src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JSeq.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _colour.
  31      */
  32     private int _colour;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _colour
  36      */
  37     private boolean _has_colour;
  38
  39     /**
  40      * Field _start.
  41      */
  42     private int _start;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _start
  46      */
  47     private boolean _has_start;
  48
  49     /**
  50      * Field _end.
  51      */
  52     private int _end;
  53
  54     /**
  55      * keeps track of state for field: _end
  56      */
  57     private boolean _has_end;
  58
  59     /**
  60      * Field _id.
  61      */
  62     private java.lang.String _id;
  63
  64     /**
  65      * Field _hidden.
  66      */
  67     private boolean _hidden;
  68
  69     /**
  70      * keeps track of state for field: _hidden
  71      */
  72     private boolean _has_hidden;
  73
  74     /**
  75      * Field _featuresList.
  76      */
  77     private java.util.Vector _featuresList;
  78
  79     /**
  80      * Field _pdbidsList.
  81      */
  82     private java.util.Vector _pdbidsList;
  83
  84     /**
  85      * Field _hiddenSequencesList.
  86      */
  87     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
  88
  89     /**
  90      * Reference to a viewer showing RNA structure
  91      *  for this sequence. Schema supports one viewer showing
  92      * multiple
  93      *  annotations for multiple sequences, though currently only
  94      * one
  95      *  annotation for one sequence (gapped or trimmed) is used
  96      *
  97      */
  98     private java.util.Vector _rnaViewerList;
  99
 100
 101       //----------------/
 102      //- Constructors -/
 103     //----------------/
 104
 105     public JSeq() {
 106         super();
 107         this._featuresList = new java.util.Vector();
 108         this._pdbidsList = new java.util.Vector();
 109         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
 110         this._rnaViewerList = new java.util.Vector();
 111     }
 112
 113
 114       //-----------/
 115      //- Methods -/
 116     //-----------/
 117
 118     /**
 119      *
 120      *
 121      * @param vFeatures
 122      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 123      * given is outside the bounds of the collection
 124      */
 125     public void addFeatures(
 126             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 127     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 128         this._featuresList.addElement(vFeatures);
 129     }
 130
 131     /**
 132      *
 133      *
 134      * @param index
 135      * @param vFeatures
 136      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 137      * given is outside the bounds of the collection
 138      */
 139     public void addFeatures(
 140             final int index,
 141             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 142     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 143         this._featuresList.add(index, vFeatures);
 144     }
 145
 146     /**
 147      *
 148      *
 149      * @param vHiddenSequences
 150      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 151      * given is outside the bounds of the collection
 152      */
 153     public void addHiddenSequences(
 154             final int vHiddenSequences)
 155     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 156         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 157     }
 158
 159     /**
 160      *
 161      *
 162      * @param index
 163      * @param vHiddenSequences
 164      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 165      * given is outside the bounds of the collection
 166      */
 167     public void addHiddenSequences(
 168             final int index,
 169             final int vHiddenSequences)
 170     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 171         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 172     }
 173
 174     /**
 175      *
 176      *
 177      * @param vPdbids
 178      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 179      * given is outside the bounds of the collection
 180      */
 181     public void addPdbids(
 182             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 183     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 184         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 185     }
 186
 187     /**
 188      *
 189      *
 190      * @param index
 191      * @param vPdbids
 192      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 193      * given is outside the bounds of the collection
 194      */
 195     public void addPdbids(
 196             final int index,
 197             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 198     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 199         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 200     }
 201
 202     /**
 203      *
 204      *
 205      * @param vRnaViewer
 206      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 207      * given is outside the bounds of the collection
 208      */
 209     public void addRnaViewer(
 210             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 211     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 212         this._rnaViewerList.addElement(vRnaViewer);
 213     }
 214
 215     /**
 216      *
 217      *
 218      * @param index
 219      * @param vRnaViewer
 220      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 221      * given is outside the bounds of the collection
 222      */
 223     public void addRnaViewer(
 224             final int index,
 225             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 226     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 227         this._rnaViewerList.add(index, vRnaViewer);
 228     }
 229
 230     /**
 231      */
 232     public void deleteColour(
 233     ) {
 234         this._has_colour= false;
 235     }
 236
 237     /**
 238      */
 239     public void deleteEnd(
 240     ) {
 241         this._has_end= false;
 242     }
 243
 244     /**
 245      */
 246     public void deleteHidden(
 247     ) {
 248         this._has_hidden= false;
 249     }
 250
 251     /**
 252      */
 253     public void deleteStart(
 254     ) {
 255         this._has_start= false;
 256     }
 257
 258     /**
 259      * Method enumerateFeatures.
