src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _start.
  31    */
  32   private int _start;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _start
  36    */
  37   private boolean _has_start;
  38
  39   /**
  40    * Field _end.
  41    */
  42   private int _end;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _end
  46    */
  47   private boolean _has_end;
  48
  49   /**
  50    * Field _name.
  51    */
  52   private java.lang.String _name;
  53
  54   /**
  55    * Field _colour.
  56    */
  57   private java.lang.String _colour;
  58
  59   /**
  60    * Field _consThreshold.
  61    */
  62   private int _consThreshold;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _consThreshold
  66    */
  67   private boolean _has_consThreshold;
  68
  69   /**
  70    * Field _pidThreshold.
  71    */
  72   private int _pidThreshold;
  73
  74   /**
  75    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76    */
  77   private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79   /**
  80    * Field _outlineColour.
  81    */
  82   private int _outlineColour;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _outlineColour
  86    */
  87   private boolean _has_outlineColour;
  88
  89   /**
  90    * Field _displayBoxes.
  91    */
  92   private boolean _displayBoxes;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96    */
  97   private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99   /**
 100    * Field _displayText.
 101    */
 102   private boolean _displayText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _displayText
 106    */
 107   private boolean _has_displayText;
 108
 109   /**
 110    * Field _colourText.
 111    */
 112   private boolean _colourText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _colourText
 116    */
 117   private boolean _has_colourText;
 118
 119   /**
 120    * Field _textCol1.
 121    */
 122   private int _textCol1;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _textCol1
 126    */
 127   private boolean _has_textCol1;
 128
 129   /**
 130    * Field _textCol2.
 131    */
 132   private int _textCol2;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _textCol2
 136    */
 137   private boolean _has_textCol2;
 138
 139   /**
 140    * Field _textColThreshold.
 141    */
 142   private int _textColThreshold;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 146    */
 147   private boolean _has_textColThreshold;
 148
 149   /**
 150    * Field _showUnconserved.
 151    */
 152   private boolean _showUnconserved;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 156    */
 157   private boolean _has_showUnconserved;
 158
 159   /**
 160    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 161    */
 162   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 166    */
 167   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 168
 169   /**
 170    * Field _showConsensusHistogram.
 171    */
 172   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 176    */
 177   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 178
 179   /**
 180    * Field _showSequenceLogo.
 181    */
 182   private boolean _showSequenceLogo = false;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 186    */
 187   private boolean _has_showSequenceLogo;
 188
 189   /**
 190    * Field _normaliseSequenceLogo.
 191    */
 192   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 196    */
 197   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 198
 199   /**
 200    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
 201    *
 202    */
 203   private java.lang.String _id;
 204
 205   /**
 206    * Field _seqList.
 207    */
 208   private java.util.Vector _seqList;
 209
 210   /**
 211    * Field _annotationColours.
 212    */
 213   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 214
 215   // ----------------/
 216   // - Constructors -/
 217   // ----------------/
 218
 219   public JGroup()
 220   {
 221     super();
 222     this._seqList = new java.util.Vector();
 223   }
 224
 225   // -----------/
 226   // - Methods -/
 227   // -----------/
 228
 229   /**
 230    *
 231    *
 232    * @param vSeq
 233    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 234    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 235    */
 236   public void addSeq(final java.lang.String vSeq)
 237           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 238   {
 239     this._seqList.addElement(vSeq);
 240   }
 241
 242   /**
 243    *
 244    *
 245    * @param index
 246    * @param vSeq
 247    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 248    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 249    */
 250   public void addSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
 251           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 252   {
 253     this._seqList.add(index, vSeq);
 254   }
 255
 256   /**
 257      */
 258   public void deleteColourText()
 259   {
 260     this._has_colourText = false;
 261   }
 262
 263   /**
 264      */
 265   public void deleteConsThreshold()
 266   {
 267     this._has_consThreshold = false;
 268   }
 269
 270   /**
 271      */
 272   public void deleteDisplayBoxes()
 273   {
 274     this._has_displayBoxes = false;
 275   }
 276
 277   /**
 278      */
 279   public void deleteDisplayText()
 280   {
 281     this._has_displayText = false;
 282   }
 283
 284   /**
 285      */
 286   public void deleteEnd()
 287   {
 288     this._has_end = false;
 289   }
 290
 291   /**
 292      */
 293   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 294   {
 295     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 296   }
 297
 298   /**
 299      */
 300   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 301   {
 302     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 303   }
 304
 305   /**
 306      */
 307   public void deleteOutlineColour()
 308   {
 309     this._has_outlineColour = false;
 310   }
 311
 312   /**
 313      */
 314   public void deletePidThreshold()
 315   {
 316     this._has_pidThreshold = false;
 317   }
 318
 319   /**
 320      */
 321   public void deleteShowConsensusHistogram()
 322   {
 323     this._has_showConsensusHistogram = false;
 324   }
 325
 326   /**
 327      */
 328   public void deleteShowSequenceLogo()
 329   {
 330     this._has_showSequenceLogo = false;
 331   }
 332
 333   /**
 334      */
 335   public void deleteShowUnconserved()
 336   {
 337     this._has_showUnconserved = false;
 338   }
 339
 340   /**
 341      */
 342   public void deleteStart()
 343   {
 344     this._has_start = false;
 345   }
 346
 347   /**
 348      */
 349   public void deleteTextCol1()
 350   {
 351     this._has_textCol1 = false;
 352   }
 353
 354   /**
 355      */
 356   public void deleteTextCol2()
 357   {
 358     this._has_textCol2 = false;
 359   }
 360
 361   /**
 362      */
 363   public void deleteTextColThreshold()
 364   {
 365     this._has_textColThreshold = false;
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Method enumerateSeq.
