JAL-2844 line drawing at mouse click added on top of Aptx
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / JGroup.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.schemabinding.version2;
9
10 //---------------------------------/
11 //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
16
17 /**
18  * Class JGroup.
19  * 
20  * @version $Revision$ $Date$
21  */
22 public class JGroup implements java.io.Serializable
23 {
24
25   // --------------------------/
26   // - Class/Member Variables -/
27   // --------------------------/
28
29   /**
30    * Field _start.
31    */
32   private int _start;
33
34   /**
35    * keeps track of state for field: _start
36    */
37   private boolean _has_start;
38
39   /**
40    * Field _end.
41    */
42   private int _end;
43
44   /**
45    * keeps track of state for field: _end
46    */
47   private boolean _has_end;
48
49   /**
50    * Field _name.
51    */
52   private java.lang.String _name;
53
54   /**
55    * Field _colour.
56    */
57   private java.lang.String _colour;
58
59   /**
60    * Field _consThreshold.
61    */
62   private int _consThreshold;
63
64   /**
65    * keeps track of state for field: _consThreshold
66    */
67   private boolean _has_consThreshold;
68
69   /**
70    * Field _pidThreshold.
71    */
72   private int _pidThreshold;
73
74   /**
75    * keeps track of state for field: _pidThreshold
76    */
77   private boolean _has_pidThreshold;
78
79   /**
80    * Field _outlineColour.
81    */
82   private int _outlineColour;
83
84   /**
85    * keeps track of state for field: _outlineColour
86    */
87   private boolean _has_outlineColour;
88
89   /**
90    * Field _displayBoxes.
91    */
92   private boolean _displayBoxes;
93
94   /**
95    * keeps track of state for field: _displayBoxes
96    */
97   private boolean _has_displayBoxes;
98
99   /**
100    * Field _displayText.
101    */
102   private boolean _displayText;
103
104   /**
105    * keeps track of state for field: _displayText
106    */
107   private boolean _has_displayText;
108
109   /**
110    * Field _colourText.
111    */
112   private boolean _colourText;
113
114   /**
115    * keeps track of state for field: _colourText
116    */
117   private boolean _has_colourText;
118
119   /**
120    * Field _textCol1.
121    */
122   private int _textCol1;
123
124   /**
125    * keeps track of state for field: _textCol1
126    */
127   private boolean _has_textCol1;
128
129   /**
130    * Field _textCol2.
131    */
132   private int _textCol2;
133
134   /**
135    * keeps track of state for field: _textCol2
136    */
137   private boolean _has_textCol2;
138
139   /**
140    * Field _textColThreshold.
141    */
142   private int _textColThreshold;
143
144   /**
145    * keeps track of state for field: _textColThreshold
146    */
147   private boolean _has_textColThreshold;
148
149   /**
150    * Field _showUnconserved.
151    */
152   private boolean _showUnconserved;
153
154   /**
155    * keeps track of state for field: _showUnconserved
156    */
157   private boolean _has_showUnconserved;
158
159   /**
160    * Field _ignoreGapsinConsensus.
161    */
162   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
163
164   /**
165    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
166    */
167   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
168
169   /**
170    * Field _showConsensusHistogram.
171    */
172   private boolean _showConsensusHistogram = true;
173
174   /**
175    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
176    */
177   private boolean _has_showConsensusHistogram;
178
179   /**
180    * Field _showSequenceLogo.
181    */
182   private boolean _showSequenceLogo = false;
183
184   /**
185    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
186    */
187   private boolean _has_showSequenceLogo;
188
189   /**
190    * Field _normaliseSequenceLogo.
191    */
192   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
193
194   /**
195    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
196    */
197   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
198
199   /**
200    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
201    * 
202    */
203   private java.lang.String _id;
204
205   /**
206    * Field _seqList.
207    */
208   private java.util.Vector _seqList;
209
210   /**
211    * Field _annotationColours.
