src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  33 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.util.Platform;
  37
  38 import java.awt.BasicStroke;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Graphics2D;
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.font.LineMetrics;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  54
  55   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  56
  57   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  58
  59   /**
  60    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  61    */
  62   private final boolean debugRedraw;
  63
  64   private int charWidth, endRes, charHeight;
  65
  66   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  67
  68   private FontMetrics fm;
  69
  70   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  71
  72   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  73           av_normaliseProfile = false;
  74
  75   ColourSchemeI profcolour = null;
  76
  77   private ColumnSelection columnSelection;
  78
  79   private ProfilesI hconsensus;
  80
  81   private Hashtable[] complementConsensus;
  82
  83   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  84
  85   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  86
  87   /**
  88    * attributes set from AwtRenderPanelI
  89    */
  90   /**
  91    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  92    * rendered
  93    */
  94   private Image fadedImage;
  95
  96   /**
  97    * panel being rendered into
  98    */
  99   private ImageObserver annotationPanel;
 100
 101   /**
 102    * width of image to render in panel
 103    */
 104   private int imgWidth;
 105
 106   /**
 107    * offset to beginning of visible area
 108    */
 109   private int sOffset;
 110
 111   /**
 112    * offset to end of visible area
 113    */
 114   private int visHeight;
 115
 116   /**
 117    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 118    * annotation given the current view settings
 119    */
 120   private boolean useClip = true;
 121
 122   /**
 123    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 124    * jalview 2.8.1
 125    */
 126   private boolean canClip = false;
 127
 128   public AnnotationRenderer()
 129   {
 130     this(false);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Create a new annotation Renderer
 135    *
 136    * @param debugRedraw
 137    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 138    *          output
 139    */
 140   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 141   {
 142     this.debugRedraw = debugRedraw;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 147    */
 148   public void dispose()
 149   {
 150     hconsensus = null;
 151     complementConsensus = null;
 152     hStrucConsensus = null;
 153     fadedImage = null;
 154     annotationPanel = null;
 155     rendererFactoryI = null;
 156   }
 157
 158   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 159           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 160           boolean validRes, boolean validEnd)
 161   {
 162     g.setColor(STEM_COLOUR);
 163     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 164     int x1 = lastSSX;
 165     int x2 = (x * charWidth);
 166
 167     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 168             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 169
 170     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 171             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 172     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 173             || row_annotations[column] == null
 174             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 175
 176     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 177     {
 178       if (diffupstream)
 179       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 180       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 181       {
 182         /*
 183          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 184          * display a backward arrow
 185          */
 186         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 187                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 188                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 189         x1 += 5;
 190       }
 191       if (diffdownstream)
 192       {
 193         x2 -= 1;
 194       }
 195     }
 196     else
 197     {
 198       // display a forward arrow
 199       if (diffdownstream)
 200       {
 201         /*
 202          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 203          * display a forward arrow
 204          */
 205         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 206             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 207         x2 -= 5;
 208       }
 209       if (diffupstream)
 210       {
 211         x1 += 1;
 212       }
 213     }
 214     // draw arrow body
 215     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 216   }
 217
 218   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 219           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 220           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 221           boolean validEnd)
 222   {
 223     // System.out.println(nonCanColor);
 224
 225     g.setColor(nonCanColor);
 226     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 227     int x1 = lastSSX;
 228     int x2 = (x * charWidth);
 229
 230     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 231             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 232
 233     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 234             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 235     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 236             || row_annotations[column] == null
 237             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 238     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 239     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 240     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 241     {
 242
 243       if (diffupstream)
 244       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 245       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 246       {
 247         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 248                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 249                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 250         x1 += 5;
 251       }
 252       if (diffdownstream)
 253       {
 254         x2 -= 1;
 255       }
 256     }
 257     else
 258     {
 259
 260       // display a forward arrow
 261       if (diffdownstream)
 262       {
 263         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 264             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 265         x2 -= 5;
 266       }
 267       if (diffupstream)
 268       {
 269         x1 += 1;
 270       }
 271     }
 272     // draw arrow body
 273     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 274   }
 275
 276   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 277   // av)
 278   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 279           AlignViewportI av)
 280   {
 281     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 282     annotationPanel = annotPanel;
 283     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 284     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 285     // visible area for rendering
 286     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 287     if (bounds != null)
 288     {
 289       sOffset = bounds[0];
 290       visHeight = bounds[1];
 291       if (visHeight == 0)
 292       {
 293         useClip = false;
 294       }
 295       else
 296       {
 297         useClip = canClip;
 298       }
 299     }
 300     else
 301     {
 302       useClip = false;
 303     }
 304
 305     updateFromAlignViewport(av);
 306   }
 307
 308   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 309   {
 310     charWidth = av.getCharWidth();
 311     endRes = av.getEndRes();
 312     charHeight = av.getCharHeight();
 313     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 314     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 315     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 316     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 317     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 318     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 319     if (profcolour == null)
 320     {
 321       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 322       // colourscheme set
 323       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 324               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 325     }
 326     columnSelection = av.getColumnSelection();
 327     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 328     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 329     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 330     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 335    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 336    * depend on the profile type.
