src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JSeq.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _colour.
  31    */
  32   private int _colour;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _colour
  36    */
  37   private boolean _has_colour;
  38
  39   /**
  40    * Field _start.
  41    */
  42   private int _start;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _start
  46    */
  47   private boolean _has_start;
  48
  49   /**
  50    * Field _end.
  51    */
  52   private int _end;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _end
  56    */
  57   private boolean _has_end;
  58
  59   /**
  60    * Field _id.
  61    */
  62   private java.lang.String _id;
  63
  64   /**
  65    * Field _hidden.
  66    */
  67   private boolean _hidden;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _hidden
  71    */
  72   private boolean _has_hidden;
  73
  74   /**
  75    * Field _viewreference.
  76    */
  77   private boolean _viewreference;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _viewreference
  81    */
  82   private boolean _has_viewreference;
  83
  84   /**
  85    * Field _featuresList.
  86    */
  87   private java.util.Vector _featuresList;
  88
  89   /**
  90    * Field _pdbidsList.
  91    */
  92   private java.util.Vector _pdbidsList;
  93
  94   /**
  95    * Field _hiddenSequencesList.
  96    */
  97   private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
  98
  99   /**
 100    * Reference to a viewer showing RNA structure for this sequence. Schema
 101    * supports one viewer showing multiple annotations for multiple sequences,
 102    * though currently only one annotation for one sequence (gapped or trimmed)
 103    * is used
 104    *
 105    */
 106   private java.util.Vector _rnaViewerList;
 107
 108   // ----------------/
 109   // - Constructors -/
 110   // ----------------/
 111
 112   public JSeq()
 113   {
 114     super();
 115     this._featuresList = new java.util.Vector();
 116     this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 117     this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 118     this._rnaViewerList = new java.util.Vector();
 119   }
 120
 121   // -----------/
 122   // - Methods -/
 123   // -----------/
 124
 125   /**
 126    *
 127    *
 128    * @param vFeatures
 129    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 130    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 131    */
 132   public void addFeatures(
 133           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 134           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 135   {
 136     this._featuresList.addElement(vFeatures);
 137   }
 138
 139   /**
 140    *
 141    *
 142    * @param index
 143    * @param vFeatures
 144    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 145    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 146    */
 147   public void addFeatures(final int index,
 148           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 149           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 150   {
 151     this._featuresList.add(index, vFeatures);
 152   }
 153
 154   /**
 155    *
 156    *
 157    * @param vHiddenSequences
 158    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 159    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 160    */
 161   public void addHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 162           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 163   {
 164     this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(
 165             vHiddenSequences));
 166   }
 167
 168   /**
 169    *
 170    *
 171    * @param index
 172    * @param vHiddenSequences
 173    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 174    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 175    */
 176   public void addHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 177           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 178   {
 179     this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(
 180             vHiddenSequences));
 181   }
 182
 183   /**
 184    *
 185    *
 186    * @param vPdbids
 187    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 188    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 189    */
 190   public void addPdbids(final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 191           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 192   {
 193     this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 194   }
 195
 196   /**
 197    *
 198    *
 199    * @param index
 200    * @param vPdbids
 201    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 202    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 203    */
 204   public void addPdbids(final int index,
 205           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 206           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 207   {
 208     this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 209   }
 210
 211   /**
 212    *
 213    *
 214    * @param vRnaViewer
 215    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 216    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 217    */
 218   public void addRnaViewer(
 219           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 220           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 221   {
 222     this._rnaViewerList.addElement(vRnaViewer);
 223   }
 224
 225   /**
 226    *
 227    *
 228    * @param index
 229    * @param vRnaViewer
 230    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 231    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 232    */
 233   public void addRnaViewer(final int index,
 234           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 235           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 236   {
 237     this._rnaViewerList.add(index, vRnaViewer);
 238   }
 239
 240   /**
 241      */
 242   public void deleteColour()
 243   {
 244     this._has_colour = false;
 245   }
 246
 247   /**
 248      */
 249   public void deleteEnd()
 250   {
 251     this._has_end = false;
 252   }
 253
 254   /**
 255      */
 256   public void deleteHidden()
 257   {
 258     this._has_hidden = false;
 259   }
 260
 261   /**
 262      */
 263   public void deleteStart()
 264   {
 265     this._has_start = false;
 266   }
 267
 268   /**
 269      */
 270   public void deleteViewreference()
 271   {
 272     this._has_viewreference = false;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Method enumerateFeatures.