 370    *
 371    * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 372    */
 373   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 374   {
 375     return this._seqList.elements();
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 380    *
 381    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 382    */
 383   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 384   {
 385     return this._annotationColours;
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Returns the value of field 'colour'.
 390    *
 391    * @return the value of field 'Colour'.
 392    */
 393   public java.lang.String getColour()
 394   {
 395     return this._colour;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Returns the value of field 'colourText'.
 400    *
 401    * @return the value of field 'ColourText'.
 402    */
 403   public boolean getColourText()
 404   {
 405     return this._colourText;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 410    *
 411    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 412    */
 413   public int getConsThreshold()
 414   {
 415     return this._consThreshold;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 420    *
 421    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 422    */
 423   public boolean getDisplayBoxes()
 424   {
 425     return this._displayBoxes;
 426   }
 427
 428   /**
 429    * Returns the value of field 'displayText'.
 430    *
 431    * @return the value of field 'DisplayText'.
 432    */
 433   public boolean getDisplayText()
 434   {
 435     return this._displayText;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * Returns the value of field 'end'.
 440    *
 441    * @return the value of field 'End'.
 442    */
 443   public int getEnd()
 444   {
 445     return this._end;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 450    * description: Optional sequence group ID (only needs to be unique for this
 451    * alignment)
 452    *
 453    *
 454    * @return the value of field 'Id'.
 455    */
 456   public java.lang.String getId()
 457   {
 458     return this._id;
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 463    *
 464    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 465    */
 466   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
 467   {
 468     return this._ignoreGapsinConsensus;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Returns the value of field 'name'.
 473    *
 474    * @return the value of field 'Name'.
 475    */
 476   public java.lang.String getName()
 477   {
 478     return this._name;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 483    *
 484    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 485    */
 486   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
 487   {
 488     return this._normaliseSequenceLogo;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 493    *
 494    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 495    */
 496   public int getOutlineColour()
 497   {
 498     return this._outlineColour;
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 503    *
 504    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 505    */
 506   public int getPidThreshold()
 507   {
 508     return this._pidThreshold;
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Method getSeq.
 513    *
 514    * @param index
 515    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 516    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 517    * @return the value of the java.lang.String at the given index
 518    */
 519   public java.lang.String getSeq(final int index)
 520           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 521   {
 522     // check bounds for index
 523     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 524     {
 525       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 526               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 527     }
 528
 529     return (java.lang.String) _seqList.get(index);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 534    * <p>
 535    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 536    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 537    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 538    *
 539    * @return this collection as an Array
 540    */
 541   public java.lang.String[] getSeq()
 542   {
 543     java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 544     return (java.lang.String[]) this._seqList.toArray(array);
 545   }
 546
 547   /**
 548    * Method getSeqCount.
 549    *
 550    * @return the size of this collection
 551    */
 552   public int getSeqCount()
 553   {
 554     return this._seqList.size();
 555   }
 556
 557   /**
 558    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 559    *
 560    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 561    */
 562   public boolean getShowConsensusHistogram()
 563   {
 564     return this._showConsensusHistogram;
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 569    *
 570    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 571    */
 572   public boolean getShowSequenceLogo()
 573   {
 574     return this._showSequenceLogo;
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 579    *
 580    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 581    */
 582   public boolean getShowUnconserved()
 583   {
 584     return this._showUnconserved;
 585   }
 586
 587   /**
 588    * Returns the value of field 'start'.
