src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _start.
  31      */
  32     private int _start;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _start
  36      */
  37     private boolean _has_start;
  38
  39     /**
  40      * Field _end.
  41      */
  42     private int _end;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _end
  46      */
  47     private boolean _has_end;
  48
  49     /**
  50      * Field _name.
  51      */
  52     private java.lang.String _name;
  53
  54     /**
  55      * Field _colour.
  56      */
  57     private java.lang.String _colour;
  58
  59     /**
  60      * Field _consThreshold.
  61      */
  62     private int _consThreshold;
  63
  64     /**
  65      * keeps track of state for field: _consThreshold
  66      */
  67     private boolean _has_consThreshold;
  68
  69     /**
  70      * Field _pidThreshold.
  71      */
  72     private int _pidThreshold;
  73
  74     /**
  75      * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76      */
  77     private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79     /**
  80      * Field _outlineColour.
  81      */
  82     private int _outlineColour;
  83
  84     /**
  85      * keeps track of state for field: _outlineColour
  86      */
  87     private boolean _has_outlineColour;
  88
  89     /**
  90      * Field _displayBoxes.
  91      */
  92     private boolean _displayBoxes;
  93
  94     /**
  95      * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96      */
  97     private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99     /**
 100      * Field _displayText.
 101      */
 102     private boolean _displayText;
 103
 104     /**
 105      * keeps track of state for field: _displayText
 106      */
 107     private boolean _has_displayText;
 108
 109     /**
 110      * Field _colourText.
 111      */
 112     private boolean _colourText;
 113
 114     /**
 115      * keeps track of state for field: _colourText
 116      */
 117     private boolean _has_colourText;
 118
 119     /**
 120      * Field _textCol1.
 121      */
 122     private int _textCol1;
 123
 124     /**
 125      * keeps track of state for field: _textCol1
 126      */
 127     private boolean _has_textCol1;
 128
 129     /**
 130      * Field _textCol2.
 131      */
 132     private int _textCol2;
 133
 134     /**
 135      * keeps track of state for field: _textCol2
 136      */
 137     private boolean _has_textCol2;
 138
 139     /**
 140      * Field _textColThreshold.
 141      */
 142     private int _textColThreshold;
 143
 144     /**
 145      * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146      */
 147     private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149     /**
 150      * Field _showUnconserved.
 151      */
 152     private boolean _showUnconserved;
 153
 154     /**
 155      * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156      */
 157     private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159     /**
 160      * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161      */
 162     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164     /**
 165      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166      */
 167     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169     /**
 170      * Field _showConsensusHistogram.
 171      */
 172     private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174     /**
 175      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176      */
 177     private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179     /**
 180      * Field _showSequenceLogo.
 181      */
 182     private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184     /**
 185      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186      */
 187     private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189     /**
 190      * Field _normaliseSequenceLogo.
 191      */
 192     private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 193
 194     /**
 195      * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 196      */
 197     private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 198
 199     /**
 200      * Optional sequence group ID (only
 201      *  needs to be unique for this
 202      *  alignment)
 203      *
 204      */
 205     private java.lang.String _id;
 206
 207     /**
 208      * Field _seqList.
 209      */
 210     private java.util.Vector _seqList;
 211
 212     /**
 213      * Field _annotationColours.
