src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JGroup.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JGroup implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _start\r
  40      */\r
  41     private int _start;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _start\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_start;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _end\r
  50      */\r
  51     private int _end;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _end\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_end;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _name\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _name;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _colour\r
  65      */\r
  66     private java.lang.String _colour;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * Field _consThreshold\r
  70      */\r
  71     private int _consThreshold;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  75      */\r
  76     private boolean _has_consThreshold;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * Field _pidThreshold\r
  80      */\r
  81     private int _pidThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  85      */\r
  86     private boolean _has_pidThreshold;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _outlineColour\r
  90      */\r
  91     private int _outlineColour;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _outlineColour\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_outlineColour;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _displayBoxes\r
 100      */\r
 101     private boolean _displayBoxes;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * keeps track of state for field: _displayBoxes\r
 105      */\r
 106     private boolean _has_displayBoxes;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Field _displayText\r
 110      */\r
 111     private boolean _displayText;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * keeps track of state for field: _displayText\r
 115      */\r
 116     private boolean _has_displayText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Field _colourText\r
 120      */\r
 121     private boolean _colourText;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * keeps track of state for field: _colourText\r
 125      */\r
 126     private boolean _has_colourText;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Field _textCol1\r
 130      */\r
 131     private int _textCol1;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 135      */\r
 136     private boolean _has_textCol1;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Field _textCol2\r
 140      */\r
 141     private int _textCol2;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 145      */\r
 146     private boolean _has_textCol2;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Field _textColThreshold\r
 150      */\r
 151     private int _textColThreshold;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 155      */\r
 156     private boolean _has_textColThreshold;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * Field _seqList\r
 160      */\r
 161     private java.util.Vector _seqList;\r
 162 \r
 163 \r
 164       //----------------/\r
 165      //- Constructors -/\r
 166     //----------------/\r
 167 \r
 168     public JGroup() {\r
 169         super();\r
 170         _seqList = new Vector();\r
 171     } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup()\r
 172 \r
 173 \r
 174       //-----------/\r
 175      //- Methods -/\r
 176     //-----------/\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Method addSeq\r
 180      * \r
 181      * \r
 182      * \r
 183      * @param vSeq\r
 184      */\r
 185     public void addSeq(int vSeq)\r
 186         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 187     {\r
 188         _seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));\r
 189     } //-- void addSeq(int) \r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * Method addSeq\r
 193      * \r
 194      * \r
 195      * \r
 196      * @param index\r
 197      * @param vSeq\r
 198      */\r
 199     public void addSeq(int index, int vSeq)\r
 200         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 201     {\r
 202         _seqList.insertElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
 203     } //-- void addSeq(int, int) \r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * Method deleteColourText\r
 207      * \r
 208      */\r
 209     public void deleteColourText()\r
 210     {\r
 211         this._has_colourText= false;\r
 212     } //-- void deleteColourText() \r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * Method deleteConsThreshold\r
 216      * \r
 217      */\r
 218     public void deleteConsThreshold()\r
 219     {\r
 220         this._has_consThreshold= false;\r
 221     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * Method deleteDisplayBoxes\r
 225      * \r
 226      */\r