 589    *
 590    * @return the value of field 'Start'.
 591    */
 592   public int getStart()
 593   {
 594     return this._start;
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Returns the value of field 'textCol1'.
 599    *
 600    * @return the value of field 'TextCol1'.
 601    */
 602   public int getTextCol1()
 603   {
 604     return this._textCol1;
 605   }
 606
 607   /**
 608    * Returns the value of field 'textCol2'.
 609    *
 610    * @return the value of field 'TextCol2'.
 611    */
 612   public int getTextCol2()
 613   {
 614     return this._textCol2;
 615   }
 616
 617   /**
 618    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
 619    *
 620    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
 621    */
 622   public int getTextColThreshold()
 623   {
 624     return this._textColThreshold;
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Method hasColourText.
 629    *
 630    * @return true if at least one ColourText has been added
 631    */
 632   public boolean hasColourText()
 633   {
 634     return this._has_colourText;
 635   }
 636
 637   /**
 638    * Method hasConsThreshold.
 639    *
 640    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 641    */
 642   public boolean hasConsThreshold()
 643   {
 644     return this._has_consThreshold;
 645   }
 646
 647   /**
 648    * Method hasDisplayBoxes.
 649    *
 650    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 651    */
 652   public boolean hasDisplayBoxes()
 653   {
 654     return this._has_displayBoxes;
 655   }
 656
 657   /**
 658    * Method hasDisplayText.
 659    *
 660    * @return true if at least one DisplayText has been added
 661    */
 662   public boolean hasDisplayText()
 663   {
 664     return this._has_displayText;
 665   }
 666
 667   /**
 668    * Method hasEnd.
 669    *
 670    * @return true if at least one End has been added
 671    */
 672   public boolean hasEnd()
 673   {
 674     return this._has_end;
 675   }
 676
 677   /**
 678    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
 679    *
 680    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
 681    */
 682   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
 683   {
 684     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
 685   }
 686
 687   /**
 688    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
 689    *
 690    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
 691    */
 692   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
 693   {
 694     return this._has_normaliseSequenceLogo;
 695   }
 696
 697   /**
 698    * Method hasOutlineColour.
 699    *
 700    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 701    */
 702   public boolean hasOutlineColour()
 703   {
 704     return this._has_outlineColour;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Method hasPidThreshold.
 709    *
 710    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 711    */
 712   public boolean hasPidThreshold()
 713   {
 714     return this._has_pidThreshold;
 715   }
 716
 717   /**
 718    * Method hasShowConsensusHistogram.
 719    *
 720    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
 721    */
 722   public boolean hasShowConsensusHistogram()
 723   {
 724     return this._has_showConsensusHistogram;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * Method hasShowSequenceLogo.
 729    *
 730    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
 731    */
 732   public boolean hasShowSequenceLogo()
 733   {
 734     return this._has_showSequenceLogo;
 735   }
 736
 737   /**
 738    * Method hasShowUnconserved.
 739    *
 740    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
 741    */
 742   public boolean hasShowUnconserved()
 743   {
 744     return this._has_showUnconserved;
 745   }
 746
 747   /**
 748    * Method hasStart.
 749    *
 750    * @return true if at least one Start has been added
 751    */
 752   public boolean hasStart()
 753   {
 754     return this._has_start;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Method hasTextCol1.
 759    *
 760    * @return true if at least one TextCol1 has been added
 761    */
 762   public boolean hasTextCol1()
 763   {
 764     return this._has_textCol1;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Method hasTextCol2.
 769    *
 770    * @return true if at least one TextCol2 has been added
 771    */
 772   public boolean hasTextCol2()
 773   {
 774     return this._has_textCol2;
 775   }
 776
 777   /**
 778    * Method hasTextColThreshold.
 779    *
 780    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
 781    */
 782   public boolean hasTextColThreshold()
 783   {
 784     return this._has_textColThreshold;
 785   }
 786
 787   /**
 788    * Returns the value of field 'colourText'.
 789    *
 790    * @return the value of field 'ColourText'.
 791    */
 792   public boolean isColourText()
 793   {
 794     return this._colourText;
 795   }
 796
 797   /**
 798    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 799    *
 800    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 801    */
 802   public boolean isDisplayBoxes()
 803   {
 804     return this._displayBoxes;
 805   }
 806
 807   /**
 808    * Returns the value of field 'displayText'.