 260      *
 261      * @return an Enumeration over all
 262      * jalview.schemabinding.version2.Features elements
 263      */
 264     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(
 265     ) {
 266         return this._featuresList.elements();
 267     }
 268
 269     /**
 270      * Method enumerateHiddenSequences.
 271      *
 272      * @return an Enumeration over all int elements
 273      */
 274     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(
 275     ) {
 276         return this._hiddenSequencesList.elements();
 277     }
 278
 279     /**
 280      * Method enumeratePdbids.
 281      *
 282      * @return an Enumeration over all
 283      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements
 284      */
 285     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(
 286     ) {
 287         return this._pdbidsList.elements();
 288     }
 289
 290     /**
 291      * Method enumerateRnaViewer.
 292      *
 293      * @return an Enumeration over all
 294      * jalview.schemabinding.version2.RnaViewer elements
 295      */
 296     public java.util.Enumeration enumerateRnaViewer(
 297     ) {
 298         return this._rnaViewerList.elements();
 299     }
 300
 301     /**
 302      * Returns the value of field 'colour'.
 303      *
 304      * @return the value of field 'Colour'.
 305      */
 306     public int getColour(
 307     ) {
 308         return this._colour;
 309     }
 310
 311     /**
 312      * Returns the value of field 'end'.
 313      *
 314      * @return the value of field 'End'.
 315      */
 316     public int getEnd(
 317     ) {
 318         return this._end;
 319     }
 320
 321     /**
 322      * Method getFeatures.
 323      *
 324      * @param index
 325      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 326      * given is outside the bounds of the collection
 327      * @return the value of the
 328      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index
 329      */
 330     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(
 331             final int index)
 332     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 333         // check bounds for index
 334         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 335             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 336         }
 337
 338         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);
 339     }
 340
 341     /**
 342      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in
 343      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 344      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 345      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 346      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 347      *
 348      * @return this collection as an Array
 349      */
 350     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(
 351     ) {
 352         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 353         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);
 354     }
 355
 356     /**
 357      * Method getFeaturesCount.
 358      *
 359      * @return the size of this collection
 360      */
 361     public int getFeaturesCount(
 362     ) {
 363         return this._featuresList.size();
 364     }
 365
 366     /**
 367      * Returns the value of field 'hidden'.
 368      *
 369      * @return the value of field 'Hidden'.
 370      */
 371     public boolean getHidden(
 372     ) {
 373         return this._hidden;
 374     }
 375
 376     /**
 377      * Method getHiddenSequences.
 378      *
 379      * @param index
 380      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 381      * given is outside the bounds of the collection
 382      * @return the value of the int at the given index
 383      */
 384     public int getHiddenSequences(
 385             final int index)
 386     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 387         // check bounds for index
 388         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 389             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 390         }
 391
 392         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 393     }
 394
 395     /**
 396      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the
 397      * collection in an Array.
 398      *
 399      * @return this collection as an Array
 400      */
 401     public int[] getHiddenSequences(
 402     ) {
 403         int size = this._hiddenSequencesList.size();
 404         int[] array = new int[size];
 405         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 406         for (int index = 0; index < size; index++) {
 407             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 408         }
 409         return array;
 410     }
 411
 412     /**
 413      * Method getHiddenSequencesCount.