 337    *
 338    * @param aa
 339    * @param column
 340    * @return
 341    */
 342   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 343   {
 344     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 345     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 346     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 347     //
 348     if (aa.autoCalculated
 349             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 350                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 351     {
 352       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 353       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 354               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 355       {
 356         // TODO? group consensus for cDNA complement
 357         return AAFrequency.extractProfile(
 358                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 359                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 360       }
 361       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 362       // be stored
 363       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 364       {
 365         if (forComplement)
 366         {
 367           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 368                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 369         }
 370         else
 371         {
 372           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 373                   av_ignoreGapsConsensus);
 374         }
 375       }
 376     }
 377     else
 378     {
 379       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 380       {
 381         // TODO implement group structure consensus
 382         /*
 383          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 384          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 385          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 386          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 387          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 388          */
 389         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 390         // to
 391         // be stored
 392         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 393                 && hStrucConsensus != null
 394                 && hStrucConsensus.length > column)
 395         {
 396           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 397                   av_ignoreGapsConsensus);
 398         }
 399       }
 400     }
 401     return null;
 402   }
 403
 404   boolean rna = false;
 405
 406   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 407
 408   /**
 409    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 410    *
 411    * @param annotPanel
 412    *          container frame
 413    * @param av
 414    *          data and view settings to render
 415    * @param g
 416    *          destination for graphics
 417    * @param activeRow
 418    *          row where a mouse event occured (or -1)
 419    * @param startRes
 420    *          first column that will be drawn
 421    * @param endRes
 422    *          last column that will be drawn
 423    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 424    *         currently being calculated
 425    */
 426   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 427           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 428           int endRes)
 429   {
 430     long stime = System.currentTimeMillis();
 431     boolean usedFaded = false;
 432     // NOTES:
 433     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 434     // AlignViewport
 435     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 436     fm = g.getFontMetrics();
 437     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 438     int temp = 0;
 439     if (aa == null)
 440     {
 441       return false;
 442     }
 443     int x = 0, y = 0;
 444     int column = 0;
 445     char lastSS;
 446     int lastSSX;
 447     int iconOffset = 0;
 448     boolean validRes = false;
 449     boolean validEnd = false;
 450     boolean labelAllCols = false;
 451     boolean centreColLabels;
 452     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 453     boolean scaleColLabel = false;
 454     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 455             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 456     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 457             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 458     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 459             .getComplementConsensusAnnotation();
 460     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 461
 462     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 463     int charOffset = 0; // offset for a label
 464     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 465     // column.
