src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.font.LineMetrics;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 190                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 191         x1 += 5;
 192       }
 193       if (diffdownstream)
 194       {
 195         x2 -= 1;
 196       }
 197     }
 198     else
 199     {
 200       // display a forward arrow
 201       if (diffdownstream)
 202       {
 203         /*
 204          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 205          * display a forward arrow
 206          */
 207         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 208             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 209         x2 -= 5;
 210       }
 211       if (diffupstream)
 212       {
 213         x1 += 1;
 214       }
 215     }
 216     // draw arrow body
 217     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 218   }
 219
 220   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 221           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 222           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 223           boolean validEnd)
 224   {
 225     // System.out.println(nonCanColor);
 226
 227     g.setColor(nonCanColor);
 228     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 229     int x1 = lastSSX;
 230     int x2 = (x * charWidth);
 231
 232     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 233             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 234
 235     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 236             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 237     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 238             || row_annotations[column] == null
 239             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 240     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 241     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 242     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 243     {
 244
 245       if (diffupstream)
 246       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 247       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 248       {
 249         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 250                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 251                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 252         x1 += 5;
 253       }
 254       if (diffdownstream)
 255       {
 256         x2 -= 1;
 257       }
 258     }
 259     else
 260     {
 261
 262       // display a forward arrow
 263       if (diffdownstream)
 264       {
 265         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 266             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 267         x2 -= 5;
 268       }
 269       if (diffupstream)
 270       {
 271         x1 += 1;
 272       }
 273     }
 274     // draw arrow body
 275     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 276   }
 277
 278   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 279   // av)
 280   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 281           AlignViewportI av)
 282   {
 283     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 284     annotationPanel = annotPanel;
 285     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 286     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 287     // visible area for rendering
 288     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 289     if (bounds != null)
 290     {
 291       sOffset = bounds[0];
 292       visHeight = bounds[1];
 293       if (visHeight == 0)
 294       {
 295         useClip = false;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         useClip = canClip;
 300       }
 301     }
 302     else
 303     {
 304       useClip = false;
 305     }
 306
 307     updateFromAlignViewport(av);
 308   }
 309
 310   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 311   {
 312     charWidth = av.getCharWidth();
 313     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 314     charHeight = av.getCharHeight();
 315     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 316     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 317     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 318     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 319     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 320     profcolour = av.getResidueShading();
 321     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 322     {
 323       /*
 324        * Use default colour for sequence logo if
 325        * the alignment has no colourscheme set
 326        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 327        */
 328       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 329               : new ZappoColourScheme();
 330       profcolour = new ResidueShader(col);
 331     }
 332     columnSelection = av.getColumnSelection();
 333     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 334     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 335     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 336     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 337     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 338   }
 339
 340
 341
 342   /**
 343    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 344    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 345    * depend on the profile type.