 414      *
 415      * @return the size of this collection
 416      */
 417     public int getHiddenSequencesCount(
 418     ) {
 419         return this._hiddenSequencesList.size();
 420     }
 421
 422     /**
 423      * Returns the value of field 'id'.
 424      *
 425      * @return the value of field 'Id'.
 426      */
 427     public java.lang.String getId(
 428     ) {
 429         return this._id;
 430     }
 431
 432     /**
 433      * Method getPdbids.
 434      *
 435      * @param index
 436      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 437      * given is outside the bounds of the collection
 438      * @return the value of the
 439      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index
 440      */
 441     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(
 442             final int index)
 443     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 444         // check bounds for index
 445         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 446             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 447         }
 448
 449         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 450     }
 451
 452     /**
 453      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in
 454      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 455      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 456      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 457      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 458      *
 459      * @return this collection as an Array
 460      */
 461     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(
 462     ) {
 463         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 464         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);
 465     }
 466
 467     /**
 468      * Method getPdbidsCount.
 469      *
 470      * @return the size of this collection
 471      */
 472     public int getPdbidsCount(
 473     ) {
 474         return this._pdbidsList.size();
 475     }
 476
 477     /**
 478      * Method getRnaViewer.
 479      *
 480      * @param index
 481      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 482      * given is outside the bounds of the collection
 483      * @return the value of the
 484      * jalview.schemabinding.version2.RnaViewer at the given index
 485      */
 486     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer getRnaViewer(
 487             final int index)
 488     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 489         // check bounds for index
 490         if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size()) {
 491             throw new IndexOutOfBoundsException("getRnaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 492         }
 493
 494         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) _rnaViewerList.get(index);
 495     }
 496
 497     /**
 498      * Method getRnaViewer.Returns the contents of the collection
 499      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 500      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 501      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 502      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 503      *
 504      * @return this collection as an Array
 505      */
 506     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] getRnaViewer(
 507     ) {
 508         jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] array = new jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[0];
 509         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[]) this._rnaViewerList.toArray(array);
 510     }
 511
 512     /**
 513      * Method getRnaViewerCount.
 514      *
 515      * @return the size of this collection
 516      */
 517     public int getRnaViewerCount(
 518     ) {
 519         return this._rnaViewerList.size();
 520     }
 521
 522     /**
 523      * Returns the value of field 'start'.
 524      *
 525      * @return the value of field 'Start'.
 526      */
 527     public int getStart(
 528     ) {
 529         return this._start;
 530     }
 531
 532     /**
 533      * Method hasColour.
 534      *
 535      * @return true if at least one Colour has been added
 536      */
 537     public boolean hasColour(
 538     ) {
 539         return this._has_colour;
 540     }
 541
 542     /**
 543      * Method hasEnd.
 544      *
 545      * @return true if at least one End has been added
 546      */
 547     public boolean hasEnd(
 548     ) {
 549         return this._has_end;
 550     }
 551
 552     /**
 553      * Method hasHidden.
 554      *
 555      * @return true if at least one Hidden has been added
 556      */
 557     public boolean hasHidden(
 558     ) {
 559         return this._has_hidden;
 560     }
 561
 562     /**
 563      * Method hasStart.
 564      *
 565      * @return true if at least one Start has been added
 566      */
 567     public boolean hasStart(
 568     ) {
 569         return this._has_start;
 570     }
 571
 572     /**
 573      * Returns the value of field 'hidden'.
 574      *
 575      * @return the value of field 'Hidden'.
 576      */
 577     public boolean isHidden(
 578     ) {
 579         return this._hidden;
 580     }
 581
 582     /**
 583      * Method isValid.
