src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.
  17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19  ******************************************************************************/
  20 /*
  21  * This class was automatically generated with
  22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  23  * Schema.
  24  * $Id$
  25  */
  26
  27 package jalview.schemabinding.version2;
  28
  29 //---------------------------------/
  30 //- Imported classes and packages -/
  31 //---------------------------------/
  32
  33 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  34 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  35
  36 /**
  37  * Class JGroup.
  38  *
  39  * @version $Revision$ $Date$
  40  */
  41 public class JGroup implements java.io.Serializable
  42 {
  43
  44   // --------------------------/
  45   // - Class/Member Variables -/
  46   // --------------------------/
  47
  48   /**
  49    * Field _start.
  50    */
  51   private int _start;
  52
  53   /**
  54    * keeps track of state for field: _start
  55    */
  56   private boolean _has_start;
  57
  58   /**
  59    * Field _end.
  60    */
  61   private int _end;
  62
  63   /**
  64    * keeps track of state for field: _end
  65    */
  66   private boolean _has_end;
  67
  68   /**
  69    * Field _name.
  70    */
  71   private java.lang.String _name;
  72
  73   /**
  74    * Field _colour.
  75    */
  76   private java.lang.String _colour;
  77
  78   /**
  79    * Field _consThreshold.
  80    */
  81   private int _consThreshold;
  82
  83   /**
  84    * keeps track of state for field: _consThreshold
  85    */
  86   private boolean _has_consThreshold;
  87
  88   /**
  89    * Field _pidThreshold.
  90    */
  91   private int _pidThreshold;
  92
  93   /**
  94    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  95    */
  96   private boolean _has_pidThreshold;
  97
  98   /**
  99    * Field _outlineColour.
 100    */
 101   private int _outlineColour;
 102
 103   /**
 104    * keeps track of state for field: _outlineColour
 105    */
 106   private boolean _has_outlineColour;
 107
 108   /**
 109    * Field _displayBoxes.
 110    */
 111   private boolean _displayBoxes;
 112
 113   /**
 114    * keeps track of state for field: _displayBoxes
 115    */
 116   private boolean _has_displayBoxes;
 117
 118   /**
 119    * Field _displayText.
 120    */
 121   private boolean _displayText;
 122
 123   /**
 124    * keeps track of state for field: _displayText
 125    */
 126   private boolean _has_displayText;
 127
 128   /**
 129    * Field _colourText.
 130    */
 131   private boolean _colourText;
 132
 133   /**
 134    * keeps track of state for field: _colourText
 135    */
 136   private boolean _has_colourText;
 137
 138   /**
 139    * Field _textCol1.
 140    */
 141   private int _textCol1;
 142
 143   /**
 144    * keeps track of state for field: _textCol1
 145    */
 146   private boolean _has_textCol1;
 147
 148   /**
 149    * Field _textCol2.
 150    */
 151   private int _textCol2;
 152
 153   /**
 154    * keeps track of state for field: _textCol2
 155    */
 156   private boolean _has_textCol2;
 157
 158   /**
 159    * Field _textColThreshold.
 160    */
 161   private int _textColThreshold;
 162
 163   /**
 164    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 165    */
 166   private boolean _has_textColThreshold;
 167
 168   /**
 169    * Field _showUnconserved.
 170    */
 171   private boolean _showUnconserved;
 172
 173   /**
 174    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 175    */
 176   private boolean _has_showUnconserved;
 177
 178   /**
 179    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 180    */
 181   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 182
 183   /**
 184    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 185    */
 186   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 187
 188   /**
 189    * Field _showConsensusHistogram.
 190    */
 191   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 192
 193   /**
 194    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 195    */
 196   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 197
 198   /**
 199    * Field _showSequenceLogo.
 200    */
 201   private boolean _showSequenceLogo = false;
 202
 203   /**
 204    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 205    */
 206   private boolean _has_showSequenceLogo;
 207
 208   /**
 209    * Field _normaliseSequenceLogo.
 210    */
 211   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 212
 213   /**
 214    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 215    */
 216   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 217
 218   /**
 219    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 220    *
 221    */
 222   private java.lang.String _id;
 223
 224   /**
 225    * Field _seqList.
 226    */
 227   private java.util.Vector _seqList;
 228
 229   /**
 230    * Field _annotationColours.