 346    *
 347    * @param aa
 348    * @param column
 349    * @return
 350    */
 351   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 352   {
 353     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 354     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 355     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 356     //
 357     if (aa.label.startsWith("Information"))
 358     {
 359       return AAFrequency.getHMMProfileFor(aa, column,
 360               true); // TODO detect setting
 361     }
 362     if (aa.autoCalculated
 363             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 364                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 365     {
 366       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 367       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 368               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 369       {
 370         // TODO? group consensus for cDNA complement
 371         return AAFrequency.extractProfile(
 372                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 373                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 374       }
 375       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 376       // be stored
 377       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 378       {
 379         if (forComplement)
 380         {
 381           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 382                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 383         }
 384         else
 385         {
 386           return AAFrequency.extractProfile(
 387 hconsensus.get(column),
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390       }
 391     }
 392     else
 393     {
 394       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 395       {
 396         // TODO implement group structure consensus
 397         /*
 398          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 399          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 400          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 401          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 402          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 403          */
 404         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 405         // to
 406         // be stored
 407         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 408                 && hStrucConsensus != null
 409                 && hStrucConsensus.length > column)
 410         {
 411           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 412                   av_ignoreGapsConsensus);
 413         }
 414       }
 415     }
 416     return null;
 417   }
 418
 419   boolean rna = false;
 420
 421   /**
 422    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 423    *
 424    * @param annotPanel
 425    *          container frame
 426    * @param av
 427    *          data and view settings to render
 428    * @param g
 429    *          destination for graphics
 430    * @param activeRow
 431    *          row where a mouse event occured (or -1)
 432    * @param startRes
 433    *          first column that will be drawn
 434    * @param endRes
 435    *          last column that will be drawn
 436    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 437    *         currently being calculated
 438    */
 439   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 440           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 441           int endRes)
 442   {
 443     long stime = System.currentTimeMillis();
 444     boolean usedFaded = false;
 445     // NOTES:
 446     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 447     // AlignViewport
 448     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 449     fm = g.getFontMetrics();
 450     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 451     int temp = 0;
 452     if (aa == null)
 453     {
 454       return false;
 455     }
 456     int x = 0, y = 0;
 457     int column = 0;
 458     char lastSS;
 459     int lastSSX;
 460     int iconOffset = 0;
 461     boolean validRes = false;
 462     boolean validEnd = false;
 463     boolean labelAllCols = false;
 464     boolean centreColLabels;
 465     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 466     boolean scaleColLabel = false;
 467     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 468             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 469     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 470             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 471     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 472             .getComplementConsensusAnnotation();
 473     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 474
 475     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 476     int charOffset = 0; // offset for a label
 477     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 478     // column.
 479     Font ofont = g.getFont();
 480     // \u03B2 \u03B1
 481     // debug ints
 482     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 483     boolean clipst = false, clipend = false;
 484     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 485     {
 486       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 487       isRNA = row.isRNA();
 488       {
 489         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 490         // settings appropriately
 491         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 492         // data
 493         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 494         {
 495           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 496           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 497           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 498         }
 499         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 500                 || row == complementConsensusAnnot)
 501         {
 502           renderHistogram = av_renderHistogram;
 503           renderProfile = av_renderProfile;
 504           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 505         }
 506         else
 507         {
 508           renderHistogram = true;
 509           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 510           // currently used in any other annotation track renderer
 511         }
 512       }
 513       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 514       if (!row.visible)
 515       {
 516         continue;
 517       }
 518       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 519       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 520       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 521       lastSS = ' ';
 522       lastSSX = 0;
 523
 524       if (!useClip
 525               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 526       {// if_in_visible_region
 527         if (!clipst)
 528         {
 529           clipst = true;
 530           yfrom = y;
 531           f_i = i;
 532         }
 533         yto = y;