 584      *
 585      * @return true if this object is valid according to the schema
 586      */
 587     public boolean isValid(
 588     ) {
 589         try {
 590             validate();
 591         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 592             return false;
 593         }
 594         return true;
 595     }
 596
 597     /**
 598      *
 599      *
 600      * @param out
 601      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 602      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 603      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 604      * object is an invalid instance according to the schema
 605      */
 606     public void marshal(
 607             final java.io.Writer out)
 608     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 609         Marshaller.marshal(this, out);
 610     }
 611
 612     /**
 613      *
 614      *
 615      * @param handler
 616      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 617      * marshaling
 618      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 619      * object is an invalid instance according to the schema
 620      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 621      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 622      */
 623     public void marshal(
 624             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 625     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 626         Marshaller.marshal(this, handler);
 627     }
 628
 629     /**
 630      */
 631     public void removeAllFeatures(
 632     ) {
 633         this._featuresList.clear();
 634     }
 635
 636     /**
 637      */
 638     public void removeAllHiddenSequences(
 639     ) {
 640         this._hiddenSequencesList.clear();
 641     }
 642
 643     /**
 644      */
 645     public void removeAllPdbids(
 646     ) {
 647         this._pdbidsList.clear();
 648     }
 649
 650     /**
 651      */
 652     public void removeAllRnaViewer(
 653     ) {
 654         this._rnaViewerList.clear();
 655     }
 656
 657     /**
 658      * Method removeFeatures.
 659      *
 660      * @param vFeatures
 661      * @return true if the object was removed from the collection.
 662      */
 663     public boolean removeFeatures(
 664             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {
 665         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 666         return removed;
 667     }
 668
 669     /**
 670      * Method removeFeaturesAt.
 671      *
 672      * @param index
 673      * @return the element removed from the collection
 674      */
 675     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 676             final int index) {
 677         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 678         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 679     }
 680
 681     /**
 682      * Method removeHiddenSequences.
 683      *
 684      * @param vHiddenSequences
 685      * @return true if the object was removed from the collection.
 686      */
 687     public boolean removeHiddenSequences(
 688             final int vHiddenSequences) {
 689         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 690         return removed;
 691     }
 692
 693     /**
 694      * Method removeHiddenSequencesAt.
 695      *
 696      * @param index
 697      * @return the element removed from the collection
 698      */
 699     public int removeHiddenSequencesAt(
 700             final int index) {
 701         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 702         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 703     }
 704
 705     /**
 706      * Method removePdbids.
 707      *
 708      * @param vPdbids
 709      * @return true if the object was removed from the collection.
 710      */
 711     public boolean removePdbids(
 712             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {
 713         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 714         return removed;
 715     }
 716
 717     /**
 718      * Method removePdbidsAt.
 719      *
 720      * @param index
 721      * @return the element removed from the collection
 722      */
 723     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 724             final int index) {
 725         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 726         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 727     }
 728
 729     /**
 730      * Method removeRnaViewer.
 731      *
 732      * @param vRnaViewer
 733      * @return true if the object was removed from the collection.
 734      */
 735     public boolean removeRnaViewer(
 736             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer) {
 737         boolean removed = _rnaViewerList.remove(vRnaViewer);
 738         return removed;
 739     }
 740
 741     /**
 742      * Method removeRnaViewerAt.
 743      *
 744      * @param index
 745      * @return the element removed from the collection
 746      */
 747     public jalview.schemabinding.version2.RnaViewer removeRnaViewerAt(
 748             final int index) {
 749         java.lang.Object obj = this._rnaViewerList.remove(index);
 750         return (jalview.schemabinding.version2.RnaViewer) obj;
 751     }
 752
 753     /**
 754      * Sets the value of field 'colour'.
 755      *
 756      * @param colour the value of field 'colour'.
 757      */
 758     public void setColour(
 759             final int colour) {
 760         this._colour = colour;
 761         this._has_colour = true;
 762     }
 763
 764     /**
 765      * Sets the value of field 'end'.
 766      *
 767      * @param end the value of field 'end'.