 227     public void deleteDisplayBoxes()\r
 228     {\r
 229         this._has_displayBoxes= false;\r
 230     } //-- void deleteDisplayBoxes() \r
 231 \r
 232     /**\r
 233      * Method deleteDisplayText\r
 234      * \r
 235      */\r
 236     public void deleteDisplayText()\r
 237     {\r
 238         this._has_displayText= false;\r
 239     } //-- void deleteDisplayText() \r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * Method deleteEnd\r
 243      * \r
 244      */\r
 245     public void deleteEnd()\r
 246     {\r
 247         this._has_end= false;\r
 248     } //-- void deleteEnd() \r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Method deleteOutlineColour\r
 252      * \r
 253      */\r
 254     public void deleteOutlineColour()\r
 255     {\r
 256         this._has_outlineColour= false;\r
 257     } //-- void deleteOutlineColour() \r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * Method deletePidThreshold\r
 261      * \r
 262      */\r
 263     public void deletePidThreshold()\r
 264     {\r
 265         this._has_pidThreshold= false;\r
 266     } //-- void deletePidThreshold() \r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * Method deleteStart\r
 270      * \r
 271      */\r
 272     public void deleteStart()\r
 273     {\r
 274         this._has_start= false;\r
 275     } //-- void deleteStart() \r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * Method deleteTextCol1\r
 279      * \r
 280      */\r
 281     public void deleteTextCol1()\r
 282     {\r
 283         this._has_textCol1= false;\r
 284     } //-- void deleteTextCol1() \r
 285 \r
 286     /**\r
 287      * Method deleteTextCol2\r
 288      * \r
 289      */\r
 290     public void deleteTextCol2()\r
 291     {\r
 292         this._has_textCol2= false;\r
 293     } //-- void deleteTextCol2() \r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * Method deleteTextColThreshold\r
 297      * \r
 298      */\r
 299     public void deleteTextColThreshold()\r
 300     {\r
 301         this._has_textColThreshold= false;\r
 302     } //-- void deleteTextColThreshold() \r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Method enumerateSeq\r
 306      * \r
 307      * \r
 308      * \r
 309      * @return Enumeration\r
 310      */\r
 311     public java.util.Enumeration enumerateSeq()\r
 312     {\r
 313         return _seqList.elements();\r
 314     } //-- java.util.Enumeration enumerateSeq() \r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * Returns the value of field 'colour'.\r
 318      * \r
 319      * @return String\r
 320      * @return the value of field 'colour'.\r
 321      */\r
 322     public java.lang.String getColour()\r
 323     {\r
 324         return this._colour;\r
 325     } //-- java.lang.String getColour() \r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * Returns the value of field 'colourText'.\r
 329      * \r
 330      * @return boolean\r
 331      * @return the value of field 'colourText'.\r
 332      */\r
 333     public boolean getColourText()\r
 334     {\r
 335         return this._colourText;\r
 336     } //-- boolean getColourText() \r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 340      * \r
 341      * @return int\r
 342      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 343      */\r
 344     public int getConsThreshold()\r
 345     {\r
 346         return this._consThreshold;\r
 347     } //-- int getConsThreshold() \r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * Returns the value of field 'displayBoxes'.\r
 351      * \r
 352      * @return boolean\r
 353      * @return the value of field 'displayBoxes'.\r
 354      */\r
 355     public boolean getDisplayBoxes()\r
 356     {\r
 357         return this._displayBoxes;\r
 358     } //-- boolean getDisplayBoxes() \r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * Returns the value of field 'displayText'.\r
 362      * \r
 363      * @return boolean\r
 364      * @return the value of field 'displayText'.\r
 365      */\r
 366     public boolean getDisplayText()\r
 367     {\r
 368         return this._displayText;\r
 369     } //-- boolean getDisplayText() \r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * Returns the value of field 'end'.\r
 373      * \r
 374      * @return int\r
 375      * @return the value of field 'end'.\r
 376      */\r
 377     public int getEnd()\r
 378     {\r
 379         return this._end;\r
 380     } //-- int getEnd() \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Returns the value of field 'name'.\r
 384      * \r
 385      * @return String\r
 386      * @return the value of field 'name'.\r
 387      */\r
 388     public java.lang.String getName()\r
 389     {\r
 390         return this._name;\r
 391     } //-- java.lang.String getName() \r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Returns the value of field 'outlineColour'.\r
 395      * \r
 396      * @return int\r
 397      * @return the value of field 'outlineColour'.\r
 398      */\r