 466     Font ofont = g.getFont();
 467     // \u03B2 \u03B1
 468     // debug ints
 469     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 470     boolean clipst = false, clipend = false;
 471     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 472     {
 473       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 474       isRNA = row.isRNA();
 475       {
 476         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 477         // settings appropriately
 478         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 479         // data
 480         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 481         {
 482           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 483           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 484           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 485         }
 486         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 487                 || row == complementConsensusAnnot)
 488         {
 489           renderHistogram = av_renderHistogram;
 490           renderProfile = av_renderProfile;
 491           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 492         }
 493         else
 494         {
 495           renderHistogram = true;
 496           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 497           // currently used in any other annotation track renderer
 498         }
 499       }
 500       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 501       if (!row.visible)
 502       {
 503         continue;
 504       }
 505       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 506       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 507       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 508       lastSS = ' ';
 509       lastSSX = 0;
 510
 511       if (!useClip
 512               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 513       {// if_in_visible_region
 514         if (!clipst)
 515         {
 516           clipst = true;
 517           yfrom = y;
 518           f_i = i;
 519         }
 520         yto = y;
 521         f_to = i;
 522         if (row.graph > 0)
 523         {
 524           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 525           {
 526             continue;
 527           }
 528
 529           // this is so that we draw the characters below the graph
 530           y += row.height;
 531
 532           if (row.hasText)
 533           {
 534             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 535             y -= charHeight;
 536           }
 537         }
 538         else if (row.hasText)
 539         {
 540           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 541
 542         }
 543         else
 544         {
 545           iconOffset = 0;
 546         }
 547
 548         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 549         {
 550           y += charHeight;
 551           usedFaded = true;
 552           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 553                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 554           g.setColor(Color.black);
 555           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 556
 557           continue;
 558         }
 559
 560         /*
 561          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 562          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 563          *
 564          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 565          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 566          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 567          *
 568          * g.setColor(Color.black); //
 569          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 570          *
 571          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 572          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 573          *
 574          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 575          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 576          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 577          * g.setColor(Color.black); // /
 578          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 579          *
 580          * continue; }
 581          */
 582         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 583         // column
 584         // of startRes
 585         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 586         while (x < endRes - startRes)
 587         {
 588           if (hasHiddenColumns)
 589           {
 590             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 591             if (column > row_annotations.length - 1)
 592             {
 593               break;
 594             }
 595           }
 596           else
 597           {
 598             column = startRes + x;
 599           }
 600
 601           if ((row_annotations == null)
 602                   || (row_annotations.length <= column)
 603                   || (row_annotations[column] == null))
 604           {
 605             validRes = false;
 606           }
 607           else
 608           {
 609             validRes = true;
 610           }
 611           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 612                   : null;
 613           if (x > -1)
 614           {
 615             if (activeRow == i)
 616             {
 617               g.setColor(Color.red);
 618
 619               if (columnSelection != null)
 620               {
 621                 if (columnSelection.contains(column))
 622                 {
 623                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 624                 }
 625               }
 626             }
 627             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 628             {
 629               g.setColor(Color.orange);
 630               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 631             }
 632             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 633             {
 634               g.setColor(Color.orange.darker());
 635               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 636             }
 637             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 638                     && (displayChar.length() > 0))
 639             {
 640
 641               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 642                       displayChar.length());
 643               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 644               {
 645                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 646                 // displayChar.length());
 647                 //
 648                 // if (scaleColLabel)
 649                 // {
 650                 // justify the label and scale to fit in column
 651                 if (fmWidth > charWidth)
 652                 {
 653                   // scale only if the current font isn't already small enough
 654                   fmScaling = charWidth;
 655                   fmScaling /= fmWidth;
 656                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 657                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 658                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 659                   fmWidth = charWidth;
 660                 }
 661                 // }
 662               }
 663               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 664               // else
 665               // {
 666               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 667               // }