 768      */
 769     public void setEnd(
 770             final int end) {
 771         this._end = end;
 772         this._has_end = true;
 773     }
 774
 775     /**
 776      *
 777      *
 778      * @param index
 779      * @param vFeatures
 780      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 781      * given is outside the bounds of the collection
 782      */
 783     public void setFeatures(
 784             final int index,
 785             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 786     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 787         // check bounds for index
 788         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 789             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 790         }
 791
 792         this._featuresList.set(index, vFeatures);
 793     }
 794
 795     /**
 796      *
 797      *
 798      * @param vFeaturesArray
 799      */
 800     public void setFeatures(
 801             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {
 802         //-- copy array
 803         _featuresList.clear();
 804
 805         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {
 806                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 807         }
 808     }
 809
 810     /**
 811      * Sets the value of field 'hidden'.
 812      *
 813      * @param hidden the value of field 'hidden'.
 814      */
 815     public void setHidden(
 816             final boolean hidden) {
 817         this._hidden = hidden;
 818         this._has_hidden = true;
 819     }
 820
 821     /**
 822      *
 823      *
 824      * @param index
 825      * @param vHiddenSequences
 826      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 827      * given is outside the bounds of the collection
 828      */
 829     public void setHiddenSequences(
 830             final int index,
 831             final int vHiddenSequences)
 832     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 833         // check bounds for index
 834         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 835             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 836         }
 837
 838         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 839     }
 840
 841     /**
 842      *
 843      *
 844      * @param vHiddenSequencesArray
 845      */
 846     public void setHiddenSequences(
 847             final int[] vHiddenSequencesArray) {
 848         //-- copy array
 849         _hiddenSequencesList.clear();
 850
 851         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {
 852                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));
 853         }
 854     }
 855
 856     /**
 857      * Sets the value of field 'id'.
 858      *
 859      * @param id the value of field 'id'.
 860      */
 861     public void setId(
 862             final java.lang.String id) {
 863         this._id = id;
 864     }
 865
 866     /**
 867      *
 868      *
 869      * @param index
 870      * @param vPdbids
 871      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 872      * given is outside the bounds of the collection
 873      */
 874     public void setPdbids(
 875             final int index,
 876             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 877     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 878         // check bounds for index
 879         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 880             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 881         }
 882
 883         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 884     }
 885
 886     /**
 887      *
 888      *
 889      * @param vPdbidsArray
 890      */
 891     public void setPdbids(
 892             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {
 893         //-- copy array
 894         _pdbidsList.clear();
 895
 896         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {
 897                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 898         }
 899     }
 900
 901     /**
 902      *
 903      *
 904      * @param index
 905      * @param vRnaViewer
 906      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 907      * given is outside the bounds of the collection
 908      */
 909     public void setRnaViewer(
 910             final int index,
 911             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer vRnaViewer)
 912     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 913         // check bounds for index
 914         if (index < 0 || index >= this._rnaViewerList.size()) {
 915             throw new IndexOutOfBoundsException("setRnaViewer: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._rnaViewerList.size() - 1) + "]");
 916         }
 917
 918         this._rnaViewerList.set(index, vRnaViewer);
 919     }
 920
 921     /**
 922      *
 923      *
 924      * @param vRnaViewerArray
 925      */
 926     public void setRnaViewer(
 927             final jalview.schemabinding.version2.RnaViewer[] vRnaViewerArray) {
 928         //-- copy array
 929         _rnaViewerList.clear();
 930
 931         for (int i = 0; i < vRnaViewerArray.length; i++) {
 932                 this._rnaViewerList.add(vRnaViewerArray[i]);
 933         }
 934     }
 935
 936     /**
 937      * Sets the value of field 'start'.
 938      *
 939      * @param start the value of field 'start'.
 940      */
 941     public void setStart(
 942             final int start) {
 943         this._start = start;
 944         this._has_start = true;
 945     }
 946
 947     /**
 948      * Method unmarshal.
 949      *
 950      * @param reader
 951      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 952      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 953      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 954      * object is an invalid instance according to the schema
 955      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
 956      */
 957     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
 958             final java.io.Reader reader)
 959     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 960         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
 961     }
 962
 963     /**
 964      *
 965      *
 966      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 967      * object is an invalid instance according to the schema
 968      */
 969     public void validate(
 970     )
 971     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 972         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 973         validator.validate(this);
 974     }
 975
 976 }