src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  12
  13 import java.awt.Color;
  14 import java.awt.Font;
  15 import java.awt.Graphics;
  16
  17 /**
  18  * @author jprocter
  19  *
  20  */
  21 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  22 {
  23   /*
  24    *
  25    *     // TODO Auto-generated method stub
  26       void drawProfileDensity(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
  27               Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  28               float max, int y)
  29       {
  30
  31    *
  32    *
  33    */
  34   @Override
  35   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  36           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  37           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  38           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  39           float max, int y)
  40   {
  41     if (sRes > aa_annotations.length)
  42     {
  43       return;
  44     }
  45     Font ofont = g.getFont();
  46     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  47
  48     int x = 0, y2 = y;
  49
  50     g.setColor(Color.pink);
  51
  52     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  53
  54     int column;
  55     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  56     while (x < eRes - sRes)
  57     {
  58       column = sRes + x;
  59       if (hasHiddenColumns)
  60       {
  61         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
  62       }
  63
  64       if (column > aaMax)
  65       {
  66         break;
  67       }
  68
  69       if (aa_annotations[column] == null)
  70       {
  71         x++;
  72         continue;
  73       }
  74       /*
  75        * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
  76        */
  77       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  78
  79       if (contacts == null)
  80       {
  81         return;
  82       }
  83
  84
  85       // cell height to render
  86       double scale = (_aa.graphHeight < contacts.getContactHeight()) ? 1
  87               : (((double) _aa.graphHeight) / (double) contacts
  88                       .getContactHeight());
  89       // distance between contact map per cell
  90       int step = (int) ((contacts.getContactHeight()) * scale / _aa.graphHeight);
  91
  92       // profl[1] is the number of values in the profile
  93       for (int stp = 0, ht = y2, eht = y2 - _aa.graphHeight; ht > eht; ht -= scale, stp++)
  94       {
  95         g.setColor(contacts
  96                 .getColorForScore((int) (stp * step * ((double) _aa.graphHeight / (double) contacts
  97                         .getContactHeight()))));
  98
  99         if (scale > 1)
 100         {
 101           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + (int) scale);
 102         } else {
 103           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 104         }
 105       }
 106       x++;
 107     }
 108
 109   }
 110 }