 809    *
 810    * @return the value of field 'DisplayText'.
 811    */
 812   public boolean isDisplayText()
 813   {
 814     return this._displayText;
 815   }
 816
 817   /**
 818    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
 819    *
 820    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
 821    */
 822   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
 823   {
 824     return this._ignoreGapsinConsensus;
 825   }
 826
 827   /**
 828    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
 829    *
 830    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
 831    */
 832   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 833   {
 834     return this._normaliseSequenceLogo;
 835   }
 836
 837   /**
 838    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
 839    *
 840    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
 841    */
 842   public boolean isShowConsensusHistogram()
 843   {
 844     return this._showConsensusHistogram;
 845   }
 846
 847   /**
 848    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
 849    *
 850    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
 851    */
 852   public boolean isShowSequenceLogo()
 853   {
 854     return this._showSequenceLogo;
 855   }
 856
 857   /**
 858    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
 859    *
 860    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
 861    */
 862   public boolean isShowUnconserved()
 863   {
 864     return this._showUnconserved;
 865   }
 866
 867   /**
 868    * Method isValid.
 869    *
 870    * @return true if this object is valid according to the schema
 871    */
 872   public boolean isValid()
 873   {
 874     try
 875     {
 876       validate();
 877     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 878     {
 879       return false;
 880     }
 881     return true;
 882   }
 883
 884   /**
 885    *
 886    *
 887    * @param out
 888    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 889    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 890    *           marshaling
 891    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 892    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 893    */
 894   public void marshal(final java.io.Writer out)
 895           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 896           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 897   {
 898     Marshaller.marshal(this, out);
 899   }
 900
 901   /**
 902    *
 903    *
 904    * @param handler
 905    * @throws java.io.IOException
 906    *           if an IOException occurs during marshaling
 907    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 908    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 909    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 910    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 911    *           marshaling
 912    */
 913   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 914           throws java.io.IOException,
 915           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 916           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 917   {
 918     Marshaller.marshal(this, handler);
 919   }
 920
 921   /**
 922      */
 923   public void removeAllSeq()
 924   {
 925     this._seqList.clear();
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Method removeSeq.
 930    *
 931    * @param vSeq
 932    * @return true if the object was removed from the collection.
 933    */
 934   public boolean removeSeq(final java.lang.String vSeq)
 935   {
 936     boolean removed = _seqList.remove(vSeq);
 937     return removed;
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Method removeSeqAt.
 942    *
 943    * @param index
 944    * @return the element removed from the collection
 945    */
 946   public java.lang.String removeSeqAt(final int index)
 947   {
 948     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 949     return (java.lang.String) obj;
 950   }
 951
 952   /**
 953    * Sets the value of field 'annotationColours'.
 954    *
 955    * @param annotationColours
 956    *          the value of field 'annotationColours'.
 957    */
 958   public void setAnnotationColours(
 959           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
 960   {
 961     this._annotationColours = annotationColours;
 962   }
 963
 964   /**
 965    * Sets the value of field 'colour'.
 966    *
 967    * @param colour
 968    *          the value of field 'colour'.
 969    */
 970   public void setColour(final java.lang.String colour)
 971   {
 972     this._colour = colour;
 973   }
 974
 975   /**
 976    * Sets the value of field 'colourText'.
 977    *
 978    * @param colourText
 979    *          the value of field 'colourText'.
 980    */
 981   public void setColourText(final boolean colourText)
 982   {
 983     this._colourText = colourText;
 984     this._has_colourText = true;
 985   }
 986
 987   /**
 988    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 989    *
 990    * @param consThreshold
 991    *          the value of field 'consThreshold'.
 992    */
 993   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 994   {
 995     this._consThreshold = consThreshold;
 996     this._has_consThreshold = true;
 997   }
 998
 999   /**
1000    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
1001    *
1002    * @param displayBoxes
1003    *          the value of field 'displayBoxes'.
1004    */
1005   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
1006   {
1007     this._displayBoxes = displayBoxes;
1008     this._has_displayBoxes = true;
1009   }
1010
1011   /**
1012    * Sets the value of field 'displayText'.
1013    *
1014    * @param displayText
1015    *          the value of field 'displayText'.
1016    */
1017   public void setDisplayText(final boolean displayText)
1018   {
1019     this._displayText = displayText;
1020     this._has_displayText = true;
1021   }
1022
1023   /**
1024    * Sets the value of field 'end'.
1025    *
1026    * @param end
1027    *          the value of field 'end'.
