src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  34 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  35
  36 /**
  37  * Class AnnotationColourScheme.
  38  *
  39  * @version $Revision$ $Date$
  40  */
  41 public class AnnotationColourScheme implements java.io.Serializable
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _aboveThreshold.
  50    */
  51   private int _aboveThreshold;
  52
  53   /**
  54    * keeps track of state for field: _aboveThreshold
  55    */
  56   private boolean _has_aboveThreshold;
  57
  58   /**
  59    * Field _annotation.
  60    */
  61   private java.lang.String _annotation;
  62
  63   /**
  64    * Field _minColour.
  65    */
  66   private int _minColour;
  67
  68   /**
  69    * keeps track of state for field: _minColour
  70    */
  71   private boolean _has_minColour;
  72
  73   /**
  74    * Field _maxColour.
  75    */
  76   private int _maxColour;
  77
  78   /**
  79    * keeps track of state for field: _maxColour
  80    */
  81   private boolean _has_maxColour;
  82
  83   /**
  84    * Field _colourScheme.
  85    */
  86   private java.lang.String _colourScheme;
  87
  88   /**
  89    * Field _threshold.
  90    */
  91   private float _threshold;
  92
  93   /**
  94    * keeps track of state for field: _threshold
  95    */
  96   private boolean _has_threshold;
  97
  98   /**
  99    * Field _perSequence.
 100    */
 101   private boolean _perSequence;
 102
 103   /**
 104    * keeps track of state for field: _perSequence
 105    */
 106   private boolean _has_perSequence;
 107
 108   /**
 109    * Field _predefinedColours.
 110    */
 111   private boolean _predefinedColours;
 112
 113   /**
 114    * keeps track of state for field: _predefinedColours
 115    */
 116   private boolean _has_predefinedColours;
 117
 118   // ----------------/
 119   // - Constructors -/
 120   // ----------------/
 121
 122   public AnnotationColourScheme()
 123   {
 124     super();
 125   }
 126
 127   // -----------/
 128   // - Methods -/
 129   // -----------/
 130
 131   /**
 132      */
 133   public void deleteAboveThreshold()
 134   {
 135     this._has_aboveThreshold = false;
 136   }
 137
 138   /**
 139      */
 140   public void deleteMaxColour()
 141   {
 142     this._has_maxColour = false;
 143   }
 144
 145   /**
 146      */
 147   public void deleteMinColour()
 148   {
 149     this._has_minColour = false;
 150   }
 151
 152   /**
 153      */
 154   public void deletePerSequence()
 155   {
 156     this._has_perSequence = false;
 157   }
 158
 159   /**
 160      */
 161   public void deletePredefinedColours()
 162   {
 163     this._has_predefinedColours = false;
 164   }
 165
 166   /**
 167      */
 168   public void deleteThreshold()
 169   {
 170     this._has_threshold = false;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Returns the value of field 'aboveThreshold'.
 175    *
 176    * @return the value of field 'AboveThreshold'.
 177    */
 178   public int getAboveThreshold()
 179   {
 180     return this._aboveThreshold;
 181   }
 182
 183   /**
 184    * Returns the value of field 'annotation'.
 185    *
 186    * @return the value of field 'Annotation'.
 187    */
 188   public java.lang.String getAnnotation()
 189   {
 190     return this._annotation;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Returns the value of field 'colourScheme'.
 195    *
 196    * @return the value of field 'ColourScheme'.
 197    */
 198   public java.lang.String getColourScheme()
 199   {
 200     return this._colourScheme;
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Returns the value of field 'maxColour'.
 205    *
 206    * @return the value of field 'MaxColour'.
 207    */
 208   public int getMaxColour()
 209   {
 210     return this._maxColour;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Returns the value of field 'minColour'.
 215    *
 216    * @return the value of field 'MinColour'.
 217    */
 218   public int getMinColour()
 219   {
 220     return this._minColour;
 221   }
 222
 223   /**
 224    * Returns the value of field 'perSequence'.
 225    *
 226    * @return the value of field 'PerSequence'.
 227    */
 228   public boolean getPerSequence()
 229   {
 230     return this._perSequence;
 231   }
 232
 233   /**
 234    * Returns the value of field 'predefinedColours'.
 235    *
 236    * @return the value of field 'PredefinedColours'.
 237    */
 238   public boolean getPredefinedColours()
 239   {
 240     return this._predefinedColours;
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Returns the value of field 'threshold'.
 245    *
 246    * @return the value of field 'Threshold'.
 247    */
 248   public float getThreshold()
 249   {
 250     return this._threshold;
 251   }
 252
 253   /**
 254    * Method hasAboveThreshold.
 255    *
 256    * @return true if at least one AboveThreshold has been added
 257    */
 258   public boolean hasAboveThreshold()
 259   {
 260     return this._has_aboveThreshold;
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Method hasMaxColour.
 265    *
 266    * @return true if at least one MaxColour has been added
 267    */
 268   public boolean hasMaxColour()
 269   {
 270     return this._has_maxColour;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Method hasMinColour.