 231    */
 232   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 233
 234   // ----------------/
 235   // - Constructors -/
 236   // ----------------/
 237
 238   public JGroup()
 239   {
 240     super();
 241     this._seqList = new java.util.Vector();
 242   }
 243
 244   // -----------/
 245   // - Methods -/
 246   // -----------/
 247
 248   /**
 249    *
 250    *
 251    * @param vSeq
 252    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 253    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 254    */
 255   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 256           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 257   {
 258     this._seqList.addElement(vSeq);
 259   }
 260
 261   /**
 262    *
 263    *
 264    * @param index
 265    * @param vSeq
 266    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 267    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 268    */
 269   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 270           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 271   {
 272     this._seqList.add(index, vSeq);
 273   }
 274
 275   /**
 276      */
 277   public void deleteColourText()
 278   {
 279     this._has_colourText = false;
 280   }
 281
 282   /**
 283      */
 284   public void deleteConsThreshold()
 285   {
 286     this._has_consThreshold = false;
 287   }
 288
 289   /**
 290      */
 291   public void deleteDisplayBoxes()
 292   {
 293     this._has_displayBoxes = false;
 294   }
 295
 296   /**
 297      */
 298   public void deleteDisplayText()
 299   {
 300     this._has_displayText = false;
 301   }
 302
 303   /**
 304      */
 305   public void deleteEnd()
 306   {
 307     this._has_end = false;
 308   }
 309
 310   /**
 311      */
 312   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 313   {
 314     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 315   }
 316
 317   /**
 318      */
 319   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 320   {
 321     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 322   }
 323
 324   /**
 325      */
 326   public void deleteOutlineColour()
 327   {
 328     this._has_outlineColour = false;
 329   }
 330
 331   /**
 332      */
 333   public void deletePidThreshold()
 334   {
 335     this._has_pidThreshold = false;
 336   }
 337
 338   /**
 339      */
 340   public void deleteShowConsensusHistogram()
 341   {
 342     this._has_showConsensusHistogram = false;
 343   }
 344
 345   /**
 346      */
 347   public void deleteShowSequenceLogo()
 348   {
 349     this._has_showSequenceLogo = false;
 350   }
 351
 352   /**
 353      */
 354   public void deleteShowUnconserved()
 355   {
 356     this._has_showUnconserved = false;
 357   }
 358
 359   /**
 360      */
 361   public void deleteStart()
 362   {
 363     this._has_start = false;
 364   }
 365
 366   /**
 367      */
 368   public void deleteTextCol1()
 369   {
 370     this._has_textCol1 = false;
 371   }
 372
 373   /**
 374      */
 375   public void deleteTextCol2()
 376   {
 377     this._has_textCol2 = false;
 378   }
 379
 380   /**
 381      */
 382   public void deleteTextColThreshold()
 383   {
 384     this._has_textColThreshold = false;
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Method enumerateSeq.
 389    *
 390    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 391    */
 392   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 393   {
 394     return this._seqList.elements();
 395   }
 396
 397   /**
 398    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 399    *
 400    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 401    */
 402   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 403   {
 404     return this._annotationColours;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Returns the value of field 'colour'.
 409    *
 410    * @return the value of field 'Colour'.
 411    */
 412   public java.lang.String getColour()
 413   {
 414     return this._colour;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Returns the value of field 'colourText'.
 419    *
 420    * @return the value of field 'ColourText'.
 421    */
 422   public boolean getColourText()
 423   {
 424     return this._colourText;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 429    *
 430    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 431    */
 432   public int getConsThreshold()
 433   {
 434     return this._consThreshold;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 439    *
 440    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 441    */
 442   public boolean getDisplayBoxes()
 443   {
 444     return this._displayBoxes;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Returns the value of field 'displayText'.
 449    *
 450    * @return the value of field 'DisplayText'.
 451    */
 452   public boolean getDisplayText()
 453   {
 454     return this._displayText;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Returns the value of field 'end'.
 459    *
 460    * @return the value of field 'End'.
 461    */
 462   public int getEnd()
 463   {
 464     return this._end;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 469    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 470    * alignment)
 471    *
 472    *
 473    * @return the value of field 'Id'.
 474    */
 475   public java.lang.String getId()
 476   {
 477     return this._id;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 482    *
 483    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 484    */
 485   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 486   {
 487     return this._ignoreGapsinConsensus;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Returns the value of field 'name'.
 492    *
 493    * @return the value of field 'Name'.
 494    */
 495   public java.lang.String getName()
 496   {
 497     return this._name;
 498   }
 499
 500   /**
 501    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 502    *
 503    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 504    */
 505   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 506   {
 507     return this._normaliseSequenceLogo;
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 512    *
 513    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 514    */
 515   public int getOutlineColour()
 516   {
 517     return this._outlineColour;
 518   }
 519
 520   /**
 521    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 522    *
 523    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 524    */
 525   public int getPidThreshold()
 526   {
 527     return this._pidThreshold;
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Method getSeq.
