src/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureColourFinder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer.seqfeatures;
  22
  23 import jalview.api.FeatureRenderer;
  24 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.Platform;
  27 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.image.BufferedImage;
  32
  33 /**
  34  * A helper class to find feature colour using an associated FeatureRenderer
  35  *
  36  * @author gmcarstairs
  37  *
  38  */
  39 public class FeatureColourFinder
  40 {
  41   /*
  42    * the class we delegate feature finding to
  43    */
  44   private FeatureRenderer featureRenderer;
  45
  46   /*
  47    * a 1-pixel image on which features can be drawn, for the case where
  48    * transparency allows 'see-through' of multiple feature colours
  49    */
  50   private BufferedImage offscreenImage;
  51
  52   private Graphics goff;
  53
  54   /**
  55    * Constructor
  56    *
  57    * @param fr
  58    */
  59   public FeatureColourFinder(FeatureRenderer fr)
  60   {
  61     featureRenderer = fr;
  62     offscreenImage = new BufferedImage(1, 1, BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
  63     goff = offscreenImage.getGraphics();
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Answers the feature colour to show for the given sequence and column
  68    * position. This delegates to the FeatureRenderer to find the colour, which
  69    * will depend on feature location, visibility, ordering, colour scheme, and
  70    * whether or not transparency is applied. For feature rendering with
  71    * transparency, this class provides a dummy 'offscreen' graphics context
  72    * where multiple feature colours can be overlaid and the combined colour read
  73    * back.
  74    * <p>
  75    * This method is not thread-safe when transparency is applied, since a shared
  76    * BufferedImage would be used by all threads to hold the composite colour at
  77    * a position. Each thread should use a separate instance of this class.
  78    *
  79    * @param defaultColour
  80    * @param seq
  81    * @param column
  82    *          alignment column position (0..)
  83    * @return
  84    */
  85   public Color findFeatureColour(Color defaultColour, SequenceI seq,
  86           int column)
  87   {
  88     new Color(defaultColour.getRGB());
  89     if (noFeaturesDisplayed())
  90     {
  91       return defaultColour;
  92     }
  93
  94     Graphics g = null;
  95
  96     /*
  97      * if transparency applies, provide a notional 1x1 graphics context
  98      * that has been primed with the default colour
  99      */
 100     if (featureRenderer.getTransparency() != 1f)
 101     {
 102       g = goff;
 103       Color c = (defaultColour == null ? Color.white : defaultColour);
 104       if (Platform.isJS())
 105       {
 106         // Clear the HTML5 canvas color.
 107         // otherwise we get a smearing.
 108         // For whatever reason, this is necessary BH 2019.10.01.
 109         g.setColor(c);
 110         g.fillRect(0, 0, 1, 1);
 111       }
 112       offscreenImage.setRGB(0, 0, c.getRGB());
 113     }
 114
 115     Color c = featureRenderer.findFeatureColour(seq, column + 1, g);
 116     if (c == null)
 117     {
 118       return defaultColour;
 119     }
 120
 121     if (g != null)
 122     {
 123       if (Platform.isJS())
 124       {
 125         /*
 126          * for JavaScript the pixel itself
 127          * is a resource that needs to be recreated in getRGB(0,0)
 128          */
 129         offscreenImage.flush();
 130       }
 131       c = new Color(offscreenImage.getRGB(0, 0));
 132     }
 133
 134     return c;
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Answers true if feature display is turned off, or there are no features
 139    * configured to be visible
 140    *
 141    * @return
 142    */
 143   public boolean noFeaturesDisplayed()
 144   {
 145     if (featureRenderer == null
 146             || !featureRenderer.getViewport().isShowSequenceFeatures())
 147     {
 148       return true;
 149     }
 150
 151     if (!((FeatureRendererModel) featureRenderer).hasRenderOrder())
 152     {
 153       return true;
 154     }
 155
 156     FeaturesDisplayedI displayed = featureRenderer.getFeaturesDisplayed();
 157     if (displayed == null || displayed.getVisibleFeatureCount() == 0)
 158     {
 159       return true;
 160     }
 161
 162     return false;
 163   }
 164 }