src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 /*
  22  * This class was automatically generated with
  23  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  24  * Schema.
  25  * $Id$
  26  */
  27
  28 package jalview.schemabinding.version2;
  29
  30 //---------------------------------/
  31 //- Imported classes and packages -/
  32 //---------------------------------/
  33
  34 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  35 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  36
  37 /**
  38  * Class Alcodon.
  39  *
  40  * @version $Revision$ $Date$
  41  */
  42 public class Alcodon implements java.io.Serializable
  43 {
  44
  45   // --------------------------/
  46   // - Class/Member Variables -/
  47   // --------------------------/
  48
  49   /**
  50    * Field _pos1.
  51    */
  52   private long _pos1;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _pos1
  56    */
  57   private boolean _has_pos1;
  58
  59   /**
  60    * Field _pos2.
  61    */
  62   private long _pos2;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _pos2
  66    */
  67   private boolean _has_pos2;
  68
  69   /**
  70    * Field _pos3.
  71    */
  72   private long _pos3;
  73
  74   /**
  75    * keeps track of state for field: _pos3
  76    */
  77   private boolean _has_pos3;
  78
  79   // ----------------/
  80   // - Constructors -/
  81   // ----------------/
  82
  83   public Alcodon()
  84   {
  85     super();
  86   }
  87
  88   // -----------/
  89   // - Methods -/
  90   // -----------/
  91
  92   /**
  93      */
  94   public void deletePos1()
  95   {
  96     this._has_pos1 = false;
  97   }
  98
  99   /**
 100      */
 101   public void deletePos2()
 102   {
 103     this._has_pos2 = false;
 104   }
 105
 106   /**
 107      */
 108   public void deletePos3()
 109   {
 110     this._has_pos3 = false;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Returns the value of field 'pos1'.
 115    *
 116    * @return the value of field 'Pos1'.
 117    */
 118   public long getPos1()
 119   {
 120     return this._pos1;
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Returns the value of field 'pos2'.
 125    *
 126    * @return the value of field 'Pos2'.
 127    */
 128   public long getPos2()
 129   {
 130     return this._pos2;
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Returns the value of field 'pos3'.
 135    *
 136    * @return the value of field 'Pos3'.
 137    */
 138   public long getPos3()
 139   {
 140     return this._pos3;
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Method hasPos1.
 145    *
 146    * @return true if at least one Pos1 has been added
 147    */
 148   public boolean hasPos1()
 149   {
 150     return this._has_pos1;
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Method hasPos2.
 155    *
 156    * @return true if at least one Pos2 has been added
 157    */
 158   public boolean hasPos2()
 159   {
 160     return this._has_pos2;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Method hasPos3.
 165    *
 166    * @return true if at least one Pos3 has been added
 167    */
 168   public boolean hasPos3()
 169   {
 170     return this._has_pos3;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Method isValid.
 175    *
 176    * @return true if this object is valid according to the schema
 177    */
 178   public boolean isValid()
 179   {
 180     try
 181     {
 182       validate();
 183     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 184     {
 185       return false;
 186     }
 187     return true;
 188   }
 189
 190   /**
 191    *
 192    *
 193    * @param out
 194    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 195    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 196    *           marshaling
 197    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 198    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 199    */
 200   public void marshal(final java.io.Writer out)
 201           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 202           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 203   {
 204     Marshaller.marshal(this, out);
 205   }
 206
 207   /**
 208    *
 209    *
 210    * @param handler
 211    * @throws java.io.IOException
 212    *           if an IOException occurs during marshaling
 213    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 214    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 215    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 216    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 217    *           marshaling
 218    */
 219   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 220           throws java.io.IOException,
 221           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 222           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 223   {
 224     Marshaller.marshal(this, handler);
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Sets the value of field 'pos1'.
 229    *
 230    * @param pos1
 231    *          the value of field 'pos1'.
 232    */
 233   public void setPos1(final long pos1)
 234   {
 235     this._pos1 = pos1;
 236     this._has_pos1 = true;
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Sets the value of field 'pos2'.
 241    *
 242    * @param pos2
 243    *          the value of field 'pos2'.
 244    */
 245   public void setPos2(final long pos2)
 246   {
 247     this._pos2 = pos2;
 248     this._has_pos2 = true;
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Sets the value of field 'pos3'.
 253    *
 254    * @param pos3
 255    *          the value of field 'pos3'.
 256    */
 257   public void setPos3(final long pos3)
 258   {
 259     this._pos3 = pos3;
 260     this._has_pos3 = true;
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Method unmarshal.
 265    *
 266    * @param reader
 267    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 268    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 269    *           marshaling
 270    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 271    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 272    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Alcodo
 273    */
 274   public static jalview.schemabinding.version2.Alcodon unmarshal(
 275           final java.io.Reader reader)
 276           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 277           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 278   {
 279     return (jalview.schemabinding.version2.Alcodon) Unmarshaller.unmarshal(
 280             jalview.schemabinding.version2.Alcodon.class, reader);
 281   }
 282
 283   /**
 284    *
 285    *
 286    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 287    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 288    */
 289   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 290   {
 291     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 292     validator.validate(this);
 293   }
 294
 295 }