 532    *
 533    * @param index
 534    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 535    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 536    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 537    */
 538   public java.lang.String getSeq(final int index)
 539           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 540   {
 541     // check bounds for index
 542     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 543     {
 544       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 545               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 546     }
 547
 548     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 553    * <p>
 554    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 555    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 556    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 557    *
 558    * @return this collection as an Array
 559    */
 560   public java.lang.String[] getSeq()
 561   {
 562     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 563     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 564   }
 565
 566   /**
 567    * Method getSeqCount.
 568    *
 569    * @return the size of this collection
 570    */
 571   public int getSeqCount()
 572   {
 573     return this._seqList.size();
 574   }
 575
 576   /**
 577    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 578    *
 579    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 580    */
 581   public boolean getShowConsensusHistogram()
 582   {
 583     return this._showConsensusHistogram;
 584   }
 585
 586   /**
 587    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 588    *
 589    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 590    */
 591   public boolean getShowSequenceLogo()
 592   {
 593     return this._showSequenceLogo;
 594   }
 595
 596   /**
 597    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 598    *
 599    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 600    */
 601   public boolean getShowUnconserved()
 602   {
 603     return this._showUnconserved;
 604   }
 605
 606   /**
 607    * Returns the value of field 'start'.
 608    *
 609    * @return the value of field 'Start'.
 610    */
 611   public int getStart()
 612   {
 613     return this._start;
 614   }
 615
 616   /**
 617    * Returns the value of field 'textCol1'.
 618    *
 619    * @return the value of field 'TextCol1'.
 620    */
 621   public int getTextCol1()
 622   {
 623     return this._textCol1;
 624   }
 625
 626   /**
 627    * Returns the value of field 'textCol2'.
 628    *
 629    * @return the value of field 'TextCol2'.
 630    */
 631   public int getTextCol2()
 632   {
 633     return this._textCol2;
 634   }
 635
 636   /**
 637    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 638    *
 639    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 640    */
 641   public int getTextColThreshold()
 642   {
 643     return this._textColThreshold;
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Method hasColourText.
 648    *
 649    * @return true if at least one ColourText has been added
 650    */
 651   public boolean hasColourText()
 652   {
 653     return this._has_colourText;
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Method hasConsThreshold.
 658    *
 659    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 660    */
 661   public boolean hasConsThreshold()
 662   {
 663     return this._has_consThreshold;
 664   }
 665
 666   /**
 667    * Method hasDisplayBoxes.
 668    *
 669    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 670    */
 671   public boolean hasDisplayBoxes()
 672   {
 673     return this._has_displayBoxes;
 674   }
 675
 676   /**
 677    * Method hasDisplayText.
 678    *
 679    * @return true if at least one DisplayText has been added
 680    */
 681   public boolean hasDisplayText()
 682   {
 683     return this._has_displayText;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Method hasEnd.
 688    *
 689    * @return true if at least one End has been added
 690    */
 691   public boolean hasEnd()
 692   {
 693     return this._has_end;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 698    *
 699    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 700    */
 701   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 702   {
 703     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 708    *
 709    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 710    */
 711   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 712   {
 713     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * Method hasOutlineColour.
 718    *
 719    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 720    */
 721   public boolean hasOutlineColour()
 722   {
 723     return this._has_outlineColour;
 724   }
 725
 726   /**
 727    * Method hasPidThreshold.
 728    *
 729    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 730    */
 731   public boolean hasPidThreshold()
 732   {
 733     return this._has_pidThreshold;
 734   }
 735
 736   /**
 737    * Method hasShowConsensusHistogram.
 738    *
 739    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 740    */
 741   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 742   {
 743     return this._has_showConsensusHistogram;
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Method hasShowSequenceLogo.
 748    *
 749    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 750    */
 751   public boolean hasShowSequenceLogo()
 752   {
 753     return this._has_showSequenceLogo;
 754   }
 755
 756   /**
 757    * Method hasShowUnconserved.
 758    *
 759    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 760    */
 761   public boolean hasShowUnconserved()
 762   {
 763     return this._has_showUnconserved;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * Method hasStart.
 768    *
 769    * @return true if at least one Start has been added
 770    */
 771   public boolean hasStart()
 772   {
 773     return this._has_start;
 774   }
 775
 776   /**
 777    * Method hasTextCol1.
 778    *
 779    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 780    */
 781   public boolean hasTextCol1()
 782   {
 783     return this._has_textCol1;
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Method hasTextCol2.
 788    *
 789    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 790    */
 791   public boolean hasTextCol2()
 792   {
 793     return this._has_textCol2;
 794   }
 795
 796   /**
 797    * Method hasTextColThreshold.