1028    */
1029   public void setEnd(final int end)
1030   {
1031     this._end = end;
1032     this._has_end = true;
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
1037    * Optional sequence group ID (only needs to be unique for this alignment)
1038    *
1039    *
1040    * @param id
1041    *          the value of field 'id'.
1042    */
1043   public void setId(final java.lang.String id)
1044   {
1045     this._id = id;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1050    *
1051    * @param ignoreGapsinConsensus
1052    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1053    */
1054   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
1055   {
1056     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
1057     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Sets the value of field 'name'.
1062    *
1063    * @param name
1064    *          the value of field 'name'.
1065    */
1066   public void setName(final java.lang.String name)
1067   {
1068     this._name = name;
1069   }
1070
1071   /**
1072    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1073    *
1074    * @param normaliseSequenceLogo
1075    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1076    */
1077   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
1078   {
1079     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
1080     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
1081   }
1082
1083   /**
1084    * Sets the value of field 'outlineColour'.
1085    *
1086    * @param outlineColour
1087    *          the value of field 'outlineColour'.
1088    */
1089   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
1090   {
1091     this._outlineColour = outlineColour;
1092     this._has_outlineColour = true;
1093   }
1094
1095   /**
1096    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1097    *
1098    * @param pidThreshold
1099    *          the value of field 'pidThreshold'.
1100    */
1101   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1102   {
1103     this._pidThreshold = pidThreshold;
1104     this._has_pidThreshold = true;
1105   }
1106
1107   /**
1108    *
1109    *
1110    * @param index
1111    * @param vSeq
1112    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1113    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1114    */
1115   public void setSeq(final int index, final java.lang.String vSeq)
1116           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1117   {
1118     // check bounds for index
1119     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
1120     {
1121       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
1122               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
1123     }
1124
1125     this._seqList.set(index, vSeq);
1126   }
1127
1128   /**
1129    *
1130    *
1131    * @param vSeqArray
1132    */
1133   public void setSeq(final java.lang.String[] vSeqArray)
1134   {
1135     // -- copy array
1136     _seqList.clear();
1137
1138     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
1139     {
1140       this._seqList.add(vSeqArray[i]);
1141     }
1142   }
1143
1144   /**
1145    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
1146    *
1147    * @param showConsensusHistogram
1148    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
1149    */
1150   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
1151   {
1152     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1153     this._has_showConsensusHistogram = true;
1154   }
1155
1156   /**
1157    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
1158    *
1159    * @param showSequenceLogo
1160    *          the value of field 'showSequenceLogo'
1161    */
1162   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
1163   {
1164     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1165     this._has_showSequenceLogo = true;
1166   }
1167
1168   /**
1169    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
1170    *
1171    * @param showUnconserved
1172    *          the value of field 'showUnconserved'.
1173    */
1174   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
1175   {
1176     this._showUnconserved = showUnconserved;
1177     this._has_showUnconserved = true;
1178   }
1179
1180   /**
1181    * Sets the value of field 'start'.
1182    *
1183    * @param start
1184    *          the value of field 'start'.
1185    */
1186   public void setStart(final int start)
1187   {
1188     this._start = start;
1189     this._has_start = true;
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Sets the value of field 'textCol1'.
1194    *
1195    * @param textCol1
1196    *          the value of field 'textCol1'.
1197    */
1198   public void setTextCol1(final int textCol1)
1199   {
1200     this._textCol1 = textCol1;
1201     this._has_textCol1 = true;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Sets the value of field 'textCol2'.
1206    *
1207    * @param textCol2
1208    *          the value of field 'textCol2'.
1209    */
1210   public void setTextCol2(final int textCol2)
1211   {
1212     this._textCol2 = textCol2;
1213     this._has_textCol2 = true;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
1218    *
1219    * @param textColThreshold
1220    *          the value of field 'textColThreshold'
1221    */
1222   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
1223   {
1224     this._textColThreshold = textColThreshold;
1225     this._has_textColThreshold = true;
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Method unmarshal.
1230    *
1231    * @param reader
1232    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1233    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1234    *           marshaling
1235    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1236    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1237    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JGroup
1238    */
1239   public static jalview.schemabinding.version2.JGroup unmarshal(
1240           final java.io.Reader reader)
1241           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1242           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1243   {
1244     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
1245             jalview.schemabinding.version2.JGroup.class, reader);
1246   }
1247
1248   /**
1249    *
1250    *
1251    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1252    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1253    */
1254   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1255   {
1256     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1257     validator.validate(this);
1258   }
1259
1260 }