src/jalview/rest/SelectSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.Arrays;
   4 import java.util.List;
   5
   6 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   7 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   8
   9 import jalview.api.AlignViewportI;
  10 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  13 import jalview.datamodel.SequenceI;
  14 import jalview.gui.AlignFrame;
  15
  16 public class SelectSequencesEndpoint extends AbstractEndpoint
  17 {
  18   public SelectSequencesEndpoint(API api)
  19   {
  20     super(api, path, name, parameters, description);
  21   }
  22
  23   protected static final String path = "selectsequences";
  24
  25   private static final String name = "Select sequence(s) positions";
  26
  27   private static final String parameters = "<sequence names>/<range>";
  28
  29   private static final String description = "Select the specified sequence(s) with the specified range";
  30
  31   public void processEndpoint(HttpServletRequest request,
  32           HttpServletResponse response)
  33   {
  34     if (!checkParameters(request, response, 2))
  35     {
  36       return;
  37     }
  38     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  39
  40     String rangesString = parameters[1];
  41     int[][] ranges = parseIntRanges(rangesString);
  42     if (ranges == null || ranges.length < 2 || ranges[0].length < 1)
  43     {
  44       returnError(request, response,
  45               "couldn't parse range '" + rangesString + "'");
  46       return;
  47     }
  48     if (ranges[0].length > 1)
  49     {
  50       returnError(request, response,
  51               "only provide 1 range '" + rangesString + "'");
  52       return;
  53     }
  54     int start = ranges[0][0];
  55     int end = ranges[1][0];
  56
  57     String sequenceNamesString = parameters[0];
  58     List<String> sequenceNames = Arrays
  59             .asList(sequenceNamesString.split(","));
  60
  61     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames(request, true);
  62     if (alignFrames == null)
  63     {
  64       returnError(request, response, "could not find results");
  65       return;
  66     }
  67     for (int i = 0; i < alignFrames.length; i++)
  68     {
  69       AlignFrame af = alignFrames[i];
  70       List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  71               .getAlignPanels();
  72       for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  73       {
  74         AlignViewportI avp = ap.getAlignViewport();
  75         AlignmentI al = ap.getAlignment();
  76         List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  77         SequenceGroup stretchGroup = new SequenceGroup();
  78         for (SequenceI seq : seqs)
  79         {
  80           if (sequenceNames.contains(seq.getName())
  81                   || (sequenceNamesString.equals("*")
  82                           && alignFrames.length == 1))
  83           {
  84             stretchGroup.addSequence(seq, false);
  85           }
  86         }
  87         if (start == -1 && end == -1) // "*" as range
  88         {
  89           stretchGroup.setStartRes(al.getStartRes());
  90           stretchGroup.setEndRes(al.getEndRes());
  91         }
  92         else
  93         {
  94           stretchGroup.setStartRes(start);
  95           stretchGroup.setEndRes(end);
  96         }
  97         avp.setSelectionGroup(stretchGroup);
  98         ap.paintAlignment(false, false);
  99         avp.sendSelection();
 100       }
 101     }
 102   }
 103 }