src/jalview/renderer/OverviewResColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class OverviewResColourFinder extends ResidueColourFinder
  30 {
  31   @Override
  32   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  33   {
  34     Color resBoxColour = Color.white;
  35     char currentChar = seq.getCharAt(i);
  36
  37     // In the overview window, gaps are coloured grey, unless the colour scheme
  38     // specifies a gap colour, in which case gaps honour the colour scheme
  39     // settings
  40     if (shader.getColourScheme() != null)
  41     {
  42       if (Comparison.isGap(currentChar)
  43               && !shader.getColourScheme().hasGapColour())
  44       {
  45         resBoxColour = Color.lightGray;
  46       }
  47       else
  48       {
  49         resBoxColour = shader.findColour(currentChar, i, seq);
  50       }
  51     }
  52     else if (Comparison.isGap(currentChar))
  53     {
  54       resBoxColour = Color.lightGray;
  55     }
  56
  57     return resBoxColour;
  58   }
  59
  60   /**
  61    * {@inheritDoc} In the overview, the showBoxes setting is ignored, as the
  62    * overview displays the colours regardless.
  63    */
  64   @Override
  65   protected Color getResidueBoxColour(boolean showBoxes,
  66           ResidueShaderI shader,
  67           SequenceGroup[] allGroups, SequenceI seq, int i)
  68   {
  69     ResidueShaderI currentShader;
  70     SequenceGroup currentSequenceGroup = getCurrentSequenceGroup(allGroups,
  71             i);
  72     if (currentSequenceGroup != null)
  73     {
  74       currentShader = currentSequenceGroup.getGroupColourScheme();
  75     }
  76     else
  77     {
  78       currentShader = shader;
  79     }
  80
  81     return getBoxColour(currentShader, seq, i);
  82   }
  83 }