 214      */
 215     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 216
 217
 218       //----------------/
 219      //- Constructors -/
 220     //----------------/
 221
 222     public JGroup() {
 223         super();
 224         this._seqList = new java.util.Vector();
 225     }
 226
 227
 228       //-----------/
 229      //- Methods -/
 230     //-----------/
 231
 232     /**
 233      *
 234      *
 235      * @param vSeq
 236      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 237      * given is outside the bounds of the collection
 238      */
 239     public void addSeq(
 240             final java.lang.String vSeq)
 241     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 242         this._seqList.addElement(vSeq);
 243     }
 244
 245     /**
 246      *
 247      *
 248      * @param index
 249      * @param vSeq
 250      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 251      * given is outside the bounds of the collection
 252      */
 253     public void addSeq(
 254             final int index,
 255             final java.lang.String vSeq)
 256     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 257         this._seqList.add(index, vSeq);
 258     }
 259
 260     /**
 261      */
 262     public void deleteColourText(
 263     ) {
 264         this._has_colourText= false;
 265     }
 266
 267     /**
 268      */
 269     public void deleteConsThreshold(
 270     ) {
 271         this._has_consThreshold= false;
 272     }
 273
 274     /**
 275      */
 276     public void deleteDisplayBoxes(
 277     ) {
 278         this._has_displayBoxes= false;
 279     }
 280
 281     /**
 282      */
 283     public void deleteDisplayText(
 284     ) {
 285         this._has_displayText= false;
 286     }
 287
 288     /**
 289      */
 290     public void deleteEnd(
 291     ) {
 292         this._has_end= false;
 293     }
 294
 295     /**
 296      */
 297     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(
 298     ) {
 299         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;
 300     }
 301
 302     /**
 303      */
 304     public void deleteNormaliseSequenceLogo(
 305     ) {
 306         this._has_normaliseSequenceLogo= false;
 307     }
 308
 309     /**
 310      */
 311     public void deleteOutlineColour(
 312     ) {
 313         this._has_outlineColour= false;
 314     }
 315
 316     /**
 317      */
 318     public void deletePidThreshold(
 319     ) {
 320         this._has_pidThreshold= false;
 321     }
 322
 323     /**
 324      */
 325     public void deleteShowConsensusHistogram(
 326     ) {
 327         this._has_showConsensusHistogram= false;
 328     }
 329
 330     /**
 331      */
 332     public void deleteShowSequenceLogo(
 333     ) {
 334         this._has_showSequenceLogo= false;
 335     }
 336
 337     /**
 338      */
 339     public void deleteShowUnconserved(
 340     ) {
 341         this._has_showUnconserved= false;
 342     }
 343
 344     /**
 345      */
 346     public void deleteStart(
 347     ) {
 348         this._has_start= false;
 349     }
 350
 351     /**
 352      */
 353     public void deleteTextCol1(
 354     ) {
 355         this._has_textCol1= false;
 356     }
 357
 358     /**
 359      */
 360     public void deleteTextCol2(
 361     ) {
 362         this._has_textCol2= false;
 363     }
 364
 365     /**
 366      */
 367     public void deleteTextColThreshold(
 368     ) {
 369         this._has_textColThreshold= false;
 370     }
 371
 372     /**
 373      * Method enumerateSeq.
 374      *
 375      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 376      */
 377     public java.util.Enumeration enumerateSeq(
 378     ) {
 379         return this._seqList.elements();
 380     }
 381
 382     /**
 383      * Returns the value of field 'annotationColours'.
 384      *
 385      * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 386      */
 387     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(
 388     ) {
 389         return this._annotationColours;
 390     }
 391
 392     /**
 393      * Returns the value of field 'colour'.
 394      *
 395      * @return the value of field 'Colour'.
 396      */
 397     public java.lang.String getColour(
 398     ) {
 399         return this._colour;
 400     }
 401
 402     /**
 403      * Returns the value of field 'colourText'.
 404      *
 405      * @return the value of field 'ColourText'.
 406      */
 407     public boolean getColourText(
 408     ) {
 409         return this._colourText;
 410     }
 411
 412     /**
 413      * Returns the value of field 'consThreshold'.
 414      *
 415      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 416      */
 417     public int getConsThreshold(
 418     ) {
 419         return this._consThreshold;
 420     }
 421
 422     /**
 423      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 424      *
 425      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 426      */
 427     public boolean getDisplayBoxes(
 428     ) {
 429         return this._displayBoxes;
 430     }
 431
 432     /**
 433      * Returns the value of field 'displayText'.
 434      *
 435      * @return the value of field 'DisplayText'.
 436      */
 437     public boolean getDisplayText(
 438     ) {
 439         return this._displayText;
 440     }
 441
 442     /**
 443      * Returns the value of field 'end'.
 444      *
 445      * @return the value of field 'End'.
 446      */
 447     public int getEnd(
 448     ) {
 449         return this._end;
 450     }
 451
 452     /**
 453      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 454      * following description: Optional sequence group ID (only
 455      *  needs to be unique for this
 456      *  alignment)
 457      *
 458      *
 459      * @return the value of field 'Id'.