 534         f_to = i;
 535         if (row.graph > 0)
 536         {
 537           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 538           {
 539             continue;
 540           }
 541
 542           // this is so that we draw the characters below the graph
 543           y += row.height;
 544
 545           if (row.hasText)
 546           {
 547             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 548             y -= charHeight;
 549           }
 550         }
 551         else if (row.hasText)
 552         {
 553           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 554
 555         }
 556         else
 557         {
 558           iconOffset = 0;
 559         }
 560
 561         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 562         {
 563           y += charHeight;
 564           usedFaded = true;
 565           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 566                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 567           g.setColor(Color.black);
 568           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 569
 570           continue;
 571         }
 572
 573         /*
 574          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 575          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 576          *
 577          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 578          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 579          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 580          *
 581          * g.setColor(Color.black); //
 582          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 583          *
 584          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 585          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 586          *
 587          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 588          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 589          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 590          * g.setColor(Color.black); // /
 591          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 592          *
 593          * continue; }
 594          */
 595         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 596         // column
 597         // of startRes
 598         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 599         while (x < endRes - startRes)
 600         {
 601           if (hasHiddenColumns)
 602           {
 603             column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 604             if (column > row_annotations.length - 1)
 605             {
 606               break;
 607             }
 608           }
 609           else
 610           {
 611             column = startRes + x;
 612           }
 613
 614           if ((row_annotations == null)
 615                   || (row_annotations.length <= column)
 616                   || (row_annotations[column] == null))
 617           {
 618             validRes = false;
 619           }
 620           else
 621           {
 622             validRes = true;
 623           }
 624           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 625                   : null;
 626           if (x > -1)
 627           {
 628             if (activeRow == i)
 629             {
 630               g.setColor(Color.red);
 631
 632               if (columnSelection != null)
 633               {
 634                 if (columnSelection.contains(column))
 635                 {
 636                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 637                 }
 638               }
 639             }
 640             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 641             {
 642               g.setColor(Color.orange);
 643               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 644             }
 645             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 646             {
 647               g.setColor(Color.orange.darker());
 648               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 649             }
 650             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 651                     && (displayChar.length() > 0))
 652             {
 653
 654               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 655                       displayChar.length());
 656               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 657               {
 658                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 659                 // displayChar.length());
 660                 //
 661                 // if (scaleColLabel)
 662                 // {
 663                 // justify the label and scale to fit in column
 664                 if (fmWidth > charWidth)
 665                 {
 666                   // scale only if the current font isn't already small enough
 667                   fmScaling = charWidth;
 668                   fmScaling /= fmWidth;
 669                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 670                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 671                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 672                   fmWidth = charWidth;
 673                 }
 674                 // }
 675               }
 676               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 677               // else
 678               // {
 679               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 680               // }
 681               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 682
 683               if (row_annotations[column].colour == null)
 684               {
 685                 g.setColor(Color.black);
 686               }
 687               else
 688               {
 689                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 690               }
 691
 692               if (column == 0 || row.graph > 0)
 693               {
 694                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 695                         + iconOffset);
 696               }
 697               else if (row_annotations[column - 1] == null
 698                       || (labelAllCols
 699                               || !displayChar
 700                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 701                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 702               {
 703                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 704                         + iconOffset);
 705               }
 706               g.setFont(ofont);
 707             }
 708           }
 709           if (row.hasIcons)
 710           {
 711             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 712                     : '-';
 713
 714             if (ss == '(')
 715             {
 716               // distinguish between forward/backward base-pairing
 717               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 718               {
 719
 720                 ss = ')';
 721
 722               }
 723             }
