src/jalview/renderer/ResidueColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class ResidueColourFinder
  30 {
  31   public ResidueColourFinder()
  32   {
  33   }
  34
  35   /**
  36    * Get the colour of a residue in a sequence
  37    *
  38    * @param showBoxes
  39    *          true if the viewport's Show Boxes setting is true
  40    * @param shader
  41    *          the viewport's colour scheme
  42    * @param allGroups
  43    *          all the groups which seq participates in
  44    * @param seq
  45    *          the sequence containing the residue
  46    * @param position
  47    *          the position of the residue in the sequence
  48    * @param finder
  49    *          FeatureColourFinder for the viewport
  50    * @return colour of the residue
  51    */
  52   public Color getResidueColour(boolean showBoxes, ResidueShaderI shader,
  53           SequenceGroup[] allGroups,
  54           final SequenceI seq, int position, FeatureColourFinder finder)
  55   {
  56     Color col = getResidueBoxColour(showBoxes, shader, allGroups, seq,
  57             position);
  58
  59     // if there's a FeatureColourFinder we might override the residue colour
  60     // here with feature colouring
  61     if (finder != null)
  62     {
  63       col = finder.findFeatureColour(col, seq, position);
  64     }
  65     return col;
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Get the residue colour without accounting for any features
  70    *
  71    * @param showBoxes
  72    *          true if the viewport's Show Boxes setting is true
  73    * @param shader
  74    *          the viewport's colour scheme
  75    * @param allGroups
  76    *          all the groups which seq participates in
  77    * @param seq
  78    *          the sequence containing the residue
  79    * @param i
  80    *          the position of the residue in the sequence
  81    * @return
  82    */
  83   protected Color getResidueBoxColour(boolean showBoxes,
  84           ResidueShaderI shader,
  85           SequenceGroup[] allGroups,
  86           SequenceI seq, int i)
  87   {
  88     SequenceGroup currentSequenceGroup = getCurrentSequenceGroup(allGroups,
  89             i);
  90     if (currentSequenceGroup != null)
  91     {
  92       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
  93       {
  94         return getBoxColour(currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(),
  95                 seq, i);
  96       }
  97     }
  98     else if (showBoxes)
  99     {
 100       return getBoxColour(shader, seq, i);
 101     }
 102
 103     return Color.white;
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Search all the groups for a sequence to find the one which a given res
 108    * falls into
 109    *
 110    * @param allGroups
 111    *          all the groups a sequence participates in
 112    * @param res
 113    *          the residue to search for
 114    * @return a sequence group for res, or null if no sequence group applies
 115    */
 116   public SequenceGroup getCurrentSequenceGroup(SequenceGroup[] allGroups,
 117           int res)
 118   {
 119     if (allGroups == null)
 120     {
 121       return null;
 122     }
 123
 124     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
 125     {
 126       if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
 127               && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
 128       {
 129         return (allGroups[i]);
 130       }
 131     }
 132
 133     return null;
 134   }
 135
 136   /**
 137    * DOCUMENT ME!
 138    *
 139    * @param shader
 140    *          the viewport's colour scheme
 141    * @param seq
 142    *          the sequence containing the residue
 143    * @param i
 144    *          the position of the residue in the sequence
 145    */
 146   public Color getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
 147   {
 148     Color resBoxColour = Color.white;
 149     if (shader.getColourScheme() != null)
 150     {
 151       resBoxColour = shader.findColour(seq.getCharAt(i), i, seq);
 152     }
 153     return resBoxColour;
 154   }
 155
 156 }