src/jalview/rest/HighlightSequenceEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.HashMap;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.Map;
   6
   7 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   8 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   9
  10 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  15
  16 public class HighlightSequenceEndpoint extends AbstractEndpoint
  17 {
  18   public HighlightSequenceEndpoint(API api)
  19   {
  20     super(api, path, name, parameters, description);
  21   }
  22
  23   protected static final String path = "highlightsequence";
  24
  25   private static final String name = "Highlight sequence position";
  26
  27   private static final String parameters = "<sequence names>/<position>";
  28
  29   private static final String description = "Highlight the specified sequences at the specified position";
  30
  31   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  32           HttpServletResponse response)
  33   {
  34     if (!checkParameters(request, response, 2))
  35     {
  36       return;
  37     }
  38     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  39
  40     String posString = parameters[1];
  41     int pos = -1;
  42     try
  43     {
  44       pos = Integer.parseInt(posString);
  45     } catch (NumberFormatException e)
  46     {
  47       returnError(request, response,
  48               "Could not parse postition integer " + posString);
  49     }
  50
  51     String sequenceNames = parameters[0];
  52
  53     Map<SequenceI, StructureSelectionManager> ssmMap = new HashMap<>();
  54     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames(request, true);
  55     if (alignFrames == null)
  56     {
  57       returnError(request, response, "could not find results");
  58       return;
  59     }
  60     for (int i = 0; i < alignFrames.length; i++)
  61     {
  62       AlignFrame af = alignFrames[i];
  63       List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  64               .getAlignPanels();
  65       for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  66       {
  67         StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  68         AlignmentI al = ap.getAlignment();
  69         List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  70         for (SequenceI seq : seqs)
  71         {
  72           if (sequenceNames.equals(seq.getName()))
  73           {
  74             ssmMap.put(seq, ssm);
  75           }
  76         }
  77       }
  78     }
  79     // highlight
  80     for (SequenceI seq : ssmMap.keySet())
  81     {
  82       StructureSelectionManager ssm = ssmMap.get(seq);
  83       if (ssm == null)
  84       {
  85         continue;
  86       }
  87       ssm.mouseOverSequence(seq, pos, -1, null);
  88     }
  89
  90   }
  91 }