src/jalview/renderer/OverviewRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
  24 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
  25 import jalview.api.RendererListenerI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
  33 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  34
  35 import java.awt.AlphaComposite;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.image.BufferedImage;
  40 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  41
  42 public class OverviewRenderer
  43 {
  44   // transparency of hidden cols/seqs overlay
  45   private final float TRANSPARENCY = 0.5f;
  46
  47   public static final String UPDATE = "OverviewUpdate";
  48
  49   private static final int MAX_PROGRESS = 100;
  50
  51   private PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
  52           this);
  53
  54   private FeatureColourFinder finder;
  55
  56   // image to render on
  57   private BufferedImage miniMe;
  58
  59   // raw number of pixels to allocate to each column
  60   private float pixelsPerCol;
  61
  62   // raw number of pixels to allocate to each row
  63   private float pixelsPerSeq;
  64
  65   // height in pixels of graph
  66   private int graphHeight;
  67
  68   // flag to indicate whether to halt drawing
  69   private volatile boolean redraw = false;
  70
  71   // reference to alignment, needed to get sequence groups
  72   private AlignmentI al;
  73
  74   private ResidueShaderI shader;
  75
  76   private OverviewResColourFinder resColFinder;
  77
  78   public OverviewRenderer(FeatureRenderer fr, OverviewDimensions od,
  79           AlignmentI alignment,
  80           ResidueShaderI resshader, OverviewResColourFinder colFinder)
  81   {
  82     finder = new FeatureColourFinder(fr);
  83     resColFinder = colFinder;
  84
  85     al = alignment;
  86     shader = resshader;
  87
  88     pixelsPerCol = od.getPixelsPerCol();
  89     pixelsPerSeq = od.getPixelsPerSeq();
  90     graphHeight = od.getGraphHeight();
  91     miniMe = new BufferedImage(od.getWidth(), od.getHeight(),
  92             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
  93   }
  94
  95   /**
  96    * Draw alignment rows and columns onto an image
  97    *
  98    * @param rit
  99    *          Iterator over rows to be drawn
 100    * @param cit
 101    *          Iterator over columns to be drawn
 102    * @return image containing the drawing
 103    */
 104   public BufferedImage draw(AlignmentRowsCollectionI rows,
 105           AlignmentColsCollectionI cols)
 106   {
 107     int rgbcolor = Color.white.getRGB();
 108     int seqIndex = 0;
 109     int pixelRow = 0;
 110     int alignmentHeight = miniMe.getHeight() - graphHeight;
 111     int totalPixels = miniMe.getWidth() * alignmentHeight;
 112
 113     int lastRowUpdate = 0;
 114     int lastUpdate = 0;
 115     changeSupport.firePropertyChange(UPDATE, -1, 0);
 116
 117     for (int alignmentRow : rows)
 118     {
 119       if (redraw)
 120       {
 121         break;
 122       }
 123
 124       // get details of this alignment row
 125       SequenceI seq = rows.getSequence(alignmentRow);
 126
 127       // rate limiting step when rendering overview for lots of groups
 128       SequenceGroup[] allGroups = al.findAllGroups(seq);
 129
 130       // calculate where this row extends to in pixels
 131       int endRow = Math.min(Math.round((seqIndex + 1) * pixelsPerSeq) - 1,
 132               miniMe.getHeight() - 1);
 133
 134       int colIndex = 0;
 135       int pixelCol = 0;
 136       for (int alignmentCol : cols)
 137       {
 138         if (redraw)
 139         {
 140           break;
 141         }
 142
 143         // calculate where this column extends to in pixels
 144         int endCol = Math.min(Math.round((colIndex + 1) * pixelsPerCol) - 1,
 145                 miniMe.getWidth() - 1);
 146
 147         // don't do expensive colour determination if we're not going to use it