 668               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 669
 670               if (row_annotations[column].colour == null)
 671               {
 672                 g.setColor(Color.black);
 673               }
 674               else
 675               {
 676                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 677               }
 678
 679               if (column == 0 || row.graph > 0)
 680               {
 681                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 682                         + iconOffset);
 683               }
 684               else if (row_annotations[column - 1] == null
 685                       || (labelAllCols
 686                               || !displayChar
 687                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 688                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 689               {
 690                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 691                         + iconOffset);
 692               }
 693               g.setFont(ofont);
 694             }
 695           }
 696           if (row.hasIcons)
 697           {
 698             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 699                     : '-';
 700
 701             if (ss == '(')
 702             {
 703               // distinguish between forward/backward base-pairing
 704               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 705               {
 706
 707                 ss = ')';
 708
 709               }
 710             }
 711             if (ss == '[')
 712             {
 713               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 714               {
 715                 ss = ']';
 716
 717               }
 718             }
 719             if (ss == '{')
 720             {
 721               // distinguish between forward/backward base-pairing
 722               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 723               {
 724                 ss = '}';
 725
 726               }
 727             }
 728             if (ss == '<')
 729             {
 730               // distinguish between forward/backward base-pairing
 731               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 732               {
 733                 ss = '>';
 734
 735               }
 736             }
 737             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 738             {
 739               // distinguish between forward/backward base-pairing
 740               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 741               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 742               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 743               {
 744                 ss = (char) ssLowerCase;
 745               }
 746             }
 747
 748             if (!validRes || (ss != lastSS))
 749             {
 750
 751               if (x > -1)
 752               {
 753
 754                 int nb_annot = x - temp;
 755                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 756                 switch (lastSS)
 757                 {
 758                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 759                 case ')': // and opposite direction
 760                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 761                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 762                   temp = x;
 763                   break;
 764
 765                 case 'H':
 766                   if (!isRNA)
 767                   {
 768                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 769                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 770                             validEnd);
 771                     break;
 772                   }
 773                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 774                 case 'E':
 775                   if (!isRNA)
 776                   {
 777                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 778                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 779                             validEnd);
 780                     break;
 781                   }
 782                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 783
 784                 case '{':
 785                 case '}':
 786                 case '[':
 787                 case ']':
 788                 case '>':
 789                 case '<':
 790                 case 'A':
 791                 case 'a':
 792                 case 'B':
 793                 case 'b':
 794                 case 'C':
 795                 case 'c':
 796                 case 'D':
 797                 case 'd':
 798                 case 'e':
 799                 case 'F':
 800                 case 'f':
 801                 case 'G':
 802                 case 'g':
 803                 case 'h':
 804                 case 'I':
 805                 case 'i':
 806                 case 'J':
 807                 case 'j':
 808                 case 'K':
 809                 case 'k':
 810                 case 'L':
 811                 case 'l':
 812                 case 'M':
 813                 case 'm':
 814                 case 'N':
 815                 case 'n':
 816                 case 'O':
 817                 case 'o':
 818                 case 'P':
 819                 case 'p':
 820                 case 'Q':
 821                 case 'q':
 822                 case 'R':
 823                 case 'r':
 824                 case 'S':
 825                 case 's':
 826                 case 'T':
 827                 case 't':
 828                 case 'U':
 829                 case 'u':
 830                 case 'V':
 831                 case 'v':
 832                 case 'W':
 833                 case 'w':
 834                 case 'X':
 835                 case 'x':
 836                 case 'Y':
 837                 case 'y':
 838                 case 'Z':
 839                 case 'z':
 840
 841                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 842                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 843                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 844                           validRes, validEnd);
 845                   temp = x;
 846                   break;
 847                 default:
 848                   g.setColor(Color.gray);
 849                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 850                           - lastSSX, 2);
 851                   temp = x;
 852                   break;
 853                 }
 854               }
 855               if (validRes)
 856               {
 857                 lastSS = ss;
 858               }
 859               else
 860               {
 861                 lastSS = ' ';
 862               }
 863               if (x > -1)
 864               {
 865                 lastSSX = (x * charWidth);
 866               }
 867             }
 868           }
 869           column++;
 870           x++;
 871         }
 872         if (column >= row_annotations.length)
 873         {
 874           column = row_annotations.length - 1;
 875           validEnd = false;
 876         }
 877         else
 878         {
 879           validEnd = true;
 880         }
 881         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 882                 || (row_annotations[column] == null))
 883         {
 884           validRes = false;
 885         }
 886         else
 887         {
 888           validRes = true;
 889         }
 890         // x ++;
 891
 892         if (row.hasIcons)
