src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  33 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  38 import jalview.util.Platform;
  39
  40 import java.awt.BasicStroke;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.Image;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 166             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 167     int x1 = lastSSX;
 168     int x2 = (x * charWidth);
 169
 170     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 171             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 172
 173     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 174             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 175     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 176             || row_annotations[column] == null
 177             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 178
 179     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 180     {
 181       if (diffupstream)
 182       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 183       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 184       {
 185         /*
 186          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 187          * display a backward arrow
 188          */
 189         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 190                 new int[]
 191                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 192                 3);
 193         x1 += 5;
 194       }
 195       if (diffdownstream)
 196       {
 197         x2 -= 1;
 198       }
 199     }
 200     else
 201     {
 202       // display a forward arrow
 203       if (diffdownstream)
 204       {
 205         /*
 206          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 207          * display a forward arrow
 208          */
 209         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 210                 new int[]
 211                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 212                 3);
 213         x2 -= 5;
 214       }
 215       if (diffupstream)
 216       {
 217         x1 += 1;
 218       }
 219     }
 220     // draw arrow body
 221     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 222   }
 223
 224   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 225           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 226           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 227           boolean validEnd)
 228   {
 229     // System.out.println(nonCanColor);
 230
 231     g.setColor(nonCanColor);
 232     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 233             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 234     int x1 = lastSSX;
 235     int x2 = (x * charWidth);
 236
 237     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 238             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 239
 240     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 241             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 242     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 243             || row_annotations[column] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 245     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 246     // down:"+diffdownstream);
 247     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 248     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 249     {
 250
 251       if (diffupstream)
 252       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 253       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 254       {
 255         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 256                 new int[]
 257                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 258                 3);
 259         x1 += 5;
 260       }
 261       if (diffdownstream)
 262       {
 263         x2 -= 1;
 264       }
 265     }
 266     else
 267     {
 268
 269       // display a forward arrow
 270       if (diffdownstream)
 271       {
 272         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 273                 new int[]
 274                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 275                 3);
 276         x2 -= 5;
 277       }
 278       if (diffupstream)
 279       {
 280         x1 += 1;
 281       }
 282     }
 283     // draw arrow body
 284     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 285   }
 286
 287   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 288   // av)
 289   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 290           AlignViewportI av)
 291   {
 292     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 293     annotationPanel = annotPanel;
 294     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 295     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 296     // visible area for rendering
 297     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 298     if (bounds != null)
 299     {
 300       sOffset = bounds[0];
 301       visHeight = bounds[1];
 302       if (visHeight == 0)
 303       {
 304         useClip = false;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         useClip = canClip;
 309       }
 310     }
 311     else
 312     {
 313       useClip = false;
 314     }
 315
 316     updateFromAlignViewport(av);
 317   }
 318
 319   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 320   {
 321     charWidth = av.getCharWidth();
 322     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 323     charHeight = av.getCharHeight();
 324     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 325     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 326     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 327     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 328     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 329     profcolour = av.getResidueShading();
 330     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 331     {
 332       /*
 333        * Use default colour for sequence logo if
 334        * the alignment has no colourscheme set
 335        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 336        */
 337       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 338               ? new NucleotideColourScheme()
 339               : new ZappoColourScheme();
 340       profcolour = new ResidueShader(col);
 341     }
 342     columnSelection = av.getColumnSelection();
 343     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 344     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 345     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 346     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 347     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 352    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 353    * depend on the profile type.
