src/jalview/rest/FetchSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.Map;
   4
   5 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   6 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.gui.Desktop;
  10 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  11 import jalview.util.DBRefUtils;
  12
  13 public class FetchSequencesEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  14 {
  15   public FetchSequencesEndpoint(API api)
  16   {
  17     super(api, path, name, parameters, description);
  18   }
  19
  20   private static final String path = "fetchsequences";
  21
  22   private static final String name = "Fetch Sequences";
  23
  24   private static final String parameters = "<resource name>,<sequence ids>";
  25
  26   private static final String description = "Fetch sequences from online resource";
  27
  28   private SequenceFetcher sf;
  29
  30   @Override
  31   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  32           HttpServletResponse response)
  33   {
  34     if (!checkParameters(request, response, 2))
  35     {
  36       return;
  37     }
  38     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  39
  40     String dbName = parameters[0];
  41     String dbId = parameters[1];
  42
  43     setId(request, dbName + "::" + dbId);
  44     if (checkStatus(request, response))
  45       return;
  46
  47     String db = DBRefUtils.getCanonicalName(dbName);
  48     Desktop desktop = Desktop.instance;
  49     sf = new SequenceFetcher(desktop, db, dbId);
  50     setCompletableFuture(sf.ok_actionPerformed(true));
  51   }
  52
  53   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
  54           HttpServletResponse response, Map<String, String> map)
  55   {
  56     // all the work being done by the SequenceFetcher!
  57     Cache.warn("THIS SHOULD NOT BE RUN");
  58   }
  59
  60   protected void atEnd()
  61   {
  62     sf.close_actionPerformed(null);
  63   }
  64 }