 893         {
 894           switch (lastSS)
 895           {
 896
 897           case 'H':
 898             if (!isRNA)
 899             {
 900               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 901                       startRes, column, validRes, validEnd);
 902               break;
 903             }
 904             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 905
 906           case 'E':
 907             if (!isRNA)
 908             {
 909               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 910                       startRes, column, validRes, validEnd);
 911               break;
 912             }
 913             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 914
 915           case '(':
 916           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 917
 918             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 919                     startRes, column, validRes, validEnd);
 920
 921             break;
 922           case '{':
 923           case '}':
 924           case '[':
 925           case ']':
 926           case '>':
 927           case '<':
 928           case 'A':
 929           case 'a':
 930           case 'B':
 931           case 'b':
 932           case 'C':
 933           case 'c':
 934           case 'D':
 935           case 'd':
 936           case 'e':
 937           case 'F':
 938           case 'f':
 939           case 'G':
 940           case 'g':
 941           case 'h':
 942           case 'I':
 943           case 'i':
 944           case 'J':
 945           case 'j':
 946           case 'K':
 947           case 'k':
 948           case 'L':
 949           case 'l':
 950           case 'M':
 951           case 'm':
 952           case 'N':
 953           case 'n':
 954           case 'O':
 955           case 'o':
 956           case 'P':
 957           case 'p':
 958           case 'Q':
 959           case 'q':
 960           case 'R':
 961           case 'r':
 962           case 'T':
 963           case 't':
 964           case 'U':
 965           case 'u':
 966           case 'V':
 967           case 'v':
 968           case 'W':
 969           case 'w':
 970           case 'X':
 971           case 'x':
 972           case 'Y':
 973           case 'y':
 974           case 'Z':
 975           case 'z':
 976             // System.out.println(lastSS);
 977             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 978             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 979                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 980             break;
 981           default:
 982             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 983                     startRes, column, validRes, validEnd);
 984             break;
 985           }
 986         }
 987
 988         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 989         {
 990           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 991           {
 992             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 993             {
 994               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 995               // computed efficiently for all visible labels
 996               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 997               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 998               {
 999                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1000                 {
1001                   continue;
1002                 }
1003
1004                 if (aa[gg] != row)
1005                 {
1006                   aa[gg].visible = false;
1007                 }
1008                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1009                 {
1010                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1011                 }
1012                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1013                 {
1014                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1015                 }
1016               }
1017
1018               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1019               {
1020                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1021                 {
1022                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1023                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1024                 }
1025               }
1026
1027               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1028             }
1029             else
1030             {
1031               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1032                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1033             }
1034           }
1035           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1036           {
1037             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1038                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1039                     renderProfile, normaliseProfile);
1040           }
1041           else
1042           {
1043             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1044                     .getRendererFor(row);
1045             if (renderer != null)
1046             {
1047               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight,
1048                       hasHiddenColumns, av, columnSelection, row,
1049                       row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1050                       row.graphMax, y);
1051               System.err.println("rendered with "
1052                       + renderer.getClass().toString());
1053             }
1054           }
1055         }
1056       }
1057       else
1058       {
1059         if (clipst && !clipend)
1060         {
1061           clipend = true;
1062         }
1063       }// end if_in_visible_region
1064       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1065       {
1066         y += charHeight;
1067       }
1068
1069       if (row.graph == 0)
1070       {
1071         y += aa[i].height;
1072       }
1073     }
1074     if (debugRedraw)
1075     {
1076       if (canClip)
1077       {
1078         if (clipst)
1079         {
1080           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1081                   + ")");
1082         }
1083         if (clipend)
1084         {
1085           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1086                   + ")");
1087         }
1088       }
1089       ;
1090       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1091               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1092     }
1093     ;
1094
1095     return !usedFaded;
1096   }
1097
1098   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1099
1100   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1101
1102   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1103
1104   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1105
1106   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1107
1108   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1109           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1110           boolean validRes, boolean validEnd)
1111   {
1112     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1113     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1114   }
1115
1116   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1117
1118   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1119           boolean validRes, boolean validEnd)
1120   {
1121     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1122
