src/jalview/renderer/OverviewResColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.util.Comparison;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27
  28 public class OverviewResColourFinder extends ResidueColourFinder
  29 {
  30   @Override
  31   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
  32   {
  33     Color resBoxColour = Color.white;
  34     char currentChar = seq.getCharAt(i);
  35
  36     if (shader.getColourScheme() != null)
  37     {
  38       if (Comparison.isGap(currentChar)
  39               && !shader.getColourScheme().hasGapColour())
  40       {
  41         resBoxColour = Color.lightGray;
  42       }
  43       else
  44       {
  45         resBoxColour = shader.findColour(currentChar, i, seq);
  46       }
  47     }
  48     else if (Comparison.isGap(currentChar))
  49     {
  50       resBoxColour = Color.lightGray;
  51     }
  52
  53     return resBoxColour;
  54   }
  55 }