 277    *
 278    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Features
 279    *         elements
 280    */
 281   public java.util.Enumeration enumerateFeatures()
 282   {
 283     return this._featuresList.elements();
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Method enumerateHiddenSequences.
 288    *
 289    * @return an Enumeration over all int elements
 290    */
 291   public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences()
 292   {
 293     return this._hiddenSequencesList.elements();
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Method enumeratePdbids.
 298    *
 299    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.Pdbids
 300    *         elements
 301    */
 302   public java.util.Enumeration enumeratePdbids()
 303   {
 304     return this._pdbidsList.elements();
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Method enumerateRnaViewer.
 309    *
 310    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.RnaViewer
 311    *         elements
 312    */
 313   public java.util.Enumeration enumerateRnaViewer()
 314   {
 315     return this._rnaViewerList.elements();
 316   }
 317
 318   /**
 319    * Returns the value of field 'colour'.
 320    *
 321    * @return the value of field 'Colour'.
 322    */
 323   public int getColour()
 324   {
 325     return this._colour;
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Returns the value of field 'end'.
 330    *
 331    * @return the value of field 'End'.
 332    */
 333   public int getEnd()
 334   {
 335     return this._end;
 336   }
 337
 338   /**
 339    * Method getFeatures.
 340    *
 341    * @param index
 342    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 343    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 344    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Features at the
 345    *         given index
 346    */
 347   public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(final int index)
 348           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 349   {
 350     // check bounds for index
 351     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 352     {
 353       throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '"
 354               + index + "' not in range [0.."
 355               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 356     }
 357
 358     return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList
 359             .get(index);
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in an Array.
 364    * <p>
 365    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 366    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 367    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 368    *
 369    * @return this collection as an Array
 370    */
 371   public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures()
 372   {
 373     jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 374     return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList
 375             .toArray(array);
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Method getFeaturesCount.
 380    *
 381    * @return the size of this collection
 382    */
 383   public int getFeaturesCount()
 384   {
 385     return this._featuresList.size();
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Returns the value of field 'hidden'.
 390    *
 391    * @return the value of field 'Hidden'.
 392    */
 393   public boolean getHidden()
 394   {
 395     return this._hidden;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Method getHiddenSequences.
 400    *
 401    * @param index
 402    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 403    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 404    * @return the value of the int at the given index
 405    */
 406   public int getHiddenSequences(final int index)
 407           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 408   {
 409     // check bounds for index
 410     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 411     {
 412       throw new IndexOutOfBoundsException(
 413               "getHiddenSequences: Index value '" + index
 414                       + "' not in range [0.."
 415                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 416     }
 417
 418     return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the collection in an
 423    * Array.
 424    *
 425    * @return this collection as an Array
 426    */
 427   public int[] getHiddenSequences()
 428   {
 429     int size = this._hiddenSequencesList.size();
 430     int[] array = new int[size];
 431     java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 432     for (int index = 0; index < size; index++)
 433     {
 434       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 435     }
 436     return array;
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Method getHiddenSequencesCount.
 441    *
 442    * @return the size of this collection
 443    */
 444   public int getHiddenSequencesCount()
 445   {
 446     return this._hiddenSequencesList.size();
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Returns the value of field 'id'.
 451    *
 452    * @return the value of field 'Id'.
 453    */
 454   public java.lang.String getId()
 455   {
 456     return this._id;
 457   }
 458
 459   /**
 460    * Method getPdbids.
 461    *
 462    * @param index
 463    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 464    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 465    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given
 466    *         index
 467    */
 468   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(final int index)
 469           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 470   {
 471     // check bounds for index
 472     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 473     {
 474       throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '"
 475               + index + "' not in range [0.."