 354    *
 355    * @param aa
 356    * @param column
 357    * @return
 358    */
 359   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 360   {
 361     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 362     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 363     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 364     //
 365     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 366             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 367     {
 368       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 369       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 370               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 371       {
 372         // TODO? group consensus for cDNA complement
 373         return AAFrequency.extractProfile(
 374                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 375                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 376       }
 377       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 378       // be stored
 379       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 380       {
 381         if (forComplement)
 382         {
 383           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 384                   av_ignoreGapsConsensus);
 385         }
 386         else
 387         {
 388           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 389                   av_ignoreGapsConsensus);
 390         }
 391       }
 392     }
 393     else
 394     {
 395       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 396       {
 397         // TODO implement group structure consensus
 398         /*
 399          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 400          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 401          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 402          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 403          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 404          */
 405         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 406         // to
 407         // be stored
 408         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 409                 && hStrucConsensus != null
 410                 && hStrucConsensus.length > column)
 411         {
 412           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 413                   av_ignoreGapsConsensus);
 414         }
 415       }
 416     }
 417     return null;
 418   }
 419
 420   boolean rna = false;
 421
 422   /**
 423    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 424    *
 425    * @param annotPanel
 426    *          container frame
 427    * @param av
 428    *          data and view settings to render
 429    * @param g
 430    *          destination for graphics
 431    * @param activeRow
 432    *          row where a mouse event occured (or -1)
 433    * @param startRes
 434    *          first column that will be drawn
 435    * @param endRes
 436    *          last column that will be drawn
 437    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 438    *         currently being calculated
 439    */
 440   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 441           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 442           int endRes)
 443   {
 444     long stime = System.currentTimeMillis();
 445     boolean usedFaded = false;
 446     // NOTES:
 447     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 448     // AlignViewport
 449     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 450     fm = g.getFontMetrics();
 451     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 452     int temp = 0;
 453     if (aa == null)
 454     {
 455       return false;
 456     }
 457     int x = 0, y = 0;
 458     int column = 0;
 459     char lastSS;
 460     int lastSSX;
 461     int iconOffset = 0;
 462     boolean validRes = false;
 463     boolean validEnd = false;
 464     boolean labelAllCols = false;
 465     boolean centreColLabels;
 466     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 467     boolean scaleColLabel = false;
 468     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 469             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 470     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 471             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 472     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 473             .getComplementConsensusAnnotation();
 474     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 475             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 476
 477     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 478     int charOffset = 0; // offset for a label
 479     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 480     // column.
 481     Font ofont = g.getFont();
 482     // \u03B2 \u03B1
 483     // debug ints
 484     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 485     boolean clipst = false, clipend = false;
 486     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 487     {
 488       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 489       isRNA = row.isRNA();
 490       {
 491         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 492         // settings appropriately
 493         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 494         // data
 495         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 496         {
 497           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 498           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 499           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 500         }
 501         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 502                 || row == complementConsensusAnnot)
 503         {
 504           renderHistogram = av_renderHistogram;
 505           renderProfile = av_renderProfile;
 506           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 507         }
 508         else
 509         {
 510           renderHistogram = true;
 511           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 512           // currently used in any other annotation track renderer
 513         }
 514       }
 515       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 516       if (!row.visible)
 517       {
 518         continue;
 519       }
 520       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 521       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 522       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 523       lastSS = ' ';
 524       lastSSX = 0;
 525
 526       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 527               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 528       {// if_in_visible_region
 529         if (!clipst)
 530         {
 531           clipst = true;
 532           yfrom = y;
 533           f_i = i;
 534         }
 535         yto = y;
 536         f_to = i;
 537         if (row.graph > 0)
 538         {
 539           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 540           {
 541             continue;
 542           }
 543
 544           // this is so that we draw the characters below the graph
 545           y += row.height;
 546
 547           if (row.hasText)
 548           {
 549             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 550             y -= charHeight;
 551           }
 552         }
 553         else if (row.hasText)
 554         {
 555           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 556
 557         }
 558         else
 559         {
 560           iconOffset = 0;
 561         }
 562
 563         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 564         {
 565           y += charHeight;
 566           usedFaded = true;
 567           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 568                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 569           g.setColor(Color.black);