 399     public int getOutlineColour()\r
 400     {\r
 401         return this._outlineColour;\r
 402     } //-- int getOutlineColour() \r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 406      * \r
 407      * @return int\r
 408      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 409      */\r
 410     public int getPidThreshold()\r
 411     {\r
 412         return this._pidThreshold;\r
 413     } //-- int getPidThreshold() \r
 414 \r
 415     /**\r
 416      * Method getSeq\r
 417      * \r
 418      * \r
 419      * \r
 420      * @param index\r
 421      * @return int\r
 422      */\r
 423     public int getSeq(int index)\r
 424         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 425     {\r
 426         //-- check bounds for index\r
 427         if ((index < 0) || (index > _seqList.size())) {\r
 428             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 429         }\r
 430         \r
 431         return ((java.lang.Integer)_seqList.elementAt(index)).intValue();\r
 432     } //-- int getSeq(int) \r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * Method getSeq\r
 436      * \r
 437      * \r
 438      * \r
 439      * @return int\r
 440      */\r
 441     public int[] getSeq()\r
 442     {\r
 443         int size = _seqList.size();\r
 444         int[] mArray = new int[size];\r
 445         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 446             mArray[index] = ((java.lang.Integer)_seqList.elementAt(index)).intValue();\r
 447         }\r
 448         return mArray;\r
 449     } //-- int[] getSeq() \r
 450 \r
 451     /**\r
 452      * Method getSeqCount\r
 453      * \r
 454      * \r
 455      * \r
 456      * @return int\r
 457      */\r
 458     public int getSeqCount()\r
 459     {\r
 460         return _seqList.size();\r
 461     } //-- int getSeqCount() \r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * Returns the value of field 'start'.\r
 465      * \r
 466      * @return int\r
 467      * @return the value of field 'start'.\r
 468      */\r
 469     public int getStart()\r
 470     {\r
 471         return this._start;\r
 472     } //-- int getStart() \r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 476      * \r
 477      * @return int\r
 478      * @return the value of field 'textCol1'.\r
 479      */\r
 480     public int getTextCol1()\r
 481     {\r
 482         return this._textCol1;\r
 483     } //-- int getTextCol1() \r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 487      * \r
 488      * @return int\r
 489      * @return the value of field 'textCol2'.\r
 490      */\r
 491     public int getTextCol2()\r
 492     {\r
 493         return this._textCol2;\r
 494     } //-- int getTextCol2() \r
 495 \r
 496     /**\r
 497      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 498      * \r
 499      * @return int\r
 500      * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
 501      */\r
 502     public int getTextColThreshold()\r
 503     {\r
 504         return this._textColThreshold;\r
 505     } //-- int getTextColThreshold() \r
 506 \r
 507     /**\r
 508      * Method hasColourText\r
 509      * \r
 510      * \r
 511      * \r
 512      * @return boolean\r
 513      */\r
 514     public boolean hasColourText()\r
 515     {\r
 516         return this._has_colourText;\r
 517     } //-- boolean hasColourText() \r
 518 \r
 519     /**\r
 520      * Method hasConsThreshold\r
 521      * \r
 522      * \r
 523      * \r
 524      * @return boolean\r
 525      */\r
 526     public boolean hasConsThreshold()\r
 527     {\r
 528         return this._has_consThreshold;\r
 529     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 530 \r
 531     /**\r
 532      * Method hasDisplayBoxes\r
 533      * \r
 534      * \r
 535      * \r
 536      * @return boolean\r
 537      */\r
 538     public boolean hasDisplayBoxes()\r
 539     {\r
 540         return this._has_displayBoxes;\r
 541     } //-- boolean hasDisplayBoxes() \r
 542 \r
 543     /**\r
 544      * Method hasDisplayText\r
 545      * \r
 546      * \r
 547      * \r
 548      * @return boolean\r
 549      */\r
 550     public boolean hasDisplayText()\r
 551     {\r
 552         return this._has_displayText;\r
 553     } //-- boolean hasDisplayText() \r
 554 \r
 555     /**\r
 556      * Method hasEnd\r
 557      * \r
 558      * \r
 559      * \r
 560      * @return boolean\r
 561      */\r
 562     public boolean hasEnd()\r
 563     {\r
 564         return this._has_end;\r
 565     } //-- boolean hasEnd() \r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * Method hasOutlineColour\r
 569      * \r
 570      * \r
 571      * \r
 572      * @return boolean\r
 573      */\r
 574     public boolean hasOutlineColour()\r
 575     {\r
 576         return this._has_outlineColour;\r
 577     } //-- boolean hasOutlineColour() \r
 578 \r
 579     /**\r
 580      * Method hasPidThreshold\r
 581      * \r
 582      * \r
 583      * \r
 584      * @return boolean\r