 476               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 477     }
 478
 479     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in an Array.
 484    * <p>
 485    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 486    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 487    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 488    *
 489    * @return this collection as an Array
 490    */
 491   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids()
 492   {
 493     jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 494     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList
 495             .toArray(array);
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Method getPdbidsCount.
 500    *
 501    * @return the size of this collection
 502    */
 503   public int getPdbidsCount()
 504   {
 505     return this._pdbidsList.size();
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Method getRnaViewer.
 510    *
 511    * @param index
 512    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 513    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 514    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.RnaViewer at the
 515    *         given index
 516    */
 517   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer getRnaViewer(
 518           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 519   {
 520     // check bounds for index
 521     if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size())
 522     {
 523       throw new IndexOutOfBoundsException("getRnaViewer: Index value '"
 524               + index + "' not in range [0.."
 525               + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 526     }
 527
 528     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) _rnaViewerList
 529             .get(index);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Method getRnaViewer.Returns the contents of the collection in an Array.
 534    * <p>
 535    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 536    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 537    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 538    *
 539    * @return this collection as an Array
 540    */
 541   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] getRnaViewer()
 542   {
 543     jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] array = new jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[0];
 544     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[]) this._rnaViewerList
 545             .toArray(array);
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Method getRnaViewerCount.
 550    *
 551    * @return the size of this collection
 552    */
 553   public int getRnaViewerCount()
 554   {
 555     return this._rnaViewerList.size();
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Returns the value of field 'start'.
 560    *
 561    * @return the value of field 'Start'.
 562    */
 563   public int getStart()
 564   {
 565     return this._start;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the value of field 'viewreference'.
 570    *
 571    * @return the value of field 'Viewreference'.
 572    */
 573   public boolean getViewreference()
 574   {
 575     return this._viewreference;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Method hasColour.
 580    *
 581    * @return true if at least one Colour has been added
 582    */
 583   public boolean hasColour()
 584   {
 585     return this._has_colour;
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Method hasEnd.
 590    *
 591    * @return true if at least one End has been added
 592    */
 593   public boolean hasEnd()
 594   {
 595     return this._has_end;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Method hasHidden.
 600    *
 601    * @return true if at least one Hidden has been added
 602    */
 603   public boolean hasHidden()
 604   {
 605     return this._has_hidden;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Method hasStart.
 610    *
 611    * @return true if at least one Start has been added
 612    */
 613   public boolean hasStart()
 614   {
 615     return this._has_start;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Method hasViewreference.
 620    *
 621    * @return true if at least one Viewreference has been added
 622    */
 623   public boolean hasViewreference()
 624   {
 625     return this._has_viewreference;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Returns the value of field 'hidden'.
 630    *
 631    * @return the value of field 'Hidden'.
 632    */
 633   public boolean isHidden()
 634   {
 635     return this._hidden;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Method isValid.
 640    *
 641    * @return true if this object is valid according to the schema
 642    */
 643   public boolean isValid()
 644   {
 645     try
 646     {
 647       validate();
 648     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 649     {
 650       return false;
 651     }
 652     return true;
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Returns the value of field 'viewreference'.
 657    *
 658    * @return the value of field 'Viewreference'.
 659    */
 660   public boolean isViewreference()
 661   {
 662     return this._viewreference;
 663   }
 664
 665   /**
 666    *
 667    *
 668    * @param out
 669    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 670    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 671    *           marshaling
 672    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 673    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 674    */
 675   public void marshal(final java.io.Writer out)
 676           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 677           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 678   {
 679     Marshaller.marshal(this, out);
 680   }
 681
 682   /**
 683    *
 684    *
 685    * @param handler
 686    * @throws java.io.IOException
 687    *           if an IOException occurs during marshaling
 688    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 689    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 690    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 691    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 692    *           marshaling
 693    */
 694   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 695           throws java.io.IOException,
 696           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 697           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 698   {
 699     Marshaller.marshal(this, handler);
 700   }
 701
 702   /**
 703      */
 704   public void removeAllFeatures()
 705   {
 706     this._featuresList.clear();
 707   }
 708
 709   /**
 710      */
 711   public void removeAllHiddenSequences()
 712   {
 713     this._hiddenSequencesList.clear();
 714   }
 715
 716   /**
 717      */
 718   public void removeAllPdbids()
 719   {
 720     this._pdbidsList.clear();
 721   }
 722
 723   /**
 724      */
 725   public void removeAllRnaViewer()
 726   {
 727     this._rnaViewerList.clear();
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Method removeFeatures.
