src/jalview/rest/InputAlignmentEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.MalformedURLException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.net.URL;
   8 import java.security.MessageDigest;
   9 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  13 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  14 import javax.xml.bind.DatatypeConverter;
  15
  16 import jalview.bin.Console;
  17 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  18 import jalview.gui.Desktop;
  19
  20 public class InputAlignmentEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  21 {
  22   public InputAlignmentEndpoint(API api)
  23   {
  24     super(api, path, name, parameters, description);
  25   }
  26
  27   protected static final String path = "inputalignment";
  28
  29   private static final String name = "Input Alignment";
  30
  31   private static final String parameters = "POST <body> | GET ?[data=<data>|file=<fileURI>|url=<URL>]";
  32
  33   private static final String description = "Input an alignment from POST request body, GET request 'data' parameter, local file in 'file' parameter, url in 'url' parameter";
  34
  35   private String fileString;
  36
  37   private String urlString;
  38
  39   private String method;
  40
  41   private String data;
  42
  43   private String body;
  44
  45   private boolean isPost;
  46
  47   private boolean hasData;
  48
  49   private String access = null;
  50
  51   private String ref = null;
  52
  53   @Override
  54   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  55           HttpServletResponse response)
  56   {
  57     fileString = request.getParameter("file");
  58     urlString = request.getParameter("url");
  59     method = request.getMethod().toLowerCase();
  60     data = request.getParameter("data");
  61     body = null;
  62     isPost = method.equalsIgnoreCase("post");
  63     hasData = data != null;
  64
  65     if (isPost)
  66     {
  67       access = "post";
  68       try
  69       {
  70         body = RestHandler.getInstance().getRequestBody(request, response);
  71         Console.debug("BODY='" + body + "'");
  72       } catch (IOException e)
  73       {
  74         returnError(request, response, "could not read POST body");
  75         Console.debug("Could not read POST body", e);
  76         return;
  77       }
  78       // for ref see md5 later
  79     }
  80     else if (hasData)
  81     {
  82       access = "data";
  83       // for ref see md5 later
  84     }
  85     else if (fileString != null)
  86     {
  87       access = "file";
  88       ref = fileString;
  89     }
  90     else if (urlString != null)
  91     {
  92       access = "url";
  93       ref = urlString;
  94     }
  95
  96     if (access == null)
  97     {
  98       returnError(request, response,
  99               "requires POST body or one of parameters 'data', 'file' or 'url'");
 100       return;
 101     }
 102
 103     // final content used in Future
 104     String content;
 105     if (isPost || hasData)
 106     {
 107       content = isPost ? body : data;
 108       objectsPassedToProcessAsync.put("content", content); // needed as "final
 109                                                            // String" in process
 110       try
 111       {
 112         MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance("MD5");
 113         md5.update(content.getBytes());
 114         byte[] digest = md5.digest();
 115         ref = DatatypeConverter.printBase64Binary(digest).toLowerCase();
 116       } catch (NoSuchAlgorithmException e)
 117       {
 118         Console.debug("Could not find MD5 algorithm", e);
 119       }
 120     }
 121     else
 122     {
 123       content = null;
 124     }
 125     objectsPassedToProcessAsync.put("content", content);
 126
 127     setId(request, access + "::" + ref);
 128   }
 129
 130   protected void process(HttpServletRequest request,
 131           HttpServletResponse response)
 132   {
 133     processAsync(request, response, null);
 134   }
 135
 136   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
 137           HttpServletResponse response, final Map<String, Object> finalMap)
 138   {
 139     String content = (String) finalMap.get("content");
 140     if (isPost || hasData)
 141     {
 142       // Sequence file contents being posted
 143       // use File -> Input Alignment -> from Textbox
 144       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 145       cap.setText(content);
 146       cap.ok_actionPerformed(null);
 147       cap.cancel_actionPerformed(null);
 148     }
 149     else if (fileString != null)
 150     {
 151       // Sequence file on filesystem
 152       // use File -> Input Alignment -> From File
 153       URL url = null;
 154       File file = null;
 155       try
 156       {
 157         url = new URL(fileString);
 158         file = new File(url.toURI());
 159       } catch (MalformedURLException | URISyntaxException e)
 160       {
 161         returnError(request, response,
 162                 "could not resolve file='" + fileString + "'");
 163         Console.debug("Could not resolve file '" + fileString + "'", e);
 164         return;
 165       }
 166       if (!file.exists())
 167       {
 168         returnError(request, response,
 169                 "file='" + fileString + "' does not exist");
 170         return;
 171       }
 172       Desktop.instance.openFile(file, null, null);
 173     }
 174     else if (urlString != null)
 175     {
 176       boolean success = Desktop.instance.loadUrl(urlString, null);
 177       if (!success)
 178       {
 179         returnError(request, response,
 180                 "url='" + urlString + "' could not be opened");
 181         return;
 182       }
 183     }
 184   }
 185 }