 460      */
 461     public java.lang.String getId(
 462     ) {
 463         return this._id;
 464     }
 465
 466     /**
 467      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 468      *
 469      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 470      */
 471     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(
 472     ) {
 473         return this._ignoreGapsinConsensus;
 474     }
 475
 476     /**
 477      * Returns the value of field 'name'.
 478      *
 479      * @return the value of field 'Name'.
 480      */
 481     public java.lang.String getName(
 482     ) {
 483         return this._name;
 484     }
 485
 486     /**
 487      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 488      *
 489      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 490      */
 491     public boolean getNormaliseSequenceLogo(
 492     ) {
 493         return this._normaliseSequenceLogo;
 494     }
 495
 496     /**
 497      * Returns the value of field 'outlineColour'.
 498      *
 499      * @return the value of field 'OutlineColour'.
 500      */
 501     public int getOutlineColour(
 502     ) {
 503         return this._outlineColour;
 504     }
 505
 506     /**
 507      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 508      *
 509      * @return the value of field 'PidThreshold'.
 510      */
 511     public int getPidThreshold(
 512     ) {
 513         return this._pidThreshold;
 514     }
 515
 516     /**
 517      * Method getSeq.
 518      *
 519      * @param index
 520      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 521      * given is outside the bounds of the collection
 522      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 523      */
 524     public java.lang.String getSeq(
 525             final int index)
 526     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 527         // check bounds for index
 528         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
 529             throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 530         }
 531
 532         return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 533     }
 534
 535     /**
 536      * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an
 537      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 538      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 539      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 540      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 541      *
 542      * @return this collection as an Array
 543      */
 544     public java.lang.String[] getSeq(
 545     ) {
 546         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 547         return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 548     }
 549
 550     /**
 551      * Method getSeqCount.
 552      *
 553      * @return the size of this collection
 554      */
 555     public int getSeqCount(
 556     ) {
 557         return this._seqList.size();
 558     }
 559
 560     /**
 561      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 562      *
 563      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 564      */
 565     public boolean getShowConsensusHistogram(
 566     ) {
 567         return this._showConsensusHistogram;
 568     }
 569
 570     /**
 571      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 572      *
 573      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 574      */
 575     public boolean getShowSequenceLogo(
 576     ) {
 577         return this._showSequenceLogo;
 578     }
 579
 580     /**
 581      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 582      *
 583      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 584      */
 585     public boolean getShowUnconserved(
 586     ) {
 587         return this._showUnconserved;
 588     }
 589
 590     /**
 591      * Returns the value of field 'start'.
 592      *
 593      * @return the value of field 'Start'.
 594      */
 595     public int getStart(
 596     ) {
 597         return this._start;
 598     }
 599
 600     /**
 601      * Returns the value of field 'textCol1'.
 602      *
 603      * @return the value of field 'TextCol1'.
 604      */
 605     public int getTextCol1(
 606     ) {
 607         return this._textCol1;
 608     }
 609
 610     /**
 611      * Returns the value of field 'textCol2'.
 612      *
 613      * @return the value of field 'TextCol2'.
 614      */
 615     public int getTextCol2(
 616     ) {
 617         return this._textCol2;
 618     }
 619
 620     /**
 621      * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 622      *
 623      * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 624      */
 625     public int getTextColThreshold(
 626     ) {
 627         return this._textColThreshold;
 628     }
 629
 630     /**
 631      * Method hasColourText.
 632      *
 633      * @return true if at least one ColourText has been added
 634      */
 635     public boolean hasColourText(
 636     ) {
 637         return this._has_colourText;
 638     }
 639
 640     /**
 641      * Method hasConsThreshold.
 642      *
 643      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 644      */
 645     public boolean hasConsThreshold(
 646     ) {
 647         return this._has_consThreshold;
 648     }
 649
 650     /**
 651      * Method hasDisplayBoxes.
 652      *
 653      * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 654      */
 655     public boolean hasDisplayBoxes(
 656     ) {
 657         return this._has_displayBoxes;
 658     }
 659
 660     /**
 661      * Method hasDisplayText.
 662      *
 663      * @return true if at least one DisplayText has been added
 664      */
 665     public boolean hasDisplayText(
 666     ) {
 667         return this._has_displayText;
 668     }
 669
 670     /**
 671      * Method hasEnd.