 570           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 571
 572           continue;
 573         }
 574
 575         /*
 576          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 577          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 578          *
 579          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 580          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 581          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 582          *
 583          * g.setColor(Color.black); //
 584          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 585          *
 586          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 587          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 588          *
 589          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 590          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 591          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 592          * g.setColor(Color.black); // /
 593          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 594          *
 595          * continue; }
 596          */
 597         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 598         // column
 599         // of startRes
 600         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 601         while (x < endRes - startRes)
 602         {
 603           if (hasHiddenColumns)
 604           {
 605             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 606             if (column > row_annotations.length - 1)
 607             {
 608               break;
 609             }
 610           }
 611           else
 612           {
 613             column = startRes + x;
 614           }
 615
 616           if ((row_annotations == null)
 617                   || (row_annotations.length <= column)
 618                   || (row_annotations[column] == null))
 619           {
 620             validRes = false;
 621           }
 622           else
 623           {
 624             validRes = true;
 625           }
 626           final String displayChar = validRes
 627                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 628                   : null;
 629           if (x > -1)
 630           {
 631             if (activeRow == i)
 632             {
 633               g.setColor(Color.red);
 634
 635               if (columnSelection != null)
 636               {
 637                 if (columnSelection.contains(column))
 638                 {
 639                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 640                 }
 641               }
 642             }
 643             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 644             {
 645               g.setColor(Color.orange);
 646               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 647             }
 648             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 649             {
 650               g.setColor(Color.orange.darker());
 651               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 652             }
 653             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 654                     && (displayChar.length() > 0))
 655             {
 656               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 657               AffineTransform t = gg.getTransform();
 658               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 659                       displayChar.length());
 660               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 661               {
 662                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 663                 // displayChar.length());
 664                 //
 665                 // if (scaleColLabel)
 666                 // {
 667                 // justify the label and scale to fit in column
 668                 if (fmWidth > charWidth)
 669                 {
 670                   // scale only if the current font isn't already small enough
 671                   fmScaling = charWidth;
 672                   fmScaling /= fmWidth;
 673                   if (Jalview.isJS())
 674                   {
 675                     gg.setFont(ofont);
 676                     gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling,
 677                             1.0));
 678                   }
 679                   else
 680                   {
 681                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 682                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 683                   }
 684                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 685                   fmWidth = charWidth;
 686                 }
 687                 // }
 688               }
 689               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 690               // else
 691               // {
 692               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 693               // }
 694               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 695
 696               if (row_annotations[column].colour == null)
 697               {
 698                 gg.setColor(Color.black);
 699               }
 700               else
 701               {
 702                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 703               }
 704
 705               if (column == 0 || row.graph > 0)
 706               {
 707                 gg.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 708                         y + iconOffset);
 709               }
 710               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 711                       || !displayChar.equals(
 712                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 713                       || (displayChar.length() < 2
 714                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 715               {
 716                 gg.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 717                         y + iconOffset);
 718               }
 719               g.setFont(ofont);
 720               gg.setTransform(t);
 721             }
 722           }
 723           if (row.hasIcons)
 724           {
 725             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 726                     : '-';
 727
 728             if (ss == '(')
 729             {
 730               // distinguish between forward/backward base-pairing
 731               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 732               {
 733
 734                 ss = ')';
 735
 736               }
 737             }
 738             if (ss == '[')
 739             {
 740               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 741               {
 742                 ss = ']';
 743
 744               }
 745             }
 746             if (ss == '{')
 747             {
 748               // distinguish between forward/backward base-pairing
 749               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 750               {
 751                 ss = '}';
 752
 753               }
 754             }
 755             if (ss == '<')
 756             {
 757               // distinguish between forward/backward base-pairing
 758               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 759               {
 760                 ss = '>';
 761
 762               }
 763             }
 764             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 765             {
 766               // distinguish between forward/backward base-pairing
 767               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 768               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 769               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 770               {
 771                 ss = (char) ssLowerCase;
