src/jalview/renderer/ResidueShaderI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 public interface ResidueShaderI
  34 {
  35   void setConsensus(ProfilesI cons);
  36
  37   boolean conservationApplied();
  38
  39   void setConservationApplied(boolean conservationApplied);
  40
  41   void setConservation(Conservation cons);
  42
  43   void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  44           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
  45
  46   /**
  47    * Sets the percentage consensus threshold value, and whether gaps are ignored
  48    * in percentage identity calculation
  49    *
  50    * @param consensusThreshold
  51    * @param ignoreGaps
  52    */
  53   void setThreshold(int consensusThreshold,
  54           boolean ignoreGaps);
  55
  56   void setConservationInc(int i);
  57
  58   int getConservationInc();
  59
  60   /**
  61    * Get the percentage threshold for this colour scheme
  62    *
  63    * @return Returns the percentage threshold
  64    */
  65   int getThreshold();
  66
  67   /**
  68    * Returns the possibly context dependent colour for the given symbol at the
  69    * aligned position in the given sequence. For example, the colour may depend
  70    * on the symbol's relationship to the consensus residue for the column.
  71    *
  72    * @param symbol
  73    * @param position
  74    * @param seq
  75    * @return
  76    */
  77   Color findColour(char symbol, int position,
  78           SequenceI seq);
  79
  80   ColourSchemeI getColourScheme();
  81
  82   void setColourScheme(ColourSchemeI cs);
  83
  84 }