src/jalview/rest/HighlightSequenceEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   4 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   5
   6 public class HighlightSequenceEndpoint extends AbstractEndpoint
   7 {
   8   public HighlightSequenceEndpoint(API api)
   9   {
  10     super(api, path, name, parameters, description);
  11   }
  12
  13   protected static final String path = "highlight";
  14
  15   private static final String name = "Highlight positions";
  16
  17   private static final String parameters = "<sequence names>,<ranges>";
  18
  19   private static final String description = "Highlight the specified sequences with the specified range(s)";
  20
  21   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  22           HttpServletResponse response)
  23   {
  24     if (!checkParameters(request, response, 2))
  25     {
  26       return;
  27     }
  28     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  29
  30     String rangesString = parameters[0];
  31     String[] rangeStrings = rangesString.split(",");
  32     int[][] ranges = new int[rangeStrings.length][2];
  33     for (int i = 0; i < rangeStrings.length; i++)
  34     {
  35       String range = rangeStrings[i];
  36       try
  37       {
  38         int hyphenpos = range.indexOf('-');
  39         if (hyphenpos < 0)
  40         {
  41           ranges[i][0] = Integer.parseInt(range);
  42           ranges[i][1] = ranges[i][0];
  43         }
  44         else
  45         {
  46           ranges[i][0] = Integer.parseInt(range.substring(0, hyphenpos));
  47           ranges[i][1] = Integer.parseInt(range.substring(hyphenpos));
  48         }
  49       } catch (NumberFormatException nfe)
  50       {
  51         returnError(request, response,
  52                 "couldn't parse ranges component '" + range + "'");
  53         return;
  54       }
  55     }
  56
  57   }
  58 }