 724             if (ss == '[')
 725             {
 726               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 727               {
 728                 ss = ']';
 729
 730               }
 731             }
 732             if (ss == '{')
 733             {
 734               // distinguish between forward/backward base-pairing
 735               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 736               {
 737                 ss = '}';
 738
 739               }
 740             }
 741             if (ss == '<')
 742             {
 743               // distinguish between forward/backward base-pairing
 744               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 745               {
 746                 ss = '>';
 747
 748               }
 749             }
 750             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 751             {
 752               // distinguish between forward/backward base-pairing
 753               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 754               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 755               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 756               {
 757                 ss = (char) ssLowerCase;
 758               }
 759             }
 760
 761             if (!validRes || (ss != lastSS))
 762             {
 763
 764               if (x > -1)
 765               {
 766
 767                 int nb_annot = x - temp;
 768                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 769                 switch (lastSS)
 770                 {
 771                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 772                 case ')': // and opposite direction
 773                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 774                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 775                   temp = x;
 776                   break;
 777
 778                 case 'H':
 779                   if (!isRNA)
 780                   {
 781                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 782                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 783                             validEnd);
 784                     break;
 785                   }
 786                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 787                 case 'E':
 788                   if (!isRNA)
 789                   {
 790                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 791                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 792                             validEnd);
 793                     break;
 794                   }
 795                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 796
 797                 case '{':
 798                 case '}':
 799                 case '[':
 800                 case ']':
 801                 case '>':
 802                 case '<':
 803                 case 'A':
 804                 case 'a':
 805                 case 'B':
 806                 case 'b':
 807                 case 'C':
 808                 case 'c':
 809                 case 'D':
 810                 case 'd':
 811                 case 'e':
 812                 case 'F':
 813                 case 'f':
 814                 case 'G':
 815                 case 'g':
 816                 case 'h':
 817                 case 'I':
 818                 case 'i':
 819                 case 'J':
 820                 case 'j':
 821                 case 'K':
 822                 case 'k':
 823                 case 'L':
 824                 case 'l':
 825                 case 'M':
 826                 case 'm':
 827                 case 'N':
 828                 case 'n':
 829                 case 'O':
 830                 case 'o':
 831                 case 'P':
 832                 case 'p':
 833                 case 'Q':
 834                 case 'q':
 835                 case 'R':
 836                 case 'r':
 837                 case 'S':
 838                 case 's':
 839                 case 'T':
 840                 case 't':
 841                 case 'U':
 842                 case 'u':
 843                 case 'V':
 844                 case 'v':
 845                 case 'W':
 846                 case 'w':
 847                 case 'X':
 848                 case 'x':
 849                 case 'Y':
 850                 case 'y':
 851                 case 'Z':
 852                 case 'z':
 853
 854                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 855                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 856                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 857                           validRes, validEnd);
 858                   temp = x;
 859                   break;
 860                 default:
 861                   g.setColor(Color.gray);
 862                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 863                           - lastSSX, 2);
 864                   temp = x;
 865                   break;
 866                 }
 867               }
 868               if (validRes)
 869               {
 870                 lastSS = ss;
 871               }
 872               else
 873               {
 874                 lastSS = ' ';
 875               }
 876               if (x > -1)
 877               {
 878                 lastSSX = (x * charWidth);
 879               }
 880             }
 881           }
 882           column++;
 883           x++;
 884         }
 885         if (column >= row_annotations.length)
 886         {
 887           column = row_annotations.length - 1;
 888           validEnd = false;
 889         }
 890         else
 891         {
 892           validEnd = true;
 893         }
 894         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 895                 || (row_annotations[column] == null))
 896         {
 897           validRes = false;
 898         }
 899         else
 900         {
 901           validRes = true;
 902         }
 903         // x ++;
 904
 905         if (row.hasIcons)
 906         {
 907           switch (lastSS)
 908           {
 909
 910           case 'H':
 911             if (!isRNA)
 912             {
 913               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 914                       startRes, column, validRes, validEnd);
 915               break;
 916             }
 917             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 918
 919           case 'E':
 920             if (!isRNA)
 921             {
 922               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 923                       startRes, column, validRes, validEnd);
 924               break;
 925             }
 926             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 927
 928           case '(':
 929           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 930
 931             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 932                     startRes, column, validRes, validEnd);
 933
 934             break;
 935           case '{':