 772               }
 773             }
 774
 775             if (!validRes || (ss != lastSS))
 776             {
 777
 778               if (x > -1)
 779               {
 780
 781                 int nb_annot = x - temp;
 782                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 783                 // annot :"+nb_annot);
 784                 switch (lastSS)
 785                 {
 786                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 787                 case ')': // and opposite direction
 788                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 789                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 790                   temp = x;
 791                   break;
 792
 793                 case 'H':
 794                   if (!isRNA)
 795                   {
 796                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 797                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 798                             validEnd);
 799                     break;
 800                   }
 801                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 802                 case 'E':
 803                   if (!isRNA)
 804                   {
 805                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 806                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 807                             validEnd);
 808                     break;
 809                   }
 810                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 811
 812                 case '{':
 813                 case '}':
 814                 case '[':
 815                 case ']':
 816                 case '>':
 817                 case '<':
 818                 case 'A':
 819                 case 'a':
 820                 case 'B':
 821                 case 'b':
 822                 case 'C':
 823                 case 'c':
 824                 case 'D':
 825                 case 'd':
 826                 case 'e':
 827                 case 'F':
 828                 case 'f':
 829                 case 'G':
 830                 case 'g':
 831                 case 'h':
 832                 case 'I':
 833                 case 'i':
 834                 case 'J':
 835                 case 'j':
 836                 case 'K':
 837                 case 'k':
 838                 case 'L':
 839                 case 'l':
 840                 case 'M':
 841                 case 'm':
 842                 case 'N':
 843                 case 'n':
 844                 case 'O':
 845                 case 'o':
 846                 case 'P':
 847                 case 'p':
 848                 case 'Q':
 849                 case 'q':
 850                 case 'R':
 851                 case 'r':
 852                 case 'S':
 853                 case 's':
 854                 case 'T':
 855                 case 't':
 856                 case 'U':
 857                 case 'u':
 858                 case 'V':
 859                 case 'v':
 860                 case 'W':
 861                 case 'w':
 862                 case 'X':
 863                 case 'x':
 864                 case 'Y':
 865                 case 'y':
 866                 case 'Z':
 867                 case 'z':
 868
 869                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 870                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 871                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 872                           validRes, validEnd);
 873                   temp = x;
 874                   break;
 875                 default:
 876                   g.setColor(Color.gray);
 877                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 878                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 879                   temp = x;
 880                   break;
 881                 }
 882               }
 883               if (validRes)
 884               {
 885                 lastSS = ss;
 886               }
 887               else
 888               {
 889                 lastSS = ' ';
 890               }
 891               if (x > -1)
 892               {
 893                 lastSSX = (x * charWidth);
 894               }
 895             }
 896           }
 897           column++;
 898           x++;
 899         }
 900         if (column >= row_annotations.length)
 901         {
 902           column = row_annotations.length - 1;
 903           validEnd = false;
 904         }
 905         else
 906         {
 907           validEnd = true;
 908         }
 909         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 910                 || (row_annotations[column] == null))
 911         {
 912           validRes = false;
 913         }
 914         else
 915         {
 916           validRes = true;
 917         }
 918         // x ++;
 919
 920         if (row.hasIcons)
 921         {
 922           switch (lastSS)
 923           {
 924
 925           case 'H':
 926             if (!isRNA)
 927             {
 928               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 929                       startRes, column, validRes, validEnd);
 930               break;
 931             }
 932             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 933
 934           case 'E':
 935             if (!isRNA)
 936             {
 937               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 938                       startRes, column, validRes, validEnd);
 939               break;
 940             }
 941             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 942
 943           case '(':
 944           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 945
 946             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 947                     startRes, column, validRes, validEnd);
 948
 949             break;
 950           case '{':
 951           case '}':
 952           case '[':
 953           case ']':
 954           case '>':
 955           case '<':
 956           case 'A':
 957           case 'a':
 958           case 'B':
 959           case 'b':
 960           case 'C':
 961           case 'c':
 962           case 'D':
 963           case 'd':
 964           case 'e':
 965           case 'F':
 966           case 'f':
 967           case 'G':
 968           case 'g':
 969           case 'h':
 970           case 'I':
 971           case 'i':
 972           case 'J':
 973           case 'j':
 974           case 'K':
 975           case 'k':
 976           case 'L':
 977           case 'l':
 978           case 'M':
 979           case 'm':
 980           case 'N':
 981           case 'n':
 982           case 'O':
 983           case 'o':
 984           case 'P':
 985           case 'p':
 986           case 'Q':
 987           case 'q':
 988           case 'R':
 989           case 'r':
 990           case 'T':
 991           case 't':
 992           case 'U':
 993           case 'u':
 994           case 'V':
 995           case 'v':
 996           case 'W':
 997           case 'w':
 998           case 'X':
 999           case 'x':
1000           case 'Y':
1001           case 'y':
1002           case 'Z':
1003           case 'z':
1004             // System.out.println(lastSS);
1005             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1006             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1007                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1008             break;
1009           default:
1010             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1011                     startRes, column, validRes, validEnd);
1012             break;
1013           }
1014         }
1015
1016         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1017         {
1018           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1019           {