 732    *
 733    * @param vFeatures
 734    * @return true if the object was removed from the collection.
 735    */
 736   public boolean removeFeatures(
 737           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 738   {
 739     boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 740     return removed;
 741   }
 742
 743   /**
 744    * Method removeFeaturesAt.
 745    *
 746    * @param index
 747    * @return the element removed from the collection
 748    */
 749   public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 750           final int index)
 751   {
 752     java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 753     return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 754   }
 755
 756   /**
 757    * Method removeHiddenSequences.
 758    *
 759    * @param vHiddenSequences
 760    * @return true if the object was removed from the collection.
 761    */
 762   public boolean removeHiddenSequences(final int vHiddenSequences)
 763   {
 764     boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(
 765             vHiddenSequences));
 766     return removed;
 767   }
 768
 769   /**
 770    * Method removeHiddenSequencesAt.
 771    *
 772    * @param index
 773    * @return the element removed from the collection
 774    */
 775   public int removeHiddenSequencesAt(final int index)
 776   {
 777     java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 778     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Method removePdbids.
 783    *
 784    * @param vPdbids
 785    * @return true if the object was removed from the collection.
 786    */
 787   public boolean removePdbids(
 788           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 789   {
 790     boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 791     return removed;
 792   }
 793
 794   /**
 795    * Method removePdbidsAt.
 796    *
 797    * @param index
 798    * @return the element removed from the collection
 799    */
 800   public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 801           final int index)
 802   {
 803     java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 804     return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 805   }
 806
 807   /**
 808    * Method removeRnaViewer.
 809    *
 810    * @param vRnaViewer
 811    * @return true if the object was removed from the collection.
 812    */
 813   public boolean removeRnaViewer(
 814           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 815   {
 816     boolean removed = _rnaViewerList.remove(vRnaViewer);
 817     return removed;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * Method removeRnaViewerAt.
 822    *
 823    * @param index
 824    * @return the element removed from the collection
 825    */
 826   public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer removeRnaViewerAt(
 827           final int index)
 828   {
 829     java.lang.Object obj = this._rnaViewerList.remove(index);
 830     return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) obj;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Sets the value of field 'colour'.
 835    *
 836    * @param colour
 837    *          the value of field 'colour'.
 838    */
 839   public void setColour(final int colour)
 840   {
 841     this._colour = colour;
 842     this._has_colour = true;
 843   }
 844
 845   /**
 846    * Sets the value of field 'end'.
 847    *
 848    * @param end
 849    *          the value of field 'end'.
 850    */
 851   public void setEnd(final int end)
 852   {
 853     this._end = end;
 854     this._has_end = true;
 855   }
 856
 857   /**
 858    *
 859    *
 860    * @param index
 861    * @param vFeatures
 862    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 863    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 864    */
 865   public void setFeatures(final int index,
 866           final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 867           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 868   {
 869     // check bounds for index
 870     if (index < 0 || index >= this._featuresList.size())
 871     {
 872       throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '"
 873               + index + "' not in range [0.."
 874               + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 875     }
 876
 877     this._featuresList.set(index, vFeatures);
 878   }
 879
 880   /**
 881    *
 882    *
 883    * @param vFeaturesArray
 884    */
 885   public void setFeatures(
 886           final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray)
 887   {
 888     // -- copy array
 889     _featuresList.clear();
 890
 891     for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++)
 892     {
 893       this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 894     }
 895   }
 896
 897   /**
 898    * Sets the value of field 'hidden'.
 899    *
 900    * @param hidden
 901    *          the value of field 'hidden'.
