1206
1207   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1208
1209   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1210
1211   // private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1212
1213   void drawGlyphLine(Graphics g, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset)
1214   {
1215     if (glyphLineDrawn)
1216     {
1217       // if we've drawn a single long glyphline for an export, don't draw the
1218       // bits
1219       return;
1220     }
1221     unsetAntialias(g);
1222     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1223     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1224   }
1225
1226   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1227
1228           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1229           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1230   {
1231     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1232             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1233     {
1234       // draw the glyphline underneath
1235       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1236
1237       g.setColor(SHEET_COLOUR);
1238       fillRect(g, lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1239               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 6);
1240       fillPolygon(g,
1241               new int[]
1242               { (x * charWidth) - 6, (x * charWidth) - 6,
1243                   (x * charWidth - 1) },
1244               new int[]
1245               { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
1246                   y + 7 + iconOffset },
1247               3);
1248     }
1249     else
1250     {
1251       g.setColor(SHEET_COLOUR);
1252       fillRect(g, lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX,
1253               6);
1254     }
1255   }
1256
1257   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1258           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1259           boolean validEnd)
1260   {
1261     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1262             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1263     int x1 = lastSSX;
1264     int x2 = (x * charWidth);
1265
1266     if (USE_FILL_ROUND_RECT || isVectorRendering())
1267     {
1268       // draw glyph line behind helix (visible in EPS or SVG output)
1269       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1270
1271       g.setColor(HELIX_COLOUR);
1272       setAntialias(g);
1273       int ofs = charWidth / 2;
1274       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1275       // to offscreen image on the MAC
1276       fillRoundRect(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - 1, 8, 8, 8);
1277       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1278               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1279       {
1280       }
1281       else
1282       {
1283         fillRoundRect(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - ofs, 8, 0,
1284                 0);
1285       }
1286       if (!validRes || row[column] == null
1287               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1288       {
1289
1290       }
1291       else
1292       {
1293         fillRoundRect(g, lastSSX + ofs, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - ofs,
1294                 8, 0, 0);
1295       }
1296
1297       return;
1298     }
1299
1300     boolean leftEnd = sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1301             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H';
1302     boolean rightEnd = !validRes || row[column] == null
1303             || row[column].secondaryStructure != 'H';
1304
1305     if (leftEnd || rightEnd)
1306     {
1307       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1308     }
1309     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1310
1311     if (leftEnd)
1312     {
1313       fillArc(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1314       x1 += charWidth / 2;
1315     }
1316
1317     if (rightEnd)
1318     {
1319       fillArc(g, ((x - 1) * charWidth), y + 3 + iconOffset, charWidth, 8,
1320               270, 180);
1321       x2 -= charWidth / 2;
1322     }
1323
1324     fillRect(g, x1, y + 3 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1325   }
1326
1327   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1328           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1329           float max, int graphHeight)
1330   {
1331     if (sRes > aa_annotations.length)
1332     {
1333       return;
1334     }
1335     Stroke roundStroke = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_ROUND,
1336             BasicStroke.JOIN_ROUND);
1337     Stroke squareStroke = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1338             BasicStroke.JOIN_MITER);
1339     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1340     Stroke prevStroke = g2d.getStroke();
1341     g2d.setStroke(roundStroke);
1342
1343     int x = 0;
1344
1345     // Adjustment for fastpaint to left
1346     if (eRes < endRes)
1347     {
1348       eRes++;
1349     }
1350
1351     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1352
1353     int y1 = y, y2 = y;
1354     float range = max - min;
1355
1356     // //Draw origin
1357     if (min < 0)
1358     {
1359       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1360     }
1361
1362     g.setColor(Color.gray);
1363     drawLine(g, squareStroke, x * charWidth, y2, (eRes - sRes) * charWidth,
1364             y2);
1365
1366     if (sRes == 0)
1367     {
1368       x++;
1369     }
1370
1371     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1372
1373     int column;
1374     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1375
1376     while (x <= eRes - sRes)
1377     {
1378       column = sRes + x;
1379       if (hasHiddenColumns)
1380       {
1381         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1382       }
1383
1384       if (column > aaMax)
1385       {
1386         break;
1387       }
1388
1389       if (aa_annotations[column] == null)
1390       {
1391         x++;
1392         continue;
1393       }