212    */
213   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
214
215   // ----------------/
216   // - Constructors -/
217   // ----------------/
218
219   public JGroup()
220   {
221     super();
222     this._seqList = new java.util.Vector();
223   }
224
225   // -----------/
226   // - Methods -/
227   // -----------/
228
229   /**
230    * 
231    * 
232    * @param vSeq
233    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
234    *           if the index given is outside the bounds of the collection
235    */
236   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
237           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
238   {
239     this._seqList.addElement(vSeq);
240   }
241
242   /**
243    * 
244    * 
245    * @param index
246    * @param vSeq
247    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
248    *           if the index given is outside the bounds of the collection
249    */
250   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
251           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
252   {
253     this._seqList.add(index, vSeq);
254   }
255
256   /**
257      */
258   public void deleteColourText()
259   {
260     this._has_colourText = false;
261   }
262
263   /**
264      */
265   public void deleteConsThreshold()
266   {
267     this._has_consThreshold = false;
268   }
269
270   /**
271      */
272   public void deleteDisplayBoxes()
273   {
274     this._has_displayBoxes = false;
275   }
276
277   /**
278      */
279   public void deleteDisplayText()
280   {
281     this._has_displayText = false;
282   }
283
284   /**
285      */
286   public void deleteEnd()
287   {
288     this._has_end = false;
289   }
290
291   /**
292      */
293   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
294   {
295     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
296   }
297
298   /**
299      */
300   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
301   {
302     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
303   }
304
305   /**
306      */
307   public void deleteOutlineColour()
308   {
309     this._has_outlineColour = false;
310   }
311
312   /**
313      */
314   public void deletePidThreshold()
315   {
316     this._has_pidThreshold = false;
317   }
318
319   /**
320      */
321   public void deleteShowConsensusHistogram()
322   {
323     this._has_showConsensusHistogram = false;
324   }
325
326   /**
327      */
328   public void deleteShowSequenceLogo()
329   {
330     this._has_showSequenceLogo = false;
331   }
332
333   /**
334      */
335   public void deleteShowUnconserved()
336   {
337     this._has_showUnconserved = false;
338   }
339
340   /**
341      */
342   public void deleteStart()
343   {
344     this._has_start = false;
345   }
346
347   /**
348      */
349   public void deleteTextCol1()
350   {
351     this._has_textCol1 = false;
352   }
353
354   /**
355      */
356   public void deleteTextCol2()
357   {
358     this._has_textCol2 = false;
359   }
360
361   /**
362      */
363   public void deleteTextColThreshold()
364   {
365     this._has_textColThreshold = false;
366   }
367
368   /**
369    * Method enumerateSeq.
370    * 
371    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
372    */
373   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
374   {
375     return this._seqList.elements();
376   }
377
378   /**
379    * Returns the value of field 'annotationColours'.
380    * 
381    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
382    */
383   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
384   {
385     return this._annotationColours;
386   }
387
388   /**
389    * Returns the value of field 'colour'.
390    * 
391    * @return the value of field 'Colour'.
392    */
393   public java.lang.String getColour()
394   {
395     return this._colour;
396   }
397
398   /**
399    * Returns the value of field 'colourText'.
400    * 
401    * @return the value of field 'ColourText'.
402    */
403   public boolean getColourText()
404   {
405     return this._colourText;
406   }
407
408   /**
409    * Returns the value of field 'consThreshold'.
410    * 
411    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
412    */
413   public int getConsThreshold()
414   {
415     return this._consThreshold;
416   }
417
418   /**
419    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
420    * 
421    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
422    */
423   public boolean getDisplayBoxes()
424   {
425     return this._displayBoxes;
426   }
427
428   /**
429    * Returns the value of field 'displayText'.
430    * 
431    * @return the value of field 'DisplayText'.
432    */
433   public boolean getDisplayText()
434   {
435     return this._displayText;
436   }
437
438   /**
439    * Returns the value of field 'end'.
440    * 
441    * @return the value of field 'End'.
442    */
443   public int getEnd()
444   {
445     return this._end;
446   }
447
448   /**
449    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
450    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
451    * alignment)
452    * 
453    * 
454    * @return the value of field 'Id'.
455    */
456   public java.lang.String getId()
457   {
458     return this._id;
459   }
460
461   /**
462    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
463    * 
464    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
465    */
466   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
467   {
468     return this._ignoreGapsinConsensus;
469   }
470
471   /**
472    * Returns the value of field 'name'.
473    * 
474    * @return the value of field 'Name'.
475    */
476   public java.lang.String getName()
477   {
478     return this._name;
479   }
480
481   /**
482    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
483    * 
484    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
485    */
486   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
487   {
488     return this._normaliseSequenceLogo;
489   }
490
491   /**
492    * Returns the value of field 'outlineColour'.
493    * 
494    * @return the value of field 'OutlineColour'.
495    */
496   public int getOutlineColour()
497   {
498     return this._outlineColour;
499   }
500
501   /**
502    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
503    * 
504    * @return the value of field 'PidThreshold'.
505    */
506   public int getPidThreshold()
507   {
508     return this._pidThreshold;
509   }
510
511   /**
512    * Method getSeq.