 585      */\r
 586     public boolean hasPidThreshold()\r
 587     {\r
 588         return this._has_pidThreshold;\r
 589     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
 590 \r
 591     /**\r
 592      * Method hasStart\r
 593      * \r
 594      * \r
 595      * \r
 596      * @return boolean\r
 597      */\r
 598     public boolean hasStart()\r
 599     {\r
 600         return this._has_start;\r
 601     } //-- boolean hasStart() \r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * Method hasTextCol1\r
 605      * \r
 606      * \r
 607      * \r
 608      * @return boolean\r
 609      */\r
 610     public boolean hasTextCol1()\r
 611     {\r
 612         return this._has_textCol1;\r
 613     } //-- boolean hasTextCol1() \r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * Method hasTextCol2\r
 617      * \r
 618      * \r
 619      * \r
 620      * @return boolean\r
 621      */\r
 622     public boolean hasTextCol2()\r
 623     {\r
 624         return this._has_textCol2;\r
 625     } //-- boolean hasTextCol2() \r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * Method hasTextColThreshold\r
 629      * \r
 630      * \r
 631      * \r
 632      * @return boolean\r
 633      */\r
 634     public boolean hasTextColThreshold()\r
 635     {\r
 636         return this._has_textColThreshold;\r
 637     } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
 638 \r
 639     /**\r
 640      * Method isValid\r
 641      * \r
 642      * \r
 643      * \r
 644      * @return boolean\r
 645      */\r
 646     public boolean isValid()\r
 647     {\r
 648         try {\r
 649             validate();\r
 650         }\r
 651         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 652             return false;\r
 653         }\r
 654         return true;\r
 655     } //-- boolean isValid() \r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * Method marshal\r
 659      * \r
 660      * \r
 661      * \r
 662      * @param out\r
 663      */\r
 664     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 665         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 666     {\r
 667         \r
 668         Marshaller.marshal(this, out);\r
 669     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * Method marshal\r
 673      * \r
 674      * \r
 675      * \r
 676      * @param handler\r
 677      */\r
 678     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 679         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 680     {\r
 681         \r
 682         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 683     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 684 \r
 685     /**\r
 686      * Method removeAllSeq\r
 687      * \r
 688      */\r
 689     public void removeAllSeq()\r
 690     {\r
 691         _seqList.removeAllElements();\r
 692     } //-- void removeAllSeq() \r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Method removeSeq\r
 696      * \r
 697      * \r
 698      * \r
 699      * @param index\r
 700      * @return int\r
 701      */\r
 702     public int removeSeq(int index)\r
 703     {\r
 704         java.lang.Object obj = _seqList.elementAt(index);\r
 705         _seqList.removeElementAt(index);\r
 706         return ((java.lang.Integer)obj).intValue();\r
 707     } //-- int removeSeq(int) \r
 708 \r
 709     /**\r
 710      * Sets the value of field 'colour'.\r
 711      * \r
 712      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 713      */\r
 714     public void setColour(java.lang.String colour)\r
 715     {\r
 716         this._colour = colour;\r
 717     } //-- void setColour(java.lang.String) \r
 718 \r
 719     /**\r
 720      * Sets the value of field 'colourText'.\r
 721      * \r
 722      * @param colourText the value of field 'colourText'.\r
 723      */\r
 724     public void setColourText(boolean colourText)\r
 725     {\r
 726         this._colourText = colourText;\r
 727         this._has_colourText = true;\r
 728     } //-- void setColourText(boolean) \r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
 732      * \r
 733      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
 734      */\r
 735     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
 736     {\r
 737         this._consThreshold = consThreshold;\r
 738         this._has_consThreshold = true;\r
 739     } //-- void setConsThreshold(int) \r
 740 \r
 741     /**\r
 742      * Sets the value of field 'displayBoxes'.\r
 743      * \r
 744      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.\r
 745      */\r
 746     public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)\r
 747     {\r
 748         this._displayBoxes = displayBoxes;\r
 749         this._has_displayBoxes = true;\r
 750     } //-- void setDisplayBoxes(boolean) \r
 751 \r
 752     /**\r
 753      * Sets the value of field 'displayText'.\r
 754      * \r
 755      * @param displayText the value of field 'displayText'.\r
 756      */\r