1394
1395       if (aa_annotations[column].colour == null)
1396       {
1397         g.setColor(Color.black);
1398       }
1399       else
1400       {
1401         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1402       }
1403
1404       boolean previousValueExists = column > 0
1405               && aa_annotations[column - 1] != null;
1406       float previousValue = previousValueExists
1407               ? aa_annotations[column - 1].value
1408               : 0;
1409       float thisValue = aa_annotations[column].value;
1410       boolean nextValueExists = aa_annotations.length > column + 1
1411               && aa_annotations[column + 1] != null;
1412       float nextValue = nextValueExists ? aa_annotations[column + 1].value
1413               : 0;
1414
1415       // check for standalone value
1416       if (!previousValueExists && !nextValueExists)
1417       {
1418         y2 = y - yValueToPixelHeight(thisValue, min, range, graphHeight);
1419         drawLine(g, x * charWidth + charWidth / 4, y2,
1420                 x * charWidth + 3 * charWidth / 4, y2);
1421         x++;
1422         continue;
1423       }
1424
1425       if (!previousValueExists)
1426       {
1427         x++;
1428         continue;
1429       }
1430
1431       y1 = y - yValueToPixelHeight(previousValue, min, range, graphHeight);
1432       y2 = y - yValueToPixelHeight(thisValue, min, range, graphHeight);
1433
1434       if (x == 0)
1435       {
1436         // only draw an initial half-line
1437         drawLine(g, x * charWidth, y1 + (y2 - y1) / 2,
1438                 x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1439
1440       }
1441       else if (x == eRes - sRes)
1442       {
1443         // this is one past the end to draw -- only draw a half line
1444         drawLine(g, (x - 1) * charWidth + charWidth / 2, y1,
1445                 x * charWidth - 1, y1 + (y2 - y1) / 2);
1446
1447       }
1448       else
1449       {
1450         drawLine(g, (x - 1) * charWidth + charWidth / 2, y1,
1451                 x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1452       }
1453       x++;
1454     }
1455
1456     if (_aa.threshold != null)
1457     {
1458       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1459       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1460       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1461       drawLine(g, dashedLine(charWidth), 0, y2, (eRes - sRes) * charWidth,
1462               y2);
1463     }
1464     g2d.setStroke(prevStroke);
1465   }
1466
1467   private static double log2 = Math.log(2);
1468
1469   // Cached dashed line Strokes
1470   private static Map<Integer, Stroke> dashedLineLookup = new HashMap<>();
1471
1472   /**
1473    * Returns a dashed line stroke as close to 6-4 pixels as fits within the
1474    * charWidth. This allows translations of multiples of charWidth without
1475    * disrupting the dashed line. The exact values are 0.6-0.4 proportions of
1476    * charWidth for charWidth under 16. For charWidth 16 or over, the number of
1477    * dashes doubles as charWidth doubles.
1478    *
1479    * @param charWidth
1480    * @return Stroke with appropriate dashed line fitting exactly within the
1481    *         charWidth
1482    */
1483   private static Stroke dashedLine(int charWidth)
1484   {
1485     if (!dashedLineLookup.containsKey(charWidth))
1486     {
1487       int power2 = charWidth >= 8 ? (int) (Math.log(charWidth) / log2) : 2;
1488       float width = ((float) charWidth) / ((float) Math.pow(2, power2 - 3));
1489       float segment1 = width * 0.6f;
1490       float segment2 = width - segment1;
1491       dashedLineLookup.put(charWidth, new BasicStroke(1,
1492               BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1493               { segment1, segment2 }, 0f));
1494     }
1495     return dashedLineLookup.get(charWidth);
1496   }
1497
1498   private static int yValueToPixelHeight(float value, float min,
1499           float range, int graphHeight)
1500   {
1501     return (int) (((value - min) / range) * graphHeight);
1502   }
1503
1504   @SuppressWarnings("unused")
1505   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1506           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1507           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1508           boolean normaliseProfile)
1509   {
1510     if (sRes > aa_annotations.length)
1511     {
1512       return;
1513     }
1514     Font ofont = g.getFont();
1515     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1516
1517     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1518
1519     float range = max - min;
1520
1521     if (min < 0)
1522     {
1523       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1524     }
1525
1526     g.setColor(Color.gray);
1527
1528     drawLine(g, x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1529
1530     int column;
1531     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1532     while (x < eRes - sRes)
1533     {
1534       column = sRes + x;
1535       if (hasHiddenColumns)
1536       {
1537         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1538       }
1539
1540       if (column > aaMax)
1541       {
1542         break;
1543       }
1544
1545       if (aa_annotations[column] == null)
1546       {
1547         x++;
1548         continue;
1549       }
1550       if (aa_annotations[column].colour == null)
1551       {
1552         g.setColor(Color.black);
1553       }
1554       else
1555       {
1556         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1557       }
1558
1559       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1560               * _aa.graphHeight);
1561
1562       if (renderHistogram)
1563       {
1564         if (y1 - y2 > 0)
1565         {
1566           fillRect(g, x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1567         }
1568         else
1569         {
1570           fillRect(g, x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1571         }
1572       }
1573       // draw profile if available
1574       if (renderProfile)
1575       {
1576
1577         /*