 148         // NB this is important to avoid performance issues in the overview
 149         // panel
 150         if (pixelCol <= endCol)
 151         {
 152           rgbcolor = getColumnColourFromSequence(allGroups, seq,
 153                   alignmentCol);
 154
 155           // fill in the appropriate number of pixels
 156           for (int row = pixelRow; row <= endRow; ++row)
 157           {
 158             for (int col = pixelCol; col <= endCol; ++col)
 159             {
 160               miniMe.setRGB(col, row, rgbcolor);
 161             }
 162           }
 163
 164           // store last update value
 165           lastUpdate = sendProgressUpdate(
 166                   (pixelCol + 1) * (endRow - pixelRow), totalPixels,
 167                   lastRowUpdate, lastUpdate);
 168
 169           pixelCol = endCol + 1;
 170         }
 171         colIndex++;
 172       }
 173
 174       if (pixelRow != endRow + 1)
 175       {
 176         // store row offset and last update value
 177         lastRowUpdate = sendProgressUpdate(endRow + 1, alignmentHeight, 0,
 178                 lastUpdate);
 179         lastUpdate = lastRowUpdate;
 180         pixelRow = endRow + 1;
 181       }
 182       seqIndex++;
 183     }
 184
 185     overlayHiddenRegions(rows, cols);
 186     // final update to progress bar if present
 187     if (redraw)
 188     {
 189       sendProgressUpdate(pixelRow - 1, alignmentHeight, 0, 0);
 190     }
 191     else
 192     {
 193       sendProgressUpdate(alignmentHeight, miniMe.getHeight(), 0, 0);
 194     }
 195     return miniMe;
 196   }
 197
 198   /*
 199    * Calculate progress update value and fire event
 200    * @param rowOffset number of rows to offset calculation by
 201    * @return new rowOffset - return value only to be used when at end of a row
 202    */
 203   private int sendProgressUpdate(int position, int maximum, int rowOffset,
 204           int lastUpdate)
 205   {
 206     int newUpdate = rowOffset
 207             + Math.round(MAX_PROGRESS * ((float) position / maximum));
 208     if (newUpdate > lastUpdate)
 209     {
 210       changeSupport.firePropertyChange(UPDATE, rowOffset, newUpdate);
 211       return newUpdate;
 212     }
 213     return newUpdate;
 214   }
 215
 216   /*
 217    * Find the RGB value of the colour of a sequence at a specified column position
 218    *
 219    * @param seq
 220    *          sequence to get colour for
 221    * @param lastcol
 222    *          column position to get colour for
 223    * @return colour of sequence at this position, as RGB
 224    */
 225   int getColumnColourFromSequence(SequenceGroup[] allGroups,
 226           SequenceI seq, int lastcol)
 227   {
 228     Color color = resColFinder.GAP_COLOUR;
 229
 230     if ((seq != null) && (seq.getLength() > lastcol))
 231     {
 232       color = resColFinder.getResidueColour(true, shader, allGroups, seq,
 233               lastcol, finder);
 234     }
 235
 236     return color.getRGB();
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Overlay the hidden regions on the overview image
 241    *
 242    * @param rows
 243    *          collection of rows the overview is built over
 244    * @param cols
 245    *          collection of columns the overview is built over
 246    */
 247   private void overlayHiddenRegions(AlignmentRowsCollectionI rows,
 248           AlignmentColsCollectionI cols)
 249   {
 250     if (cols.hasHidden() || rows.hasHidden())
 251     {
 252       BufferedImage mask = buildHiddenImage(rows, cols, miniMe.getWidth(),
 253               miniMe.getHeight());
 254
 255       Graphics2D g = (Graphics2D) miniMe.getGraphics();
 256       g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER,
 257               TRANSPARENCY));
 258       g.drawImage(mask, 0, 0, miniMe.getWidth(), miniMe.getHeight(), null);
 259     }
 260   }
 261
 262   /**
 263    * Build a masking image of hidden columns and rows to be applied on top of
 264    * the main overview image.
