src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.datamodel.ContactRange;
  12 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  13 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  14
  15 import java.awt.Color;
  16 import java.awt.Graphics;
  17
  18 /**
  19  * @author jprocter
  20  *
  21  */
  22 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  23 {
  24
  25   @Override
  26   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  27           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport, HiddenColumns hiddenColumns,
  28           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  29           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  30           float max, int y)
  31   {
  32     if (sRes > aa_annotations.length)
  33     {
  34       return;
  35     }
  36     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  37
  38     int x = 0, y2 = y;
  39
  40     g.setColor(Color.pink);
  41
  42     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  43
  44     int column;
  45     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  46     while (x < eRes - sRes)
  47     {
  48       column = sRes + x;
  49       if (hasHiddenColumns)
  50       {
  51         column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
  52       }
  53
  54       if (column > aaMax)
  55       {
  56         break;
  57       }
  58
  59       if (aa_annotations[column] == null)
  60       {
  61         x++;
  62         continue;
  63       }
  64       /*
  65        * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
  66        */
  67       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  68       min = _aa.graphMin;
  69       max = _aa.graphMax;
  70       if (contacts == null)
  71       {
  72         return;
  73       }
  74
  75       // cell height to render
  76       double scale = (_aa.graphHeight < contacts.getContactHeight()) ? 1
  77               : (((double) _aa.graphHeight) / (double) contacts
  78                       .getContactHeight());
  79       int cstart, cend = -1;
  80       for (int ht = y2, eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= scale)
  81       {
  82         cstart = cend + 1;
  83         cend = -1
  84                 + (contacts.getContactHeight() * (ht - eht) / _aa.graphHeight);
  85         // TODO show maximum colour for range - sort of done
  86         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)'
  87         g.setColor(getColorForRange(contacts, cstart, cend));
  88
  89         if (scale > 1)
  90         {
  91           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + (int) scale);
  92         }
  93         else
  94         {
  95           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
  96         }
  97       }
  98       x++;
  99     }
 100
 101   }
 102
 103   Color minColor = Color.white, maxColor = Color.magenta;
 104
 105   float min, max;
 106
 107   Color shadeFor(float value)
 108   {
 109     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 110             max, maxColor);
 111   }
 112
 113   public Color getColorForRange(ContactListI cl, int i, int j)
 114   {
 115     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 116     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 117     return shadeFor((float) cr.getMean());
 118   }
 119
 120 }