 672      *
 673      * @return true if at least one End has been added
 674      */
 675     public boolean hasEnd(
 676     ) {
 677         return this._has_end;
 678     }
 679
 680     /**
 681      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 682      *
 683      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been
 684      * added
 685      */
 686     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(
 687     ) {
 688         return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 689     }
 690
 691     /**
 692      * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 693      *
 694      * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been
 695      * added
 696      */
 697     public boolean hasNormaliseSequenceLogo(
 698     ) {
 699         return this._has_normaliseSequenceLogo;
 700     }
 701
 702     /**
 703      * Method hasOutlineColour.
 704      *
 705      * @return true if at least one OutlineColour has been added
 706      */
 707     public boolean hasOutlineColour(
 708     ) {
 709         return this._has_outlineColour;
 710     }
 711
 712     /**
 713      * Method hasPidThreshold.
 714      *
 715      * @return true if at least one PidThreshold has been added
 716      */
 717     public boolean hasPidThreshold(
 718     ) {
 719         return this._has_pidThreshold;
 720     }
 721
 722     /**
 723      * Method hasShowConsensusHistogram.
 724      *
 725      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been
 726      * added
 727      */
 728     public boolean hasShowConsensusHistogram(
 729     ) {
 730         return this._has_showConsensusHistogram;
 731     }
 732
 733     /**
 734      * Method hasShowSequenceLogo.
 735      *
 736      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 737      */
 738     public boolean hasShowSequenceLogo(
 739     ) {
 740         return this._has_showSequenceLogo;
 741     }
 742
 743     /**
 744      * Method hasShowUnconserved.
 745      *
 746      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 747      */
 748     public boolean hasShowUnconserved(
 749     ) {
 750         return this._has_showUnconserved;
 751     }
 752
 753     /**
 754      * Method hasStart.
 755      *
 756      * @return true if at least one Start has been added
 757      */
 758     public boolean hasStart(
 759     ) {
 760         return this._has_start;
 761     }
 762
 763     /**
 764      * Method hasTextCol1.
 765      *
 766      * @return true if at least one TextCol1 has been added
 767      */
 768     public boolean hasTextCol1(
 769     ) {
 770         return this._has_textCol1;
 771     }
 772
 773     /**
 774      * Method hasTextCol2.
 775      *
 776      * @return true if at least one TextCol2 has been added
 777      */
 778     public boolean hasTextCol2(
 779     ) {
 780         return this._has_textCol2;
 781     }
 782
 783     /**
 784      * Method hasTextColThreshold.
 785      *
 786      * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 787      */
 788     public boolean hasTextColThreshold(
 789     ) {
 790         return this._has_textColThreshold;
 791     }
 792
 793     /**
 794      * Returns the value of field 'colourText'.
 795      *
 796      * @return the value of field 'ColourText'.
 797      */
 798     public boolean isColourText(
 799     ) {
 800         return this._colourText;
 801     }
 802
 803     /**
 804      * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 805      *
 806      * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 807      */
 808     public boolean isDisplayBoxes(
 809     ) {
 810         return this._displayBoxes;
 811     }
 812
 813     /**
 814      * Returns the value of field 'displayText'.
 815      *
 816      * @return the value of field 'DisplayText'.
 817      */
 818     public boolean isDisplayText(
 819     ) {
 820         return this._displayText;
 821     }
 822
 823     /**
 824      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 825      *
 826      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 827      */
 828     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(
 829     ) {
 830         return this._ignoreGapsinConsensus;
 831     }
 832
 833     /**
 834      * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 835      *
 836      * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 837      */
 838     public boolean isNormaliseSequenceLogo(
 839     ) {
 840         return this._normaliseSequenceLogo;
 841     }
 842
 843     /**
 844      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 845      *
 846      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 847      */
 848     public boolean isShowConsensusHistogram(
 849     ) {
 850         return this._showConsensusHistogram;
 851     }
 852
 853     /**
 854      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 855      *
 856      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 857      */
 858     public boolean isShowSequenceLogo(
 859     ) {
 860         return this._showSequenceLogo;
 861     }
 862
 863     /**
 864      * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 865      *
 866      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 867      */
 868     public boolean isShowUnconserved(
 869     ) {
 870         return this._showUnconserved;
 871     }
 872
 873     /**
 874      * Method isValid.