1123     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1124             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1125     {
1126       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1127               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1128       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1129           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1130           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1131     }
1132     else
1133     {
1134       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1135               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1136     }
1137
1138   }
1139
1140   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1141           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1142           boolean validRes, boolean validEnd)
1143   {
1144     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1145
1146     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1147     int x1 = lastSSX;
1148     int x2 = (x * charWidth);
1149
1150     if (MAC)
1151     {
1152       int ofs = charWidth / 2;
1153       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1154       // to offscreen image on the MAC
1155       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1156       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1157               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1158       {
1159       }
1160       else
1161       {
1162         // g.setColor(Color.orange);
1163         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1164                 0, 0);
1165       }
1166       if (!validRes || row[column] == null
1167               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1168       {
1169
1170       }
1171       else
1172       {
1173         // g.setColor(Color.magenta);
1174         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1175                 + 1, 8, 0, 0);
1176
1177       }
1178
1179       return;
1180     }
1181
1182     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1183             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1184     {
1185       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1186       x1 += charWidth / 2;
1187     }
1188
1189     if (!validRes || row[column] == null
1190             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1191     {
1192       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1193               8, 270, 180);
1194       x2 -= charWidth / 2;
1195     }
1196
1197     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1198   }
1199
1200   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1201           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1202           float min, float max, int graphHeight)
1203   {
1204     if (sRes > aa_annotations.length)
1205     {
1206       return;
1207     }
1208
1209     int x = 0;
1210
1211     // Adjustment for fastpaint to left
1212     if (eRes < endRes)
1213     {
1214       eRes++;
1215     }
1216
1217     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1218
1219     if (sRes == 0)
1220     {
1221       x++;
1222     }
1223
1224     int y1 = y, y2 = y;
1225     float range = max - min;
1226
1227     // //Draw origin
1228     if (min < 0)
1229     {
1230       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1231     }
1232
1233     g.setColor(Color.gray);
1234     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1235
1236     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1237
1238     int column;
1239     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1240
1241     while (x < eRes - sRes)
1242     {
1243       column = sRes + x;
1244       if (hasHiddenColumns)
1245       {
1246         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1247       }
1248
1249       if (column > aaMax)
1250       {
1251         break;
1252       }
1253
1254       if (aa_annotations[column] == null
1255               || aa_annotations[column - 1] == null)
1256       {
1257         x++;
1258         continue;
1259       }
1260
1261       if (aa_annotations[column].colour == null)
1262       {
1263         g.setColor(Color.black);
1264       }
1265       else
1266       {
1267         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1268       }
1269
1270       y1 = y
1271               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1272       y2 = y
1273               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1274
1275       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1276               + charWidth / 2, y2);
1277       x++;
1278     }
1279
1280     if (_aa.threshold != null)
1281     {
1282       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1283       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1284       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1285               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1286
1287       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1288       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1289       g2.setStroke(new BasicStroke());
1290     }
1291   }
1292
1293   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1294           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1295           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1296           boolean normaliseProfile)
1297   {
1298     if (sRes > aa_annotations.length)
1299     {
1300       return;
1301     }
1302     Font ofont = g.getFont();
1303     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1304
1305     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1306
1307     float range = max - min;
1308
1309     if (min < 0)
1310     {
1311       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1312     }
1313
1314     g.setColor(Color.gray);
1315
1316     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1317
1318     int column;
1319     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1320     while (x < eRes - sRes)
1321     {
1322       column = sRes + x;
1323       if (hasHiddenColumns)
1324       {
1325         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1326       }
1327
1328       if (column > aaMax)
1329       {
1330         break;
1331       }
1332
1333       if (aa_annotations[column] == null)
1334       {
1335         x++;
1336         continue;
1337       }
1338       if (aa_annotations[column].colour == null)
1339       {
1340         g.setColor(Color.black);
1341       }
1342       else
1343       {
1344         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1345       }
1346
1347       y1 = y
1348               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1349
1350       if (renderHistogram)
1351       {
1352         if (y1 - y2 > 0)
1353         {
1354           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1355         }
1356         else
1357         {
1358           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1359         }
1360       }
1361       // draw profile if available
1362       if (renderProfile)
1363       {
1364
1365         /*
1366          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1367          */
1368         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1369
1370         // just try to draw the logo if profl is not null
1371         if (profl != null && profl[2] != 0)
1372         {
1373           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1374           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1375           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1376           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1377           double hght;