1020             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1021             {
1022               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1023               // computed efficiently for all visible labels
1024               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1025               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1026               {
1027                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1028                 {
1029                   continue;
1030                 }
1031
1032                 if (aa[gg] != row)
1033                 {
1034                   aa[gg].visible = false;
1035                 }
1036                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1037                 {
1038                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1039                 }
1040                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1041                 {
1042                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1043                 }
1044               }
1045
1046               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1047               {
1048                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1049                 {
1050                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1051                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1052                 }
1053               }
1054
1055               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1056             }
1057             else
1058             {
1059               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1060                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1061             }
1062           }
1063           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1064           {
1065             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1066                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1067                     renderProfile, normaliseProfile);
1068           }
1069         }
1070       }
1071       else
1072       {
1073         if (clipst && !clipend)
1074         {
1075           clipend = true;
1076         }
1077       } // end if_in_visible_region
1078       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1079       {
1080         y += charHeight;
1081       }
1082
1083       if (row.graph == 0)
1084       {
1085         y += aa[i].height;
1086       }
1087     }
1088     if (debugRedraw)
1089     {
1090       if (canClip)
1091       {
1092         if (clipst)
1093         {
1094           System.err.println(
1095                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1096         }
1097         if (clipend)
1098         {
1099           System.err.println(
1100                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1101         }
1102       }
1103       ;
1104       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1105               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1106     }
1107     ;
1108
1109     return !usedFaded;
1110   }
1111
1112   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1113
1114   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1115
1116   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1117
1118   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1119
1120   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1121
1122   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1123           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1124           boolean validEnd)
1125   {
1126     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1127     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1128   }
1129
1130   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1131
1132           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1133           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1134   {
1135     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1136
1137     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1138             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1139     {
1140       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1141               7);
1142       g.fillPolygon(
1143               new int[]
1144               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1145               new int[]
1146               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1147               3);
1148     }
1149     else
1150     {
1151       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1152               7);
1153     }
1154
1155   }
1156
1157   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1158           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1159           boolean validEnd)
1160   {
1161     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1162
1163     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1164             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1165     int x1 = lastSSX;
1166     int x2 = (x * charWidth);
1167
1168     if (MAC)
1169     {
1170       int ofs = charWidth / 2;
1171       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1172       // to offscreen image on the MAC
1173       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1174       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1175               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1176       {
1177       }
1178       else
1179       {
1180         // g.setColor(Color.orange);
1181         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1182                 0, 0);
1183       }
1184       if (!validRes || row[column] == null
1185               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1186       {
1187
1188       }
1189       else
1190       {
1191         // g.setColor(Color.magenta);
1192         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1193                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1194
1195       }
1196
1197       return;
1198     }
1199
1200     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1201             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1202     {
1203       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1204       x1 += charWidth / 2;
1205     }
1206
1207     if (!validRes || row[column] == null
1208             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1209     {
1210       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1211               8, 270, 180);
1212       x2 -= charWidth / 2;
1213     }
1214
1215     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1216   }
1217
1218   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1219           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1220           float max, int graphHeight)
1221   {
1222     if (sRes > aa_annotations.length)
1223     {
1224       return;
1225     }
1226
1227     int x = 0;
1228
1229     // Adjustment for fastpaint to left
1230     if (eRes < endRes)
1231     {
1232       eRes++;
1233     }
1234
1235     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1236
1237     if (sRes == 0)
1238     {
1239       x++;
1240     }
1241
1242     int y1 = y, y2 = y;
1243     float range = max - min;
1244
1245     // //Draw origin
1246     if (min < 0)
1247     {
1248       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1249     }
1250
1251     g.setColor(Color.gray);
1252     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1253
1254     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1255
1256     int column;
1257     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1258
1259     while (x < eRes - sRes)
1260     {
1261       column = sRes + x;
1262       if (hasHiddenColumns)
1263       {
1264         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1265       }
1266
1267       if (column > aaMax)
1268       {
1269         break;