513    * 
514    * @param index
515    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
516    *           if the index given is outside the bounds of the collection
517    * @return the value of the java.lang.String at the given index
518    */
519   public java.lang.String getSeq(final int index)
520           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
521   {
522     // check bounds for index
523     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
524     {
525       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
526               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
527     }
528
529     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
530   }
531
532   /**
533    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
534    * <p>
535    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
536    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
537    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
538    * 
539    * @return this collection as an Array
540    */
541   public java.lang.String[] getSeq()
542   {
543     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
544     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
545   }
546
547   /**
548    * Method getSeqCount.
549    * 
550    * @return the size of this collection
551    */
552   public int getSeqCount()
553   {
554     return this._seqList.size();
555   }
556
557   /**
558    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
559    * 
560    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
561    */
562   public boolean getShowConsensusHistogram()
563   {
564     return this._showConsensusHistogram;
565   }
566
567   /**
568    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
569    * 
570    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
571    */
572   public boolean getShowSequenceLogo()
573   {
574     return this._showSequenceLogo;
575   }
576
577   /**
578    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
579    * 
580    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
581    */
582   public boolean getShowUnconserved()
583   {
584     return this._showUnconserved;
585   }
586
587   /**
588    * Returns the value of field 'start'.
589    * 
590    * @return the value of field 'Start'.
591    */
592   public int getStart()
593   {
594     return this._start;
595   }
596
597   /**
598    * Returns the value of field 'textCol1'.
599    * 
600    * @return the value of field 'TextCol1'.
601    */
602   public int getTextCol1()
603   {
604     return this._textCol1;
605   }
606
607   /**
608    * Returns the value of field 'textCol2'.
609    * 
610    * @return the value of field 'TextCol2'.
611    */
612   public int getTextCol2()
613   {
614     return this._textCol2;
615   }
616
617   /**
618    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
619    * 
620    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
621    */
622   public int getTextColThreshold()
623   {
624     return this._textColThreshold;
625   }
626
627   /**
628    * Method hasColourText.
629    * 
630    * @return true if at least one ColourText has been added
631    */
632   public boolean hasColourText()
633   {
634     return this._has_colourText;
635   }
636
637   /**
638    * Method hasConsThreshold.
639    * 
640    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
641    */
642   public boolean hasConsThreshold()
643   {
644     return this._has_consThreshold;
645   }
646
647   /**
648    * Method hasDisplayBoxes.
649    * 
650    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
651    */
652   public boolean hasDisplayBoxes()
653   {
654     return this._has_displayBoxes;
655   }
656
657   /**
658    * Method hasDisplayText.
659    * 
660    * @return true if at least one DisplayText has been added
661    */
662   public boolean hasDisplayText()
663   {
664     return this._has_displayText;
665   }
666
667   /**
668    * Method hasEnd.
669    * 
670    * @return true if at least one End has been added
671    */
672   public boolean hasEnd()
673   {
674     return this._has_end;
675   }
676
677   /**
678    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
679    * 
680    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
681    */
682   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
683   {
684     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
685   }
686
687   /**
688    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
689    * 
690    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
691    */
692   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
693   {
694     return this._has_normaliseSequenceLogo;
695   }
696
697   /**
698    * Method hasOutlineColour.
699    * 
700    * @return true if at least one OutlineColour has been added
701    */
702   public boolean hasOutlineColour()
703   {
704     return this._has_outlineColour;
705   }
706
707   /**
708    * Method hasPidThreshold.
709    * 
710    * @return true if at least one PidThreshold has been added
711    */
712   public boolean hasPidThreshold()
713   {
714     return this._has_pidThreshold;
715   }
716
717   /**
718    * Method hasShowConsensusHistogram.
719    * 
720    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
721    */
722   public boolean hasShowConsensusHistogram()
723   {
724     return this._has_showConsensusHistogram;
725   }
726
727   /**
728    * Method hasShowSequenceLogo.
729    * 
730    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
731    */
732   public boolean hasShowSequenceLogo()
733   {
734     return this._has_showSequenceLogo;
735   }
736
737   /**
738    * Method hasShowUnconserved.
739    * 
740    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
741    */
742   public boolean hasShowUnconserved()
743   {
744     return this._has_showUnconserved;
745   }
746
747   /**
748    * Method hasStart.
749    * 
750    * @return true if at least one Start has been added
751    */
752   public boolean hasStart()
753   {
754     return this._has_start;
755   }
756
757   /**
758    * Method hasTextCol1.
759    * 
760    * @return true if at least one TextCol1 has been added
761    */
762   public boolean hasTextCol1()
763   {
764     return this._has_textCol1;
765   }
766
767   /**
768    * Method hasTextCol2.
