src/jalview/rest/SelectSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.Arrays;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   7 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   8
   9 import jalview.api.AlignViewportI;
  10 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15 import jalview.gui.Desktop;
  16
  17 public class SelectSequencesEndpoint extends AbstractEndpoint
  18 {
  19   public SelectSequencesEndpoint(API api)
  20   {
  21     super(api, path, name, parameters, description);
  22   }
  23
  24   protected static final String path = "selectsequences";
  25
  26   private static final String name = "Select sequence(s) positions";
  27
  28   private static final String parameters = "<sequence names>,<range>";
  29
  30   private static final String description = "Select the specified sequence(s) with the specified range";
  31
  32   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  33           HttpServletResponse response)
  34   {
  35     if (!checkParameters(request, response, 2))
  36     {
  37       return;
  38     }
  39     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  40
  41     String rangesString = parameters[1];
  42     int[][] ranges = parseIntRanges(rangesString);
  43     if (ranges == null || ranges.length < 2 || ranges[0].length < 1)
  44     {
  45       returnError(request, response,
  46               "couldn't parse range '" + rangesString + "'");
  47       return;
  48     }
  49     if (ranges[0].length > 1)
  50     {
  51       returnError(request, response,
  52               "only provide 1 range '" + rangesString + "'");
  53       return;
  54     }
  55     int start = ranges[0][0];
  56     int end = ranges[1][0];
  57
  58     String sequenceNamesString = parameters[0];
  59     List<String> sequenceNames = Arrays
  60             .asList(sequenceNamesString.split(","));
  61     String fromIdString = request.getParameter("fromId");
  62
  63     AlignFrame[] alignFrames;
  64     if (fromIdString != null)
  65     {
  66       AlignFrame af = AlignFrame.getAlignFrameFromRestId(fromIdString);
  67       if (af == null)
  68       {
  69         returnError(request, response,
  70                 "fromId value '" + fromIdString + "' results not found");
  71         return;
  72       }
  73       alignFrames = new AlignFrame[] { af };
  74     }
  75     else
  76     {
  77       alignFrames = Desktop.getAlignFrames();
  78     }
  79     if (alignFrames == null)
  80       return;
  81     for (int i = 0; i < alignFrames.length; i++)
  82     {
  83       AlignFrame af = alignFrames[i];
  84       List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  85               .getAlignPanels();
  86       for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  87       {
  88         AlignViewportI avp = ap.getAlignViewport();
  89         // ap.getAlignViewport().getSequenceSetId()
  90         AlignmentI al = ap.getAlignment();
  91         List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  92         SequenceGroup stretchGroup = new SequenceGroup();
  93         for (SequenceI seq : seqs)
  94         {
  95           if (sequenceNames.contains(seq.getName()))
  96           {
  97             stretchGroup.addSequence(seq, false);
  98           }
  99         }
 100         stretchGroup.setStartRes(start);
 101         stretchGroup.setEndRes(end);
 102         avp.setSelectionGroup(stretchGroup);
 103         ap.paintAlignment(false, false);
 104         avp.sendSelection();
 105       }
 106     }
 107   }
 108 }