1270       }
1271
1272       if (aa_annotations[column] == null
1273               || aa_annotations[column - 1] == null)
1274       {
1275         x++;
1276         continue;
1277       }
1278
1279       if (aa_annotations[column].colour == null)
1280       {
1281         g.setColor(Color.black);
1282       }
1283       else
1284       {
1285         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1286       }
1287
1288       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1289               * graphHeight);
1290       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1291               * graphHeight);
1292
1293       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1294               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1295       x++;
1296     }
1297
1298     if (_aa.threshold != null)
1299     {
1300       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1301       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1302       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1303               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1304               { 5f, 3f }, 0f));
1305
1306       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1307       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1308       g2.setStroke(new BasicStroke());
1309     }
1310   }
1311
1312   @SuppressWarnings("unused")
1313   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1314           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1315           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1316           boolean normaliseProfile)
1317   {
1318     if (sRes > aa_annotations.length)
1319     {
1320       return;
1321     }
1322     Font ofont = g.getFont();
1323     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1324
1325     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1326
1327     float range = max - min;
1328
1329     if (min < 0)
1330     {
1331       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1332     }
1333
1334     g.setColor(Color.gray);
1335
1336     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1337
1338     int column;
1339     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1340     while (x < eRes - sRes)
1341     {
1342       column = sRes + x;
1343       if (hasHiddenColumns)
1344       {
1345         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1346       }
1347
1348       if (column > aaMax)
1349       {
1350         break;
1351       }
1352
1353       if (aa_annotations[column] == null)
1354       {
1355         x++;
1356         continue;
1357       }
1358       if (aa_annotations[column].colour == null)
1359       {
1360         g.setColor(Color.black);
1361       }
1362       else
1363       {
1364         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1365       }
1366
1367       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1368               * _aa.graphHeight);
1369
1370       if (renderHistogram)
1371       {
1372         if (y1 - y2 > 0)
1373         {
1374           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1375         }
1376         else
1377         {
1378           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1379         }
1380       }
1381       // draw profile if available
1382       if (renderProfile)
1383       {
1384
1385         /*
1386          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1387          */
1388         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1389
1390         // just try to draw the logo if profl is not null
1391         if (profl != null && profl[2] != 0)
1392         {
1393           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1394           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1395           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1396           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1397
1398           /**
1399            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1400            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1401            */
1402           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1403                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1404
1405           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1406           // than 0.5 px
1407           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1408           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1409           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1410
1411           double asc = fm.getAscent();
1412           double dec = fm.getDescent();
1413           double fht = fm.getHeight();
1414
1415           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1416           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1417
1418           /*
1419            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1420            */
1421
1422           float ht2 = ht;
1423
1424           // profl[1] is the number of values in the profile
1425           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1426           {
1427
1428             String s;
1429             if (isStructureProfile)
1430             {
1431               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1432               dc[0] = (char) profl[c++];
1433               dc[1] = (char) profl[c++];
1434               s = new String(dc);
1435             }
1436             else if (isCdnaProfile)
1437             {
1438               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1439               s = new String(dc);
1440             }
1441             else
1442             {
1443               dc[0] = (char) profl[c++];
1444               s = new String(dc);
1445             }
1446             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1447
1448             double newHeight = htn * scale * profl[c++];
1449
1450             /*
1451              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1452              * codon translation if a cDNA profile
1453              */
1454             Color colour = null;
1455             if (isCdnaProfile)
1456             {
1457               final String codonTranslation = ResidueProperties
1458                       .codonTranslate(s);
1459               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1460                       column, null);
1461             }
1462             else
1463             {
1464               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1465             }
1466             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1467
1468             // Debug - render boxes around characters
1469             // g.setColor(Color.red);
1470             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1471             // (int)(scl));
1472             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1473
1474             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1475             double sy = newHeight / asc;
1476             double newAsc = asc * sy;
1477             double newDec = dec * sy;
1478             // it is not necessary to recalculated lm for the new font.
1479             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1480             // by definition. Was:
1481             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1482
1483             // original:
1484
1485              if (/** @j2sNative false && */ true) {
1486                int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec)); // Q: why " - newDec " ? (0,0) is on the font baseline, I think
1487                Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1488                g.setFont(font);
1489                g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1490                ht += newHeight;
1491              } else {
1492               // SwingJS does not implement font.deriveFont()
1493               // this is off by a very small amount.
