src/jalview/rest/InputAlignmentEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.MalformedURLException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.net.URL;
   8 import java.security.MessageDigest;
   9 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  13 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  14 import javax.xml.bind.DatatypeConverter;
  15
  16 import jalview.bin.Console;
  17 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  18 import jalview.gui.Desktop;
  19
  20 public class InputAlignmentEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  21 {
  22   public InputAlignmentEndpoint(API api)
  23   {
  24     super(api, path, name, parameters, description);
  25   }
  26
  27   protected static final String path = "inputalignment";
  28
  29   private static final String name = "Input Alignment";
  30
  31   private static final String parameters = "POST <body> | GET ?[data=<data>|file=<fileURI>|url=<URL>]";
  32
  33   private static final String description = "Input an alignment from POST request body, GET request 'data' parameter, local file in 'file' parameter, url in 'url' parameter";
  34
  35   private String fileString;
  36
  37   private String urlString;
  38
  39   private String method;
  40
  41   private String data;
  42
  43   private String body;
  44
  45   private boolean isPost;
  46
  47   private boolean hasData;
  48
  49   private String access = null;
  50
  51   private String ref = null;
  52
  53   @Override
  54   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  55           HttpServletResponse response)
  56   {
  57     fileString = request.getParameter("file");
  58     urlString = request.getParameter("url");
  59     method = request.getMethod().toLowerCase();
  60     data = request.getParameter("data");
  61     body = null;
  62     isPost = method.equalsIgnoreCase("post");
  63     hasData = data != null;
  64
  65     if (isPost)
  66     {
  67       access = "post";
  68       try
  69       {
  70         body = getRequestBody(request);
  71       } catch (IOException e)
  72       {
  73         returnError(request, response, "could not read POST body");
  74         Console.debug("Could not read POST body", e);
  75         return;
  76       }
  77       // for ref see md5 later
  78     }
  79     else if (hasData)
  80     {
  81       access = "data";
  82       // for ref see md5 later
  83     }
  84     else if (fileString != null)
  85     {
  86       access = "file";
  87       ref = fileString;
  88     }
  89     else if (urlString != null)
  90     {
  91       access = "url";
  92       ref = urlString;
  93     }
  94
  95     if (access == null)
  96     {
  97       returnError(request, response,
  98               "requires POST body or one of parameters 'data', 'file' or 'url'");
  99       return;
 100     }
 101
 102     // final content used in Future
 103     String content;
 104     if (isPost || hasData)
 105     {
 106       content = isPost ? body : data;
 107       objectsPassedToProcessAsync.put("content", content); // needed as "final
 108                                                            // String" in process
 109       try
 110       {
 111         MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance("MD5");
 112         md5.update(content.getBytes());
 113         byte[] digest = md5.digest();
 114         ref = DatatypeConverter.printBase64Binary(digest).toLowerCase();
 115       } catch (NoSuchAlgorithmException e)
 116       {
 117         Console.debug("Could not find MD5 algorithm", e);
 118       }
 119     }
 120     else
 121     {
 122       content = null;
 123     }
 124     objectsPassedToProcessAsync.put("content", content);
 125
 126     setId(request, access + "::" + ref);
 127   }
 128
 129   protected void process(HttpServletRequest request,
 130           HttpServletResponse response)
 131   {
 132     processAsync(request, response, null);
 133   }
 134
 135   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
 136           HttpServletResponse response, final Map<String, Object> finalMap)
 137   {
 138     String content = (String) finalMap.get("content");
 139     if (isPost || hasData)
 140     {
 141       // Sequence file contents being posted
 142       // use File -> Input Alignment -> from Textbox
 143       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 144       cap.setText(content);
 145       cap.ok_actionPerformed(null);
 146       cap.cancel_actionPerformed(null);
 147     }
 148     else if (fileString != null)
 149     {
 150       // Sequence file on filesystem
 151       // use File -> Input Alignment -> From File
 152       URL url = null;
 153       File file = null;
 154       try
 155       {
 156         url = new URL(fileString);
 157         file = new File(url.toURI());
 158       } catch (MalformedURLException | URISyntaxException e)
 159       {
 160         returnError(request, response,
 161                 "could not resolve file='" + fileString + "'");
 162         Console.debug("Could not resolve file '" + fileString + "'", e);
 163         return;
 164       }
 165       if (!file.exists())
 166       {
 167         returnError(request, response,
 168                 "file='" + fileString + "' does not exist");
 169         return;
 170       }
 171       Desktop.instance.openFile(file, null, null);
 172     }
 173     else if (urlString != null)
 174     {
 175       boolean success = Desktop.instance.loadUrl(urlString, null);
 176       if (!success)
 177       {
 178         returnError(request, response,
 179                 "url='" + urlString + "' could not be opened");
 180         return;
 181       }
 182     }
 183   }
 184 }