 265    *
 266    * @param rows
 267    *          collection of rows the overview is built over
 268    * @param cols
 269    *          collection of columns the overview is built over
 270    * @param width
 271    *          width of overview in pixels
 272    * @param height
 273    *          height of overview in pixels
 274    * @return BufferedImage containing mask of hidden regions
 275    */
 276   private BufferedImage buildHiddenImage(AlignmentRowsCollectionI rows,
 277           AlignmentColsCollectionI cols, int width, int height)
 278   {
 279     // new masking image
 280     BufferedImage hiddenImage = new BufferedImage(width, height,
 281             BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
 282
 283     int colIndex = 0;
 284     int pixelCol = 0;
 285
 286     Color hidden = resColFinder.getHiddenColour();
 287
 288     Graphics2D g2d = (Graphics2D) hiddenImage.getGraphics();
 289
 290     // set background to transparent
 291     // g2d.setComposite(AlphaComposite.Clear);
 292     // g2d.fillRect(0, 0, width, height);
 293
 294     // set next colour to opaque
 295     g2d.setComposite(AlphaComposite.Src);
 296
 297     for (int alignmentCol : cols)
 298     {
 299       if (redraw)
 300       {
 301         break;
 302       }
 303
 304       // calculate where this column extends to in pixels
 305       int endCol = Math.min(Math.round((colIndex + 1) * pixelsPerCol) - 1,
 306               hiddenImage.getWidth() - 1);
 307
 308       if (pixelCol <= endCol)
 309       {
 310         // determine the colour based on the sequence and column position
 311         if (cols.isHidden(alignmentCol))
 312         {
 313           g2d.setColor(hidden);
 314           g2d.fillRect(pixelCol, 0, endCol - pixelCol + 1, height);
 315         }
 316
 317         pixelCol = endCol + 1;
 318       }
 319       colIndex++;
 320
 321     }
 322
 323     int seqIndex = 0;
 324     int pixelRow = 0;
 325     for (int alignmentRow : rows)
 326     {
 327       if (redraw)
 328       {
 329         break;
 330       }
 331
 332       // calculate where this row extends to in pixels
 333       int endRow = Math.min(Math.round((seqIndex + 1) * pixelsPerSeq) - 1,
 334               miniMe.getHeight() - 1);
 335
 336       // get details of this alignment row
 337       if (rows.isHidden(alignmentRow))
 338       {
 339         g2d.setColor(hidden);
 340         g2d.fillRect(0, pixelRow, width, endRow - pixelRow + 1);
 341       }
 342       pixelRow = endRow + 1;
 343       seqIndex++;
 344     }
 345
 346     return hiddenImage;
 347   }
 348
 349   /**
 350    * Draw the alignment annotation in the overview panel
 351    *
 352    * @param g
 353    *          the graphics object to draw on
 354    * @param anno
 355    *          alignment annotation information
 356    * @param y
 357    *          y-position for the annotation graph
 358    * @param cols
 359    *          the collection of columns used in the overview panel
 360    */
 361   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation anno, int y,
 362           AlignmentColsCollectionI cols)
 363   {
 364     Annotation[] annotations = anno.annotations;
 365     g.setColor(Color.white);
 366     g.fillRect(0, 0, miniMe.getWidth(), y);
 367
 368     int height;
 369     int colIndex = 0;
 370     int pixelCol = 0;
 371     for (int alignmentCol : cols)
 372     {
 373       if (redraw)
 374       {
 375         changeSupport.firePropertyChange(UPDATE, MAX_PROGRESS - 1, 0);
 376         break;
 377       }
 378
 379       if (alignmentCol >= annotations.length)
 380       {
 381         break; // no more annotations to draw here
 382       }
 383       else
 384       {
 385         int endCol = Math.min(Math.round((colIndex + 1) * pixelsPerCol) - 1,
 386                 miniMe.getWidth() - 1);
 387
 388         if (annotations[alignmentCol] != null)
 389         {
 390           if (annotations[alignmentCol].colour == null)
 391           {
 392             g.setColor(Color.black);
 393           }
 394           else
 395           {
 396             g.setColor(annotations[alignmentCol].colour);
 397           }
 398
 399           height = (int) ((annotations[alignmentCol].value / anno.graphMax)
 400                   * y);
 401           if (height > y)
 402           {
 403             height = y;
 404           }
 405
 406           g.fillRect(pixelCol, y - height, endCol - pixelCol + 1, height);
 407         }
 408
 409         pixelCol = endCol + 1;
 410         colIndex++;
 411       }
 412     }
 413     changeSupport.firePropertyChange(UPDATE, MAX_PROGRESS - 1,
 414             MAX_PROGRESS);
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Allows redraw flag to be set
 419    *
 420    * @param b
 421    *          value to set redraw to: true = redraw is occurring, false = no
 422    *          redraw
 423    */
 424   public void setRedraw(boolean b)
 425   {
 426     synchronized (this)
 427     {
 428       redraw = b;
 429     }
 430   }
 431
 432   public void addPropertyChangeListener(RendererListenerI listener)
 433   {
 434     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
 435   }
 436
 437   public void removePropertyChangeListener(RendererListenerI listener)
 438   {
 439     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
 440   }
 441 }