 936           case '}':
 937           case '[':
 938           case ']':
 939           case '>':
 940           case '<':
 941           case 'A':
 942           case 'a':
 943           case 'B':
 944           case 'b':
 945           case 'C':
 946           case 'c':
 947           case 'D':
 948           case 'd':
 949           case 'e':
 950           case 'F':
 951           case 'f':
 952           case 'G':
 953           case 'g':
 954           case 'h':
 955           case 'I':
 956           case 'i':
 957           case 'J':
 958           case 'j':
 959           case 'K':
 960           case 'k':
 961           case 'L':
 962           case 'l':
 963           case 'M':
 964           case 'm':
 965           case 'N':
 966           case 'n':
 967           case 'O':
 968           case 'o':
 969           case 'P':
 970           case 'p':
 971           case 'Q':
 972           case 'q':
 973           case 'R':
 974           case 'r':
 975           case 'T':
 976           case 't':
 977           case 'U':
 978           case 'u':
 979           case 'V':
 980           case 'v':
 981           case 'W':
 982           case 'w':
 983           case 'X':
 984           case 'x':
 985           case 'Y':
 986           case 'y':
 987           case 'Z':
 988           case 'z':
 989             // System.out.println(lastSS);
 990             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 991             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 992                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 993             break;
 994           default:
 995             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 996                     startRes, column, validRes, validEnd);
 997             break;
 998           }
 999         }
1000
1001         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1002         {
1003           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1004           {
1005             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1006             {
1007               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1008               // computed efficiently for all visible labels
1009               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1010               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1011               {
1012                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1013                 {
1014                   continue;
1015                 }
1016
1017                 if (aa[gg] != row)
1018                 {
1019                   aa[gg].visible = false;
1020                 }
1021                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1022                 {
1023                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1024                 }
1025                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1026                 {
1027                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1028                 }
1029               }
1030
1031               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1032               {
1033                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1034                 {
1035                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1036                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1037                 }
1038               }
1039
1040               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1041             }
1042             else
1043             {
1044               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1045                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1046             }
1047           }
1048           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1049           {
1050             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1051                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1052                     renderProfile, normaliseProfile);
1053           }
1054         }
1055       }
1056       else
1057       {
1058         if (clipst && !clipend)
1059         {
1060           clipend = true;
1061         }
1062       }// end if_in_visible_region
1063       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1064       {
1065         y += charHeight;
1066       }
1067
1068       if (row.graph == 0)
1069       {
1070         y += aa[i].height;
1071       }
1072     }
1073     if (debugRedraw)
1074     {
1075       if (canClip)
1076       {
1077         if (clipst)
1078         {
1079           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1080                   + ")");
1081         }
1082         if (clipend)
1083         {
1084           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1085                   + ")");
1086         }
1087       }
1088       ;
1089       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1090               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1091     }
1092     ;
1093
1094     return !usedFaded;
1095   }
1096
1097   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1098
1099   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1100
1101   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1102
1103   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1104
1105   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1106
1107   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1108           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1109           boolean validRes, boolean validEnd)
1110   {
1111     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1112     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1113   }
1114
1115   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1116
1117   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1118           boolean validRes, boolean validEnd)
1119   {
1120     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1121
1122     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1123             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1124     {
1125       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1126               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1127       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1128           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1129           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1130     }
1131     else
1132     {
1133       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1134               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1135     }
1136
1137   }
1138
1139   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1140           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1141           boolean validRes, boolean validEnd)
1142   {
1143     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1144
1145     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1146     int x1 = lastSSX;
1147     int x2 = (x * charWidth);
1148
1149     if (MAC)
1150     {
1151       int ofs = charWidth / 2;