 275    *
 276    * @return true if at least one MinColour has been added
 277    */
 278   public boolean hasMinColour()
 279   {
 280     return this._has_minColour;
 281   }
 282
 283   /**
 284    * Method hasPerSequence.
 285    *
 286    * @return true if at least one PerSequence has been added
 287    */
 288   public boolean hasPerSequence()
 289   {
 290     return this._has_perSequence;
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Method hasPredefinedColours.
 295    *
 296    * @return true if at least one PredefinedColours has been added
 297    */
 298   public boolean hasPredefinedColours()
 299   {
 300     return this._has_predefinedColours;
 301   }
 302
 303   /**
 304    * Method hasThreshold.
 305    *
 306    * @return true if at least one Threshold has been added
 307    */
 308   public boolean hasThreshold()
 309   {
 310     return this._has_threshold;
 311   }
 312
 313   /**
 314    * Returns the value of field 'perSequence'.
 315    *
 316    * @return the value of field 'PerSequence'.
 317    */
 318   public boolean isPerSequence()
 319   {
 320     return this._perSequence;
 321   }
 322
 323   /**
 324    * Returns the value of field 'predefinedColours'.
 325    *
 326    * @return the value of field 'PredefinedColours'.
 327    */
 328   public boolean isPredefinedColours()
 329   {
 330     return this._predefinedColours;
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Method isValid.
 335    *
 336    * @return true if this object is valid according to the schema
 337    */
 338   public boolean isValid()
 339   {
 340     try
 341     {
 342       validate();
 343     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 344     {
 345       return false;
 346     }
 347     return true;
 348   }
 349
 350   /**
 351    *
 352    *
 353    * @param out
 354    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 355    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 356    *           marshaling
 357    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 358    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 359    */
 360   public void marshal(final java.io.Writer out)
 361           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 362           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 363   {
 364     Marshaller.marshal(this, out);
 365   }
 366
 367   /**
 368    *
 369    *
 370    * @param handler
 371    * @throws java.io.IOException
 372    *           if an IOException occurs during marshaling
 373    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 374    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 375    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 376    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 377    *           marshaling
 378    */
 379   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 380           throws java.io.IOException,
 381           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 382           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 383   {
 384     Marshaller.marshal(this, handler);
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Sets the value of field 'aboveThreshold'.
 389    *
 390    * @param aboveThreshold
 391    *          the value of field 'aboveThreshold'.
 392    */
 393   public void setAboveThreshold(final int aboveThreshold)
 394   {
 395     this._aboveThreshold = aboveThreshold;
 396     this._has_aboveThreshold = true;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Sets the value of field 'annotation'.
 401    *
 402    * @param annotation
 403    *          the value of field 'annotation'.
 404    */
 405   public void setAnnotation(final java.lang.String annotation)
 406   {
 407     this._annotation = annotation;
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Sets the value of field 'colourScheme'.
 412    *
 413    * @param colourScheme
 414    *          the value of field 'colourScheme'.
 415    */
 416   public void setColourScheme(final java.lang.String colourScheme)
 417   {
 418     this._colourScheme = colourScheme;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Sets the value of field 'maxColour'.
 423    *
 424    * @param maxColour
 425    *          the value of field 'maxColour'.
 426    */
 427   public void setMaxColour(final int maxColour)
 428   {
 429     this._maxColour = maxColour;
 430     this._has_maxColour = true;
 431   }
 432
 433   /**
 434    * Sets the value of field 'minColour'.
 435    *
 436    * @param minColour
 437    *          the value of field 'minColour'.
 438    */
 439   public void setMinColour(final int minColour)
 440   {
 441     this._minColour = minColour;
 442     this._has_minColour = true;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * Sets the value of field 'perSequence'.
 447    *
 448    * @param perSequence
 449    *          the value of field 'perSequence'.
 450    */
 451   public void setPerSequence(final boolean perSequence)
 452   {
 453     this._perSequence = perSequence;
 454     this._has_perSequence = true;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Sets the value of field 'predefinedColours'.
 459    *
 460    * @param predefinedColours
 461    *          the value of field 'predefinedColours'.
 462    */
 463   public void setPredefinedColours(final boolean predefinedColours)
 464   {
 465     this._predefinedColours = predefinedColours;
 466     this._has_predefinedColours = true;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Sets the value of field 'threshold'.
 471    *
 472    * @param threshold
 473    *          the value of field 'threshold'.
 474    */
 475   public void setThreshold(final float threshold)
 476   {
 477     this._threshold = threshold;
 478     this._has_threshold = true;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Method unmarshal.
 483    *
 484    * @param reader
 485    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 486    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 487    *           marshaling
 488    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 489    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 490    * @return the unmarshaled
 491    *         jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme
 492    */
 493   public static jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme unmarshal(
 494           final java.io.Reader reader)
 495           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 496           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 497   {
 498     return (jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme) Unmarshaller
 499             .unmarshal(
 500                     jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme.class,
 501                     reader);
 502   }
 503
 504   /**
 505    *
 506    *
 507    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 508    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 509    */
 510   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 511   {
 512     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 513     validator.validate(this);
 514   }
 515
 516 }