 875      *
 876      * @return true if this object is valid according to the schema
 877      */
 878     public boolean isValid(
 879     ) {
 880         try {
 881             validate();
 882         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 883             return false;
 884         }
 885         return true;
 886     }
 887
 888     /**
 889      *
 890      *
 891      * @param out
 892      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 893      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 894      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 895      * object is an invalid instance according to the schema
 896      */
 897     public void marshal(
 898             final java.io.Writer out)
 899     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 900         Marshaller.marshal(this, out);
 901     }
 902
 903     /**
 904      *
 905      *
 906      * @param handler
 907      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 908      * marshaling
 909      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 910      * object is an invalid instance according to the schema
 911      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 912      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 913      */
 914     public void marshal(
 915             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 916     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 917         Marshaller.marshal(this, handler);
 918     }
 919
 920     /**
 921      */
 922     public void removeAllSeq(
 923     ) {
 924         this._seqList.clear();
 925     }
 926
 927     /**
 928      * Method removeSeq.
 929      *
 930      * @param vSeq
 931      * @return true if the object was removed from the collection.
 932      */
 933     public boolean removeSeq(
 934             final java.lang.String vSeq) {
 935         boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 936         return removed;
 937     }
 938
 939     /**
 940      * Method removeSeqAt.
 941      *
 942      * @param index
 943      * @return the element removed from the collection
 944      */
 945     public java.lang.String removeSeqAt(
 946             final int index) {
 947         java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 948         return (java.lang.String) obj;
 949     }
 950
 951     /**
 952      * Sets the value of field 'annotationColours'.
 953      *
 954      * @param annotationColours the value of field
 955      * 'annotationColours'.
 956      */
 957     public void setAnnotationColours(
 958             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {
 959         this._annotationColours = annotationColours;
 960     }
 961
 962     /**
 963      * Sets the value of field 'colour'.
 964      *
 965      * @param colour the value of field 'colour'.
 966      */
 967     public void setColour(
 968             final java.lang.String colour) {
 969         this._colour = colour;
 970     }
 971
 972     /**
 973      * Sets the value of field 'colourText'.
 974      *
 975      * @param colourText the value of field 'colourText'.
 976      */
 977     public void setColourText(
 978             final boolean colourText) {
 979         this._colourText = colourText;
 980         this._has_colourText = true;
 981     }
 982
 983     /**
 984      * Sets the value of field 'consThreshold'.
 985      *
 986      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
 987      */
 988     public void setConsThreshold(
 989             final int consThreshold) {
 990         this._consThreshold = consThreshold;
 991         this._has_consThreshold = true;
 992     }
 993
 994     /**
 995      * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 996      *
 997      * @param displayBoxes the value of field 'displayBoxes'.
 998      */
 999     public void setDisplayBoxes(
1000             final boolean displayBoxes) {
1001         this._displayBoxes = displayBoxes;
1002         this._has_displayBoxes = true;
1003     }
1004
1005     /**
1006      * Sets the value of field 'displayText'.
1007      *
1008      * @param displayText the value of field 'displayText'.
1009      */
1010     public void setDisplayText(
1011             final boolean displayText) {
1012         this._displayText = displayText;
1013         this._has_displayText = true;
1014     }
1015
1016     /**
1017      * Sets the value of field 'end'.
1018      *
1019      * @param end the value of field 'end'.
1020      */
1021     public void setEnd(
1022             final int end) {
1023         this._end = end;
1024         this._has_end = true;
1025     }
1026
1027     /**
1028      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
1029      * following description: Optional sequence group ID (only
1030      *  needs to be unique for this
1031      *  alignment)
1032      *
1033      *
1034      * @param id the value of field 'id'.
1035      */
1036     public void setId(
1037             final java.lang.String id) {
1038         this._id = id;
1039     }
1040
1041     /**
1042      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1043      *
1044      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field
1045      * 'ignoreGapsinConsensus'.
1046      */
1047     public void setIgnoreGapsinConsensus(
1048             final boolean ignoreGapsinConsensus) {
1049         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1050         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1051     }
1052
1053     /**
1054      * Sets the value of field 'name'.