1152       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1153       // to offscreen image on the MAC
1154       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1155       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1156               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1157       {
1158       }
1159       else
1160       {
1161         // g.setColor(Color.orange);
1162         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1163                 0, 0);
1164       }
1165       if (!validRes || row[column] == null
1166               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1167       {
1168
1169       }
1170       else
1171       {
1172         // g.setColor(Color.magenta);
1173         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1174                 + 1, 8, 0, 0);
1175
1176       }
1177
1178       return;
1179     }
1180
1181     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1182             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1183     {
1184       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1185       x1 += charWidth / 2;
1186     }
1187
1188     if (!validRes || row[column] == null
1189             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1190     {
1191       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1192               8, 270, 180);
1193       x2 -= charWidth / 2;
1194     }
1195
1196     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1197   }
1198
1199   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1200           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1201           float min, float max, int graphHeight)
1202   {
1203     if (sRes > aa_annotations.length)
1204     {
1205       return;
1206     }
1207
1208     int x = 0;
1209
1210     // Adjustment for fastpaint to left
1211     if (eRes < endRes)
1212     {
1213       eRes++;
1214     }
1215
1216     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1217
1218     if (sRes == 0)
1219     {
1220       x++;
1221     }
1222
1223     int y1 = y, y2 = y;
1224     float range = max - min;
1225
1226     // //Draw origin
1227     if (min < 0)
1228     {
1229       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1230     }
1231
1232     g.setColor(Color.gray);
1233     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1234
1235     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1236
1237     int column;
1238     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1239
1240     while (x < eRes - sRes)
1241     {
1242       column = sRes + x;
1243       if (hasHiddenColumns)
1244       {
1245         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1246       }
1247
1248       if (column > aaMax)
1249       {
1250         break;
1251       }
1252
1253       if (aa_annotations[column] == null
1254               || aa_annotations[column - 1] == null)
1255       {
1256         x++;
1257         continue;
1258       }
1259
1260       if (aa_annotations[column].colour == null)
1261       {
1262         g.setColor(Color.black);
1263       }
1264       else
1265       {
1266         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1267       }
1268
1269       y1 = y
1270               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1271       y2 = y
1272               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1273
1274       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1275               + charWidth / 2, y2);
1276       x++;
1277     }
1278
1279     if (_aa.threshold != null)
1280     {
1281       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1282       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1283       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1284               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1285
1286       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1287       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1288       g2.setStroke(new BasicStroke());
1289     }
1290   }
1291
1292   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1293           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1294           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1295           boolean normaliseProfile)
1296   {
1297     if (sRes > aa_annotations.length)
1298     {
1299       return;
1300     }
1301     Font ofont = g.getFont();
1302     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1303
1304     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1305
1306     float range = max - min;
1307
1308     if (min < 0)
1309     {
1310       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1311     }
1312
1313     g.setColor(Color.gray);
1314
1315     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1316
1317     int column;
1318     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1319     while (x < eRes - sRes)
1320     {
1321       column = sRes + x;
1322       if (hasHiddenColumns)
1323       {
1324         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
1325       }
1326
1327       if (column > aaMax)
1328       {
1329         break;
1330       }
1331
1332       if (aa_annotations[column] == null)
1333       {
1334         x++;
1335         continue;
1336       }
1337       if (aa_annotations[column].colour == null)
1338       {
1339         g.setColor(Color.black);
1340       }
1341       else
1342       {
1343         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1344       }
1345
1346       y1 = y
1347               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1348
1349       if (renderHistogram)
1350       {
1351         if (y1 - y2 > 0)
1352         {
1353           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1354         }
1355         else
1356         {
1357           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1358         }
1359       }
1360       // draw profile if available
1361       if (renderProfile)
1362       {
1363
1364         /*
1365          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1366          */
1367         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1368
1369         // just try to draw the logo if profl is not null
1370         if (profl != null && profl[2] != 0)
1371         {
1372           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1373           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1374           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1375           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1376           double hght;
1377           float wdth;
1378           double ht2 = 0;
1379           char[] dc;
1380
1381           /**
1382            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1383            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1384            */
1385           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1386
1387           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1388           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1389           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1390           double scl = 0.0;