1578          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1579          */
1580         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1581
1582         // just try to draw the logo if profl is not null
1583         if (profl != null && profl[2] != 0)
1584         {
1585           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1586           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1587           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1588           final double normaliseFactor = normaliseProfile ? _aa.graphHeight
1589                   : (y2 - y1);
1590
1591           /**
1592            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1593            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1594            */
1595           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1596                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1597
1598           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1599           // than 0.5 px
1600           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1601           // Console.info(asc + " " + dec + " " + (asc -
1602           // lm.getAscent())
1603           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1604
1605           double asc = fm.getAscent();
1606           double dec = fm.getDescent();
1607           double fht = fm.getHeight();
1608
1609           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1610           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1611
1612           /*
1613            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1614            */
1615
1616           float ht2 = ht;
1617
1618           // profl[1] is the number of values in the profile
1619           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1620           {
1621
1622             String s;
1623             if (isStructureProfile)
1624             {
1625               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1626               dc[0] = (char) profl[c++];
1627               dc[1] = (char) profl[c++];
1628               s = new String(dc);
1629             }
1630             else if (isCdnaProfile)
1631             {
1632               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1633               s = new String(dc);
1634             }
1635             else
1636             {
1637               dc[0] = (char) profl[c++];
1638               s = new String(dc);
1639             }
1640             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1641
1642             int percent = profl[c++];
1643             if (percent == 0)
1644             {
1645               // failsafe in case a count rounds down to 0%
1646               continue;
1647             }
1648             double newHeight = normaliseFactor * scale * percent;
1649
1650             /*
1651              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1652              * codon translation if a cDNA profile
1653              */
1654             Color colour = null;
1655             if (isCdnaProfile)
1656             {
1657               final String codonTranslation = ResidueProperties
1658                       .codonTranslate(s);
1659               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1660                       column, null);
1661             }
1662             else
1663             {
1664               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1665             }
1666             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1667
1668             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1669             double sy = newHeight / asc;
1670             double newAsc = asc * sy;
1671             double newDec = dec * sy;
1672             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1673             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1674             // by definition. Was:
1675             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1676             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1677
1678             if (Platform.isJS())
1679             {
1680               /*
1681                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1682                * so use a scaling transform to draw instead,
1683                * this is off by a very small amount
1684                */
1685               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1686               Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
1687               int xShift = (int) Math.round(x * charWidth / sx);
1688               int yShift = (int) Math.round(hght / sy);
1689               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1690               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1691               gg.transform(
1692                       AffineTransform.getScaleInstance(1D / sx, 1D / sy));
1693               ht2 += newHeight;
1694             }
1695             else
1696             /**
1697              * Java only
1698              *
1699              * @j2sIgnore
1700              */
1701             {
1702               // Java ('normal') method is to scale the font to fit
1703
1704               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1705               Font font = ofont
1706                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1707               g.setFont(font);
1708               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1709               g.setFont(ofont);
1710
1711               ht += newHeight;
1712             }
1713           }
1714         }
1715       }
1716       x++;
1717     }
1718     if (_aa.threshold != null)
1719     {
1720       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1721       Stroke s = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1722               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1723               { 5f, 3f }, 0f);
1724
1725       y2 = (int) (y
1726               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1727       drawLine(g, s, 0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1728     }
1729   }
1730