 798    *
 799    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 800    */
 801   public boolean hasTextColThreshold()
 802   {
 803     return this._has_textColThreshold;
 804   }
 805
 806   /**
 807    * Returns the value of field 'colourText'.
 808    *
 809    * @return the value of field 'ColourText'.
 810    */
 811   public boolean isColourText()
 812   {
 813     return this._colourText;
 814   }
 815
 816   /**
 817    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 818    *
 819    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 820    */
 821   public boolean isDisplayBoxes()
 822   {
 823     return this._displayBoxes;
 824   }
 825
 826   /**
 827    * Returns the value of field 'displayText'.
 828    *
 829    * @return the value of field 'DisplayText'.
 830    */
 831   public boolean isDisplayText()
 832   {
 833     return this._displayText;
 834   }
 835
 836   /**
 837    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 838    *
 839    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 840    */
 841   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 842   {
 843     return this._ignoreGapsinConsensus;
 844   }
 845
 846   /**
 847    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 848    *
 849    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 850    */
 851   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 852   {
 853     return this._normaliseSequenceLogo;
 854   }
 855
 856   /**
 857    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 858    *
 859    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 860    */
 861   public boolean isShowConsensusHistogram()
 862   {
 863     return this._showConsensusHistogram;
 864   }
 865
 866   /**
 867    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 868    *
 869    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 870    */
 871   public boolean isShowSequenceLogo()
 872   {
 873     return this._showSequenceLogo;
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 878    *
 879    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 880    */
 881   public boolean isShowUnconserved()
 882   {
 883     return this._showUnconserved;
 884   }
 885
 886   /**
 887    * Method isValid.
 888    *
 889    * @return true if this object is valid according to the schema
 890    */
 891   public boolean isValid()
 892   {
 893     try
 894     {
 895       validate();
 896     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 897     {
 898       return false;
 899     }
 900     return true;
 901   }
 902
 903   /**
 904    *
 905    *
 906    * @param out
 907    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 908    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 909    *           marshaling
 910    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 911    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 912    */
 913   public void marshal(final java.io.Writer out)
 914           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 915           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 916   {
 917     Marshaller.marshal(this, out);
 918   }
 919
 920   /**
 921    *
 922    *
 923    * @param handler
 924    * @throws java.io.IOException
 925    *           if an IOException occurs during marshaling
 926    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 927    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 928    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 929    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 930    *           marshaling
 931    */
 932   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 933           throws java.io.IOException,
 934           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 935           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 936   {
 937     Marshaller.marshal(this, handler);
 938   }
 939
 940   /**
 941      */
 942   public void removeAllSeq()
 943   {
 944     this._seqList.clear();
 945   }
 946
 947   /**
 948    * Method removeSeq.
 949    *
 950    * @param vSeq
 951    * @return true if the object was removed from the collection.
 952    */
 953   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 954   {
 955     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 956     return removed;
 957   }
 958
 959   /**
 960    * Method removeSeqAt.
 961    *
 962    * @param index
 963    * @return the element removed from the collection
 964    */
 965   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 966   {
 967     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 968     return (java.lang.String) obj;
 969   }
 970
 971   /**
 972    * Sets the value of field 'annotationColours'.
 973    *
 974    * @param annotationColours
 975    *          the value of field 'annotationColours'.
 976    */
 977   public void setAnnotationColours(
 978           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
 979   {
 980     this._annotationColours = annotationColours;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Sets the value of field 'colour'.
 985    *
 986    * @param colour
 987    *          the value of field 'colour'.
 988    */
 989   public void setColour(final java.lang.String colour)
 990   {
 991     this._colour = colour;
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Sets the value of field 'colourText'.
 996    *
 997    * @param colourText
 998    *          the value of field 'colourText'.
 999    */
1000   public void setColourText(final boolean colourText)
1001   {
1002     this._colourText = colourText;
1003     this._has_colourText = true;
1004   }
1005
1006   /**
1007    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1008    *
1009    * @param consThreshold
1010    *          the value of field 'consThreshold'.
1011    */
1012   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1013   {
1014     this._consThreshold = consThreshold;
1015     this._has_consThreshold = true;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
1020    *
1021    * @param displayBoxes
1022    *          the value of field 'displayBoxes'.
1023    */
1024   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
1025   {
1026     this._displayBoxes = displayBoxes;
1027     this._has_displayBoxes = true;
1028   }
1029
1030   /**
1031    * Sets the value of field 'displayText'.
1032    *
1033    * @param displayText
1034    *          the value of field 'displayText'.