769    * 
770    * @return true if at least one TextCol2 has been added
771    */
772   public boolean hasTextCol2()
773   {
774     return this._has_textCol2;
775   }
776
777   /**
778    * Method hasTextColThreshold.
779    * 
780    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
781    */
782   public boolean hasTextColThreshold()
783   {
784     return this._has_textColThreshold;
785   }
786
787   /**
788    * Returns the value of field 'colourText'.
789    * 
790    * @return the value of field 'ColourText'.
791    */
792   public boolean isColourText()
793   {
794     return this._colourText;
795   }
796
797   /**
798    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
799    * 
800    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
801    */
802   public boolean isDisplayBoxes()
803   {
804     return this._displayBoxes;
805   }
806
807   /**
808    * Returns the value of field 'displayText'.
809    * 
810    * @return the value of field 'DisplayText'.
811    */
812   public boolean isDisplayText()
813   {
814     return this._displayText;
815   }
816
817   /**
818    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
819    * 
820    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
821    */
822   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
823   {
824     return this._ignoreGapsinConsensus;
825   }
826
827   /**
828    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
829    * 
830    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
831    */
832   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
833   {
834     return this._normaliseSequenceLogo;
835   }
836
837   /**
838    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
839    * 
840    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
841    */
842   public boolean isShowConsensusHistogram()
843   {
844     return this._showConsensusHistogram;
845   }
846
847   /**
848    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
849    * 
850    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
851    */
852   public boolean isShowSequenceLogo()
853   {
854     return this._showSequenceLogo;
855   }
856
857   /**
858    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
859    * 
860    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
861    */
862   public boolean isShowUnconserved()
863   {
864     return this._showUnconserved;
865   }
866
867   /**
868    * Method isValid.
869    * 
870    * @return true if this object is valid according to the schema
871    */
872   public boolean isValid()
873   {
874     try
875     {
876       validate();
877     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
878     {
879       return false;
880     }
881     return true;
882   }
883
884   /**
885    * 
886    * 
887    * @param out
888    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
889    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
890    *           marshaling
891    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
892    *           if this object is an invalid instance according to the schema
893    */
894   public void marshal(final java.io.Writer out)
895           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
896           org.exolab.castor.xml.ValidationException
897   {
898     Marshaller.marshal(this, out);
899   }
900
901   /**
902    * 
903    * 
904    * @param handler
905    * @throws java.io.IOException
906    *           if an IOException occurs during marshaling
907    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
908    *           if this object is an invalid instance according to the schema
909    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
910    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
911    *           marshaling
912    */
913   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
914           throws java.io.IOException,
915           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
916           org.exolab.castor.xml.ValidationException
917   {
918     Marshaller.marshal(this, handler);
919   }
920
921   /**
922      */
923   public void removeAllSeq()
924   {
925     this._seqList.clear();
926   }
927
928   /**
929    * Method removeSeq.
930    * 
931    * @param vSeq
932    * @return true if the object was removed from the collection.
933    */
934   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
935   {
936     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
937     return removed;
938   }
939
940   /**
941    * Method removeSeqAt.
942    * 
943    * @param index
944    * @return the element removed from the collection
945    */
946   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
947   {
948     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
949     return (java.lang.String) obj;
950   }
951
952   /**
953    * Sets the value of field 'annotationColours'.
954    * 
955    * @param annotationColours
956    *          the value of field 'annotationColours'.
957    */
958   public void setAnnotationColours(
959           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
960   {
961     this._annotationColours = annotationColours;
962   }
963
964   /**
965    * Sets the value of field 'colour'.
966    * 
967    * @param colour
968    *          the value of field 'colour'.
969    */
970   public void setColour(final java.lang.String colour)
971   {
972     this._colour = colour;
973   }
974
975   /**
976    * Sets the value of field 'colourText'.
977    * 
978    * @param colourText
979    *          the value of field 'colourText'.
980    */
981   public void setColourText(final boolean colourText)
982   {
983     this._colourText = colourText;
984     this._has_colourText = true;
985   }
986
987   /**
988    * Sets the value of field 'consThreshold'.
989    * 
990    * @param consThreshold
991    *          the value of field 'consThreshold'.
992    */
993   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
994   {
995     this._consThreshold = consThreshold;
996     this._has_consThreshold = true;
997   }
998
999   /**
1000    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
1001    * 
1002    * @param displayBoxes
1003    *          the value of field 'displayBoxes'.