1378           float wdth;
1379           double ht2 = 0;
1380           char[] dc;
1381
1382           /**
1383            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1384            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1385            */
1386           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1387
1388           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1389           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1390           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1391           double scl = 0.0;
1392
1393           /*
1394            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1395            */
1396           int c = 3;
1397           int valuesProcessed = 0;
1398           // profl[1] is the number of values in the profile
1399           while (valuesProcessed < profl[1])
1400           {
1401             if (isStructureProfile)
1402             {
1403               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1404               dc[0] = (char) profl[c++];
1405               dc[1] = (char) profl[c++];
1406             }
1407             else if (isCdnaProfile)
1408             {
1409               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1410             }
1411             else
1412             {
1413               dc[0] = (char) profl[c++];
1414             }
1415
1416             wdth = charWidth;
1417             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1418
1419             ht += scl;
1420             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1421             scl = htn * scale * profl[c++];
1422             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1423                     .getFontRenderContext());
1424             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1425                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1426             g.setFont(font);
1427             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1428
1429             // Debug - render boxes around characters
1430             // g.setColor(Color.red);
1431             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1432             // (int)(scl));
1433             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1434
1435             /*
1436              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1437              * codon translation if a cDNA profile
1438              */
1439             Color colour = null;
1440             if (isCdnaProfile)
1441             {
1442               final String codonTranslation = ResidueProperties
1443                       .codonTranslate(new String(dc));
1444               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1445                       column, null);
1446             }
1447             else
1448             {
1449               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1450             }
1451             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1452
1453             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1454                     .getBaselineIndex()]));
1455
1456             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1457             valuesProcessed++;
1458           }
1459           g.setFont(ofont);
1460         }
1461       }
1462       x++;
1463     }
1464     if (_aa.threshold != null)
1465     {
1466       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1467       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1468       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1469               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1470
1471       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1472               * _aa.graphHeight);
1473       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1474       g2.setStroke(new BasicStroke());
1475     }
1476   }
1477
1478   // used by overview window
1479   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1480           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1481   {
1482     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1483     g.setColor(Color.white);
1484     g.fillRect(0, 0, width, y);
1485     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1486
1487     int x = 0, height;
1488
1489     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1490     {
1491       if (aa_annotations[j] != null)
1492       {
1493         if (aa_annotations[j].colour == null)
1494         {
1495           g.setColor(Color.black);
1496         }
1497         else
1498         {
1499           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1500         }
1501
1502         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1503         if (height > y)
1504         {
1505           height = y;
1506         }
1507
1508         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1509       }
1510       x += charWidth;
1511     }
1512   }
1513
1514   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1515   {
1516     switch (lastss)
1517     {
1518     case '{':
1519     case '}':
1520       return new Color(255, 125, 5);
1521
1522     case '[':
1523     case ']':
1524       return new Color(245, 115, 10);
1525
1526     case '>':
1527     case '<':
1528       return new Color(235, 135, 15);
1529
1530     case 'A':
1531     case 'a':
1532       return new Color(225, 105, 20);
1533
1534     case 'B':
1535     case 'b':
1536       return new Color(215, 145, 30);
1537
1538     case 'C':
1539     case 'c':
1540       return new Color(205, 95, 35);
1541
1542     case 'D':
1543     case 'd':
1544       return new Color(195, 155, 45);
1545
1546     case 'E':
1547     case 'e':
1548       return new Color(185, 85, 55);
1549
1550     case 'F':
1551     case 'f':
1552       return new Color(175, 165, 65);
1553
1554     case 'G':
1555     case 'g':
1556       return new Color(170, 75, 75);
1557
1558     case 'H':
1559     case 'h':
1560       return new Color(160, 175, 85);
1561
1562     case 'I':
1563     case 'i':
1564       return new Color(150, 65, 95);
1565
1566     case 'J':
1567     case 'j':
1568       return new Color(140, 185, 105);
1569
1570     case 'K':
1571     case 'k':
1572       return new Color(130, 55, 110);
1573
1574     case 'L':
1575     case 'l':
1576       return new Color(120, 195, 120);
1577
1578     case 'M':
1579     case 'm':
1580       return new Color(110, 45, 130);
1581
1582     case 'N':
1583     case 'n':
1584       return new Color(100, 205, 140);
1585
1586     case 'O':
1587     case 'o':
1588       return new Color(90, 35, 150);
1589
1590     case 'P':
1591     case 'p':
1592       return new Color(85, 215, 160);
1593
1594     case 'Q':
1595     case 'q':
1596       return new Color(75, 25, 170);
1597
1598     case 'R':
1599     case 'r':
1600       return new Color(65, 225, 180);
1601
1602     case 'S':
1603     case 's':
1604       return new Color(55, 15, 185);
1605
1606     case 'T':
1607     case 't':
1608       return new Color(45, 235, 195);
1609
1610     case 'U':
1611     case 'u':
1612       return new Color(35, 5, 205);
1613
1614     case 'V':
1615     case 'v':
1616       return new Color(25, 245, 215);
1617
1618     case 'W':
1619     case 'w':
1620       return new Color(15, 0, 225);
1621
1622     case 'X':
1623     case 'x':
1624       return new Color(10, 255, 235);
1625
1626     case 'Y':
1627     case 'y':
1628       return new Color(5, 150, 245);
1629
1630     case 'Z':
1631     case 'z':
1632       return new Color(0, 80, 255);
1633
1634     default:
1635       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1636       return null;
1637
1638     }
1639   }
1640 }