1035    */
1036   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1037   {
1038     this._displayText = displayText;
1039     this._has_displayText = true;
1040   }
1041
1042   /**
1043    * Sets the value of field 'end'.
1044    *
1045    * @param end
1046    *          the value of field 'end'.
1047    */
1048   public void setEnd(final int end)
1049   {
1050     this._end = end;
1051     this._has_end = true;
1052   }
1053
1054   /**
1055    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1056    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1057    *
1058    *
1059    * @param id
1060    *          the value of field 'id'.
1061    */
1062   public void setId(final java.lang.String id)
1063   {
1064     this._id = id;
1065   }
1066
1067   /**
1068    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1069    *
1070    * @param ignoreGapsinConsensus
1071    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1072    */
1073   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1074   {
1075     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1076     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1077   }
1078
1079   /**
1080    * Sets the value of field 'name'.
1081    *
1082    * @param name
1083    *          the value of field 'name'.
1084    */
1085   public void setName(final java.lang.String name)
1086   {
1087     this._name = name;
1088   }
1089
1090   /**
1091    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1092    *
1093    * @param normaliseSequenceLogo
1094    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1095    */
1096   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1097   {
1098     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1099     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1100   }
1101
1102   /**
1103    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1104    *
1105    * @param outlineColour
1106    *          the value of field 'outlineColour'.
1107    */
1108   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1109   {
1110     this._outlineColour = outlineColour;
1111     this._has_outlineColour = true;
1112   }
1113
1114   /**
1115    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1116    *
1117    * @param pidThreshold
1118    *          the value of field 'pidThreshold'.
1119    */
1120   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1121   {
1122     this._pidThreshold = pidThreshold;
1123     this._has_pidThreshold = true;
1124   }
1125
1126   /**
1127    *
1128    *
1129    * @param index
1130    * @param vSeq
1131    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1132    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1133    */
1134   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1135           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1136   {
1137     // check bounds for index
1138     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1139     {
1140       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1141               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1142     }
1143
1144     this._seqList.set(index, vSeq);
1145   }
1146
1147   /**
1148    *
1149    *
1150    * @param vSeqArray
1151    */
1152   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1153   {
1154     // -- copy array
1155     _seqList.clear();
1156
1157     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1158     {
1159       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1160     }
1161   }
1162
1163   /**
1164    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1165    *
1166    * @param showConsensusHistogram
1167    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1168    */
1169   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1170   {
1171     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1172     this._has_showConsensusHistogram = true;
1173   }
1174
1175   /**
1176    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1177    *
1178    * @param showSequenceLogo
1179    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1180    */
1181   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1182   {
1183     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1184     this._has_showSequenceLogo = true;
1185   }
1186
1187   /**
1188    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1189    *
1190    * @param showUnconserved
1191    *          the value of field 'showUnconserved'.
1192    */
1193   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1194   {
1195     this._showUnconserved = showUnconserved;
1196     this._has_showUnconserved = true;
1197   }
1198
1199   /**
1200    * Sets the value of field 'start'.
1201    *
1202    * @param start
1203    *          the value of field 'start'.
1204    */
1205   public void setStart(final int start)
1206   {
1207     this._start = start;
1208     this._has_start = true;
1209   }
1210
1211   /**
1212    * Sets the value of field 'textCol1'.
1213    *
1214    * @param textCol1
1215    *          the value of field 'textCol1'.
1216    */
1217   public void setTextCol1(final int textCol1)
1218   {
1219     this._textCol1 = textCol1;
1220     this._has_textCol1 = true;
1221   }
1222
1223   /**
1224    * Sets the value of field 'textCol2'.
1225    *
1226    * @param textCol2
1227    *          the value of field 'textCol2'.
1228    */
1229   public void setTextCol2(final int textCol2)
1230   {
1231     this._textCol2 = textCol2;
1232     this._has_textCol2 = true;
1233   }
1234
1235   /**
1236    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1237    *
1238    * @param textColThreshold
1239    *          the value of field 'textColThreshold'
1240    */
1241   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1242   {
1243     this._textColThreshold = textColThreshold;
1244     this._has_textColThreshold = true;
1245   }
1246
1247   /**
1248    * Method unmarshal.
1249    *
1250    * @param reader
1251    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1252    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1253    *           marshaling
1254    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1255    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1256    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1257    */
1258   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1259           final java.io.Reader reader)
1260           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1261           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1262   {
1263     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1264             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1265   }
1266
1267   /**
1268    *
1269    *
1270    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1271    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1272    */
1273   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1274   {
1275     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1276     validator.validate(this);
1277   }
1278
1279 }