 902    */
 903   public void setHidden(final boolean hidden)
 904   {
 905     this._hidden = hidden;
 906     this._has_hidden = true;
 907   }
 908
 909   /**
 910    *
 911    *
 912    * @param index
 913    * @param vHiddenSequences
 914    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 915    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 916    */
 917   public void setHiddenSequences(final int index, final int vHiddenSequences)
 918           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 919   {
 920     // check bounds for index
 921     if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size())
 922     {
 923       throw new IndexOutOfBoundsException(
 924               "setHiddenSequences: Index value '" + index
 925                       + "' not in range [0.."
 926                       + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 927     }
 928
 929     this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(
 930             vHiddenSequences));
 931   }
 932
 933   /**
 934    *
 935    *
 936    * @param vHiddenSequencesArray
 937    */
 938   public void setHiddenSequences(final int[] vHiddenSequencesArray)
 939   {
 940     // -- copy array
 941     _hiddenSequencesList.clear();
 942
 943     for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++)
 944     {
 945       this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(
 946               vHiddenSequencesArray[i]));
 947     }
 948   }
 949
 950   /**
 951    * Sets the value of field 'id'.
 952    *
 953    * @param id
 954    *          the value of field 'id'.
 955    */
 956   public void setId(final java.lang.String id)
 957   {
 958     this._id = id;
 959   }
 960
 961   /**
 962    *
 963    *
 964    * @param index
 965    * @param vPdbids
 966    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 967    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 968    */
 969   public void setPdbids(final int index,
 970           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 971           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 972   {
 973     // check bounds for index
 974     if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size())
 975     {
 976       throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '"
 977               + index + "' not in range [0.."
 978               + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 979     }
 980
 981     this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 982   }
 983
 984   /**
 985    *
 986    *
 987    * @param vPdbidsArray
 988    */
 989   public void setPdbids(
 990           final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray)
 991   {
 992     // -- copy array
 993     _pdbidsList.clear();
 994
 995     for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++)
 996     {
 997       this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 998     }
 999   }
1000
1001   /**
1002    *
1003    *
1004    * @param index
1005    * @param vRnaViewer
1006    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1007    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1008    */
1009   public void setRnaViewer(final int index,
1010           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
1011           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1012   {
1013     // check bounds for index
1014     if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size())
1015     {
1016       throw new IndexOutOfBoundsException("setRnaViewer: Index value '"
1017               + index + "' not in range [0.."
1018               + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
1019     }
1020
1021     this._rnaViewerList.set(index, vRnaViewer);
1022   }
1023
1024   /**
1025    *
1026    *
1027    * @param vRnaViewerArray
1028    */
1029   public void setRnaViewer(
1030           final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] vRnaViewerArray)
1031   {
1032     // -- copy array
1033     _rnaViewerList.clear();
1034
1035     for (int i = 0; i < vRnaViewerArray.length; i++)
1036     {
1037       this._rnaViewerList.add(vRnaViewerArray[i]);
1038     }
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Sets the value of field 'start'.
1043    *
1044    * @param start
1045    *          the value of field 'start'.
1046    */
1047   public void setStart(final int start)
1048   {
1049     this._start = start;
1050     this._has_start = true;
1051   }
1052
1053   /**
1054    * Sets the value of field 'viewreference'.
1055    *
1056    * @param viewreference
1057    *          the value of field 'viewreference'.
1058    */
1059   public void setViewreference(final boolean viewreference)
1060   {
1061     this._viewreference = viewreference;
1062     this._has_viewreference = true;
1063   }
1064
1065   /**
1066    * Method unmarshal.
1067    *
1068    * @param reader
1069    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1070    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1071    *           marshaling
1072    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1073    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1074    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
1075    */
1076   public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
1077           final java.io.Reader reader)
1078           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1079           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1080   {
1081     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(
1082             jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
1083   }
1084
1085   /**
1086    *
1087    *
1088    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1089    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1090    */
1091   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1092   {
1093     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1094     validator.validate(this);
1095   }
1096
1097 }