src/jalview/rest/HighlightSequenceEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.HashMap;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.Map;
   6
   7 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   8 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   9
  10 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  11 import jalview.bin.Cache;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.gui.Desktop;
  16 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  17
  18 public class HighlightSequenceEndpoint extends AbstractEndpoint
  19 {
  20   public HighlightSequenceEndpoint(API api)
  21   {
  22     super(api, path, name, parameters, description);
  23   }
  24
  25   protected static final String path = "highlightsequence";
  26
  27   private static final String name = "Highlight sequence positions";
  28
  29   private static final String parameters = "<sequence names>,<ranges>";
  30
  31   private static final String description = "Highlight the specified sequences at the specified position";
  32
  33   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  34           HttpServletResponse response)
  35   {
  36     if (!checkParameters(request, response, 2))
  37     {
  38       return;
  39     }
  40     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  41
  42     String posString = parameters[1];
  43     int pos = -1;
  44     try
  45     {
  46       pos = Integer.parseInt(posString);
  47     } catch (NumberFormatException e)
  48     {
  49       returnError(request, response,
  50               "Could not parse postition integer " + posString);
  51     }
  52
  53     String sequenceNames = parameters[0];
  54     String fromIdString = request.getParameter("fromId");
  55
  56     Map<SequenceI, StructureSelectionManager> ssmMap = new HashMap<>();
  57     AlignFrame[] alignFrames;
  58     if (fromIdString != null)
  59     {
  60       AlignFrame af = AlignFrame.getAlignFrameFromRestId(fromIdString);
  61       if (af == null)
  62       {
  63         returnError(request, response,
  64                 "fromId value '" + fromIdString + "' results not found");
  65         return;
  66       }
  67       alignFrames = new AlignFrame[] { af };
  68     }
  69     else
  70     {
  71       alignFrames = Desktop.getAlignFrames();
  72     }
  73     if (alignFrames == null)
  74       return;
  75     for (int i = 0; i < alignFrames.length; i++)
  76     {
  77       AlignFrame af = alignFrames[i];
  78       List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  79               .getAlignPanels();
  80       for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  81       {
  82         StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  83         // ap.getAlignViewport().getSequenceSetId()
  84         AlignmentI al = ap.getAlignment();
  85         List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  86         for (SequenceI seq : seqs)
  87         {
  88           Cache.info("REMOVEME sequence name=" + seq.getName());
  89           if (sequenceNames.equals(seq.getName()))
  90           {
  91             Cache.info("REMOVEME MATCHED " + seq.getName());
  92             ssmMap.put(seq, ssm);
  93           }
  94         }
  95       }
  96     }
  97     // highlight
  98     for (SequenceI seq : ssmMap.keySet())
  99     {
 100       StructureSelectionManager ssm = ssmMap.get(seq);
 101       if (ssm == null)
 102       {
 103         Cache.info("REMOVEME skipping sequence " + seq.getName());
 104         continue;
 105       }
 106       Cache.info("REMOVEME Attempting to highlight sequence "
 107               + seq.getName() + " at postition " + pos);
 108       ssm.mouseOverSequence(seq, pos, -1, null);
 109     }
 110
 111   }
 112 }