1055      *
1056      * @param name the value of field 'name'.
1057      */
1058     public void setName(
1059             final java.lang.String name) {
1060         this._name = name;
1061     }
1062
1063     /**
1064      * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1065      *
1066      * @param normaliseSequenceLogo the value of field
1067      * 'normaliseSequenceLogo'.
1068      */
1069     public void setNormaliseSequenceLogo(
1070             final boolean normaliseSequenceLogo) {
1071         this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1072         this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1073     }
1074
1075     /**
1076      * Sets the value of field 'outlineColour'.
1077      *
1078      * @param outlineColour the value of field 'outlineColour'.
1079      */
1080     public void setOutlineColour(
1081             final int outlineColour) {
1082         this._outlineColour = outlineColour;
1083         this._has_outlineColour = true;
1084     }
1085
1086     /**
1087      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1088      *
1089      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1090      */
1091     public void setPidThreshold(
1092             final int pidThreshold) {
1093         this._pidThreshold = pidThreshold;
1094         this._has_pidThreshold = true;
1095     }
1096
1097     /**
1098      *
1099      *
1100      * @param index
1101      * @param vSeq
1102      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
1103      * given is outside the bounds of the collection
1104      */
1105     public void setSeq(
1106             final int index,
1107             final java.lang.String vSeq)
1108     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
1109         // check bounds for index
1110         if (index < 0 || index >= this._seqList.size()) {
1111             throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1112         }
1113
1114         this._seqList.set(index, vSeq);
1115     }
1116
1117     /**
1118      *
1119      *
1120      * @param vSeqArray
1121      */
1122     public void setSeq(
1123             final java.lang.String[] vSeqArray) {
1124         //-- copy array
1125         _seqList.clear();
1126
1127         for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++) {
1128                 this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1129         }
1130     }
1131
1132     /**
1133      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1134      *
1135      * @param showConsensusHistogram the value of field
1136      * 'showConsensusHistogram'.
1137      */
1138     public void setShowConsensusHistogram(
1139             final boolean showConsensusHistogram) {
1140         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1141         this._has_showConsensusHistogram = true;
1142     }
1143
1144     /**
1145      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1146      *
1147      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'
1148      */
1149     public void setShowSequenceLogo(
1150             final boolean showSequenceLogo) {
1151         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1152         this._has_showSequenceLogo = true;
1153     }
1154
1155     /**
1156      * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1157      *
1158      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.
1159      */
1160     public void setShowUnconserved(
1161             final boolean showUnconserved) {
1162         this._showUnconserved = showUnconserved;
1163         this._has_showUnconserved = true;
1164     }
1165
1166     /**
1167      * Sets the value of field 'start'.
1168      *
1169      * @param start the value of field 'start'.
1170      */
1171     public void setStart(
1172             final int start) {
1173         this._start = start;
1174         this._has_start = true;
1175     }
1176
1177     /**
1178      * Sets the value of field 'textCol1'.
1179      *
1180      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.
1181      */
1182     public void setTextCol1(
1183             final int textCol1) {
1184         this._textCol1 = textCol1;
1185         this._has_textCol1 = true;
1186     }
1187
1188     /**
1189      * Sets the value of field 'textCol2'.
1190      *
1191      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.
1192      */
1193     public void setTextCol2(
1194             final int textCol2) {
1195         this._textCol2 = textCol2;
1196         this._has_textCol2 = true;
1197     }
1198
1199     /**
1200      * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1201      *
1202      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'
1203      */
1204     public void setTextColThreshold(
1205             final int textColThreshold) {
1206         this._textColThreshold = textColThreshold;
1207         this._has_textColThreshold = true;
1208     }
1209
1210     /**
1211      * Method unmarshal.
1212      *
1213      * @param reader
1214      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1215      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1216      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1217      * object is an invalid instance according to the schema
1218      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1219      */
1220     public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1221             final java.io.Reader reader)
1222     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1223         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1224     }
1225
1226     /**
1227      *
1228      *
1229      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1230      * object is an invalid instance according to the schema
1231      */
1232     public void validate(
1233     )
1234     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1235         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1236         validator.validate(this);
1237     }
1238
1239 }