1004    */
1005   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
1006   {
1007     this._displayBoxes = displayBoxes;
1008     this._has_displayBoxes = true;
1009   }
1010
1011   /**
1012    * Sets the value of field 'displayText'.
1013    * 
1014    * @param displayText
1015    *          the value of field 'displayText'.
1016    */
1017   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1018   {
1019     this._displayText = displayText;
1020     this._has_displayText = true;
1021   }
1022
1023   /**
1024    * Sets the value of field 'end'.
1025    * 
1026    * @param end
1027    *          the value of field 'end'.
1028    */
1029   public void setEnd(final int end)
1030   {
1031     this._end = end;
1032     this._has_end = true;
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1037    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1038    * 
1039    * 
1040    * @param id
1041    *          the value of field 'id'.
1042    */
1043   public void setId(final java.lang.String id)
1044   {
1045     this._id = id;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1050    * 
1051    * @param ignoreGapsinConsensus
1052    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1053    */
1054   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1055   {
1056     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1057     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Sets the value of field 'name'.
1062    * 
1063    * @param name
1064    *          the value of field 'name'.
1065    */
1066   public void setName(final java.lang.String name)
1067   {
1068     this._name = name;
1069   }
1070
1071   /**
1072    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1073    * 
1074    * @param normaliseSequenceLogo
1075    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1076    */
1077   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1078   {
1079     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1080     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1081   }
1082
1083   /**
1084    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1085    * 
1086    * @param outlineColour
1087    *          the value of field 'outlineColour'.
1088    */
1089   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1090   {
1091     this._outlineColour = outlineColour;
1092     this._has_outlineColour = true;
1093   }
1094
1095   /**
1096    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1097    * 
1098    * @param pidThreshold
1099    *          the value of field 'pidThreshold'.
1100    */
1101   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1102   {
1103     this._pidThreshold = pidThreshold;
1104     this._has_pidThreshold = true;
1105   }
1106
1107   /**
1108    * 
1109    * 
1110    * @param index
1111    * @param vSeq
1112    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1113    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1114    */
1115   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1116           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1117   {
1118     // check bounds for index
1119     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1120     {
1121       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1122               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1123     }
1124
1125     this._seqList.set(index, vSeq);
1126   }
1127
1128   /**
1129    * 
1130    * 
1131    * @param vSeqArray
1132    */
1133   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1134   {
1135     // -- copy array
1136     _seqList.clear();
1137
1138     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1139     {
1140       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1141     }
1142   }
1143
1144   /**
1145    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1146    * 
1147    * @param showConsensusHistogram
1148    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1149    */
1150   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1151   {
1152     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1153     this._has_showConsensusHistogram = true;
1154   }
1155
1156   /**
1157    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1158    * 
1159    * @param showSequenceLogo
1160    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1161    */
1162   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1163   {
1164     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1165     this._has_showSequenceLogo = true;
1166   }
1167
1168   /**
1169    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1170    * 
1171    * @param showUnconserved
1172    *          the value of field 'showUnconserved'.
1173    */
1174   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1175   {
1176     this._showUnconserved = showUnconserved;
1177     this._has_showUnconserved = true;
1178   }
1179
1180   /**
1181    * Sets the value of field 'start'.
1182    * 
1183    * @param start
1184    *          the value of field 'start'.
1185    */
1186   public void setStart(final int start)
1187   {
1188     this._start = start;
1189     this._has_start = true;
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Sets the value of field 'textCol1'.
1194    * 
1195    * @param textCol1
1196    *          the value of field 'textCol1'.
1197    */
1198   public void setTextCol1(final int textCol1)
1199   {
1200     this._textCol1 = textCol1;
1201     this._has_textCol1 = true;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Sets the value of field 'textCol2'.
1206    * 
1207    * @param textCol2
1208    *          the value of field 'textCol2'.
1209    */
1210   public void setTextCol2(final int textCol2)
1211   {
1212     this._textCol2 = textCol2;
1213     this._has_textCol2 = true;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1218    * 
1219    * @param textColThreshold
1220    *          the value of field 'textColThreshold'
1221    */
1222   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1223   {
1224     this._textColThreshold = textColThreshold;
1225     this._has_textColThreshold = true;
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Method unmarshal.
1230    * 
1231    * @param reader
1232    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1233    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1234    *           marshaling
1235    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1236    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1237    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1238    */
1239   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1240           final java.io.Reader reader)
1241           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1242           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1243   {
1244     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1245             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1246   }
1247
1248   /**
1249    * 
1250    * 
1251    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1252    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1253    */
1254   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1255   {
1256     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1257     validator.validate(this);
1258   }
1259
1260 }