1731   // used by overview window
1732   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1733           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1734   {
1735     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1736     g.setColor(Color.white);
1737     fillRect(g, 0, 0, width, y);
1738     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1739
1740     int x = 0, height;
1741
1742     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1743     {
1744       if (aa_annotations[j] != null)
1745       {
1746         if (aa_annotations[j].colour == null)
1747         {
1748           g.setColor(Color.black);
1749         }
1750         else
1751         {
1752           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1753         }
1754
1755         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1756         if (height > y)
1757         {
1758           height = y;
1759         }
1760
1761         fillRect(g, x, y - height, charWidth, height);
1762       }
1763       x += charWidth;
1764     }
1765   }
1766
1767   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1768   {
1769     switch (lastss)
1770     {
1771     case '{':
1772     case '}':
1773       return new Color(255, 125, 5);
1774
1775     case '[':
1776     case ']':
1777       return new Color(245, 115, 10);
1778
1779     case '>':
1780     case '<':
1781       return new Color(235, 135, 15);
1782
1783     case 'A':
1784     case 'a':
1785       return new Color(225, 105, 20);
1786
1787     case 'B':
1788     case 'b':
1789       return new Color(215, 145, 30);
1790
1791     case 'C':
1792     case 'c':
1793       return new Color(205, 95, 35);
1794
1795     case 'D':
1796     case 'd':
1797       return new Color(195, 155, 45);
1798
1799     case 'E':
1800     case 'e':
1801       return new Color(185, 85, 55);
1802
1803     case 'F':
1804     case 'f':
1805       return new Color(175, 165, 65);
1806
1807     case 'G':
1808     case 'g':
1809       return new Color(170, 75, 75);
1810
1811     case 'H':
1812     case 'h':
1813       return new Color(160, 175, 85);
1814
1815     case 'I':
1816     case 'i':
1817       return new Color(150, 65, 95);
1818
1819     case 'J':
1820     case 'j':
1821       return new Color(140, 185, 105);
1822
1823     case 'K':
1824     case 'k':
1825       return new Color(130, 55, 110);
1826
1827     case 'L':
1828     case 'l':
1829       return new Color(120, 195, 120);
1830
1831     case 'M':
1832     case 'm':
1833       return new Color(110, 45, 130);
1834
1835     case 'N':
1836     case 'n':
1837       return new Color(100, 205, 140);
1838
1839     case 'O':
1840     case 'o':
1841       return new Color(90, 35, 150);
1842
1843     case 'P':
1844     case 'p':
1845       return new Color(85, 215, 160);
1846
1847     case 'Q':
1848     case 'q':
1849       return new Color(75, 25, 170);
1850
1851     case 'R':
1852     case 'r':
1853       return new Color(65, 225, 180);
1854
1855     case 'S':
1856     case 's':
1857       return new Color(55, 15, 185);
1858
1859     case 'T':
1860     case 't':
1861       return new Color(45, 235, 195);
1862
1863     case 'U':
1864     case 'u':
1865       return new Color(35, 5, 205);
1866
1867     case 'V':
1868     case 'v':
1869       return new Color(25, 245, 215);
1870
1871     case 'W':
1872     case 'w':
1873       return new Color(15, 0, 225);
1874
1875     case 'X':
1876     case 'x':
1877       return new Color(10, 255, 235);
1878
1879     case 'Y':
1880     case 'y':
1881       return new Color(5, 150, 245);
1882
1883     case 'Z':
1884     case 'z':
1885       return new Color(0, 80, 255);
1886
1887     default:
1888       Console.info("This is not a interaction : " + lastss);
1889       return null;
1890
1891     }
1892   }
1893
1894   private void fillPolygon(Graphics g, int[] xpoints, int[] ypoints, int n)
1895   {
1896     setAntialias(g);
1897     g.fillPolygon(xpoints, ypoints, n);
1898   }
1899
1900   /*
1901   private void fillRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1902   {
1903     fillRect(g, false, a, b, c, d);
1904   }*/
1905
1906   private void fillRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1907   {
1908     unsetAntialias(g);
1909     g.fillRect(a, b, c, d);
1910   }
1911
1912   private void fillRoundRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d, int e,
1913           int f)
1914   {
1915     setAntialias(g);
1916     g.fillRoundRect(a, b, c, d, e, f);
1917   }
1918
1919   private void fillArc(Graphics g, int a, int b, int c, int d, int e, int f)
1920   {
1921     setAntialias(g);
1922     g.fillArc(a, b, c, d, e, f);
1923   }
1924
1925   private void drawLine(Graphics g, Stroke s, int a, int b, int c, int d)
1926   {
1927     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1928     Stroke p = g2d.getStroke();
1929     g2d.setStroke(s);
1930     drawLine(g, a, b, c, d);
1931     g2d.setStroke(p);
1932   }
1933
1934   private void drawLine(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1935   {
1936     setAntialias(g);
1937     g.drawLine(a, b, c, d);
1938   }
1939
1940   private void setAntialias(Graphics g)
1941   {
1942     if (isVectorRendering())
1943     {
1944       // no need to antialias vector drawings
1945       return;
1946     }
1947     if (Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true))
1948     {
1949       Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1950       g2d.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1951               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
1952     }
1953   }
1954
1955   private void unsetAntialias(Graphics g)
1956   {
1957     if (isVectorRendering())
1958     {
1959       // no need to antialias vector drawings
1960       return;
1961     }
1962     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1963     g2d.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1964             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
1965   }
1966
1967   public void setVectorRendering(boolean b)
1968   {
1969     renderingVectors = b;
1970   }
1971
1972   public boolean isVectorRendering()
1973   {
1974     return renderingVectors;
1975   }
1976 }