src/jalview/rest/OpenSequenceEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.MalformedURLException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.net.URL;
   8 import java.security.MessageDigest;
   9 import java.security.NoSuchAlgorithmException;
  10
  11 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  12 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  13 import javax.xml.bind.DatatypeConverter;
  14
  15 import jalview.bin.Cache;
  16 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  17 import jalview.gui.Desktop;
  18
  19 public class OpenSequenceEndpoint extends EndpointAsync
  20 {
  21   protected String name = "opensequence";
  22
  23   private String fileString;
  24
  25   private String urlString;
  26
  27   private String method;
  28
  29   private String dataString;
  30
  31   private String body;
  32
  33   private String content;
  34
  35   private boolean post;
  36
  37   private boolean data;
  38
  39   String access = null;
  40
  41   String ref = null;
  42
  43   @Override
  44   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  45           HttpServletResponse response)
  46   {
  47     fileString = request.getParameter("file");
  48     urlString = request.getParameter("url");
  49     method = request.getMethod().toLowerCase();
  50     dataString = request.getParameter("data");
  51     body = null;
  52     post = method.equalsIgnoreCase("post");
  53     data = dataString != null;
  54
  55     if (post)
  56     {
  57       access = "post";
  58       try
  59       {
  60         body = getRequestBody(request);
  61       } catch (IOException e)
  62       {
  63         returnError(request, response, "could not read POST body");
  64         Cache.debug(e);
  65         return;
  66       }
  67       // for ref see md5 later
  68     }
  69     else if (data)
  70     {
  71       access = "data";
  72       // for ref see md5 later
  73     }
  74     else if (fileString != null)
  75     {
  76       access = "file";
  77       ref = fileString;
  78     }
  79     else if (urlString != null)
  80     {
  81       access = "url";
  82       ref = urlString;
  83     }
  84
  85     if (access == null)
  86     {
  87       returnError(request, response,
  88               "requires POST body or one of parameters 'data', 'file' or 'url'");
  89       return;
  90     }
  91
  92     // final content used in Future
  93     final String content;
  94     if (post || data)
  95     {
  96       content = post ? body : dataString;
  97       try
  98       {
  99         MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance("MD5");
 100         md5.update(content.getBytes());
 101         byte[] digest = md5.digest();
 102         ref = DatatypeConverter.printBase64Binary(digest).toLowerCase();
 103       } catch (NoSuchAlgorithmException e)
 104       {
 105         Cache.debug(e);
 106       }
 107     }
 108     else
 109     {
 110       content = null;
 111     }
 112
 113     setId(request, access + "::" + ref);
 114   }
 115
 116   protected void process(HttpServletRequest request,
 117           HttpServletResponse response)
 118   {
 119     if (post || data)
 120     {
 121       // Sequence file contents being posted
 122       // use File -> Input Alignment -> from Textbox
 123       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 124       cap.setText(content);
 125       cap.ok_actionPerformed(null);
 126       cap.cancel_actionPerformed(null);
 127     }
 128     else if (fileString != null)
 129     {
 130       // Sequence file on filesystem
 131       // use File -> Input Alignment -> From File
 132       URL url = null;
 133       File file = null;
 134       try
 135       {
 136         url = new URL(fileString);
 137         file = new File(url.toURI());
 138       } catch (MalformedURLException | URISyntaxException e)
 139       {
 140         returnError(request, response,
 141                 "could not resolve file='" + fileString + "'");
 142         Cache.debug(e);
 143         return;
 144       }
 145       if (!file.exists())
 146       {
 147         returnError(request, response,
 148                 "file='" + fileString + "' does not exist");
 149         return;
 150       }
 151       Desktop.instance.openFile(file, null, null);
 152     }
 153     else if (urlString != null)
 154     {
 155       boolean success = Desktop.instance.loadUrl(urlString, null);
 156       if (!success)
 157       {
 158         returnError(request, response,
 159                 "url='" + urlString + "' could not be opened");
 160         return;
 161       }
 162     }
 163   }
 164 }