src/jalview/rest/FetchSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.List;
   4 import java.util.Map;
   5
   6 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   7 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   8
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.bin.Cache;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.gui.Desktop;
  15 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  16 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  17 import jalview.util.DBRefUtils;
  18
  19 public class FetchSequencesEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  20 {
  21   public FetchSequencesEndpoint(API api)
  22   {
  23     super(api, path, name, parameters, description);
  24   }
  25
  26   private static final String path = "fetchsequences";
  27
  28   private static final String name = "Fetch Sequences";
  29
  30   private static final String parameters = "<resource name>,<sequence ids>";
  31
  32   private static final String description = "Fetch sequences from online resource";
  33
  34   private SequenceFetcher sf;
  35
  36   @Override
  37   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  38           HttpServletResponse response)
  39   {
  40     if (!checkParameters(request, response, 2))
  41     {
  42       return;
  43     }
  44     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  45
  46     String dbName = parameters[0];
  47     String dbId = parameters[1];
  48
  49     setId(request, dbName + "::" + dbId);
  50     if (checkStatus(request, response))
  51       return;
  52
  53     String db = DBRefUtils.getCanonicalName(dbName);
  54     Desktop desktop = Desktop.instance;
  55     sf = new SequenceFetcher(desktop, db, dbId, false);
  56     setCompletableFuture(sf.ok_actionPerformed(true, getId()));
  57   }
  58
  59   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
  60           HttpServletResponse response, Map<String, String> map)
  61   {
  62     // all the work being done by the SequenceFetcher!
  63     Cache.warn("THIS SHOULD NOT BE RUN");
  64   }
  65
  66   protected void atEnd()
  67   {
  68     sf.close_actionPerformed(null);
  69   }
  70
  71   protected String finished(HttpServletRequest request,
  72           HttpServletResponse response)
  73   {
  74     AlignFrame af = AlignFrame.getAlignFrameFromRestId(getId());
  75     if (af == null)
  76     {
  77       return null;
  78     }
  79     List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  80             .getAlignPanels();
  81     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  82     for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  83     {
  84       StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  85       // ap.getAlignViewport().getSequenceSetId()
  86       AlignmentI al = ap.getAlignment();
  87       List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  88       for (SequenceI seq : seqs)
  89       {
  90         if (sb.length() > 0)
  91           sb.append(",");
  92         sb.append(seq.getName());
  93       }
  94     }
  95     sb.insert(0, "sequences=");
  96     sb.append("\n");
  97     return sb.toString();
  98   }
  99
 100 }