src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import jalview.api.AlignViewportI;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   8 import jalview.datamodel.Annotation;
   9 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  10 import jalview.datamodel.ContactListI;
  11 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  12
  13 import java.awt.Color;
  14 import java.awt.Graphics;
  15
  16 /**
  17  * @author jprocter
  18  *
  19  */
  20 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  21 {
  22
  23   @Override
  24   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  25           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  26           ColumnSelection columnSelection, AlignmentAnnotation _aa,
  27           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
  28           float max, int y)
  29   {
  30     if (sRes > aa_annotations.length)
  31     {
  32       return;
  33     }
  34     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  35
  36     int x = 0, y2 = y;
  37
  38     g.setColor(Color.pink);
  39
  40     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  41
  42     int column;
  43     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  44     while (x < eRes - sRes)
  45     {
  46       column = sRes + x;
  47       if (hasHiddenColumns)
  48       {
  49         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
  50       }
  51
  52       if (column > aaMax)
  53       {
  54         break;
  55       }
  56
  57       if (aa_annotations[column] == null)
  58       {
  59         x++;
  60         continue;
  61       }
  62       /*
  63        * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
  64        */
  65       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  66
  67       if (contacts == null)
  68       {
  69         return;
  70       }
  71
  72       // cell height to render
  73       double scale = (_aa.graphHeight < contacts.getContactHeight()) ? 1
  74               : (((double) _aa.graphHeight) / (double) contacts
  75                       .getContactHeight());
  76       int cstart, cend = -1;
  77       for (int ht = y2, eht = y2 - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= scale)
  78       {
  79         cstart = cend + 1;
  80         cend = -1
  81                 + (contacts.getContactHeight() * (ht - eht) / _aa.graphHeight);
  82         // TODO show maximum colour for range - sort of done
  83         // also need a 'getMaxPosForRange(start,end)'
  84         g.setColor(contacts.getColorForRange(cstart, cend));
  85
  86         if (scale > 1)
  87         {
  88           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + (int) scale);
  89         }
  90         else
  91         {
  92           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
  93         }
  94       }
  95       x++;
  96     }
  97
  98   }
  99 }