1391
1392           /*
1393            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1394            */
1395           int c = 3;
1396           int valuesProcessed = 0;
1397           // profl[1] is the number of values in the profile
1398           while (valuesProcessed < profl[1])
1399           {
1400             if (isStructureProfile)
1401             {
1402               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1403               dc[0] = (char) profl[c++];
1404               dc[1] = (char) profl[c++];
1405             }
1406             else if (isCdnaProfile)
1407             {
1408               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1409             }
1410             else
1411             {
1412               dc[0] = (char) profl[c++];
1413             }
1414
1415             wdth = charWidth;
1416             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1417
1418             ht += scl;
1419             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1420             scl = htn * scale * profl[c++];
1421             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1422                     .getFontRenderContext());
1423             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1424                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1425             g.setFont(font);
1426             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1427
1428             // Debug - render boxes around characters
1429             // g.setColor(Color.red);
1430             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1431             // (int)(scl));
1432             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1433
1434             /*
1435              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1436              * codon translation if a cDNA profile
1437              */
1438             Color colour = null;
1439             if (isCdnaProfile)
1440             {
1441               final String codonTranslation = ResidueProperties
1442                       .codonTranslate(new String(dc));
1443               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1444                       column, null);
1445             }
1446             else
1447             {
1448               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1449             }
1450             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1451
1452             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1453                     .getBaselineIndex()]));
1454
1455             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1456             valuesProcessed++;
1457           }
1458           g.setFont(ofont);
1459         }
1460       }
1461       x++;
1462     }
1463     if (_aa.threshold != null)
1464     {
1465       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1466       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1467       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1468               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1469
1470       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1471               * _aa.graphHeight);
1472       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1473       g2.setStroke(new BasicStroke());
1474     }
1475   }
1476
1477   // used by overview window
1478   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1479           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1480   {
1481     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1482     g.setColor(Color.white);
1483     g.fillRect(0, 0, width, y);
1484     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1485
1486     int x = 0, height;
1487
1488     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1489     {
1490       if (aa_annotations[j] != null)
1491       {
1492         if (aa_annotations[j].colour == null)
1493         {
1494           g.setColor(Color.black);
1495         }
1496         else
1497         {
1498           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1499         }
1500
1501         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1502         if (height > y)
1503         {
1504           height = y;
1505         }
1506
1507         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1508       }
1509       x += charWidth;
1510     }
1511   }
1512
1513   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1514   {
1515     switch (lastss)
1516     {
1517     case '{':
1518     case '}':
1519       return new Color(255, 125, 5);
1520
1521     case '[':
1522     case ']':
1523       return new Color(245, 115, 10);
1524
1525     case '>':
1526     case '<':
1527       return new Color(235, 135, 15);
1528
1529     case 'A':
1530     case 'a':
1531       return new Color(225, 105, 20);
1532
1533     case 'B':
1534     case 'b':
1535       return new Color(215, 145, 30);
1536
1537     case 'C':
1538     case 'c':
1539       return new Color(205, 95, 35);
1540
1541     case 'D':
1542     case 'd':
1543       return new Color(195, 155, 45);
1544
1545     case 'E':
1546     case 'e':
1547       return new Color(185, 85, 55);
1548
1549     case 'F':
1550     case 'f':
1551       return new Color(175, 165, 65);
1552
1553     case 'G':
1554     case 'g':
1555       return new Color(170, 75, 75);
1556
1557     case 'H':
1558     case 'h':
1559       return new Color(160, 175, 85);
1560
1561     case 'I':
1562     case 'i':
1563       return new Color(150, 65, 95);
1564
1565     case 'J':
1566     case 'j':
1567       return new Color(140, 185, 105);
1568
1569     case 'K':
1570     case 'k':
1571       return new Color(130, 55, 110);
1572
1573     case 'L':
1574     case 'l':
1575       return new Color(120, 195, 120);
1576
1577     case 'M':
1578     case 'm':
1579       return new Color(110, 45, 130);
1580
1581     case 'N':
1582     case 'n':
1583       return new Color(100, 205, 140);
1584
1585     case 'O':
1586     case 'o':
1587       return new Color(90, 35, 150);
1588
1589     case 'P':
1590     case 'p':
1591       return new Color(85, 215, 160);
1592
1593     case 'Q':
1594     case 'q':
1595       return new Color(75, 25, 170);
1596
1597     case 'R':
1598     case 'r':
1599       return new Color(65, 225, 180);
1600
1601     case 'S':
1602     case 's':
1603       return new Color(55, 15, 185);
1604
1605     case 'T':
1606     case 't':
1607       return new Color(45, 235, 195);
1608
1609     case 'U':
1610     case 'u':
1611       return new Color(35, 5, 205);
1612
1613     case 'V':
1614     case 'v':
1615       return new Color(25, 245, 215);
1616
1617     case 'W':
1618     case 'w':
1619       return new Color(15, 0, 225);
1620
1621     case 'X':
1622     case 'x':
1623       return new Color(10, 255, 235);
1624
1625     case 'Y':
1626     case 'y':
1627       return new Color(5, 150, 245);
1628
1629     case 'Z':
1630     case 'z':
1631       return new Color(0, 80, 255);
1632
1633     default:
1634       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1635       return null;
1636
1637     }
1638   }
1639 }