1494               int hght2 = (int) (ht2 + newAsc);
1495               Graphics2D gg = (Graphics2D) g.create();
1496               gg.setFont(ofont);
1497               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1498               //System.out.println("sx " + sx + " sy " + sy + " " + hght + " " + lm.getDescent() + " " + dec + " " + newDec + " " + lm.getAscent() + " " + asc + " " + newAsc);
1499               gg.drawString(s, (int) (x * charWidth / sx),
1500                       (int) (hght2 / sy));
1501               gg.dispose();
1502               ht2 += newHeight;
1503             }
1504
1505           }
1506           g.setFont(ofont);
1507         }
1508       }
1509       x++;
1510     }
1511     if (_aa.threshold != null)
1512     {
1513       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1514       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1515       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1516               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1517       { 5f, 3f }, 0f));
1518
1519       y2 = (int) (y
1520               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1521       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1522       g2.setStroke(new BasicStroke());
1523     }
1524   }
1525
1526   // used by overview window
1527   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1528           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1529   {
1530     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1531     g.setColor(Color.white);
1532     g.fillRect(0, 0, width, y);
1533     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1534
1535     int x = 0, height;
1536
1537     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1538     {
1539       if (aa_annotations[j] != null)
1540       {
1541         if (aa_annotations[j].colour == null)
1542         {
1543           g.setColor(Color.black);
1544         }
1545         else
1546         {
1547           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1548         }
1549
1550         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1551         if (height > y)
1552         {
1553           height = y;
1554         }
1555
1556         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1557       }
1558       x += charWidth;
1559     }
1560   }
1561
1562   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1563   {
1564     switch (lastss)
1565     {
1566     case '{':
1567     case '}':
1568       return new Color(255, 125, 5);
1569
1570     case '[':
1571     case ']':
1572       return new Color(245, 115, 10);
1573
1574     case '>':
1575     case '<':
1576       return new Color(235, 135, 15);
1577
1578     case 'A':
1579     case 'a':
1580       return new Color(225, 105, 20);
1581
1582     case 'B':
1583     case 'b':
1584       return new Color(215, 145, 30);
1585
1586     case 'C':
1587     case 'c':
1588       return new Color(205, 95, 35);
1589
1590     case 'D':
1591     case 'd':
1592       return new Color(195, 155, 45);
1593
1594     case 'E':
1595     case 'e':
1596       return new Color(185, 85, 55);
1597
1598     case 'F':
1599     case 'f':
1600       return new Color(175, 165, 65);
1601
1602     case 'G':
1603     case 'g':
1604       return new Color(170, 75, 75);
1605
1606     case 'H':
1607     case 'h':
1608       return new Color(160, 175, 85);
1609
1610     case 'I':
1611     case 'i':
1612       return new Color(150, 65, 95);
1613
1614     case 'J':
1615     case 'j':
1616       return new Color(140, 185, 105);
1617
1618     case 'K':
1619     case 'k':
1620       return new Color(130, 55, 110);
1621
1622     case 'L':
1623     case 'l':
1624       return new Color(120, 195, 120);
1625
1626     case 'M':
1627     case 'm':
1628       return new Color(110, 45, 130);
1629
1630     case 'N':
1631     case 'n':
1632       return new Color(100, 205, 140);
1633
1634     case 'O':
1635     case 'o':
1636       return new Color(90, 35, 150);
1637
1638     case 'P':
1639     case 'p':
1640       return new Color(85, 215, 160);
1641
1642     case 'Q':
1643     case 'q':
1644       return new Color(75, 25, 170);
1645
1646     case 'R':
1647     case 'r':
1648       return new Color(65, 225, 180);
1649
1650     case 'S':
1651     case 's':
1652       return new Color(55, 15, 185);
1653
1654     case 'T':
1655     case 't':
1656       return new Color(45, 235, 195);
1657
1658     case 'U':
1659     case 'u':
1660       return new Color(35, 5, 205);
1661
1662     case 'V':
1663     case 'v':
1664       return new Color(25, 245, 215);
1665
1666     case 'W':
1667     case 'w':
1668       return new Color(15, 0, 225);
1669
1670     case 'X':
1671     case 'x':
1672       return new Color(10, 255, 235);
1673
1674     case 'Y':
1675     case 'y':
1676       return new Color(5, 150, 245);
1677
1678     case 'Z':
1679     case 'z':
1680       return new Color(0, 80, 255);
1681
1682     default:
1683       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1684       return null;
1685
1686     }
1687   }
1688 }