 757     public void setDisplayText(boolean displayText)\r
 758     {\r
 759         this._displayText = displayText;\r
 760         this._has_displayText = true;\r
 761     } //-- void setDisplayText(boolean) \r
 762 \r
 763     /**\r
 764      * Sets the value of field 'end'.\r
 765      * \r
 766      * @param end the value of field 'end'.\r
 767      */\r
 768     public void setEnd(int end)\r
 769     {\r
 770         this._end = end;\r
 771         this._has_end = true;\r
 772     } //-- void setEnd(int) \r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * Sets the value of field 'name'.\r
 776      * \r
 777      * @param name the value of field 'name'.\r
 778      */\r
 779     public void setName(java.lang.String name)\r
 780     {\r
 781         this._name = name;\r
 782     } //-- void setName(java.lang.String) \r
 783 \r
 784     /**\r
 785      * Sets the value of field 'outlineColour'.\r
 786      * \r
 787      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.\r
 788      */\r
 789     public void setOutlineColour(int outlineColour)\r
 790     {\r
 791         this._outlineColour = outlineColour;\r
 792         this._has_outlineColour = true;\r
 793     } //-- void setOutlineColour(int) \r
 794 \r
 795     /**\r
 796      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
 797      * \r
 798      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
 799      */\r
 800     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
 801     {\r
 802         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
 803         this._has_pidThreshold = true;\r
 804     } //-- void setPidThreshold(int) \r
 805 \r
 806     /**\r
 807      * Method setSeq\r
 808      * \r
 809      * \r
 810      * \r
 811      * @param index\r
 812      * @param vSeq\r
 813      */\r
 814     public void setSeq(int index, int vSeq)\r
 815         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 816     {\r
 817         //-- check bounds for index\r
 818         if ((index < 0) || (index > _seqList.size())) {\r
 819             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 820         }\r
 821         _seqList.setElementAt(new java.lang.Integer(vSeq), index);\r
 822     } //-- void setSeq(int, int) \r
 823 \r
 824     /**\r
 825      * Method setSeq\r
 826      * \r
 827      * \r
 828      * \r
 829      * @param seqArray\r
 830      */\r
 831     public void setSeq(int[] seqArray)\r
 832     {\r
 833         //-- copy array\r
 834         _seqList.removeAllElements();\r
 835         for (int i = 0; i < seqArray.length; i++) {\r
 836             _seqList.addElement(new java.lang.Integer(seqArray[i]));\r
 837         }\r
 838     } //-- void setSeq(int) \r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Sets the value of field 'start'.\r
 842      * \r
 843      * @param start the value of field 'start'.\r
 844      */\r
 845     public void setStart(int start)\r
 846     {\r
 847         this._start = start;\r
 848         this._has_start = true;\r
 849     } //-- void setStart(int) \r
 850 \r
 851     /**\r
 852      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
 853      * \r
 854      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
 855      */\r
 856     public void setTextCol1(int textCol1)\r
 857     {\r
 858         this._textCol1 = textCol1;\r
 859         this._has_textCol1 = true;\r
 860     } //-- void setTextCol1(int) \r
 861 \r
 862     /**\r
 863      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
 864      * \r
 865      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
 866      */\r
 867     public void setTextCol2(int textCol2)\r
 868     {\r
 869         this._textCol2 = textCol2;\r
 870         this._has_textCol2 = true;\r
 871     } //-- void setTextCol2(int) \r
 872 \r
 873     /**\r
 874      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
 875      * \r
 876      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
 877      */\r
 878     public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
 879     {\r
 880         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
 881         this._has_textColThreshold = true;\r
 882     } //-- void setTextColThreshold(int) \r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * Method unmarshal\r
 886      * \r
 887      * \r
 888      * \r
 889      * @param reader\r
 890      * @return Object\r
 891      */\r
 892     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 893         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 894     {\r
 895         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);\r
 896     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 897 \r
 898     /**\r
 899      * Method validate\r
 900      * \r
 901      */\r
 902     public void validate()\r
 903         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 904     {\r
 905         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 906         validator.validate(this);\r
 907     } //-- void validate() \r
 908 \r
 909 }\r